Analysis of HIV-1 genetic variants and drug resistance among men with risk sexual behavior, Cuban citizens, living in Moscow in 2022-2024.

Full Text

Введение.

Связи между Кубой и Россией в последние годы значительно укрепились. В основе сотрудничества между государствами в последние годы лежат Декларация о принципах взаимоотношений между Российской Федерацией и Республикой Куба [1], Меморандум о принципах стратегического сотрудничества [2] и Совместное заявление президентов двух стран [3], принятые в 1996, 2009 и в 2018 годах соответственно.

Тесные связи между Россией и Кубой приводят, в том числе, к усилению миграционных процессов между странами. Поскольку как в России, так и на Кубе существует проблема распространения ВИЧ-инфекции, то всегда существует опасность заноса на территорию одной страны вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на территории другой страны. Затем распространение этих вариантов в пределах отдельных уязвимых групп может привести к увеличению случаев инфекции данными вариантами, что, в конечном итоге, способно повлиять на генетический ландшафт ВИЧ-инфекции и профиль лекарственной устойчивости в стране. Одной из таких уязвимых групп являются мужчины с рискованным сексуальным поведением, в частности – мужчины, практикующие секс с мужчинами (МСМ) и работники коммерческого секса (КСР). Для представителей данной группы типичны половые контакты с гражданами других стран, что способно повлиять на генетическое разнообразие ВИЧ-1 и привести к генерации новых рекомбинантных форм вируса.

На Кубе в последние годы отмечен рост числа случаев ВИЧ-инфекции. Так, по данным Объединенной программы Организации Объединенных Наций по ВИЧ/СПИДу (ЮНЭЙДС) общее число людей, живущих с ВИЧ-1 на Кубе, продолжало расти в последнее десятилетие, увеличившись с 3100 в 2000 году до 14 000 в 2011 году и к 44 000 – к 2023 году [4-6]. Между тем, в последние годы Куба демонстрирует успех в диагностике и лечении ВИЧ-инфекции. В общей сложности 33 000 (75%) человек в 2023 году знали о своем ВИЧ-статусе. Из них 28 000 (84,84%) находились на антиретровирусной терапии (АРТ). Наконец, 24 000 (85,72%) пациентов, получавших терапию, имели вирусологический успех [6]. Таким образом, Куба уверенно приближается к выполнению стратегии ВОЗ по противодействию ВИЧ-инфекции 90-90-90 и имеет перспективы достигнуть основных показателей стратегии 95-95-95 к 2030 году  [5].

Генетическое разнообразие ВИЧ-1 на Кубе сильно отличается от такового на территории стран Карибского бассейна. В то время как на территории большинства государств этого региона доминирует вирус субтипа B, связанный с более чем 90% случаев инфекции в начале 2000-х годов, на Кубе активно циркулируют большое количество других генетических вариантов ВИЧ-1, включая рекомбинантные формы, распространенные исключительно на острове [7]. Так, если еще в середине 1990-х доминирующим вирусным вариантом на Кубе был субтип B [8], то исследование 2002 года показало, что лишь 48% пациентов были инфицированы этим генетическим вариантом [9]. В 2017 году доля субтипа B в образцах от пациентов старше 18 лет, собранных за первое полугодие 2017 года, составила лишь 26,9%, а на инфекцию различными рекомбинантными формами приходилось 59,5% случаев ВИЧ-инфекции [10].

Касательно субтипа B, распространенного на Кубе, следует упомянуть, что этот вариант генетически близок к вирусу, доминирующему в США и в большинстве стран Западной Европы, но отличается от вирусов, распространенных в других странах Карибского бассейна [4, 11, 12]. Одни исследователи связывают это с многократным несвязанным заносом субтипа B из США, Канады и Европейского континента в конце 1970-х [11]. Другие предполагают, что он попал на Кубу в начале 1990-х из США, когда на фоне экономического кризиса, вызванного разрушением СССР, стал развиваться туристический бизнес на Кубе, а миграционные потоки переключились на США [4].

