Features of the spread of a new coronavirus infection in the territory of municipalities of the Rostov region

Evgeniya G. Soboleva; Соболева Евгения Григорьевна; Evgenij V. Kovalev; Ковалев Евгений Владимирович; Sergej S. Slis’; Слись Сергей Сергеевич; Natalia L. Pichurina; Пичурина Наталья Львовна; Anna A. Kononenko; Кононенко Анна Александровна; Elena N. Sokirkina; Сокиркина Елена Николаевна; Alexey K. Noskov; Носков Алексей Кимович

doi:10.36233/0372-9311-195

Features of the spread of a new coronavirus infection in the territory of municipalities of the Rostov region

Authors: Soboleva E.G.¹, Kovalev E.V.², Slis’ S.S.², Pichurina N.L.¹, Kononenko A.A.¹, Sokirkina E.N.¹, Noskov A.K.¹
Affiliations:
1. Rostov-on-Don Research Anti-Plague Institute
2. Department of the Federal Service for Supervision of Consumer Protection and Human Welfare in the Rostov Region
Issue: Vol 99, No 4 (2022)
Pages: 410-419
Section: ORIGINAL RESEARCHES
URL: https://microbiol.crie.ru/jour/article/view/1309
DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-195
ID: 1309

Cite item

Full Text

Abstract
Full Text
About the authors
References
Supplementary files
Statistics

Abstract

Introduction. Since the registration of the first cases of COVID-19 in the PRC, due to the high migration activity of the population, the new coronavirus infection has spread throughout the world, including the Russian Federation.

Aim. To establish the features of the spread of a new coronavirus infection in the Rostov Region. Materials and methods.The analysis of 81 cases of the importation of a new coronavirus infection by persons who arrived in the Rostov Region from abroad or other regions of the Russian Federation was carried out based on the data of the Rostov Region office of the Federal Service for Supervision of Consumer Protection and Human Welfare. The dynamics of the spread of COVID-19 in the administrative territories of the Rostov Region has been analyzed. The data of viral genome-wide sequencing (n = 155) carried out in the Rostov-on-Don Research Anti-Plague Institute were used in this study.

Results. In the period from 03/21/2020 to 03/28/2020, cases imported both from abroad and from other regions of the Russian Federation were registered in the Rostov Region, , mainly on the territory of the Rostov urban agglomeration. The vector of the spread of the disease was directed from the administrative center of the region to the periphery. The emergence of a new genetic line B.617.2 (Delta) probably led to a significant increase in the incidence in the Rostov Region.

Conclusions. The spread of a new coronavirus infection in the Rostov Region was facilitated by the one of the main social factors of epidemiological risk, the population migration, which led to the importation of the infection to the administrative center of the subject, Rostov-on-Don city. Taking into account peculiarities of the Rostov region, the largest proportion of COVID-19 cases was recorded in the Rostov urban agglomeration. Against the background of the dominance of the “Delta” variant of the virus on the territory of the Rostov region, there was a tendency towards an increase in the number of cases.

Keywords

new coronavirus infection, COVID-19, importation, spread, morbidity, Rostov region

Full Text

ВВЕДЕНИЕ

С момента регистрации первых больных COVID-19 стало очевидным, что вследствие высокой частоты перемещения заболевших, находящихся в инкубационном периоде, новая коронавирусная инфекция получила пандемическое распространение. Миграция играет важную роль в развитии эпидемического процесса COVID-19. Высокие темпы распространения пандемии способствовали практически моментальной остановке гражданских перевозок. Однако многие страны организовывали специальные авиарейсы для возвращения граждан, находившихся за рубежом в момент закрытия границ, что впоследствии привело к завозу инфекции на территории, где ранее COVID-19 не регистрировали [1].

