Том 100, № 5 (2023)

Введение. Вирус ветряной оспы (VZV) — возбудитель одноимённого заболевания и опоясывающего лишая, филогенетически подразделяется на 8 клад, для распространения которых характерна географическая привязка к тем или иным регионам мира. Для большинства стран установлены циркулирующие на их территориях клады VZV, однако для России аналогичная информация практически отсутствует.

Цель исследования — разработка эффективной методики типирования VZV с использованием технологий высокопроизводительного секвенирования для выявления распространённости различных клад VZV в Москве, Московской области и Ставропольском крае.

Материалы и методы. Для генотипирования VZV достаточно задействовать 7 нуклеотидных позиций, по уникальным сочетаниям которых возможно отнести вирус к одной из клад. Короткие участки нуклеотидных последовательностей открытых рамок считывания получали при помощи разработанного набора праймеров.

Результаты. Разработана и оптимизирована методика генотипирования VZV. При помощи данной методики получены первичные данные о распределении клад VZV в исследуемых регионах. Таким образом, было установлено, что в Москве и ряде других регионов распространены преимущественно 1, 3 и 5-я клады VZV.

Заключение. Разработанная методика, включающая праймерную панель и алгоритм генотипирования, позволяет произвести типирование VZV в короткие сроки при снижении затрат на пробоподготовку и одновременном увеличении количества образцов в одном цикле секвенирования. Результаты, полученные с использованием данного протокола, позволяют сделать предположение о том, что в Москве, Московской области и Ставропольском крае наибольшую представленность имеют клады 1, 3 и 5 VZV. Для подтверждения данной гипотезы требуется включить в последующие исследования большее количество клинических образцов, в том числе из других регионов страны.

Введение. Нетифоидные сальмонеллы вносят значительный вклад в заболеваемость кишечными инфекциями и характеризуются возрастанием доли штаммов, резистентных к антимикробным препаратам (АМП), в том числе к современным препаратам выбора (цефалоспорины III и фторхинолоны).

Цель работы — оценка фенотипической резистентности сальмонелл к различным классам АМП и определение связи между фенотипической резистентностью, серотипом, источником изоляции и характером заболеваемости.

Материалы и методы. Исследованы 752 неповторяющихся штамма сальмонелл из 2494 штаммов, выделенных из различных источников (клинический материал, пищевые продукты, окружающая среда), поступивших из 59 регионов России в период с 2019 по 2022 г. Фенотипическая резистентность к 22 антибиотикам из 11 CLSI-классов АМП оценена методом серийных разведений в бульоне (минимальная подавляющая концентрация). Проведено сравнение разнообразия профилей резистентности серотипов сальмонелл с использованием индекса Шеннона.

Результаты. Доминирующее положение по частоте изоляции занимают серотипы Salmonella Еnteritidis, S. Infantis, S. Muenchen, S. Typhimurium, S. Bovismorbificans, на которые приходилось 64,4% исследованных штаммов. Устойчивость по меньшей мере к одному из тестируемых антибиотиков проявляли 543 (72,2%) штамма, множественной лекарственной устойчивостью характеризовались 193 (25,7%) штамма. Резистентность к классам АМП характеризовалась следующим распределением: хинолоны (61,3%), тетрациклины (28,1%), пенициллины (19,1%), β-лактамные комбинированные препараты (18,6%), антагонисты фолатного пути (16,5%), фениколы (10,1%), аминогликозиды (5,6%), цефемы (4,7%), монобактамы (4,4%), липопептиды (3,9%). Резистентных штаммов к пенемам не выявлено. Показаны особенности резистентности сальмонелл по классам АМП в зависимости от источников выделения, серотипа сальмонелл и характера заболеваемости (групповая и спорадическая).

Выводы. Мониторинг фенотипической антибиотикорезистентности является важным инструментом эпидемиологического надзора в целях профилактики распространения резистентности бактерий к АМП.

Введение. Ареал обитания комаров родов Aedes spp., Culex spp., Culiseta spp. распространяется на Южную и Центральную Америку, включая Никарагуа. Мониторинг за распространением комаров-переносчиков и оценка их инфицированности арбовирусами могут предоставить информацию о возможности появления новых или увеличении случаев уже регистрируемых заболеваний, изменении инфекционности вирусов для человека при смене переносчика возбудителя.

Целью настоящей работы были выделение и идентификация арбовирусов, принадлежащих к родам Flavivirus и Alphavirus, из комаров видов A. albopictus, A. aegypti, Culiseta spp., Culex spp., отловленных в лесах Никарагуа.

Материалы и методы. Комары A. albopictus, A. aegypti, Culiseta spp., Culex spp. были отловлены в 2021 г. в сухой сезон в лесной зоне в Никарагуа в четырех разных локациях. Комаров объединяли в пулы по 5–8 особей (всего 236 пулов). Методом полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией пулы анализировали на наличие вирусов Чикунгунья (ВЧ), денге, Зика и жёлтой лихорадки. Положительные пулы инокулировали в культуру клеток С6/36 с целью получения изолятов и их дальнейшего секвенирования.