Помимо субтипа B, на Кубе циркулирует рекомбинантная форма CRF19_cpx, чей геном представлен фрагментами генома ВИЧ-1 субтипов D, A1 и G [7, 13]. Впервые CRF19_cpx был описан на Кубе в 1999 году [14]. Детальный анализ позволил установить, что CRF19_cpx является рекомбинантом двух вирусных вариантов: AG-рекомбинанта из Камеруна, позже описанного как рекомбинант CRF37_cpx, и вируса субтипа D из Габона [13-15]. По-видимому, CRF19_cpx появился в кубинской общине с территории Демократической Республики Конго (ДРК) в период 1966-1970 гг., откуда попал в провинцию Вилья-Клара, Куба в конце 70-х годов, т.е. до заноса ВИЧ-1 в страны Западной Европы (в конце 70-х годов). Далее произошло его распространение в Гавану и другие провинции Кубы [14, 16, 12]. К 2017 году на этот генетический вариант приходилось 24,1% новых случаев ВИЧ-инфекции среди пациентов старше 18 лет [10].

Кроме CRF19_cpx, на Кубе широко распространен еще один рекомбинант со сложной, мозаичной структурой генома – CRF18_cpx. По-видимому, он также имеет Африканское происхождение и мог быть занесен с территории ДРК, Центрально-африканской Республики, Республики Камерун или Республики Ангола [4; 16; 17]. Структура генома CRF18_cpx еще более сложная, чем у CRF19_cpx, и представлена участками, идентичными вирусам субтипов A, F, G, H, K и U. При описании данного генетического варианта были выявлены 40 генетически родственных образцов вирусов, включая вирусы CRF04_cpx и CRF13_cpx [17].

Период с середины 80-х до середины 90-х годов прошлого века отметился на Кубе появлениями в среде ВИЧ-инфицированных других рекомбинантных форм, включая BG-рекомбинанты [4]. Причем BG-рекомбинанты, циркулирующие на Кубе, имеют кубинское происхождение [7], став результатом рекомбинации вариантов ВИЧ-1 субтипов B и G, ранее уже циркулировавших на острове [4]. Вероятно, это событие произошло примерно в 1991 году. Причем все кубинские BG-рекомбинанты (CRF20, CRF23, CRF24) имеют общее происхождение от субтипа G из Центральной Африки, циркулирующего в среде гетеросексуалов, и субтипа B (близкого к распространенному в США), циркулирующего среди МСМ в Гаване в начале 2000-х. Закономерно, что изначально BG-рекомбинанты были выявлены именно в среде МСМ в Гаване, а к 2003 году определяли более 30% случаев ВИЧ-инфекции в столице Кубы [4, 16, 12].

Этот факт ярко иллюстрирует роль рекомбинации как одного из движущих факторов генетической изменчивости ВИЧ-1 и делает Кубу одной из «горячих точек рекомбинации ВИЧ-1» наряду с Мьянмой, Южным Китаем, Восточной Африкой, Аргентиной и Бразилией [12]. Более того, сформированные на Кубе рекомбинанты впоследствии стали распространяться по миру. Так кубинский CRF20_BG обнаруживается в Испании и Греции [4].

Помимо упомянутых выше рекомбинантных форм, на Кубе циркулируют и другие варианты ВИЧ-1. На территории Кубы циркулирует, как минимум, 2 линии субтипа C из Восточной и Южной Африки, соответственно [4]. Ставший прародителем BG-рекомбинантов ВИЧ-1 субтипа G с высокой долей вероятности имеет центральноафриканское происхождение [4]. Кроме этого, отмечена активная циркуляция ВИЧ-1 субтипа H в провинции Сантьяго-де-Куба [18; 16]. Наконец, в прошлом были выявлены единичные случаи ВИЧ-инфекции, вызванной CRF05_DF, который ранее был зарегистрирован в Бельгии, ДРК, Испании и Коста-Рике [18].

Роль уязвимой группы МСМ в эпидемии ВИЧ-инфекции на Кубе является решающей. Если в 2002 году чуть более 81% ВИЧ-инфицированных мужчин относились к МСМ [9], то в первом полугодии 2017 года этот показатель достиг 94,31% [10]. И в настоящее время данная уязвимая группа является доминирующей на Кубе. Именно проникновение в среду МСМ ВИЧ-1 субтипа B в конце 20 века привело к активному распространению и доминированию этого варианта на Кубе [11]. Этот же фактор стал основой для увеличения генетического разнообразия на Кубе: уже в начале 2000-х среди МСМ стали распространяться кубинские BG-рекомбинантные формы ВИЧ-1 [4, 16, 12].