Первые завозы SARS-CoV-2 на территорию России осуществлены гражданами Китайской Народной Республики, прибывшими в Забайкальский край и Тюменскую область. В марте 2020 г. зарегистрирован первый в стране случай заболевания, не связанный с завозом из других территорий¹. Непосредственно в Ростовскую область (РО) COVID-19 был завезён 21.03.2020 из Королевства Таиланд. РО находится на 5-м месте в России по числу заболевших. На 04.08.2021 в области зарегистрировано 111 386 подтверждённых случаев COVID-19².

Распространение возбудителя COVID-19 осуществляется аэрозольным механизмом передачи с преимущественно воздушно-капельным, а также контактным путём. Риск реализации путей распространения SARS-CoV-2 повышается в условиях несоблюдения требований санитарно-противоэпидемического режима и правил эпидемиологической безопасности³.

Увеличению интенсивности заболеваемости и скорости распространения COVID-19, кроме прочих факторов, способствуют генетические мутации возбудителя. Данные о геноварианте SARS-CoV-2 VOC 202012/01 (линия B.1.1.7, или Alfa) представлены в декабре 2020 г. властями Великобритании и Северной Ирландии во Всемирную организацию здравоохранения. Новая линия B.1.1.7 превзошла существовавшую популяцию циркулирующих вариантов и стремительно распространилась по территории государства и за его пределы⁴. Новый мутировавший геновариант коронавируса обладает повышенной способностью передаваться от человека к человеку и обусловливает более тяжёлое течение болезни [2][3]. Кроме того, в октябре 2020 г. в Индии впервые выявлен геновариант B.617.2. SARS-CoV-2 (Delta) [4][5]. Указанный геновариант вызвал резкое увеличение числа случаев заболевания в этой стране и в настоящее время доминирует по всему миру⁵.

Цель работы — установить особенности распространения COVID-19 на территории РО.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

На основании анонимизированных данныхУправления Роспотребнадзора по РО проведён анализ 81 случая завоза COVID-19 лицами, прибывшими в РО из-за рубежа или из других субъектов РФ.Изучена динамика COVID-19 поадминистративным территориям РО. В работе использованы данные результатов полногеномногосеквенирования (n = 155), осуществлённого на базеРостовского-на-Дону противочумного института.Статистическая данных проведена общепринятым методом.

РЕЗУЛЬТАТЫ

При рассмотрении распространения COVID-19по муниципальным образованиям РО с моментарегистрации первого больного, установлено, что с21.03.2020 по 28.03.2020 зарегистрированы 4 завозных случая в Ростов-на-Дону и 1 — Азов. Завозыосуществлены из стран Азии (Королевство Таиланд — 2, Объединённые Арабские Эмираты — 1) иЕвропы (Швейцарская Конфедерация и Франция —по 1 случаю) (рис. 1, а).

Завозы из-за рубежа выявлены с 29.03.2020 по04.04.2020 — 1 случай из Королевства Таиланд вСемикаракорский район РО. Двое больных прибыли из других субъектов РФ в Аксайский и Кашарский районы области. Тогда же зарегистрированыпервые случаи местной передачи инфекции в г. Ростов-на-Дону (рис. 1, б).

В период с 05.04.2020 по 11.04.2020 отмечено 7 завозных случаев из-за пределов РФ в Ростов-на-Дону (4 случая) и Мартыновский районРО (3 случая) из Королевства Таиланд и Франции;10 завозов из других территорий РФ в Донецк, Зверево, Батайск, Новочеркасск, Матвеево-Курганский, Аксайский, Цимлянский и Октябрьский районы из Москвы и Московской области (7 случаев), а также из Калужской, Нижегородской областей и Республики Башкортостан (по 1 случаю соответственно). Кроме того, в этот период зарегистрированы 23 случая местного заражения (рис. 1, в).

Рис. 1. Завозные и местные случаи COVID-19 в РО в периоды: 21.03.2020–28.03.2020 (а), 29.03.2020–04.04.2020 (б), 05.04.2020–11.04.2020 (в), 12.04.2020–18.04.2020 (г).

