Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии

Введение. Кампилобактерии входят в число ведущих возбудителей острых кишечных инфекций. Тяжесть кампилобактериоза и формирование отдалённых осложнений могут быть обусловлены генотипом возбудителя, биологические свойства которого оказывают влияние на параметры иммунного ответа.

Целью исследования явились обнаружение наиболее распространённых генотипов эпидемических клонов возбудителей кампилобактериоза и оценка характера иммунного ответа и тяжести заболевания.

Материалы и методы. В исследование включены 203 пациента в возрасте от 1 мес до 17 лет c кампилобактериозом, проходивших лечение в 2019–2021 гг. в клинике ДНКЦИБ ФМБА. Подтверждение диагноза осуществляли методом полимеразной цепной реакции. Пробы пациентов также исследовали культуральным методом. Тотальную ДНК выделяли с использованием набoра «QIAamp DNA Mini Kit». Поиск генетических детерминант, кодирующих факторы вирулентности, и MLST-типирование проводили в программе «ResFinder». Иммунный статус пациентов изучали на 1-й и 7-й дни заболевания. Иммунологическое исследование включало oпределение кoнцентрaции сывoрoтoчных иммунoглoбулинoв клaссoв A, М, G, С-реактивного белка, интерлейкинов-1β, -1, -2, -4, -5, -6, -7, -8, -10, фактора некроза опухоли-α и интерферона-γ.

Результаты. При анализе распространённости сиквенс-типов кампилобактерий, выявленных у детей с клиникой кишечной инфекции, установлено, что наиболее схожим является профиль выделяемых изолятов в странах Северной Америки (США и Канада), Северной Европы (Великобритании, Голландия) и Скандинавии (Дания, Швеция, Финляндия). Выявление возбудителя с генотипом flgE⁺, cdtА⁺, cdtC⁺ сопровождалось статистически значимым повышением уровня интерлейкина-8, понижением содержания IgA в сыворотке периферической крови, что отражало низкую эффективность иммунного ответа при инфицировании кампилобактериями и предопределяло тяжёлое течение инфекционного процесса при заболевании.

Заключение. Учитывая высокую значимость кампилобактериоза и наличие связи между генотипом возбудителя и особенностями иммунного реагирования, целесообразно дальнейшее изучение генотипового состава циркулирующих возбудителей для оценки риска развития тяжёлых форм заболевания и формирования отдалённых осложнений заболевания.

Введение. Фторхинолоны остаются ключевыми противотуберкулёзными препаратами 2-го ряда.

Цель исследования — молекулярная характеристика фторхинолон-устойчивых штаммов Mycobacterium tuberculosis от впервые выявленных больных туберкулёзом на северо-западе России.

Материалы и методы. Ретроспективная коллекция исследования включала изоляты M. tuberculosis, выделенные в 2015–2019 гг. от ранее не леченных больных туберкулёзом, проживающих в различных областях северо-запада России. Чувствительность к противотуберкулёзным препаратам (в том числе к фторхинолону офлоксацину) определяли с применением BACTEC MGIT960 или метода абсолютных концентраций. Мутации в гене gyrA как маркере устойчивости к фторхинолонам выявляли методом ПЦР в реальном времени. Принадлежность к генотипу Beijing и его субтипам устанавливали методами ПЦР и ПЦР в реальном времени. Штаммы других генотипов (не-Beijing) сполиготипировали.

Результаты и обсуждение. Фенотипическая устойчивость к офлоксацину установлена у 6,7% (40/599) штаммов и у 17,4% (40/230) штаммов с множественной лекарственной устойчивостью. К генотипу Beijing принадлежали 34 (85%) из 40 устойчивых к офлоксацину штаммов, 18 (45%) штаммов были отнесены к российскому эпидемическому субтипу Beijing B0/W148-кластер и 12 (30%) — к Beijing Central Asian/Russian. Остальные 6 офлоксацин-устойчивых штаммов принадлежали к евро-американской филогенетической линии. Мутации в gyrA обнаружены у 97,5% (39/40) штаммов, наиболее часто — в кодоне 94 (69,2%; 27/39). Замена Asp94Gly была выявлена в 57,5% (23/40) офлоксацин-устойчивых штаммов и доминировала среди штаммов как Beijing (19/34), так и не-Beijing (4/6). Второй по частоте была замена Ala90Val (25%; 10/40). Более половины офлоксацин-устойчивых штаммов Beijing B0/W148 (10/18) и Central Asian/Russian (7/12) несли мутацию Asp94Gly.

Заключение. На северо-западе России в 2016–2019 гг. первичная резистентность M. tuberculosis к фторхинолонам составляла 6,7% в общей популяции возбудителя туберкулёза и 17,4% у штаммов с множественной лекарственной устойчивостью и была обусловлена преимущественно мутациями gyrA Asp94Gly и Ala90Val. Наибольшая доля фторхинолон-резистентных штаммов M. tuberculosis была у генотипа Beijing B0/W148.

Введение. Bacillus anthracis — возбудитель особо опасного зооноза сибирской язвы — отличается высокой генетической однородностью, что вызывает необходимость совершенствования методов генотипирования.

Целями исследования были поиск, описание VNTR- и INDEL-локусов B. anthracis и разработка на их основе методики генотипирования посредством полимеразной цепной реакции (ПЦР) с электрофоретической детекцией результатов.

Материалы и методы. Поиск VNTR- и INDEL-маркеров и филогенетический анализ выполняли на выборке из 388 геномов штаммов B. anthracis: 322 из GenBank (RefSeq) и 66 — из коллекции Ставропольского противочумного института. Филогенетический анализ проводили на основе SNP корового выравнивания с помощью программы «Parsnp». Поиск маркеров осуществляли с использованием программы «Mauve» и авторских скриптов на языке Python. ПЦР выполняли с помощью набора «ScreenMix-HS».

