Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии

Введение. Bst-полимераза играет ключевую роль в экспресс-диагностике инфекционных заболеваний благодаря своим уникальным биохимическим свойствам и возможности применения в петлевой изотермической амплификации (LAMP). В литературе описано несколько аналогов Bst-полимеразы, однако данные ферменты не получили широкого применения в молекулярной диагностике.

Цель работы — получение рекомбинантных Bst- и Btlv-полимераз с Sso7d-доменом и тестирование новых возможностей для их применения.

Материалы и методы. Экспрессионные конструкции, несущие ген полимеразы, получали стандартными методами генетической инженерии. Целевой фермент был наработан в клетках Escherichia coli. Очистку проводили методами металл-аффинной хроматографии с последующим диализом и концентрированием. РНК-зависимую ДНК-полимеразную (ревертазную) и ДНК-полимеразную активности ферментов определяли с помощью нерадиоактивных методик с флуоресцентной детекцией. Функциональные свойства ферментов оценивали в наборе реагентов «АмплиСенс SARS-CoV-2-IT» и в методике, предназначенной для определения в биологическом материале РНК вируса эпидемического паротита в формате LAMP, совмещённой с обратной транскрипцией.

Результаты. В системе экспрессии на основе клеток E. coli получены рекомбинантные химерные ферменты с вытесняющей активностью: Bst_Sso7d, Bst_Sso7d_mut4 и Btlv_Sso7d. Разработанные протоколы культивирования и очистки позволяют получать ферменты в растворимой форме с выходом до 25% от собранной клеточной массы. Функциональное тестирование показало, что в LAMP химерные полимеразы демонстрировали сходную активность с Bst-полимеразой без Sso7d-домена. Вместе с тем полимераза Btlv_Sso7d имела повышенную ревертазную активность и устойчивость к ингибиторам.

Заключение. Полученная химерная полимераза Btlv_Sso7d, благодаря своим улучшенным свойствам, может быть использована в наборах реагентов для диагностики инфекционных заболеваний методом LAMP при использовании методов экспресс-экстракции нуклеиновых кислот.

Введение. Сальмонеллёзы, для которых характерны острые вспышки заболеваемости, являются актуальной проблемой для здравоохранения.

Цель исследования: оценить влияние пандемии COVID-19 на эпидемиологические закономерности и молекулярно-биологические характеристики сальмонеллёзных инфекций в Приморском крае за 2019–2023 гг.

Материалы и методы. Проведён ретроспективный эпидемиологический анализ заболеваемости населения Приморского края сальмонеллёзами в период пандемии COVID-19. Методами щелочного лизиса и серологического типирования установлены плазмидная характеристика штаммов нетифоидных Salmonella и их серотип.

Результаты. Во время пандемии COVID-19 как в России, так и в Приморском крае регистрация сальмонеллёзов была значительно ниже, чем в допандемический период, а сезонность сальмонеллёзов сдвинулась на осенние месяцы. Выявлена обратная связь средней силы между данными помесячной заболеваемости сальмонеллёзами и COVID-19. Особых изменений в плазмидном спектре и в доле регистрации по серогруппам и серотипам Salmonella не наблюдалось. Показано, что сальмонеллёзные инфекции в Приморском крае в основном вызваны штаммами S. enteritidis с плазмидной характеристикой 38 МДа, 38:1,4 МДа, 38:2,3 МДа, 38:4,4 МДа, выявлялись также редкие варианты плазмидных типов. Влияние пандемии COVID-19 на появление новых плазмидных типов не установлено.

Заключение. Представленные результаты исследования об эпидемиологической и молекулярно-биологической характеристике Salmonella, циркулирующей в Приморском крае в период пандемии COVID-19, открывают перспективы для понимания эколого-эпидемиологических закономерностей развития эпидемического процесса сальмонеллёзов.

Введение. Эпидемия ВИЧ-инфекции на Кубе имеет свои особенности по сравнению с эпидемией в России. Миграционные потоки между Кубой и Россией способны оказать влияние на генетическое разнообразие и лекарственную устойчивость ВИЧ-1 в России. Отдельного внимания заслуживает уязвимая группа мужчин с рискованным сексуальным поведением, в частности — мужчины, практикующие секс с мужчинами (МСМ), и работники коммерческого секса.