Полномасштабное применение АРТ началось на Кубе в 2001 году за счет применения, в первую очередь, дженериков нуклеозидных ингибиторов обратной транскриптазы (НИОТ) и ненуклеозидных ингибиторов обратной транскриптазы (ННИОТ) [10], что позволило достичь вирусологического успеха у 83% пациентов в 2017 году и почти 86% – в 2023 году [6; 10]. Но применение АРТ привело и к росту лекарственной устойчивости (ЛУ) в стране. В 2017 году распространенность ЛУ у АРТ-наивных пациентов к хотя бы к одному препарату составила (29,8%), что превышает данный показатель в периоды 2007–2011 гг. (12,5%) и 2009–2012 гг. (20,2%) [10].

В 2017 году первичная ЛУ к НИОТ составила 10,6%, а к ННИОТ – более 23%. Распространенность ЛУ высокого уровня к ННИОТ была связана с частой встречаемостью мутаций K103N, G190A, Y181C [10]. Причем достоверно чаще ЛУ выявлялась у людей 18-25 лет, по сравнению с более возрастными.

Между генетическим разнообразием ВИЧ-1 на Кубе и в России есть значительные различия. В России с конца 1990-х доминирует ВИЧ-1 субсубтипа A6, распространившейся в России и странах бывшего СССР через потребителей инъекционных наркотиков (ПИН) [19; 20]. Вторым наиболее часто встречающимся вариантом ВИЧ-1 является рекомбинант CRF63_02A1, в последние годы активно распространяющаяся в странах Центральной Азии и в Сибирском регионе России [19; 21].

В России выявлена циркуляция двух вариантов ВИЧ-1 субтипа B: варианта, характерного для стран Западной Европы и Кубы (Bwest), и варианта Bfsu (IDU-B), чья циркуляция была отмечена на Дальнем Востоке России и который, вместе с субсубтипом A6, стал прародителем  CRF03_AB [19, 22, 20; 23]. Также в России отмечена циркуляция таких вариантов ВИЧ-1, как субтип C, CRF03_AB, субтип G [19].

Наконец в последние годы в России отмечается рост случаев выявления уникальных и редких AG-рекомбинантных форм, вероятно заносимых из стран Центральной Азии [19].

Проблема ВИЧ-инфекции среди МСМ в России также имеет свои особенности, связанные, в первую очередь, с недостаточной изученностью этой уязвимой группы. Если до середины 1990-х годов МСМ была основной уязвимой группой, то после проникновения ВИЧ-1 в среду ПИН, именно данная группа стала основной уязвимой группой, а вклад МСМ в эпидемию ВИЧ-инфекции в России стал исчезающе низким [24, 25, 19, 22, 20]. Во многом это может быть объяснено стигматизацией МСМ и отсутствием работ по мониторингу этой группы в России [25; 22]. Между тем, существуют оценки вероятной распространенности ВИЧ-1 в среде МСМ в разных регионах страны от 5 до 25%, а ЮНЭЙДС в 2016 году указывает на величину этого показателя в России в 6% [22].

В последние годы доля МСМ среди новых случаев ВИЧ-инфекции в России постепенно растет. Так, на конец 2020 года лишь 2,8% случаев ВИЧ-инфекции в стране были связаны с МСМ. К концу 2021 года этот показатель увеличился до 3%, а к концу 2023 года – до 4,1% [24].

В среде российских МСМ исторически доминировал Bwest, однако в недавнем прошлом отметилась тенденция к увеличению в этой уязвимой группе доли ВИЧ-1 субсбутипа A6 [19; 22], что говорит о размытии границ данной уязвимой группы. Кроме этого, была выявлена циркуляция в среде российских МСМ BG-рекомбинантов, генетически близких к вирусам, циркулирующим в Испании и Португалии, но не относящиеся к CRF20/23/24, распространенным на Кубе [26].

Что касается проблемы ЛУ ВИЧ-1 в России, то наиболее часто выявлялись мутации устойчивости в тех же позициях, что и для кубинских образцов – K103N/S, G190A/S. Между тем, вместо Y181C, в российских образцах чаще характерна замена K101E, вызывающая устойчивость ко всем ННИОТ [27].

Учитывая вышеописанные особенности ВИЧ-инфекции на Кубе и в России, а также роль МСМ в эпидемии ВИЧ-инфекции в обеих странах, целью нашего исследования был анализ генетических вариантов ВИЧ-1, полученных от мигрантов МСМ с Кубы, проживающих в Москве – одном из наиболее экономически развитых центров России, где исторически существует обширное сообщество МСМ и мигрантов.

