Journal of microbiology, epidemiology and immunobiologyJournal of microbiology, epidemiology and immunobiologyЖурнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии0372-93112686-7613Central Research Institute for Epidemiology1870310.36233/0372-9311-616zoyqjdORIGINAL RESEARCHESОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯResearch ArticleAnalysis of HIV-1 genetic variants and drug resistance among men with high-risk sexual behavior, Cuban citizens, living in Moscow in 2022–2024Анализ генетических вариантов и лекарственной устойчивости ВИЧ-1 среди мужчин с рискованным сексуальным поведением, граждан Кубы, проживающих в Москве в 2022–2024 годахhttps://orcid.org/0000-0002-6328-1415LapovokIlya A.ЛаповокИлья Андреевич
Russian Federation

Cand. Sci. (Biol.), senior researcher, HIV diagnostic and molecular epidemiology laboratory

канд. биол. наук, с. н. с. лаб. диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции

i_lapovok@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-7116-0138KirichenkoAlina A.КириченкоАлина Алексеевна
Russian Federation

Cand. Sci. (Med.), senior researcher, HIV diagnostic and molecular epidemiology laboratory

канд. мед. наук, с. н. с. лаб. диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции

kirichenko@cmd.suhttps://orcid.org/0000-0002-1390-8021ShlykovaAnastasia V.ШлыковаАнастасия Вениаминовна
Russian Federation

Researcher, HIV diagnostic and molecular epidemiology laboratory

н. с. лаб. диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции

murzakova_a.v@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-7896-2379KireevDmitry E.КиреевДмитрий Евгеньевич
Russian Federation

Cand. Sci. (Biol.), Head, HIV diagnostic and molecular epidemiology laboratory

канд. биол. наук, зав. лаб. диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции

dmitkireev@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0001-9484-5917PopovaAnna A.ПоповаАнна Анатольевна
Russian Federation

Cand. Sci. (Med.), senior researcher, Department of specialized research laboratory for AIDS epidemiology and prevention, Central Research Institute of Epidemiology, Associate Professor, Department of infectious diseases, Russian Medical Academy of Continuous Professional Education

канд. мед. наук, с. н. с. Специализированного научно-исследовательского отдела по профилактике и борьбе со СПИДом ЦНИИ Эпидемиологии, доцент каф. инфекционных болезней РМАНПО

asya-med@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-2677-0404PokrovskayaAnastasia V.ПокровскаяАнастасия Вадимовна
Russian Federation

D. Sci. (Med.), senior researcher, Central Research Institute of Epidemiology, Professor, Department of infectious diseases with courses of epidemiology and phthisiology, Medical Institute, Peoples' Friendship University

д-р мед. наук, с. н. с. ЦНИИ Эпидемиологии, профессор каф. инфекционных болезней с курсами эпидемиологии и фтизиатрии Медицинского института РУДН им. Патриса Лумумбы

pokrovskaya@cmd.suCentral Research Institute of EpidemiologyЦентральный научно-исследовательский институт эпидемиологии РоспотребнадзораRussian Medical Academy of Continuous Professional EducationРоссийская медицинская академия непрерывного профессионального образованияPeoples’ Friendship University of RussiaРоссийский университет дружбы народов имени Патриса Лумумбы220720251509202510244254351612202421072025Copyright ©; 2025, Lapovok I.A., Kirichenko A.A., Shlykova A.V., Kireev D.E., Popova A.A., Pokrovskaya A.V.Copyright ©; 2025, Лаповок И.А., Кириченко А.А., Шлыкова А.В., Киреев Д.Е., Попова А.А., Покровская А.В.2025Lapovok I.A., Kirichenko A.A., Shlykova A.V., Kireev D.E., Popova A.A., Pokrovskaya A.V.Лаповок И.А., Кириченко А.А., Шлыкова А.В., Киреев Д.Е., Попова А.А., Покровская А.В.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://microbiol.crie.ru/jour/article/view/18703

Introduction. The characteristics of the HIV epidemic in Cuba are comparable to those of the HIV epidemic in Russia. Migration between Cuba and Russia can affect HIV-1 genetic diversity and drug resistance in Russia. The vulnerable group of men with risk sexual behavior including men who have sex with men (MSM) and commercial sex workers (CSW) deserves special attention. The aim of our study was the analysis of HIV-1 genetic variants and HIV-1 drug resistance in blood plasma samples obtained from MSM migrants from Cuba living in Moscow.

Materials and methods. A collection of blood plasma samples, epidemiological and clinical information was collected from MSM patients — migrants from Cuba, nucleotide sequences of the HIV-1 genome were obtained. HIV-1 genotyping, cluster analysis and analysis of drug resistance (DR) were carried out.