Целью нашего исследования был анализ генетических вариантов ВИЧ-1 и лекарственной устойчивости ВИЧ-1 в образцах плазмы крови, полученных от мигрантов — МСМ с Кубы, проживающих в Москве.

Материалы и методы. Была собрана коллекция образцов плазмы крови, сопутствующая эпидемиологическая и клиническая информация от пациентов — МСМ с Кубы, получены нуклеотидные последовательности генома ВИЧ-1. Были проведены генотипический, кластерный анализ и анализ лекарственной устойчивости (ЛУ) ВИЧ-1.

Результаты. Были проанализированы образцы и эпидданные, полученные от 27 пациентов в 2022–2024 гг. Было выявлено, что 24/27 пациентов (включая 12/15, предполагающих факт инфицирования в Москве, и 10, предполагающих инфицирование на Кубе), были инфицированы вариантами ВИЧ-1, типичными для Кубы, а не для России. Это говорит об инфицировании 88,89% пациентов их согражданином. ЛУ была выявлена у 9 (33,33%; 95% ДИ 15,55–51,11) пациентов. Наиболее часто отмечалась устойчивость к эфавирензу и невирапину, что было связано с мутациями K103N, Y181C и P225H гена обратной транскриптазы.

Заключение. Фактор миграции должен учитываться в программах профилактики и противодействия распространению ВИЧ-инфекции в России, а генетические особенности ВИЧ-1 необходимо принимать во внимание при подборе эффективной терапии у мигрантов.

Введение. Мониторинг резистентности Streptococcus pneumoniae к антимикробным препаратам (АМП) является важным компонентом эпидемиологического надзора за пневмококковой инфекцией, решающим задачи по совершенствованию терапевтических подходов и сдерживанию распространения резистентности на региональном и национальном уровнях.

Цель работы — исследование антибиотикорезистентности пневмококков у детей дошкольного возраста на фоне применения 13-валентной конъюгированной вакцины в рамках национального календаря профилактических прививок.

Материалы и методы. В 2016–2022 гг. обследовано 1250 здоровых детей в возрасте до 6 лет из организованных коллективов. Выявление назофарингеального носительства пневмококка проводили культуральным методом, серотип определяли посредством полимеразной цепной реакции. Чувствительность к АМП исследовали диско-диффузионным методом, минимальную подавляющую концентрацию антибиотиков у резистентных изолятов определяли с помощью Е-тестов.

Результаты. Исследовано 265 изолятов S. pneumoniae, резистентность к АМП обнаружена у 36,6%. Доля резистентных изолятов составила 33,8% в раннем поствакцинальном периоде (2016–2018 гг.) и 45,3% — в позднем (2020–2022 гг.) (p = 0,097). Пенициллинрезистентные пневмококки выявлены только в раннем поствакцинальном периоде с частотой 11,4% (p = 0,005). Распространённость изолятов, устойчивых к макролидам, в анализируемых периодах составила 27,9 и 35,9% (p = 0,219), устойчивых одновременно к 3 и более классам АМП — 23,4 и 17,2% соответственно (p = 0,297). Серотиповой состав резистентных S. pneumoniae изменился: вакцинные сероварианты 19F, 6А, 6В и др. (83,8%) сменились невакцинными — 15AF, 23А и др. Доля вакцинных серотипов в позднем поствакцинальном периоде составила лишь 10,3%.

Заключение. На фоне иммунизации детей против пневмококковой инфекции наблюдается уменьшение распространённости пневмококков со сниженной чувствительностью к β-лактамам. Устойчивость S. pneumoniae к макролидам остаётся на высоком уровне (35,9%). Резистентные изоляты пневмококка в основном относятся к серогруппе 15 (15AF) и серотипу 23А, не входящим в состав 13-валентной конъюгированной вакцины.