Материалы и методы.

В 2024 году была исследована коллекция образцов плазмы крови, полученных от МСМ граждан Кубы. Одновременно производился сбор и обработка клинико-эпидемиологических данных: возраст, даты последнего отрицательного теста и первого положительного теста на ВИЧ-инфекцию, информация о вероятном месте и времени инфицирования, количество половых партнеров, опыт приема АРТ, а также стадия ВИЧ-инфекции и наличии вторичных заболеваний.

Набор пациентов для включения в исследование проводился в сотрудничестве с НКО: Фондом «ШАГИ» (http://stepsfund.ru/) и Центром «LaSky» (https://lasky.ru/).

Исследуемая выборка образцов была дополнена образцами плазмы крови, полученными в 2022-2024 гг. от МСМ граждан Кубы из коллекции образцов пациентов ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора.

В образцах плазмы крови была определена концентрация РНК ВИЧ-1 (вирусная нагрузка, ВН), количество CD4-лимфоцитов.

Были получены нуклеотидные последовательности региона pol (позиции 2253–3353 референсного штамма HXB-2, номер GenBank K03455), кодирующего протеазу, и фрагмент обратной транскриптазы ВИЧ-1 в исследованных образцах. Секвенирование проводили с помощью набора реагентов «АмплиСенс HIV-Resist-Seq» (ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии, Россия) и генетического анализатора Applied Biosystems (LifeTechnologies, США).

Проведен последовательный анализ, включающий предварительное определение генетического варианта с помощью онлайн приложения HIVBlast [28], филогенетического анализа в программе MEGA 6.0 [29] и кластерного анализа нуклеотидных последовательностей с помощью программы ClusterPicker 1.2.3 (порог генетической дистанции 4,5% с  bootstrap поддержкой более 90%) [30].

Для проведения филогенетического и кластерного анализов полученная выборка была дополнена нуклеотидными последовательностями кубинских пациентов (n=430) из международной базы данных ВИЧ-1 института Лос-Аламос (США) [28], описанными в публикациях, посвященных анализу образцов ВИЧ-1 выделенных на территории Кубы в 2007-2017 гг. [7; 10; 14]. Для филогенетического анализа геномов, генетически близких к циркулирующим в России вариантам ВИЧ-1, применялась подборка референтных последовательностей, использованная ранее при анализе вариантов ВИЧ-1, циркулировавших в странах Восточной Европы и Центральной Азии в 2010–2019 гг. [19].

Анализ ЛУ ВИЧ-1 проводили с помощью онлайн приложения HIVdb [31] базы данных Стэндфордского Университета с определением как самих мутаций устойчивости, так и уровня ЛУ на основании подсчета баллов Stanford Penalty Score [27; 32].

Данное исследование было одобрено ЛЭК ФБУН ЦНИИЭ (протокол №142 от 25.04.2024 г.).

Результаты.

Была исследована коллекция образцов плазмы крови, полученных от 27 ВИЧ-инфицированных лиц в период с марта 2022 г. по июнь 2024 г. Средний возраст пациентов составил 30 лет (ДИ95% 27,29-33,68). Большинство пациентов (18/27, 66,67%) стали посещать Россию и жить в Москве в 2021-2023 гг., самый ранний первый визит в Россию у одного пациента состоялся в 2018 году. Для основной части пациентов (19/27, 70,37%) длительность ВИЧ-инфекции от момента постановки диагноза до включения в исследование составляла не более 1 месяца. Для 4 пациентов длительность инфекции от момента выявления ВИЧ-1 составляла от 3,5 до 10 месяцев. Еще у 4 пациентов длительность инфекции была более 1,5 лет.

Два пациента не имели представления о возможной дате и месте инфицирования, для 25/27 (92,59%) пациентов средняя длительность инфекции с момента предполагаемого инфицирования была более 2 лет (780 дней, ДИ95% 377,91-1181,69). Но эти данные не точные, так как пациенты могли указать только год (n=12) или год и месяц (n=13) предполагаемого инфицирования. В общей сложности 15 (55,56%) пациентов заявляли, как вероятное место инфицирования г. Москва. Еще 10 пациентов предполагали, что их инфицирование произошло на Кубе. Предполагаемое место инфицирования учитывалось в дальнейшем анализе генетических вариантов ВИЧ-1 в образцах.