Результаты. Найдены геномные вариации штаммов B. anthracis (SNP — 25 664, SNR — 14 387, VNTR — 693, INDEL — 14 667), биоинформатический анализ которых позволил выявить 9 новых VNTR и 6 INDEL молекулярных маркеров, наиболее подходящих для генотипирования. Описаны генетические (аллельные) варианты маркеров. Для найденных маркеров подобраны праймеры и разработан протокол ПЦР c детекцией методом электрофореза в агарозном геле. В результате кластеризации при типировании с использованием VNTR-маркеров штаммы разделялись на 9 кластеров: A.Br.Ames, A.Br.001/002, A.Br.Aust94, A.Br.005/006, A.Br.008/009 (Tsiankovskii), A.Br.008/009 (STI), A.Br.008/009 (A.Br.125), A.Br.008/009 (штамм 228/269), B.Br.001/002. При типировании с применением INDEL-маркеров штаммы разделялись на 6 кластеров: A.Br.Ames, A.Br.001/002, A.Br.Aust94, A.Br.008/009 (Tsiankovskii), B.Br.001/002(B.Br.014), а также кластер, включающий представителей нескольких генетических групп: A.Br.008/009 (STI), A.Br.008/009 (A.Br.125), A.Br.005/006 и B.Br.001/002.

Заключение. Использование разработанной методики идентификации вариабельных VNTR- и INDEL-локусов позволяет достоверно определять филогенетическое положение штаммов B. anthracis и перспективно для применения в процессе эпидемиологического расследования вспышек сибирской язвы.

Введение. Вакцинация могла бы стать наиболее эффективным способом контроля геморрагической лихорадки с почечным синдромом (ГЛПС), которая занимает ведущее место среди зоонозов и одно из первых мест среди природно-очаговых заболеваний человека. В связи с этим актуальны разработка эффективного вакцинного препарата, а также поиск новых нетоксичных и эффективных адъювантов, которые могут способствовать усилению и пролонгированию иммунного ответа, снижению концентрации антигена и уменьшению кратности введения препаратов.

Цель исследования — определить зависимость иммуногенной активности экспериментального хантавирусного препарата на основе вируса Пуумала (ХП) от дозы антигена как в нативном виде, так и в сочетании с углеводными адъювантами.

Материалы и методы. Исследован иммуноадъювантный эффект Ac3-ЛПС Shigella sonnei и S. flexneri 1B и эмульсии наноэмульгированного сквалена Sepivac SWE (SWE) в составе ХП в оптимальной и минимальной дозах по индукции нейтрализующих антител после 3-кратной иммунизации (0, 14, 182-й день) морских свинок (Cavia porcellus). Различия в иммуногенной активности ХП оценивали в реакции нейтрализации по 50% подавлению фокусобразующих единиц в культуре клеток Vero E6.

Результаты. Статистически значимое повышение уровня нейтрализующих антител отмечали уже после 1 иммунизации как для ХП в оптимальной дозе, так и для его комбинации с адъювантами. Наиболее выраженный иммуноадъювантный эффект проявили Ac3-ЛПС S. sonnei и SWE, в концентрации 50 и 100 мкг/дозу соответственно. Иммуноадъювантный эффект, обусловленный комбинацией ХП с Ac3-ЛПС S. sonnei и SWE, способствовал как усилению иммунного ответа, так и его продолжительности. Уменьшение дозы антигена в 10 раз в присутствии SWE позволяет оптимизировать иммунный ответ для вакцинного препарата.

Вывод. Результаты исследования показали перспективность использования Ac3-ЛПС S. sonnei и Sepivac SWE в вакцине для профилактики ГЛПС.

Прекращение вакцинации после завершения «Программы глобальной ликвидации натуральной оспы» привело к резкому снижению уровня коллективного иммунитета не только к натуральной оспе, но и к другим ортопоксвирусным (ОПВ) инфекциям. За последние 10–15 лет в мире произошло увеличение частоты заболеваний, вызванных вирусами оспы коров, оспы буйволов, оспы верблюдов. В 2022–2023 гг. произошла вспышка mpox (заболевание, вызываемое вирусом оспы обезьян). Анализ данных литературы об организации генома ОПВ позволяет предположить, что возбудитель натуральной оспы мог в прошлом возникать в результате эволюционных изменений зоонозного вируса-прародителя. В связи с этим существует угроза возникновения нового особо опасного антропозооноза, возбудитель которого может возникнуть как естественным, так и искусственным путём.

Целью обзора является анализ опубликованных в открытых научных источниках данных об аэробиологических исследованиях с ОПВ, проводимых Министерством обороны США в 1994–2013 гг. — в период ограничения научных исследований и хранения образцов вирусов оспы. Публикации результатов аэробиологических исследований с ортопоксвирусами, проводимых Минобороны США после 2013 г., в открытых научных источниках авторами не найдены.

Результаты аэробиологических исследований с ОПВ свидетельствуют о заинтересованности военного ведомства США в проведении экспериментальных работ двойного назначения, включают мониторинг за свойствами ОПВ и возможное изменение их патогенности для человека, выбор оптимальных лабораторных моделей для изучения свойств ОПВ и возможности моделирования свойств вируса натуральной оспы при использовании других ОПВ (вирусы оспы коров, оспы кроликов, оспы обезьян), моделирование основных характеристик заболевания, вызываемого вирусом натуральной оспы, у человека и оценка эффективности имеющихся и вновь разрабатываемых вакцин против натуральной оспы, сравнительное изучение эффективности противовирусных лекарственных средств для профилактики или экстренной профилактики натуральной оспы и оспы обезьян.