Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии

Понятие эпидемиологического надзора является одним из базовых в теории и практике эпидемиологической науки. В России обобщение накопленного фактического материала и теоретические разработки позволили сформулировать ряд положений о сущности эпидемического процесса. Пандемия новой коронавирусной инфекции (COVID-19) внесла коррективы во все сферы жизни общества, в том числе в деятельность системы эпидемиологического надзора за инфекционными болезнями, требующие разработки и реализации инновационных решений. Опираясь на опыт оперативного реагирования на задачи, поставленные пандемией COVID-19, авторами поднята проблема разработки и внедрения системы молекулярно-генетического мониторинга за возбудителями новых и возвращающихся инфекций как приоритетного вектора развития эпидемиологического надзора.

Обосновано внедрение в систему эпидемиологического надзора современных молекулярно-биологических технологий идентификации патогенов с эпидемическим потенциалом с учётом их генетического разнообразия на опыте использования платформенных решений, созданных ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора. Разработана стратегия геномного эпидемиологического надзора как мощного инструмента для обеспечения готовности к осуществлению мер реагирования и управления эпидемическим процессом путём осуществления и корректировки профилактических и противоэпидемических мероприятий.

Внедрена в практику разработанная на базе ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора Российская платформа агрегации информации о геномах вирусов (VGARus) как технологическая, научная и организационная и инфраструктурная база геномного эпидемиологического надзора, выполняющая роль межведомственного консорциума. Показана эффективность VGARus для оценки мутационной изменчивости SARS-CoV-2, влияния эволюционного развития циркулирующих возбудителей на характеристики эпидемического процесса, осуществления оперативного и ретроспективного анализа заболеваемости и прогноза распространения генетических вариантов возбудителей.

Введение. Инфекции нижних дыхательных путей бактериями филума Pseudomonadota: Pseudomonas aeruginosa, Burkholderia spp., Achromobacter spp. критичны в отношении качества и продолжительности жизни больных муковисцидозом (МВ). При хронизации инфекции эрадикация бактерий существующими антибактериальными препаратами практически невозможна. Для исследования препаратов альтернативного действия необходимы испытания, проведённые на бактериях, выделенных от пациентов с МВ и охарактеризованных с помощью геномных подходов.

Целями нашего исследования были сравнительный анализ факторов вирулентности 6 изолятов бактерий филума Pseudomonadota и проверка эффективности инновационного препарата фтортиазинон (ФТ) в подавлении патогенности бактерий in vitro.

Материалы и методы. Изоляты A. ruhlandii ST36, A. xylosoxidans ST555, B. cepacia ST2140, B. gladioli ST2141, P. aeruginosa ST859 и ST198 исследовали с помощью полногеномного секвенирования и биоинформационного анализа для поиска детерминант резистентности и вирулентности. ФТ испытали по действию на бактерии в экспериментах in vitro по цитотоксичности на клетках HeLa, подвижности и формированию биоплёнок.

Результаты. Геномные исследования подтвердили арсенал детерминант резистентности, особенно систем эффлюкса бактерий, полученных от пациентов с МВ, и разнообразие факторов вирулентности, среди которых мы выделили факторы в категориях: подвижность, сигналы систем quorum-sensing, системы секреции, экзотоксины как наиболее существенные для адаптации бактерий к условиям нижних дыхательных путей. Испытания ФТ in vitro показали его эффективность в подавлении цитотоксичности (в 2,6–4,0 раза), подвижности (в 2,0–3,6 раза) и процесса формирования биоплёнок (в 2,0–7,7 раза).

Заключение. Впервые показано эффективное действие инновационного антибактериального препарата ФТ на бактерии филума Pseudomonadota, выделенные от хронически инфицированных пациентов с МВ, с описанным потенциалом факторов вирулентности.

Введение. Вирусная инфекция Чикунгунья является проблемой для системы здравоохранения эндемичных для этой инфекции регионов из-за отсутствия специфической профилактики и эффективных противовирусных препаратов. Доказана критическая роль клеточного иммунитета для контроля и клиренса вируса при лихорадке Чикунгунья. Эффективная стимуляция не только гуморального, но и клеточного иммунитета имеет неоспоримое значение при оценке эффективности потенциальной вакцины для профилактики данной инфекции.

Цель настоящей работы — изучение формирования протективного иммунитета после введения мышам линии C57Bl/6 препарата, содержащего инактивированный вирус Чикунгунья (ЧИКВ).

Материалы и методы. ЧИКВ (концентрации 10 и 40 мкг) вводили мышам внутримышечно дважды с интервалом 14 дней. Показатели гуморального иммунитета оценивали в иммуноферментном анализе и реакции нейтрализации, клеточного — по продукции интерферона-γ и пролиферации спленоцитов in vitro. Концентрацию цитокинов (интерлейкина-1, -2, -6, -10, -12p70 и фактора некроза опухоли) определяли методом иммуноферментного анализа. При оценке протективной активности животным в дорсальную поверхность стопы правой задней лапы вводили ЧИКВ в дозе 2,89 ± 0,10 lg ТЦД50 в объёме 20 мкл.