За неделю с 12.04.2020 по 18.04.2020 территориальный охват заболеваемости значительно увеличился. Необходимо отметить, что в указанный недельный период в РО превалировали местные случаи инфицирования (136 случаев). При этом наибольший удельный вес больных зарегистрирован в Ростове-на-Дону и прилегающих к нему муниципальных образованиях, составляющих Ростовскую городскую агломерацию [6] — 98 (72,1%) больных. Завозы COVID-19 в основном осуществлялись из других субъектов РФ — 35 (89,7%) случаев, преимущественно из Москвы и Московской области, а также из Санкт-Петербурга, Республики Крым (Ялта) и Калужской области. Кроме того, зарегистрировано по 1 случаю завоза COVID-19 в Ростов-на-Дону из КНР, Грузии, Великобритании и Германии.

В связи с высокими темпами распространения COVID-19 в период с 13.04.2021 по 18.04.2021 отмечалось нивелирование значения завозных случаев в распространении новой коронавирусной инфекции на территории РО (рис. 2).

Рис. 2. Число завозных и местных случаев новой коронавирусной инфекции в РО.

Изучение динамики числа заболевших в РО позволило установить, что в период с 09.01.2021 по 15.01.2021 зарегистрировано 2747 больных (65,4 ± 1,25 на 100 тыс. населения), что являлось максимальным значением на дату проведения данного исследования. Заболеваемость в данный период была обусловлена циркуляцией вируса SARSCoV-2, отнесённого к генетической линии B.1.1. Дифференциация территории РО по числу заболевших позволила выделить муниципальные образования с очень высоким (≥ 60 случаев COVID-19), высоким (40–59 случаев), средним (11–39 случаев) и низким (0–10 случаев) уровнями заболеваемости. В Ростовской городской агломерации к условной группе территорий с очень высоким уровнем заболеваемости отнесены города Шахты, Таганрог, Новошахтинск, Батайск, Ростов-на-Дону, высоким — Новочеркасск, Неклиновский и Азовский районы и средним — Азов. Среди не вошедших в Ростовскую городскую агломерацию муниципальные образования распределились по уровню заболеваемости следующим образом: очень высокий — Миллеровский район, высокий — города Волгодонск и Гуково, Чертковский, Верхнедонской, Куйбышевский, Белокалитвинский, Красносулинский, Сальский районы; средний — 28 районов, города Донецк и Каменск-Шахтинский, низкий — 6 районов и г. Зверево (рис. 3, а).

В период 20.05.2021–26.05.2021 отмечалось значительное снижение количества заболевших в ряде муниципальных районов области. Всего за этот период зарегистрировано 1356 больных (32,27 ± 0,88 на 100 тыс. населения), при этом 60,7% случаев заболевания людей приходилось на районы и города, отнесённые к Ростовской городской агломерации. В группу муниципальных образований с очень высоким числом больных вошёл Ростов-на-Дону, высоким — города Новочеркасск, Батайск, Таганрог, средним — города Шахты, Азов, Новошахтинск, Неклиновский, Мясниковский, Азовский, Аксайский районы и низким — Октябрьский, Матвеево-Курганский и Родионово-Несветайский районы (рис. 3, б).

Рис. 3. Число больных COVID-19 в муниципальных образованиях Ростовской области на период с максимальным числом больных — 09.01.2021–15.01.2021 (а) и на дату написания статьи — 20.05.2021–26.05.2021 (б).

Первый случай заболевания с идентификацией геноварианта Alfa в РО зафиксирован в г. Шахты05.03.2021 (дата заболевания 20.02.2021), геноварианта Delta — 28.05.2021 в г. Каменск-Шахтинский (дата заболевания 24.05.2021В результатебиоинформационного анализа данных проведённого полногеномного секвенирования возбудителя COVID-19 в Ростовской области установлено,что геновариант B.1.1.7 SARS-CoV-2 выделялся по 31.05.2021включительнотогда как геновариант B.617.2 был изолирован с24.05.2021–30.05.2021 до момента написания статьи (04.06.2021). В связи с более высокой контагиозностью геноварианта Delta по сравнению с Alfa,территории РО произошла смена доминирующего геноварианта.

