Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии

Введение. Благодаря рутинному тестированию лекарственной устойчивости (ЛУ) ВИЧ-1 накапливается значимое количество нуклеотидных последовательностей (НП) вируса и эпидемиологических данных о ВИЧ-инфицированных лицах, что вместе с активным внедрением в практику биоинформатических методов позволяет использовать их для изучения особенностей распространения резистентных вариантов ВИЧ-1 с помощью анализа молекулярных кластеров.

Цель исследования — апробация анализа молекулярных кластеров на территории пилотного региона России с использованием значимого количества НП для изучения особенностей распространения резистентных вариантов ВИЧ-1.

Материалы и методы. Получены НП ВИЧ-1 от 899 ВИЧ-инфицированных пациентов, состоявших на диспансерном учёте в Орловском центре СПИД в 2016–2021 гг. Определены генетические варианты ВИЧ-1 с помощью базы данных Стенфордского университета, REGA и HIV BLAST. Выявлены мутации резистентности и определена прогностическая ЛУ ВИЧ-1 с использованием базы данных Стенфордского университета. Проведён филогенетический анализ в программе «MEGA». Выявлены молекулярные кластеры ВИЧ-1 с помощью программного обеспечения «Cluster Picker».

Результаты. На территории пилотного региона доминировал суб-субтип А6 (85,7%), отмечено увеличение доли CRF63_02A6. Резистентность ВИЧ-1 была обнаружена у 13,6% пациентов без опыта антиретровирусной терапии (АРТ) и у 52,0% с опытом АРТ. Молекулярные кластеры чаще образовывали НП ВИЧ-1 от пациентов без опыта АРТ. ЛУ-варианты ВИЧ-1 реже попадали в молекулярные кластеры. Источниками передаваемых мутаций чаще являлись пациенты с опытом АРТ. Наиболее активно и эффективно передавались мутации K103N, V179E/T, Y181C, G190S, ассоциированные с устойчивостью вируса к эфавирензу и невирапину.

Заключение. Применение анализа молекулярных кластеров, предоставляющего информацию об особенностях распространения резистентных вариантов ВИЧ-1, может быть рекомендовано к использованию в России с целью разработки стратегий профилактики предотвращения передачи ЛУ-вариантов вируса и повышения эффективности лечения.

Введение. Лихорадка Ку является наиболее изученным зоонозом, широко распространённым практически на всей территории Африки, исключая территорию Сахары. Однако сведения о заболеваемости коксиеллезом и циркуляции Coxiella burnetii на этом континенте являются ограниченными и неоднородными.

В Гвинейской Республике в 1980–1990 гг. на базе Советско-Гвинейской научно-исследовательской вирусологической и микробиологической лаборатории проводились исследования по изучению распространения возбудителя лихорадки Ку, получены данные об иммунной прослойке населения и выявлены специфические антитела в сыворотках крови сельскохозяйственных животных. В последующие годы исследования были приостановлены.

Цель работы — получение современных данных о распространении C. burnetii на территории всех ландшафтно-географических зон Гвинейской Республики.

Материалы и методы. Исследования проводили в лаборатории Российско-Гвинейского центра эпидемиологии и профилактики инфекционных болезней (Киндия, Гвинейская Республика), для чего были получены 332 сыворотки крови лихорадящих больных и 3156 сывороток крови практически здоровых людей, 1074 образца крови сельскохозяйственных животных, 1648 суспензий клещей, 319 экземпляров мелких млекопитающих и 298 — рукокрылых. Исследование проводили методами иммуноферментного анализа и полимеразной цепной реакции, отдельные образцы подвергали углублённому генетическому анализу.

Результаты и обсуждение. Проведено изучение распространения C. burnetii на территории всех ландшафтно-географических зон Гвинейской Республики. Впервые выявлен и подтверждён лабораторными методами случай заболевания человека лихорадкой Ку. Установлена роль сельскохозяйственных животных, мелких млекопитающих и рукокрылых в циркуляции возбудителя. Показано, что основными переносчиками на территории Гвинеи являются иксодовые клещи видов Amblyomma variegatum, Hyalomma truncatum и Rhipicephalus decoloratus. При проведении молекулярно-генетических исследований выявлены штаммы C. burnetii, несущие плазмиду QpH1, способные вызывать заболевания людей и животных. Определены полные нуклеотидные последовательности 16S рРНК возбудителя лихорадки Ку, обнаруженного на территории Гвинеи, которые в последующем зарегистрированы в базе данных GenBank (OQ152497–OQ152500).

Заключение. С учётом полученных сведений о распространении возбудителя лихорадки Ку актуальной задачей остается продолжение изучения особенностей циркуляции C. burnetii на территории Гвинеи. Регулярный мониторинг и оценка факторов риска возникновения заболеваний, вызываемых коксиеллами, позволят разработать алгоритм лабораторной диагностики и рекомендации для врачей.