Результаты. Наиболее выраженный иммунный ответ отмечен на введение 40 мкг инактивированного ЧИКВ, что проявлялось в сбалансированной продукции исследованных цитокинов, формировании специфического гуморального и клеточного иммунитета. При оценке протективности отёк стопы у иммунизированных животных был достоверно ниже, чем у животных контрольной группы.

Обсуждение. Инактивированный бета-пропиолактоном ЧИКВ обладал выраженными иммуногенными свойствами. Баланс продукции про- и противовоспалительных цитокинов, а также Th1/Th2-иммунного ответа характеризовал формирование адаптивного иммунитета у мышей без выраженной воспалительной реакции. Продемонстрировано формирование специфического гуморального и клеточного иммунного ответа. Исследование протективности в нелетальной модели животных подтвердило эффективность инактивированного препарата.

Заключение. Двукратное введение мышам линии C57Bl/6 инактивированного препарата ЧИКВ в дозе 40 мкг продемонстрировало иммуногенность, что позволяет оценить его как перспективный профилактический препарат.

Введение. Колонизация репродуктивных органов беременных стрептококками группы В (СГВ; Streptococcus agalactiae) может приводить к тяжёлой перинатальной и неонатальной патологии. В современных условиях требуется не только антибактериальная профилактика антенатального инфицирования плода в родах, но и вакцинопрофилактика. Изучение молекулярно-генетических детерминант вирулентности циркулирующих штаммов СГВ в популяции необходимо для понимания эпидемиологии СГВ-инфекций и разработки альтернативных подходов к их профилактике

Цель: определение молекулярно-генетических детерминант вирулентности Streptococcus agalactiae, выделенных у беременных и новорождённых, и мониторинг типов капсульных полисахаридов и профилей пилей клинических изолятов СГВ.

Материалы и методы. В исследование были включены клинические изоляты СГВ (n = 420), выделенные у беременных и новорождённых в 2010–2023 гг. Для выделения S. agalactiae использовали бактериологический метод; тип капсульных полисахаридов, пилей, принадлежность штаммов к гипервирулентному сиквенс-типу ST-17 определяли методом полимеразной цепной реакции.

Результаты. В течение 13 лет наблюдения отмечено доминирование Iа, III и V генотипов капсульных полисахаридов СГВ как у беременных, так и у новорождённых. Частота встречаемости Ib генотипа увеличилась с 0,7 до 6,7%, V генотипа — с 12,1 до 24,4%, а распространённость III генотипа значимо снизилась — с 41,1 до 21,1%. У 6 беременных и 2 новорождённых был обнаружен гипервирулентный сиквенс-тип ST-17. Однако признаков неонатальной инфекции у этих детей не было. Более половины всех клинических изолятов S. agalactiae имели пили генотипов PI-1 + PI-2a, PI-2a и PI-1 + PI-2b. Распределение типов пилей не изменилось за весь период наблюдения.

Заключение. Мониторинг генотипов капсульных полисахаридов и пилей СГВ необходим для разработки эффективных профилактических вакцин.

Введение. Генетическая структура глобальной популяции Bacillus anthracis характеризуется неравной распространённостью изолятов основных генетических линий A, B и C, причина которой не установлена. Актуально определение особенностей генов, кодирующих факторы, определяющие существование этого патогена на внутри- и внеорганизменной стадиях жизненного цикла, которые могут влиять на распространённость штаммов.

Цель работы — характеристика генов и белков герминации спор у штаммов B. anthracis разных генетических линий.

Материалы и методы. Изучены полногеномные последовательности 46 штаммов B. anthracis и штамма CI B. cereus biovar anthracis из базы данных GenBank NCBI. Анализ in silico проводили в программах «BLASTn», «MEGA X», «Tandem Repeat Finder».

Результаты. Количество однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), инделов и псевдогенов у штаммов B. anthracis линии B было больше в 2,7–25,6 раза, линии C — в 2,0–3,5 раза, а у штамма B. cereus biovar anthracis — в 20–2841 раз, чем у штаммов линии A. Значимые замены в генах, приводящие к изменению аминокислотного состава 10 белков рецепторов герминации, также значительно чаще встречались у штаммов B. anthracis линий B, С и штамма B. cereus biovar anthracis.

Идентифицированы неописанные VNTR в пределах гена gerHA с единицей повтора 78 и 117 п.н. и SNP в гене gerM, варьирующие между и внутри изолятов разных генетических линий. Показано, что 6 генов рецепторов герминации имеют редкие стартовые кодоны.