Всего на 07.07.2021 с помощью метода полногеномного секвенирования исследовано 155 проб из 32 муниципальных образований РО, из них в 27 (17,4%) пробах возбудитель идентифицирован как геновариант B.1.1.7 (рис. 4, а), в 50 (32,3%) — как B.617.2 (рис. 4, б).

Рис. 4. Муниципальные районы РО с подтверждёнными случаями заражения геновариантами B.1.1.7 (а) и B.617.2. (б) COVID-19 в 2021 г.

ОБСУЖДЕНИЕ

Одним из основных факторов распространения инфекционных болезней, в том числе COVID-19, является миграция населения. Также немаловажное значение имеет рост доли городского населения [6].

Анализ данных о распространении COVID-19 в РО показал, что наибольшее число завозов как из-за рубежа, так и из других субъектов РФ зарегистрировано на территории Ростовской городской агломерации. Удельный вес завозов на территорию Ростовской городской агломерации составляет 59,2% 42 случая) (ошибка репрезентативности ± 11,4%), из них 50% — в Ростове-на-Дону. Из общего числа завозных случаев (21), зарегистрированных в административном центре области, 14 наблюдались среди прибывших из зарубежных стран. Количество завозов на другие территории агломерации из различных субъектов РФ (27 случаев) составило 38% от общего по РО. Указанное, вероятно, обусловлено наличием вблизи Ростова-на-Дону международного воздушного пункта пропуска через государственную границу РФ (аэропорт Платов), узловой железнодорожной станции Ростовского региона Северо-Кавказской железной дороги, а также трудовой миграцией на территории агломерации.

Доля завозов в муниципальные образования, не входящие в Ростовскую городскую агломерацию, — 40,8% (29 случаев; ошибка репрезентативности ± 11,3%), из них 37,9% (11 случаев) — в города области. За исследуемый период зарегистрировано 86,2% завозов (25 случаев) из других регионов РФ, что, предположительно, связано с прохождением натерритории области автомагистралей, в том числе Федеральной автомобильной дороги М4 «Дон», грузовых и пассажирских потоков на автомобильном и железнодорожном транспорте федерального и регионального значения, обусловливающих в указанной группе муниципальных образований интенсивную миграцию населения.

Аналогична ситуации, сложившейся в РО, обстановка в КНР. Масштабная и интенсивная миграция в канун Праздника весны («Чуньюнь») способствовала ускорению распространения болезни, о чём свидетельствует анализ данных пассажирских перевозок на транспорте [7].

При оценке эпидемических проявлений COVID-19 в первые 4 нед (2 инкубационных периода) установлено, что вектор распространения инфекции направлен от административного центра области к периферии (рис. 1), что, вероятно, обусловлено непрерывностью работы ряда организаций, в том числе промышленных предприятий, на территории Ростовской городской агломерации и других муниципальных образований области в период проведения ограничительных мероприятий ⁶ ⁷ и, соответственно, сохранения интенсивной маятниковой миграции населения. Однако распространение COVID-19 в кластере муниципальных образований области, не входящих в Ростовскую городскую агломерацию, менее выражено в связи с преобладанием сельскохозяйственного отраслевого направления деятельности населения [8].

Проведённый анализ территориального распространения COVID-19 в Омской области показал,что наибольшее количество заболевших пришлосьна столицу субъекта — Омск и близрасположенныерайоны [9]. Это схоже с картиной в РО.

В работе В.Г. Акимкина и соавт. рассмотренораспространение COVID-19 в 2020 г. в условиях мегаполиса [10]. Получены аналогичные выводы —сохранение непрерывности работы ряда организаций, обеспечивающих необходимый уровень жизнедеятельности города, привело к интенсификации эпидемического процесса.

