Том 99, № 4 (2022)

Введение. С момента регистрации первых случаев COVID-19 вследствие высокой миграционной активности населения новая коронавирусная инфекция получила пандемическое распространение по всему миру, включая Россию.

Цель работы — установить особенности распространения новой коронавирусной инфекции на территории Ростовской области.

Материалы и методы. На основании анонимизированных данных Управления Роспотребнадзора по Ростовской области проведен анализ 81 случая завоза новой коронавирусной инфекции лицами, прибывшими в Ростовскую область из-за рубежа или других субъектов РФ. Изучена динамика распространения COVID-19 по административным территориям Ростовской области. В работе использованы данные результатов полногеномного секвенирования (n = 155), проведённого на базе Ростовского-на-Дону противочумного института.

Результаты. В период с 21.03.2020 по 28.03.2020 в Ростовской области зарегистрированы завозные случаи как из-за рубежа, так и из других субъектов РФ, преимущественно на территории Ростовской городской агломерации. Вектор распространения болезни направлен от административного центра области к периферии. Появление новой генетической линии В.617.2 (Delta), вероятно, привело к значительному росту заболеваемости на территории Ростовской области.

Выводы. Распространению новой коронавирусной инфекции в Ростовской области способствовала реализация одного из основных социальных факторов эпидемиологического риска — миграция населения, что привело к завозу инфекции в административный центр субъекта — Ростов-на-Дону. С учётом ряда особенностей Ростовской области, наибольшая доля заболевших COVID-19 зафиксирована в Ростовской городской агломерации. На фоне доминирования геноварианта Delta на территории Ростовской области отмечалась тенденция к росту числа заболевших.

Цель: определение in vitro мишеней для факторов антагонизма клебсиелл и энтерококков у грибов Candida albicans, выделенных из кишечного микробиома ВИЧ-инфицированных пациентов.

Материалы и методы. В экспериментах использованы 38 штаммов грибов Candida albicans, 28 штаммов Klebsiella pneumoniae и 30 штаммов Enterococcus faecalis, изолированных из кишечного микробиома 89 ВИЧ-инфицированных детей. Средний возраст пациентов составил 24 ± 2 мес, мальчиков было 49 (55%), девочек — 40 (45%). Микроорганизмы выделяли из кишечного биотопа с использованием селективных питательных сред HiChrome Candida Agar, HiChrome Klebsiella Selective Agar Base, Энтерококкагар; проводили видовую идентификацию. В модельных экспериментах изучена антикаталазная активность экзометаболитов E. faecalis и влияние K. pneumoniae на морфологическую трансформацию грибов C. albicans.

Результаты. Клебсиеллы на 58,7% снижают интенсивность образования ростовых трубок у C. albicans (p < 0,01). При совместном культивировании 12,3% дрожжевых клеток дают ростовые трубки, тогда как в монокультуре грибов обнаружили 29,8% трансформированных клеток. Установлено, что экзометаболиты 65,7% штаммов E. faecalis снижают продукцию каталазы у C. albicans. Исходный уровень каталазы у интактных культур C. albicans в среднем составляет 1,02 мкмоль/мин оптической плотности, после обработки экзометаболитами E. faecalis снижается до 0,55 мкмоль/мин, т.е. на 46,1% (p < 0,05).

Выводы. K. pneumoniae и E. faecalis проявляют антагонизм к C. albicans c разной степенью выраженности. Мишенями для факторов антагонизма факультативной микробиоты у C. albicans являются морфологическая трансформация и продукция каталазы.

Введение. Klebsiella pneumoniae в микробиоте человека может быть представлена как комменсальными, так и высокопатогенными штаммами, например, с гипермукоидным фенотипом. Данный фенотип характеризуется определёнными генетическими детерминантами, позволяющими выявить патогенный потенциал изолятов молекулярно-генетическим методом ПЦР.

Цели и задачи: сравнить патогенный потенциал изолятов K. pneumoniae, полученных от «практически» здоровых лиц, пациентов с воспалительными заболеваниями кишечника (ВЗК), и штаммов, выделенных из биологического материала с внекишечными инфекциями (ВКИ), посредством детекции генов, связанных с вирулентностью.

Материалы и методы. Исследование проводили с применением набора олигонуклеотидов для мультиплексного анализа — 8 генов, предположительно ассоциированных с вирулентностью, с функцией захвата железа (ybtS, kfu, iutA), адгезии и инвазии (mrkD), гипермукоидного фенотипа и вирулентных штаммов (mrkD, magA, rmpA, k2) и метаболизма аллантоина — продукта расщепления пуринов и мочевой кислоты (allS). Анализу подвергли 69 изолятов, выделенных из микробиоты кишечника пациентов с ВЗК, 68 изолятов из кишечной микробиоты «практически» здоровых людей и 25 мультирезистентных изолятов, выделенных из крови, мочи, операционных ран, бронхоальвеолярного лаважа пациентов с ВКИ.