Пять пациентов на момент забора образца были трансгендерными лицами. 10/27 пациентов (4 из которых были трансгендерными лицами) относились к группе КСР. Еще 2 пациента указывали на большое количество половых партнеров за последние 6 месяцев и не могли назвать точное число; 4 пациента имели 30, 20, 10 и 5 партнеров, соответственно; 2 пациента имели по 4 половых партнера, еще 2 пациента – по 3 партнера; 5 пациентов указали 1 партнера и 2 не имели связей за последние 6 месяцев.

Опыт терапии в прошлом был у 5/27 (22,72%) пациентов, но все они прекратили прием препаратов минимум за 3 месяца до включения в исследование. Пациент M222 периодически принимал EFV+TDF+3TC, делая перерывы в несколько месяцев. У пациента M208, включенного в исследование в 2024 году, был опыт приема трувады (TDF+FTC) в 2022 году. Наконец, 3 пациента (M80, M177, M223) имели опыт эпизодического приема неустановленных средств АРТ.

Средний уровень ВН составил 5,33 (ДИ95% 5,19-5,44) log копий/мл, среднее число CD4-лимфоцитов составило 405 (ДИ95% 296,34-513,34) клеток/мкл. Для 23 (85,19%) пациентов была определена 2а стадия ВИЧ-инфекции. Еще 4 пациента были на 3 стадии. Не было выявлено достоверных различий между стадией ВИЧ-инфекции и величиной ВН или числом CD4-лимфоцитов.

Был проведен анализ генетических вариантов ВИЧ-1 в образцах на основе поиска максимально генетически близких референтных последовательностей из базы данных GenBank с помощью онлайн приложения HIVBlast. Результаты анализа представлены в таблице 1. 21/27 (77,78%) образцов оказались генетически близки с референтными последовательностями ВИЧ-1 с Кубы. При этом, 12/21 из пациентов, инфицированных этими вариантами ВИЧ-1 (57,14%) предполагали, что их инфицирование произошло в Москве, а не на Кубе.

Два пациента были инфицированы ВИЧ-1 субтипа C, типичным для Ботсваны. Еще два пациента имели ВИЧ-1 субтипа B, близкого к вирусам, выделенным в Германии: пациент M151, инфицированный ВИЧ-1 субтипа B предполагал свое заражение на Кубе, а пациент M80 – в Москве, что вполне реально для среды российских МСМ.

Лишь от двух пациентов были получены образцы ВИЧ-1, типичные для России: один пациент был инфицирован вирусом субсубтипа A6, а еще один был генетически близок к референтам субтипа B из Чехии и России, причем российские референтные вирусы были выделены от пациентов мужчин с ПИН и гетеросексуальным путем передачи ВИЧ-1 в 2012 и 2015 годах, соответственно.

Таблица 1. Результаты предварительного генотипирования нуклеотидных последовательностей ВИЧ-1 в онлайн приложении HIVBlast / Table 1. Results of preliminary genotyping of HIV-1 nucleotide sequences in the HIVBlast online application

Образец	Предполагаемое место инфекции	Референтная последовательность в HIVBlast
		Номер GenBank	Генетический вариант	Страна	Генетическая близость
M52	Москва	MZ004274	CRF19_cpx	Куба	98%
M67	Москва	MZ004382	CRF19_cpx	Куба	95%
M75	Москва	MK817409	CRF20_BG	Куба	98%
M76	Москва	MK817388	CRF20_BG	Куба	96%
M80	Москва	MH471360	Субтип B	Германия	96%
M82	Москва	MH667011	Субтип B	Россия	98%
M88	Москва	DQ113271	CRF19_cpx	Куба	95%
M89	Москва	MZ004339	CRF19_cpx	Куба	96%
M90	не известно	DQ113301	Субтип B	Куба	96%
M91	Москва	JQ585469	Субтип B	Куба	97%
M94	Москва	DQ113060	CRF19_cpx	Куба	96%
M96	Москва	OL792340	Субсубтип A6	Россия	97%
M151	Куба	KJ770458	Субтип B	Германия	96%
M160	Москва	MZ004178	CRF19_cpx	Куба	97%
M169	Москва	MK817435	CRF18_cpx	Куба	96%
M177	Москва	AY900579	CRF24_BG	Куба	97%
M185	Куба	KR860993	Субтип C	Ботсвана	95%
M186	Куба	KR860993	Субтип C	Ботсвана	94%
M195	Москва	JN000054	CRF20_BG	Куба	97%
M199	Куба	JN000009	Субтип B	Куба	97%
M208	Куба	MK817498	CRF18_cpx	Куба	96%
M209	Куба	MK817361	Субтип B	Куба	97%
M222	Куба	JN000021	CRF24_BG	Куба	96%
M223	Куба	MK817465	CRF18_cpx	Куба	96%
M224	не известно	DQ020274	CRF20_BG	Куба	90%
M232	Куба	MK817454	CRF18_cpx	Куба	98%
M240	Куба	DQ113256	Субтип B	Куба	96%