Results. Samples and epidemiological data obtained in 2022–2024 from 27 patients were analyzed. 24/27 patients (including 12/15 suspected of infection in Moscow and all 10 — in Cuba) harbored HIV-1 variants typical for Cuba, not Russia. This indicates that 88.89% of patients were infected by their fellow citizen. DR was detected in 9 patients (33.33%; 95% CI 15.55–51.11). The most common resistance was DR to efavirenz (EFV) and nevirapine (NVP), which was associated with K103N, Y181C and P225H mutations.

Conclusion. The migration factor should be taken into account in HIV-1 prevention and control of HIV-spreading programs in Russia, and the genetic characteristics of HIV-1 in migrants should be taken into account in effective therapy selecting.

Введение. Эпидемия ВИЧ-инфекции на Кубе имеет свои особенности по сравнению с эпидемией в России. Миграционные потоки между Кубой и Россией способны оказать влияние на генетическое разнообразие и лекарственную устойчивость ВИЧ-1 в России. Отдельного внимания заслуживает уязвимая группа мужчин с рискованным сексуальным поведением, в частности — мужчины, практикующие секс с мужчинами (МСМ), и работники коммерческого секса.

Целью нашего исследования был анализ генетических вариантов ВИЧ-1 и лекарственной устойчивости ВИЧ-1 в образцах плазмы крови, полученных от мигрантов — МСМ с Кубы, проживающих в Москве.

Материалы и методы. Была собрана коллекция образцов плазмы крови, сопутствующая эпидемиологическая и клиническая информация от пациентов — МСМ с Кубы, получены нуклеотидные последовательности генома ВИЧ-1. Были проведены генотипический, кластерный анализ и анализ лекарственной устойчивости (ЛУ) ВИЧ-1.

Результаты. Были проанализированы образцы и эпидданные, полученные от 27 пациентов в 2022–2024 гг. Было выявлено, что 24/27 пациентов (включая 12/15, предполагающих факт инфицирования в Москве, и 10, предполагающих инфицирование на Кубе), были инфицированы вариантами ВИЧ-1, типичными для Кубы, а не для России. Это говорит об инфицировании 88,89% пациентов их согражданином. ЛУ была выявлена у 9 (33,33%; 95% ДИ 15,55–51,11) пациентов. Наиболее часто отмечалась устойчивость к эфавирензу и невирапину, что было связано с мутациями K103N, Y181C и P225H гена обратной транскриптазы.

Заключение. Фактор миграции должен учитываться в программах профилактики и противодействия распространению ВИЧ-инфекции в России, а генетические особенности ВИЧ-1 необходимо принимать во внимание при подборе эффективной терапии у мигрантов.