В период 09.01.2021–15.01.2021 наибольший удельный вес больных (59,5%) пришёлся на Ростовскую городскую агломерацию. Муниципальные образования агломерации отнесены к условным группам территорий с очень высоким (≥ 60 человек), высоким (40–59) и средним (11–39) числом больных. Подобная ситуация, предположительно, обусловлена активным перемешиванием различных контингентов вследствие множественных и разнообразных контактов населения в новогодние праздники.

При рассмотрении заболеваемости в период 20.05.2021–26.05.2021 очевидно, что вектор распространения COVID-19 в РО изменил направление — от периферии к административному центру субъекта. Подобная картина, предположительно, обусловлена рядом особенностей субъекта. РО отличается существенной пространственной дифференциацией социально-экономического развития, включая территории экономической активности — Ростовскую городскую агломерацию с городом-миллионером, что приводит к трудовой маятниковой миграции из муниципальных районов, прилегающих к ядру Ростовской городской агломерации, и прочие типичные периферийные районы с преимущественно аграрным характером хозяйства, слабой транспортной доступностью и отсутствием на большей части территории городского населения [11]. Вышесказанное обусловливает большее количество контактов в организованных трудовых коллективах и общественном транспорте населения в Ростовской городской агломерации, что, соответственно, приводит к большему числу заболевших на указанных территориях.

Эпидемиологическая ситуация в РО имеет ряд особенностей. Так, число завозных случаев с 03.05.2021 по 30.05.2021 (2 инкубационных периода) превышает таковое на начало эпидемических проявлений на территории РО (таблица). В указанный период зарегистрировано 17 случаев завоза из стран, преимущественно туристических направлений. Вероятно, эта ситуация обусловлена возобновлением международных транспортных сообщений между Российской Федерацией и рядом зарубежных государств⁸с трудовой, туристической и образовательной⁹ ¹⁰ целями, а также с началом сезона отпусков.

Число завозных случаев на территорию Ростовской области в период 03.05.2021–30.05.2021

The number of imported cases into the territory of the Rostov Region in the period 03.05.2021–30.05.2021

Влияние на эпидемиологическую ситуацию, несомненно, оказывают геномные изменения возбудителя. Мутантный вариант SARS-CoV-2 Alfa, обладающий более высокой контагиозностью по сравнению с вариантом, идентифицированным в Ухане, привёл к увеличению скорости распространения вируса в популяции человека в ряде стран. Это коснулось и РО.

Сравнение полученных данных с результатами биоинформационного анализа полногеномного секвенирования в Москве и Московской области показало, что аналогичная ситуация наблюдалась и там, но в более ранние сроки. Указанное свидетельствует о том, что вектор распространения направлен от столицы к периферийным регионам [12].

На фоне указанных особенностей геноварианта Alfa сохранялась общая тенденция к снижению и стабилизации эпидемиологической ситуации в РО с темпом снижения заболеваемости –67,4% на 26.05.2021. Однако появление на территории РО варианта SARS-CoV-2 Delta и начало сезона отпусков привело к значительному росту заболеваемости с темпом прироста 28,2% в связи с выездами населения в курортных направлениях на территории России, а также в зарубежные страны (рис. 5).

Рис. 5. Заболеваемость COVID-19 в РО в 2020–2021 гг.1 — первый случай выделения от больного геноварианта B.1.1.7 COVID-19;2 — первый случай выделения от больного геноварианта B.617.2 COVID-19.