Полученные результаты предварительного генотипирования были в основной массе подтверждены филогенетическим анализом с референтными нуклеотидными последовательностями ВИЧ-1, выделенными от кубинских пациентов в 2007-2017 гг. (Рисунок 1). Эта же подборка референтных последовательностей и исследуемых геномов (n=457) была подвергнута кластерному анализу. Было выявлено 3 кластера, образованные исследуемыми образцами:

1. Кластер, образованный двумя образцами ВИЧ-1 субтипа С от эпидемиологически связанных пациентов M185 и M186;
2. Кластер, образованный образцом от пациента M222 и референтом MK817363;
3. Кластер, образованный образцом M160 и двумя референтными последовательностями MZ004165 и MZ004178.

Пациент M222 – коммерческий секс-работник, практикующий секс под химическими препаратами. ВИЧ-инфекция была выявлена у него в 2013 году, а предполагаемым местом заражения в том же 2013 году была Куба. Поэтому не является неожиданностью формирование кластера между M222 и MK817363 – вирусом CRF20_BG, изолированным на Кубе в 2017 году. Интересно то, что изначально этот образец в программе HIVBlast был идентифицирован как CRF24_BG (таблица 1), поскольку по исследуемому генетическому фрагменту CRF20 и CRF24 очень близки [28]. Но кластерный анализ, позволил скорректировать эти данные, отнеся исследуемый образец к CRF20.

Рисунок 1. Результаты филогенетического и кластерного анализа нуклеотидных последовательностей фрагмента гена pol (позиции 2253–3353) исследуемой коллекции образцов (n=27) и группы сравнения (n=430) кубинских образцов. Филогенетический анализ проведен по методу максимального правдоподобия с использованием GTR+G+I модели нуклеотидных замен в 500 независимых построениях. Кластерный анализ проводили с порогом генетической дистанции 4,5% и bootstrap поддержкой более 90%. Последовательности исследуемой коллекции, сформировавшие кластеры, обозначены звездочками, не образовавшие – черными кружками. / Figure 1.  Results of phylogenetic and cluster analysis of the pol gene fragment (positions 2253–3353) nucleotide sequences of the studied samples’ collection (n=27) and the comparison group (n=430) of Cuban samples. Phylogenetic analysis was performed by the maximum likelihood method using the GTR+G+I model of nucleotide substitutions in 500 independent constructions. Cluster analysis was performed with a genetic distance threshold of 4.5% and bootstrap support of more than 90%. Sequences of the studied collection that formed clusters are indicated by asterisks, those that did not are marked with black circles.

Рисунок 2. Результаты филогенетического анализа нуклеотидных последовательностей фрагмента гена pol (позиции 2253–3353) образцов ВИЧ-1 от пациентов M82 и M96, предположительно принадлежащих к генетическим вариантам, циркулирующим в России. Филогенетический анализ проведен по методу максимального правдоподобия с использованием HKY+G модели нуклеотидных замен и bootstrap поддержкой 500. Последовательности M82 и M96 обозначены черными кружками. Подветви, образованные вирусами суб-субтипа A6, генетическими вариантами Bwest и Bfsu, выделены рамками. / Figure 2. Results of phylogenetic analysis of the pol gene fragment (positions 2253–3353) nucleotide sequences of HIV-1 samples from patients M82 and M96, presumably belonging to genetic variants circulating in Russia. Phylogenetic analysis was performed using the maximum likelihood method with the HKY+G model of nucleotide substitutions and bootstrap support of 500. Sequences of M82 and M96 are indicated by black circles. Sub-branches formed by viruses of sub-subtype A6 and genetic variants Bwest and Bfsu are highlighted by frames.