Заключение. Большее количество несинонимичных SNP в генах рецепторов герминации спор c изменением аминокислотного состава и, вероятно, функции белков у штаммов B. anthracis основных генетических линий B, С и B. cereus biovar anthracis, чем у штаммов линии A, может определять их ограниченные адаптационные возможности и быть одним из объяснений меньшей распространённости по сравнению с линией A. Различия в генах gerHA и gerM позволяют дифференцировать основные генетические линии B и C от A.

Введение. Иммуномодулирующие лекарственные препараты (ИЛП) обладают большим потенциалом для повышения неспецифической реактивности организма в комплексе мероприятий по экстренной профилактике (ЭП) особо опасных инфекций, в частности чумы. В качестве перспективных для исследования ИЛП отобраны препараты последнего поколения из групп высоко- и низкомолекулярных синтетических пептидов, тиопоэтиновых препаратов и цитокинов.

Цель работы — оценить протективную эффективность применения ИЛП разных групп в экспериментах по моделированию заражения высоковирулентным штаммом чумного микроба на 2 видах биомоделей.

Материалы и методы. ИЛП (рекомбинантный интерферон-γ (рИФН-γ), азоксимера бромид (ПО), синтетические иммуномодулирующие олигопептиды О1, О2, О3) вводили белым мышам и морским свинкам подкожно по схеме: за 3 дня — 1 день — 1 ч до заражения вирулентным тест-штаммом чумы Yersinia рestis 231(708) в дозах от 1 до 625 КОЕ. Дополнительно перед заражением у белых мышей исследовали влияние ИЛП на продукцию цитокинов ИФН-γ и интерлейкина-10.

Результаты и обсуждение. Изучение влияния ИЛП на выживаемость невакцинированных биомоделей позволило установить, что только рИФН-γ и ПО увеличивают на 20–50% выживаемость двух типов лабораторных животных и значимо повышают значение ЛД50. Однако все тестируемые ИЛП способствуют увеличению средней продолжительности жизни биомоделей не менее чем на 1 сут. После трёхкратного введения ИЛП белым мышам установлено увеличение спонтанной и митогениндуцированной продукции цитокинов только у белых мышей, получивших рИФН-γ и ПО, что коррелирует с показателями выживаемости животных.

Заключение. Полученные данные свидетельствуют об эффективности применения ИЛП, особенно рИФН-γ и ПО, при защите макроорганизма от заражения Y. pestis, что определяет перспективность исследований по дальнейшему совершенствованию схем ЭП чумы. Цитокин ИФН-γ может служить маркером протективной эффективности ИЛП.

Парвовирусная В19 инфекция (ПВИ) представляет собой одну из относительно новых проблем в инфектологии, данные по её распространённости в России стали появляться только в начале XXI столетия. В статье приведены результаты анализа исследований из доступных источников литературы, освещающих распространённость маркеров ПВИ на популяционном уровне среди разных социальных групп населения. Клинические проявления ПВИ разнообразны, что требует дифференциальной диагностики как с экзантемными инфекционными заболеваниями, так и с неинфекционной патологией. В связи с особенностью патогенеза диагностика ПВИ актуальна для разных социально значимых контингентов населения, прежде всего пациентов с экзантемными проявлениями различных заболеваний, лиц из числа доноров крови, беременных женщин и женщин, планирующих беременность. В отличие от большинства стран, в России отсутствует система выявления и учёта ПВИ в системе государственного санитарно-эпидемиологического надзора, что затрудняет проведение исследований на эту тему.

Проблема хронического пародонтита (ХП) активно обсуждается в связи с признанием того факта, что микробное поражение пародонта тесно связано с рядом системных заболеваний и, вероятно, играет важную роль в возникновении коморбидной патологии.

Цель метаанализа — характеристика состава поддесневого микробиома и определение особенностей формирования ассоциаций нового пародонтопатогена Filifactor alocis с другими пародонтопатогенными бактериями I и II порядка, а также комменсальными бактериями, колонизирующими данный биотоп.

В исследовании представлены данные обследования пациентов с обязательным использованием методов полимеразной цепной реакции и секвенированием генов 16S рРНК у 1529 здоровых лиц и 2394 пациентов с ХП, 136 человек с ассоциацией ХП и атеросклероза, 258 человек с ассоциацией ХП и сахарного диабета 2-го типа. Подтверждено, что основу орального микробиома в норме составляют представители микроаэрофильных стрептококков, коринебактерий, лактобацилл, а также представителей родов Veillonella и Sphingobacterium. Проведённое 16S-секвенирование и биоинформационный анализ позволили конкретизировать таксономическое место нового возбудителя F. alocis, а также представителей нормобиоты при ХП и коморбидной соматической патологии.