ВЫВОДЫ

Широкому территориальному распространению COVID-19 как заболевания с преимущественно лёгочным синдромом в РО способствовала реализация одного из основных социальных факторов эпидемиологического риска — миграции населения [13], что привело к завозу инфекции в административный центр РО — Ростов-на-Дону. В связи с расположением на территории субъекта пункта пропуска через государственную границу Российской Федерации — аэропорта Платов и прохождения Федеральной автомобильной дороги М4 «Дон» — наибольший удельный вес завозов как из-за рубежа, так и из других регионов РФ пришелся на территории Ростовской городской агломерации. В последующем вектор распространения инфекции был направлен от Ростовской городской агломерации к периферии области.

С учетом ряда особенностей РО, наибольшая доля заболевших COVID-19 зафиксирована в Ростовской городской агломерации. Введение ограничительных мероприятий на начальных этапах эпидемических проявлений COVID-19 в Российской Федерации и в РО в частности, закрытие границ с зарубежными государствами привело к увеличению числа завозных случаев из других субъектов России.

Число завозных случаев на 04.08.2021 превышает таковое на начало эпидемических проявлений на территории РО, что, вероятно, связано с возобновлением международных транспортных сообщений со странами преимущественно туристических направлений. На фоне выявления геноварианта Alfa на территории РО отмечалась тенденция к снижению и стабилизации эпидемиологической ситуации. Однако появление мутантного геноварианта Delta на территории РО привело к росту числа заболевших. В ответ на сложившуюся ситуацию на территории РО был введен ряд ограничительных мероприятий¹¹. На основании проведённого анализа можно сделать вывод, что при сохранении текущей ситуации и свойств вируса и при несоблюдении введённых ограничительных мероприятий наметившаяся тенденция может сохраниться, что осложнит эпидемиологическую ситуацию в РО.

1. Российская газета. Коронавирус. Хроника распространения. URL: https://rg.ru/2020/03/03/koronavirus-hronika-rasprostraneniia.html (дата обращения 11.05.2021).

2. Коронавирус-монитор. Статистика распространения коронавируса в Ростовской области. URL: https://coronavirusmonitor.info/country/russia/rostovskaya-oblast (дата обращения 11.05.2021).

3. Временные методические рекомендации «Профилактика, диагностика и лечение новой коронавирусной инфекции (COVID-19)». URL: https://xn--80aesfpebagmfblc0a.xn--p1ai/ai/doc/872/attach/Bmr_COVID-19_compressed.pdf (дата обращения 11.05.2021).

4. WHO. COVID-19 — United Kingdom of Great Britain and Northern Ireland; 2020. URL: https://www.who.int/emergencies/disease-outbreak-news/item/2020-DON304 (дата обращения 11.05.2021).

5. ВОЗ. Отслеживание вариантов вируса SARS-CoV-2; 2021. URL: https://www.who.int/ru/activities/tracking-SARS-CoV2-variants/tracking-SARS-CoV-2-variants (дата обращения 11.05.2021); Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. Дюжина вопросов о «дельта»-штамме; 2021. URL: https://www.rospotrebnadzor.ru/about/info/news/news_details.php?ELEMENT_ID=18610 (дата обращения 11.05.2021).

6. Постановление № 272 «О мерах по обеспечению санитарно-эпидемиологического благополучия населения на территории Ростовской области в связи с распространением новой коронавирусной инфекции (COVID-19)».

7. Указ Президента Российской Федерации от 02.04.2020 № 239 «О мерах по обеспечению санитарно-эпидемиологического благополучия населения на территории Российской Федерации в связи с распространением новой коронавирусной инфекции COVID-19».

8. Правительство РФ. Правительство возобновляет авиасообщение России с Германией, Венесуэлой, Сирией, Таджикистаном, Узбекистаном и Шри-Ланкой; 2021. URL: http://government.ru/news/41820

9. Распоряжение Правительства Российской Федерации от 16.03.2021 № 639-р.

10. Распоряжение Правительства Российской Федерации от 31.03.2021 № 814-р.

11. Постановление Правительства Ростовской области «О внесении изменений в постановление Правительства Ростовской области от 05.04.2020 № 272» от 03.08.2021 № 622.

About the authors