В то же время пациент M160, чей образец образовал общий кластер с образцами CRF19_cpx MZ004165 и MZ004178, выделенными в Гаване в 2013 году от мужчины и женщины, соответственно, также был коммерческим секс-работником и трансгендерной персоной. ВИЧ-инфекция у пациента была выявлена в июне 2023, а предполагаемые место и дата инфицирования – г. Москва, январь 2022 года.

Образцы от пациентов M82 и M96, генетически близкие российским вирусам субтипа B и субсубтипа A6, соответственно, были подвергнуты дополнительному филогенетическому анализу с референтными последовательностями циркулирующих в России генетических вариантов ВИЧ-1 (Рисунок 2). Образец M96 в 82% возможных построений образовывал общую ветвь с референтами субсубтипа A6 AF413987 и AY500393. Образец M82, в свою очередь, с достоверностью в 78% образовывал общую ветвь с российским референтом Bwest AY819715 и основным мировым референтом этой же линии HXB-2 K03455.

Ни в одном образце ВИЧ-1 не было выявлено ЛУ к ингибиторам протеазы (Рисунок 3). ЛУ к хотя бы одному ингибитору обратной транскриптазы была выявлена в 9/27 (33,33%) образцов, причем 3/27 (11,11%) образца (один CRF19_cpx и два – CRF20_BG) имели устойчивость и к НИОТ, и к ННИОТ. Типичные для России вирусы из упомянутых выше образцов от пациентов M82 и M96 не содержали ЛУ, как и вирусы субтипа C от пациентов M185 и M186 и ВИЧ-1 субтипа B от пациента M80. Наиболее часто (в 29,63% образцов) выявлялась ЛУ (преимущественно высокого уровня) к ННИОТ эфавирензу (EFV) и невирапину (NVP), что было связано с мутациями K103N, Y181C и P225H (Рисунок 3). Устойчивость к рилпивирину (RPV) также была связана с присутствием мутации Y181C, а также  замен K101E и E138A. Наконец, ЛУ высокого уровня к НИОТ эмтрицитабину (FTC) и ламивудину (3TC) у вируса в 2 (7,41%) образцах была связана с наличием мутации M184V.

Рисунок 3. Результаты анализа частоты встречаемости лекарственной устойчивости и мутаций лекарственной устойчивости к ингибиторам ВИЧ-1 классов НИОТ и ННИОТ. Анализ проведен с помощью онлайн приложения HIVdb, степень устойчивости была определена на основании подсчета баллов Stanford Penalty Score. / Figure 3. Results of the analysis of occurrence frequency for drug resistance and drug resistance mutations to HIV-1 inhibitors of the NRTI and NNRTI classes. The analysis was carried out using the HIVdb online application, the degree of resistance was determined based on the calculation of the Stanford Penalty Score.

У 6 из 9 пациентов, инфицированных ВИЧ-1 с ЛУ, не было опыта терапии, а у 3 – был опыт в прошлом. Упомянутый выше пациент M222 с опытом приема EFV+TDF+3TC имел вирус с ЛУ высокого уровня к EFV (и перекрестной ЛУ к NVP) и 3ТС из-за сочетания мутаций M184V, K103N и P225H. У пациента M208 с опытом приема трувады за 2 года до исследования был выявлен ВИЧ-1 только с мутацией K103N, вызывающей ЛУ высокого уровня к EFV и NVP. Только эту же замену содержал вирус в образце пациента M223.

Обсуждение. Полученные нами результаты определения генетического варианта ВИЧ-1 говорят о том, что абсолютное большинство пациентов 21/27 (77,78%) было инфицировано вариантом вируса, типичным для страны происхождения пациента – Кубы. В случае 12/21 пациентов, указавших в качестве вероятного места инфицирования Москву, либо имело место заражения от гражданина Кубы или общего с ним полового партнера, либо неверная оценка места вероятного заражения. Выявленные нами 2 случая инфекции типичным для Ботсваны вирусом субтипа C скорее всего произошли на территории Кубы, как и предполагали пациенты, так как на Кубе в 2013 были выявлены «африканские» варианты ВИЧ-1 [4]. То же касается пациента M151, у которого была выявлена ВИЧ-инфекция вирусом субтипа B, генетически близкого к вирусу, циркулирующему на территории Германии, что отражает связь эпидемии ВИЧ-инфекции на Кубе и в Западной Европе [4, 11].