Введение. Кемеровская область — Кузбасс характеризуется распространённостью туберкулёза (ТБ) с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ), в том числе сочетанного с ВИЧ-инфекцией (ВИЧ/ТБ). Обнаружена высокая частота МЛУ среди штаммов Beijing, в том числе субтипа Central Asian Outbreak (САО), что актуализирует исследования возбудителя с учётом этого резистентного варианта. Цель исследования: изучить молекулярно-генетическую структуру популяции Mycobacterium tuberculosis, оценить распространённость и возможные пути появления штаммов Beijing САО в Кемеровской области — Кузбассе.

Материалы и методы. Изучено 325 штаммов M. tuberculosis, выявленых за 2018–2022 гг., методами сполиготипирования, MIRU-VNTR 24 и SNP-типирования. Для 7 штаммов Beijing САО проведены полногеномное секвенирование и биоинформатический анализ.

Результаты. Первичная МЛУ и преширокая лекарственная устойчивость (пре-ШЛУ) обнаружены у 39,4 и 11,5% штаммов соответственно. В общей выборке МЛУ составила 43,4%, пре-ШЛУ — 19,7%. В структуре популяции M. tuberculosis преобладал генотип Beijing (78,8%), его субтипы Central Asian Russian (40,9%) и B0/W148 (32,6%). Евро-американская линия (27,3%) представлена генотипами T (6,5%), LAM (5,8%), Ural (4,9%), H (0,9%); обнаружен 1 штамм CAS1-Delhi; 2,8% штаммов не идентифицированы. Доля Beijing САО составляла 12,6% общей выборки, данный субтип значимо чаще обнаруживали среди ВИЧ/ТБ (20,6%), чем у ВИЧ-негативных больных ТБ (9,1%; р = 0,005). Результаты анализа геномов Beijing САО из Кемеровской области свидетельствуют об отсутствии цепи передачи между этими случаями ТБ. Выдвинута гипотеза о заносе Beijing САО из Центральной Азии и его эндемичной циркуляции в Кемеровской области.

Заключение. В популяции M. tuberculosis выявлен высокий уровень МЛУ и пре-ШЛУ у штаммов Beijing, в особенности субтипов B0/W148 (97,2%) и САО (87,5%). Штаммы Beijing САО, выявленные преимущественно у впервые выявленных больных ВИЧ/ТБ, требуют дальнейшего наблюдения и контроля их распространения.

Введение. В борьбе с заболеваниями применяются аттенуированные и инактивированные вакцины. Инактивированные вакцины весьма разнообразны и включают цельноклеточные и бесклеточные вакцины, содержащие белковые целевые антигены, или нуклеиновые кислоты, кодирующие целевые антигены. Считается, что иммунитет, индуцируемый инактивированными вакцинами, не долгосрочен. Весьма проблематична разработка вакцин против вирусов, интегрирующихся в геном клеток хозяина, а также против персистирующих вирусов, проникающих в центральную нервную систему (ЦНС), что характерно для вируса иммунодефицита человека типа 1 (ВИЧ-1).

Цель работы: оценить возможность образования на основе самореплицирующихся РНК (срРНК), продуцирующих целевые антигены лентивируса на платформе альфавирусного репликона (вирус Синдбис или вирус венесуэльского энцефаломиелита лошадей), рекомбинантных вирусоподобных частиц (рекВПЧ) ВИЧ-1B и рекВПЧ ВИЧ-1В и вируса иммунодефицита обезьян (SHIV_89.6P), а также их способность инфицировать клетки глиобластомы и макрофаги человека.

Материалы и методы. Клетки почки новорождённого хомяка (BHK-21) трансфицировали срРНК с помощью электропорации; рекВПЧ в инфицированных клетках выявляли с помощью микроиммунофлуоресцентного анализа и электронной микроскопии и использовали для заражения клеток глиобластомы и макрофагов человека.

Результаты. На основе геномной РНК альфавируса созданы плазмиды, позволяющие получить срРНК, экспрессирующие в клетках продукты генов лентивирусов в количестве, достаточном для формирования зрелых рекВПЧ. В клетках BHK-21, трансфицированных срРНК, вирусспецифичные антигены выявляются только в цитоплазме клеток. Клетки глиобластомы (U87), содержащие рецептор СD4 и корецепторы ССR5 и CXR4, а также макрофаги человека дают инфекционное потомство рекВПЧ ВИЧ-1B и SHIV_89.6P при инфицировании супернатантом, полученным после трансфекции срРНК клеток BHK-21.

Заключение. Полученные результаты показывают возможность экспрессии структурных белков лентивируса в клетках глиобластомы (U87) и в макрофагах человека и могут быть использованы в дальнейшем для изучения презентации антигенов в нативной и функциональной конформации в соответствующих модельных системах для исследования возможности подавления инфекции ВИЧ в резервуарах вируса в ЦНС.