Введение. Устойчивость к антибактериальным препаратам является одной из ключевых проблем в лечении Helicobacter pylori-инфекции, однако в России практически отсутствуют данные о механизмах резистентности к метронидазолу (МТZ) и левофлоксацину (LVX).

Цель работы — выявление детерминант резистентности у клинических изолятов H. pylori к МТZ и LVX с использованием данных полногеномного секвенирования.

Материалы и методы. Проведён ретроспективный анализ 43 изолятов H. pylori, выделенных от взрослых пациентов (2014–2022 гг.). Чувствительность к антибактериальным препаратам определяли бактериологическим диско-диффузионным методом. Полногеномное секвенирование 43 штаммов H. pylori проводили с использованием секвенатора «DNBSEQ-G50».

Результаты. Оценка результатов теста фенотипической лекарственной чувствительности показала, что 11 изолятов являлись чувствительными к МТZ (МТZ-S), 31 — чувствительными к LVX (LVX-S), тогда как 32 изолята проявляли устойчивость к МТZ (МТZ-R), 12 — к LVX (LVX-R). Для выявления ассоциации между фенотипической и генотипической устойчивостью проведён анализ нуклеотидных замен в генах gyrA, gyrB, rdxA, frxA, fdxB, fur. Из всех мутаций, выявленных в генах gyrA и gyrB, только D91/GNY в гене gyrA была ассоциирована с фенотипической устойчивостью к LVX и обнаружена у 4/12 (33,3%) изолятов (p < 0,05). Комбинированная мутация D91G/N/Y+N87K в гене gyrA выявлена у 6/12 (50,0%) LVX-R-изолятов (p < 0,001). У 21,9% (7/32) МТZ-R-изолятов в гене rdxA выявлены точечные мутации, приводящие к сдвигу рамки считывания или преждевременной терминации синтеза белка. Ни одна из мутаций в генах frxA, fur и fdxB не была ассоциирована с устойчивостью H. pylori к МТZ.

Выводы. По результатам полногеномного секвенирования российских клинических изолятов H. pylori детекция комбинированной мутации D91G/N/Y+N87K в гене gyrA может служить предиктором фенотипической устойчивости H. pylori к LVX.

В последние годы в области разработки лекарственных препаратов достигнут большой прогресс, в частности, благодаря использованию методов компьютерного моделирования. Одним из ключевых этапов разработки новых антивирусных препаратов является проверка эффективности перспективных кандидатов в экспериментах in vitro с использованием вирусов-мишеней. Использование новых технологий для проведения первичного скрининга с применением псевдотипированных вирусов обеспечивает упрощение исследований, повышение их эффективности и соблюдение биобезопасности проводимых исследований.

Целью данной работы является анализ исследований, в которых продемонстрировано успешное использование псевдовирусной технологии для поиска новых химиопрепаратов против ряда РНК-содержащих вирусов.

При подготовке обзора был проведён анализ литературы, представленной в базах PubMed, Scopus, Elsevier, Google Scholar по состоянию на 01.03.2025. Для поиска использовали ключевые слова: pseudovirus, virus inhibition, antiviral drugs, RNA viruses, псевдовирус, ингибирование вируса, противовирусные препараты, РНК-содержащие вирусы.

Псевдотипированные вирусы представляют собой рекомбинантные вирусные частицы, которые имеют коровые белки одного вируса, а поверхностные белки — другого, исследуемого вируса. Достоинствами псевдовирусной технологии являются её безопасность, высокий уровень воспроизводимости результатов и возможность стандартизации. Система, основанная на лентивирусах, была разработана одной из первых и по-прежнему является одной из наиболее востребованных. С помощью псевдовирусов были отобраны и исследованы молекулы-кандидаты для инфекций, вызываемых РНК-содержащими вирусами, такими как ВИЧ-1, вирус гепатита С, вирус клещевого энцефалита, вирусы гриппа птиц, SARS-CoV-2. Большинство из отобранных препаратов действуют на начальном этапе проникновения вируса в клетку-мишень. Приведённые примеры иллюстрируют существенный вклад технологии псевдовирусов в борьбу с серьёзными социально значимыми заболеваниями, вызываемыми РНК-содержащими вирусами.