Результаты. Вирус денге был выявлен только в комарах Aedes spp.: в 7 пулах — A. aegypti, в 1 — A. albopictus. ВЧ также был выявлен только в комарах Aedes spp.: в 3 пулах — A. aegypti, в 1 — A. albopictus. Секвенирование нуклеотидных последовательностей генов 6К, Е1, Е2 и NS1 ВЧ, выделенного из комаров A. albopictus, показало, что по сравнению с аналогичными последовательностями генов из изолятов ВЧ, выделенных из комаров A. aegypti, в области гена белка 6К обнаружено 4 нуклеотидных и столько же аминокислотных замен, в области Е1 — 16 нуклеотидных замен, 10 из которых приводили к аминокислотным заменам, в области Е2 — 14 нуклеотидных и 11 аминокислотных замен, в области NS1 — 33 нуклеотидные и 19 аминокислотных замен.

Введение. Респираторные вирусы (РВ) циркулируют повсеместно и круглогодично. Долговременный мониторинг распространения возбудителей респираторных инфекций необходим для анализа соответствия диагностических систем современным вирусным изолятам, оценки рисков инфицирования и необходимости разработки и применения вакцин, а также для исследования взаимозависимости репродукции РВ при смешанных инфекциях.

Цель работы — исследование возбудителей острых респираторных вирусных инфекций (ОРВИ) в Москве в 2011–2022 гг. с помощью обратной транскрипции с последующей полимеразной цепной реакцией с гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов в реальном времени (ОТ-ПЦР-РВ).

Материалы и методы. Мазки носоглотки 3908 пациентов с ОРВИ исследованы с помощью ОТ-ПЦР-РВ.

Результаты. Мониторинг распространения РВ в Москве показал циклические изменения частот с тремя доминирующими видами: вирусом гриппа А (до 31,3%), респираторно-синцитиальным вирусом (до 24,8%) и риновирусами человека (до 21,3%) в 2011–2020 гг., которые соответствовали данным из других регионов России и мировым тенденциям, и высокие частоты встречаемости SARS-CoV-2 (31,7%) в 2022 г. Рост доли неидентифицированных клинических образцов от 1,2 до 28,5% в 2022 г. свидетельствует о неполном соответствии диагностических систем современным изолятам РВ или о появлении новых видов или штаммов возбудителей. Зарегистрированы однонаправленные изменения динамики для 5 из 9 изучаемых РВ с коэффициентами корреляции 0,43–0,79. Высокие частоты смешанных ОРВИ (до 33,4%) наряду с неидентифицированными образцами не позволяют точно оценить риски инфицирования различными РВ в Москве, однако доказывают необходимость профилактики инфекционных заболеваний наиболее распространёнными РВ.

Заключение. Анализ динамики частот распространения РВ в Москве показал сохранение доминирующих видов: вируса гриппа А, респираторно-синцитиального вируса и риновирусов человека. В период вакцинации против COVID-19 увеличилась доля сезонных коронавирусов.

Введение. Вариабельность генома генетических вариантов возбудителя холеры El Tor обусловила появление штаммов, несущих мутации в различных генах патогенности и лекарственной устойчивости. Такая ситуация требует оценки направления этих измененений для прогнозирования патогенного потенциала ранее неизвестных вариантов и своевременной разработки новых средств диагностики и профилактики.

Цель работы — анализ динамики изменения генов патогенности и лекарственной устойчивости генетических вариантов Vibrio choleraе El Tor из эндемичных по холере стран и России.

Материалы и методы. Использовали секвенированные нуклеотидные последовательности полных геномов 104 штаммов V. cholerae El Tor, взятых из баз данных NCBI GenBank и European Nucleotide Archive, а также полногеномные сиквенсы, полученные нами. Анализ нуклеотидных последовательностей выполняли с помощью программы UGEN v.45.1. Для построения дендрограммы по алгоритму максимальной экономии применяли программный пакет «BioNumerics v. 7.6» на основе множественного выравнивания, полученного с помощью программы «Snippy 4.6.0».

Результаты. Cопоставлены секвенированные геномы 103 штаммов геновариантов, выделенных на территории 9 эндемичных стран Азии и Африки, а также в России в 1991–2022 гг. Показано, что процесс изменения генома геновариантов был многоступенчатым и происходил за счет последовательного накопления точечных мутаций в ключевых (ctxB и tcpA) и дополнительных (rtxA) генах патогенности и коровых генах резистентности к антибиотикам (gyrA, parC и carR), а также делецией в мобильном элементе SXT. Наиболее важным стало изменение в гене ctxB и появление новых геновариантов с аллелем ctxB7, вытеснивших ранее сформированные штаммы. Анализ измененных участков генома 83 штаммов геновариантов из эндемичных регионов выявил 8 генотипов, тогда как штаммы (21 изолят), завезённые в Россию, относились лишь к 5 генотипам, включая высоковирулентные геноварианты с аллелем ctxB7 и утраченным биоварспецифическим свойством Pol^R за счёт мутации гена carR. Установленная тесная филогенетическая связь геновариантов, выявленных в России, со штаммами из эндемичных стран Азии подтверждает их завоз из этого региона.