Два образца М222 (CRF20_BG) и М160 (CRF19_cpx) образовали два «активных» (расширяющихся) кластера. Данные кластеры были образованы этими образцами и образцами, выделенными от кубинцев в другой временной период (разница в 10 лет и 4 года, соответственно). Это говорит о продолжении циркуляции и дальнейшем распространении этих вирусных генетических линий в мире.

Таким образом, в общей сложности 24/27 (88,88%) исследованных нами МСМ граждан Кубы, проживающих на территории Москвы, вероятно были инфицированы либо на родине, либо от своего согражданина. Лишь три пациента, могли быть инфицированы на территории России:

1. пациенты M82 и M96, инфицированные ВИЧ-1, типичными для территории России;
2. пациент M80, инфицированный вирусом субтипа B, генетически близким к штамму, циркулирующему на территории Германии. Между тем, циркуляция западноевропейских вариантов ВИЧ-1 типична для уязвимой группы МСМ в России [22, 25, 26].

Мы выявили лекарственную устойчивость в 9/27 образцов вируса, 3 из которых были получены от пациентов, имевших опыт терапии в прошлом. Из-за небольшой выборки образцов от пациентов с опытом терапии (n=5) по сравнению с АРТ-наивными (n=22), невозможно оценить достоверность частоты встречаемости ЛУ в этих двух группах. Между тем, все пациенты с опытом приема АРТ в прошлом прекратили прием препаратов минимум за 3 месяца до включения в исследование, так что селективное влияние АРТ на вирус в их организме можно исключить, прировняв их к пациентам без опыта терапии [32]. Наиболее часто выявляемая ЛУ высокого уровня к EFV и NVP – общероссийская и общемировая тенденция последних лет [27, 32]. Между тем, наличие ВИЧ-1 с ЛУ у 6/24 (25%) пациентов без опыта терапии, вероятно получивших ВИЧ-1 от граждан Кубы, является следствием проблемы распространения ЛУ на Кубе [10]. Между тем, применение эффективных схем терапии может стать залогом вирусологического успеха даже на фоне устойчивости ВИЧ-1 к EFV и NVP.

Заключение. Наши результаты говорят о значительном вкладе миграции с Кубы в генетическое разнообразие ВИЧ-1 среди МСМ в Москве в последние годы и о ее влиянии на распространение лекарственной устойчивости ВИЧ-1 в этой уязвимой группе. Таким образом, фактор миграции должен учитываться в программах профилактики и противодействия распространению ВИЧ-инфекции в России, а для эффективного лечения пациентов с лекарственно устойчивыми вариантами ВИЧ-1 необходим подбор эффективной схемы терапии.

Конфликты интересов. Отсутствуют.

About the authors

Ilya A. Lapovok

ФБУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Author for correspondence.
Email: i_lapovok@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-6328-1415
Россия

Alina A. Kirichenko

Central Research Institute for Epidemiology

Email: kotova-kirichenko@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-7116-0138

senior researcher, HIV diagnostic and molecular epidemiology laboratory

Россия, Moscow

Anastasiia V. Shlykova

Central Research Institute for Epidemiology

Email: murzakova_a.v@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-1390-8021

researcher, HIV diagnostic and molecular epidemiology laboratory

Россия, Moscow

Dmitry E. Kireev

Central Research Institute for Epidemiology

Email: dmitkireev@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-7896-2379

Cand. Sci. (Biol.), Head, HIV diagnostic and molecular epidemiology laboratory

Россия, Moscow

Anna A. Popova

Central Research Institute for Epidemiology; Russian Medical Academy of Continuous Professional Education, Ministry of Health of the Russian Federation

Email: popova@cmd.su
ORCID iD: 0000-0001-9484-5917

Cand. Sci. (Med.), Senior Researcher, Specialized Research Department for the Prevention and Control of AIDS, Central Research Institute of Epidemiology; Associate Professor, Department of Infectious Diseases, Russian Medical Academy of Continuous Professional Education, Ministry of Health of the Russian Federation

Россия

Anastasia V. Pokrovskaya

Central Research Institute for Epidemiology; Peoples' Friendship University

Email: pokrovskaya@cmd.su
ORCID iD: 0000-0002-2677-0404

МD., Senior Researcher, Central Research Institute of Epidemiology, Moscow, Russia; Professor, Department of Infectious Diseases with Courses of Epidemiology and Phthisiology, Medical Institute, Peoples' Friendship University (RUDN University)

References

Supplementary files