Результаты. Установлено, что 4 из 8 исследованных генов были ассоциированы с различными болезненными состояниями, диагностируемыми у пациентов. Ген сидерофора ybtS достоверно чаще встречался у изолятов, выделенных как у больных с ВЗК (р = 0,024), так и с мультирезистентными ВКИ (p < 0,001). У изолятов ВЗК также достоверно чаще представлен ген гипермукоидного фенотипа rmpA (р = 0,038). У мультирезистентных внекишечных изолятов наиболее достоверно представлены адгезин mrkD (р ≤ 0,001) и allS (р = 0,032).

Заключение. Изоляты K. pneumoniae от пациентов с ВКИ имели наибольший патогенный потенциал, а изоляты из кала «практически» здоровых лиц — наименьший. Наиболее часто встречающиеся гены вирулентности связаны с адгезией и гипермукоидным фенотипом.

Введение. Литературные и наши собственные данные показывают, что в частотных профилях (ЧП) герпесвирусных ДНК тетрануклеотиды CTAG и, в меньшей степени, TCGA выделяются среди других полных, билатерально симметричных тетрануклеотидов заметно более низкими значениями концентраций.

Цель работы — сравнительный анализ ЧП тетрануклеотидов CTAG и TCGA в вирусных ДНК.

Материалы и методы. Проанализированы ЧП и другие особенности указанных двух тетрамеров в ДНК не менее одного вида вирусов каждого рода (или субсемейства, если оно не классифицировано по родам) в соответствии с ограничениями по размеру (не ниже 100 000 пар оснований) — всего свыше 200 видов вирусов. Для анализа использованы инструменты GenBank.

Результаты. Описаны две группы формальных особенностей тетрамеров TCGA и CTAG. Одна из них относится к результатам анализа ЧП этих тетрануклеотидов в вирусных ДНК и показывает, что в ДНК с GC:AT > 2 имеют место определённые симметрии ЧП nCGn при частом нарушении таких симметрий в ЧП nTAn из-за недопредставленности CTAG. Другая группа особенностей этих тетрамеров демонстрирует различия их ЧП в полных ДНК вирусов и в их геномах (кодирующей части, которая у некоторых исследованных вирусов достигает 80%, делая анализ их ДНК более убедительным, нежели анализ ДНК клеточных форм жизни) и указывает на возможную роль этих тетрамеров в происхождении универсального генетического кода.

 Обсуждение. Предполагается, что генетический код первоначально формировался на основе некоторого преобладания C+G в «до-кодовых» ДНК-полимерах с последующей эволюцией стартовых форм кода до конечной фиксированной структуры, в которой тетрамеры TCGA и CTAG занимают центральное место, отражая исходные этапы этой эволюции. Симметрии ЧП nCGn, характерные для «полной» ДНК герпесвирусов рода Simplex, исчезают в цепи вторых кодонных букв генома этих вирусов, косвенно указывая на отличия их функций от функций других букв и подчёркивая целесообразность представления генетического кода в формате каллиграммы, в которой вторая строка не симметрична.

Введение. В 2017–2020 гг. в России впервые за много лет от больных отитами были выделены штаммы Vibrio cholerae nonO1/nonO139 (НАГ-вибрионов).

Цель работы — биоинформационный анализ полных геномов (WGSs) и отдельных генов штаммов НАГ-вибрионов — возбудителей отитов, выделенных в России.

Материалы и методы. Анализ WGSs 8 клинических изолятов НАГ-вибрионов, полученных на платформе «MiSeq Illumina», проводили с использованием программ «BioEdit», «BLASTN», «BLASTP», «Vector NTI»; антибиотикоустойчивость определяли согласно МУК 4.2.2495-09.

Результаты. Штаммы различались по содержанию SNP, наборам детерминант факторов патогенности/ персистенции и их аллелям. Все были лишены профагов CTX, preCTX, RS1, острова патогенности VPI, гена термостабильного токсина, мобильных элементов, связанных с антибиотикорезистентностью, острова пандемичности VSP-I; 2 штамма содержали остров VSP-II. В разных сочетаниях выявлены гены ряда протеаз, cholix-токсина, кластер системы секреции 3-го типа (T3SS), дополнительные кластеры T6SS. Продукты изменённых генов сохраняли либо утрачивали характерные активные домены. В цитотоксине MARTX 6 штаммов отсутствовал ключевой домен ACD, у 4 выявлен новый домен rtxA-like. Кластеры генов биоплёнкообразования варьировали по стуктуре. Присутствие генов антибиотикорезистентности не всегда коррелировало с антибиотикограммами. Все штаммы были чувствительны к большинству антибиотиков, но некоторые проявляли резистентность к 1–4 препаратам.

Выводы. Все изученные штаммы — возбудители отитов, несмотря на выявленные различия, обладают достаточными наборами детерминант, ответственных за реализацию патогенетического и персистентного потенциала. В связи с несовпадением генотипических и фенотипических показателей антибиотикорезистентности при выборе препаратов для этиотропной терапии НАГ-инфекций следует полагаться в основном на фенотип. Выявление на территории России больных отитами, вызванными НАГ-вибрионами, указывает на целесообразность включения тестов на их присутствие в схему бактериологического анализа при внекишечных инфекциях и в случаях их выделения — оперативного определения чувствительности к антибиотикам.