HIV-1MSMmigrantsviral variantCRFBG-recombinantsdrug resistanceclusterВИЧ-1МСМмигрантывирусный вариантCRFBG-рекомбинантылекарственная устойчивостькластерDelatorre E., Bello G. Phylodynamics of the HIV-1 epidemic in Cuba. PLoS One. 2013;8(9):e72448. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0072448Frescura L., Godfrey-Faussett P., Feizzadeh A.A., et al. Achieving the 95 95 95 targets for all: A pathway to ending AIDS. PLoS One. 2022;17(8):e0272405. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0272405Kouri V., Khouri R., Alemán Y., et al. CRF19_cpx is an evolutionary fit HIV-1 variant strongly associated with rapid progression to AIDS in Cuba. EBioMedicine. 2015;2(3):244–54. DOI: https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2015.01.015Rolo F., Miranda L., Wainberg M., et al. Envelope V3 region sequences of Cuban HIV-1 isolates. J. Acquir. Immune Defic. Syndr. Hum. Retrovirol. 1995;9(2):123–5.Cuevas M.T., Ruibal I., Luisa M., et al. Villahermosa high HIV-1 genetic diversity in Cuba. AIDS. 2002;16(12):1643–53. DOI: https://doi.org/10.1097/00002030-200208160-00010Machado L.Y., Blanco M., López L.S., et al. National survey of pre-treatment HIV drug resistance in Cuban patients. PLoS One. 2019;14(9):e0221879. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0221879Machado-Zaldívar L.Y., Díaz-Torres H.M., Blanco-de Armas M., et al. Origin and evolutionary history of HIV-1 subtype B in Cuba. MEDICC Rev. 2017;19(2-3):40. DOI: https://doi.org/10.37757/MR2017.V19.N2-3.7Pérez L., Thomson M.M., Bleda M.J. HIV type 1 molecular epidemiology in Cuba: high genetic diversity, frequent mosaicism, and recent expansion of BG intersubtype recombinant forms. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2006;22(8):724–33. DOI: https://doi.org/10.1089/aid.2006.22.724Casado G., Thomson M.M., Sierra M., et al. Identification of a novel HIV-1 circulating ADG intersubtype recombinant form (CRF19_cpx) in Cuba. J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 2005;40(5):532–7. DOI: https://doi.org/10.1097/01.qai.0000186363.27587.c0Zhukova A., Voznica J., Dávila F.M., et al. Cuban history of CRF19 recombinant subtype of HIV-1. PLoS Pathog. 2021;17(8): e1009786. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1009786Powell R.L.R., Zhao J., Konings F.A.J., et al. Circulating recombinant form (CRF) 37_cpx: an old strain in Cameroon composed of diverse, genetically distant lineages of subtypes A and G. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2007;23(7):923–33. DOI: https://doi.org/10.1089/aid.2007.0040..Sierra M., Thomson M.M., Posada D. Identification of 3 phylogenetically related HIV-1 BG intersubtype circulating recombinant forms in Cuba. J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 2007;45(2):151–60. DOI: https://doi.org/10.1097/QAI.0b013e318046ea47Thomson M.M., Casado G., Posada D. Identification of a novel HIV-1 complex circulating recombinant form (CRF18_cpx) of Central African origin in Cuba. AIDS. 2005;19(11):1155–63. DOI: https://doi.org/10.1097/01.aids.0000176215.95119.1dMachado L.Y., Blanco M., Dubed M., et al. HIV type 1 genetic diversity in newly diagnosed Cuban patients. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2012;28(8):956–60. DOI: https://doi.org/10.1089/aid.2011.0295Лаповок И.А., Кириченко А.А., Шлыкова А.В. и др. Молекулярно-эпидемиологический анализ генетических вариантов ВИЧ-1, циркулировавших в странах Восточной Европы и Центральной Азии в 2010–2019 гг. Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2022;12(3):31–40. Lapovok I.A., Kirichenko A.A., Shlykova A.V., et al. Molecular epidemiological analysis of HIV-1 genetic variants circulating in the countries of Eastern European and Central Asia in 2010–2019. Epidemiology and Infectious Diseases. Current Items. 2022;12(3):31–40. DOI: https://doi.org/10.18565/epidem.2022.12.3.31-40 EDN: https://elibrary.ru/poaufiBobkova M. Current status of HIV-1 diversity and drug resistance monitoring in the former USSR. AIDS Rev. 2013;15(4):204–12.Kostaki E.G., Karamitros T., Bobkova M., et al. Spatiotemporal characteristics of the HIV-1 CRF02_AG/CRF63_02A1 epidemic in Russia and Central Asia. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2018;34(5):415–20. DOI: https://doi.org/10.1089/aid.2017.0233Kazennova E., Laga V., Gromov K., et al. Genetic variants of HIV type 1 in men who have sex with men in Russia. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2017;33(10):1061–4. DOI: https://doi.org/10.1089/aid.2017.0078Лаповок И.А., Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е. и др. Молекулярно-эпидемиологический анализ вариантов ВИЧ-1, циркулировавших в России в 1987–2015 гг. Терапевтический архив. 2017;89(11):44–9. Lapovok I.A., Lopatukhin A.E., Kireev D.E., et al. Molecular epidemiological analysis of HIV-1 variants circulating in Russia in 1987–2015. Terapevticheskiy arkhiv. DOI: https://doi.org/10.17116/terarkh2017891144-49 EDN: https://elibrary.ru/zwosolЛаповок И.А., Кириченко А.А., Шлыкова А.В. и др. Анализ генетических вариантов ВИЧ-1 среди мужчин-мигрантов гомосексуальной ориентации, проживающих в Москве. Журнал инфектологии. 2023;15(2 S2):71–2. Lapovok I.A., Kirichenko A.A., Shlykova A.V., et al. Analysis of HIV-1 genetic variants among homosexual male migrants living in Moscow. Journal Infectology. 2023;15(2 S2):71–2. EDN: https://elibrary.ru/qtszlbMurzakova A., Kireev D., Baryshev P., et al. Molecular epidemiology of HIV-1 subtype G in the Russian Federation. Viruses. 2019;11(4):348. DOI: https://doi.org/10.3390/v11040348Kirichenko A., Kireev D., Lapovok I., et al. HIV-1 drug resistance among treatment-naïve patients in Russia: analysis of the national database, 2006–2022. Viruses. 2023;15(4):991. DOI: https://doi.org/10.3390/v15040991Tamura K., Stecher G., Peterson D., et al. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Mol. Biol. Evol. 2013;30(12):2725–9. DOI: https://doi.org/10.1093/molbev/mst197Kirichenko A., Kireev D., Lopatukhin A., et al. Prevalence of HIV-1 drug resistance in Eastern European and Central Asian countries. PLoS One. 2022;17(1):e0257731. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0257731