Заключение. Показано последовательное возникновение и накопление новых мутаций в генах патогенности и лекарственной устойчивости в геноме геновариантов в эндемичных регионах, что приводит к изменению их эпидемически важных свойств. Установлен завоз в Россию новых геновариантов с высокой вирулентностью, что указывает на необходимость постоянной оценки изменений генома этого патогена для своевременной разработки адекватных средств генодиагностики и профилактики.

Введение. Вирус Эпштейна–Барр (ВЭБ) относится к числу самых распространённых герпесвирусов и обладает выраженным генетическим полиморфизмом. Изучение филодинамических характеристик вируса является важным аспектом исследования эволюционных изменений гена LMP-1 и их последствий.

Цель — филодинамический анализ нижегородских изолятов ВЭБ на основе C-концевого фрагмента гена LMP-1.

Материалы и методы. В исследование были включены 158 изолятов ВЭБ, полученных из лейкоцитов крови и слюны детей 1–17 лет с диагнозом «инфекционный мононуклеоз, вызванный ВЭБ» (n = 68) и условно здоровых детей сопоставимого пола и возраста (n = 29). Геноварианты LMP-1 были получены с помощью метода секвенирования по Сэнгеру. Сравнительный анализ аминокислотных последовательностей проводили в программе «MEGA X», филодинамический анализ полученных нуклеотидных последовательностей и изолятов, депонированных в GenBank, — в пакете программ «BEAST v. 1.10.4», рекомбинационный анализ — в программе «Simplot».

Результаты. Получены и депонированы в базу данных GenBank 158 нуклеотидных последовательностей С-концевого фрагмента гена LMP-1 нижегородских изолятов ВЭБ. Установлено время циркуляции ближайшего общего предка для модифицированных геновариантов B95-8 с мутациями G212S + E328Q + S366T и NC с заменой D250N, датируемое 1994 и 1923 гг. Скорость эволюции данных геновариантов была наиболее высокой и составила 1,298 × 10^–4 и 7,868 × 10^–4 нуклеотидных замен/сайт/год. Выявлены рекомбинации в нижегородских последовательностях Med–, B95-8, China 1 с мутациями G212S, G212S, Е214Q соответственно.

Заключение. Впервые дана филодинамическая характеристика нижегородских изолятов и геновариантов LMP-1 ВЭБ, изолированных в разных регионах мира. Полученные данные расширяют существующие представления о циркуляции геновариантов LMP-1 ВЭБ на территории европейской части России.

Введение. Stenotrophomonas maltophilia является условно-патогенным микроорганизмом, обладающим природной устойчивостью к широкому спектру антибиотиков. Бактерия ассоциирована с рядом серьёзных заболеваний и вносит значимый вклад в патогенез полимикробных инфекций. S. maltophilia обладает широким набором факторов вирулентности, информация о которых к настоящему времени представлена в виде разрозненных и необобщённых данных.

Цели и задачи: критически проанализировать и обобщить актуальные данные, затрагивающие молекулярно-генетические аспекты вирулентности S. maltophilia, для более глубокого понимания патогенеза инфекций, связанных с этим возбудителем.

Материалы и методы. Выполнен анализ информации из 80 современных литературных источников, посвящённых изучению вирулентных свойств S. maltophilia на молекулярно-генетическом уровне. Анализ сфокусирован на механизмах продукции факторов вирулентности и определяющих их генетических детерминантах.

Результаты. Проанализированы и обобщены молекулярные механизмы вирулентности, детерминирующие вызванный S. maltophilia инфекционный процесс, включая адгезивную функцию поверхностных структур бактериальной клетки (липополисахариды, пили/фимбрии, флагеллы), продукцию внеклеточных энзимов, способность формировать биоплёнки на абиотических поверхностях и на тканях макроорганизма, фукционирование эффлюкс-помп, секрецию во внешнюю среду малых молекул системой межклеточного обмена информацией Quorum Sensing, а также влияние метаболизма железа на вирулентные свойства S. maltophilia.

Заключение. Адаптационные механизмы, позволяющие S. maltophilia приспосабливаться к новым нишам обитания, выживать в организме человека и неблагоприятных условиях окружающей среды, изучены недостаточно. Аналитический обзор, обобщающий актуальные сведения о молекулярно-генетических аспектах вирулентности S. maltophilia, будет интересен клиническим специалистам и исследователям, изучающим фундаментальные механизмы вирулентности.