Цель работы — оценка эффективности новых базовых линий (БЛ) и порогов интенсивности (ПИ) эпидемий по заболеваемости и госпитализации с диагнозом «грипп» для уточнения сроков эпидемий и их распространения по территории России на фоне пандемии COVID-19 (с 2021 по 2024 г.).

Материалы и методы. В НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева проведено реформирование программного обеспечения с учётом необходимости решения поставленных задач в период пандемии COVID-19. В связи с изменениями в надзоре за гриппом в отношении постановки диагноза «грипп» и увеличением регистрации случаев заболеваний, были откорректированы БЛ и ПИ эпидемий по заболеваемости гриппом и частоте госпитализаций в наблюдаемом 61 городе и для каждого федерального округа (по всему населению и по возрастным группам) за 3 эпидемии на фоне пандемии COVID-19 (2021–2022, 2022–2023 и 2023–2024 гг.).

Результаты. Сравнение БЛ, рассчитанных за предыдущие 6 сезонов по заболеваемости и частоте госпитализаций, в основном клинически диагностированным гриппом, и новых БЛ заболеваемости и госпитализации, в основном лабораторно подтверждённым гриппом в период пандемии, показало незначительные изменения в показателях БЛ заболеваемости и госпитализаций, а ПИ эпидемий по этим показателям увеличились.

Заключение. На фоне пандемии COVID-19 в сезон 2020–2021 гг. эпидемии гриппа не было. В 2021–2022 гг. эпидемия гриппа A(H3N2) была низкой интенсивности по заболеваемости, частоте госпитализации и низкой летальности (2 случая). В 2022–2023 гг. эпидемия гриппа A(H1N1)pdm09 и В была средней интенсивности по заболеваемости с высокой частотой госпитализаций и летальностью (120 случаев). Эпидемия гриппа A(H3N2) и B в 2023–2024 гг. по интенсивности заболеваемости была очень высокого уровня, но средней по частоте госпитализаций и летальности (41 случай), а заболеваемость, по сравнению с предыдущей эпидемией, была больше (0,28 и 0,19% всего населения), в том числе лиц старше 15 лет (0,19 и 0,12%).

Актуальность. Дезинфицирующие вещества (ДВ) являются эффективными средствами неспецифической профилактики инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи. Нарушение режимов применения ДВ приводит к формированию устойчивости микроорганизмов к ним. Для целей мониторинга распространения клинически значимых микроорганизмов, устойчивых к ДВ, остаётся актуальной разработка методов их выявления, в том числе молекулярно-генетических.

Целью исследования была разработка мультиплексной полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (ПЦР-РВ) для выявления у грамположительных бактерий генов qacA/B и smr — детерминант устойчивости к ДВ из группы катионных поверхностно-активных веществ (КПАВ).

Материалы и методы. Поиск консервативных участков генов qacA, qacB и smr и разработку праймеров и зондов проводили с помощью программ BLASTN, GeneRunner и Multiple Primer Analyzer. Для оценки аналитической чувствительности мультиплексной ПЦР-РВ были сконструированы плазмиды pTZ57-qacA/B, pTZ57-smr и pTZ57-16S, содержащие фрагменты генов qacA/B, smr и 16S рРНК длиной 197, 127 и 287 п. н. соответственно. Апробацию метода проводили с использованием клинических изолятов грамположительных бактерий (n = 30).

Результаты. Разработана мультиплексная ПЦР-РВ с использованием зондов TaqMan для выявления генов qacA/B и smr у грамположительных бактерий. В качестве внутреннего контроля амплификации был использован ген 16S рРНК. Чувствительность мультиплексной ПЦР-РВ составила 10³ копий для всех генов. Апробация мультиплексной ПЦР-РВ показала, что гены qacA/B присутствовали у 30% исследованных изолятов, smr — у 10%. Воспроизводимость результатов тестирования составила 100%. Специфичность разработанной мультиплексной ПЦР-РВ составила 100%.

Заключение. Разработанная мультиплексная ПЦР-РВ характеризуется высокой специфичностью и быстротой анализа, а также наличием внутреннего контроля амплификации и может быть использована для выявления грамположительных бактерий, потенциально устойчивых к ДВ из группы КПАВ, при проведении молекулярно-генетических исследований.

Цель обзора — дать описание существующих лабораторных методов для определения чувствительности бактерий к комбинации антибиотиков и бактериофагов.

Бактериофаги до сих пор рассматриваются некоторыми исследователями как альтернатива антибиотикам. Но всё чаще встречаются научные работы, в которых их совместное действие описывается в виде синергизма. Механизмы этого явления до конца не изучены, однако доказано, что в синергию с антибиотиками могут вступать не только вирулентные, но и умеренные фаги, позволяя снизить минимальную подавляющую концентрацию антибиотика в несколько раз. Поскольку синергию эмпирически пока предсказать невозможно, в микробиологических лабораториях используют различные методы in vitro, большинство из которых являются трудоёмкими. Актуальна разработка новой методики, которая может быть внедрена в ежедневную практику микробиологических лабораторий.