Том 101, № 4 (2024)

Введение. В ответ на пандемию COVID-19 в России были приняты комплексные меры реагирования. Одной из них стала разработка платформы агрегации вирусных геномов (VGARus) для мониторинга изменчивости вируса.

Цель работы — описать роль VGARus в отслеживании генетических изменений SARS-CoV-2.

Материалы и методы. Выравнивание вирусных геномов, последующую трансляцию в аминокислоты и поиск мутаций производили с помощью программы NextClade. С целью анализа геномной изменчивости подсчитывали число аминокислотных изменений относительно референсной последовательности.

Результаты. Анализ данных VGARus позволил идентифицировать новые варианты вируса, что способствовало улучшению диагностических тестов и может помочь в разработке вакцин. Платформа предоставила возможность прогнозировать эпидемиологические тенденции и оперативно реагировать на изменения эпидемиологической ситуации. Например, с использованием VGARus был точно предсказан рост заболеваемости COVID-19 летом 2022 г. и в начале 2023 г., связанный с появлением субвариантов Omicron BA.5 и XBB. Данные платформы помогают проверять эффективность праймеров и ДНК-зондов, что обеспечивает высокую точность диагностики и снижает риск ложноотрицательных результатов.

Заключение. VGARus демонстрирует растущую роль геномного эпиднадзора в борьбе с COVID-19 и повышение готовности к будущим вспышкам инфекционных заболеваний. Платформа является мощным инструментом для формирования научно обоснованных решений по борьбе с пандемией и смягчению её последствий для здоровья населения, экономики и общества. Она предоставляет возможность оперативно получать информацию об эпидемиологической обстановке в конкретном регионе России, использовать геномные данные для проведения филогенетического анализа, сравнивать мутационный спектр последовательностей SARS-CoV-2 с зарубежными образцами. Данные VGARus позволяют проводить ретроспективный анализ и выдвигать гипотезы прогностического характера. Так, явно можно увидеть динамику смены различных вариантов вируса: последовательности, принадлежащие линиям Alpha, Beta, Delta, Omicron и многим менее распространённым, отчётливо формируют подъёмы заболеваемости, которые отражаются на эпидемиологической ситуации. В данный момент платформа расширяется для мониторинга изменчивости других патогенов, что увеличивает её значимость для общественного здравоохранения.

Введение. Уропатогенные Escherichia coli (UPEC) являются доминирующими бактериальными патогенами при инфекциях мочевыводящих путей (ИМП). UPEC относятся к разным филогенетическим группам и обладают множеством факторов вирулентности, изучение которых в совокупности с оценкой их связи с клиническими формами ИМП необходимо для лучшего понимания патогенеза и разработки новых диагностических алгоритмов.

Цель исследования — молекулярно-генетическая характеристика UPEC, выделенных при бессимптомной бактериурии у беременных.

Материалы и методы. В исследование включены клинические изоляты E. coli (n = 70), выделенные у беременных с бессимптомной бактериурией (ББУ). Методом полимеразной цепной реакции определяли принадлежность к филогенетическим группам и 15 маркеров вирулентности — гены, ассоциированные с адгезией (fimH, papC, sfa, afa, focG), инвазией (ibeA), синтезом токсинов (cnf1, hlyA, sat, vat, usp), сидерофоров (fyuА, iroN, iuc), капсульного антигена (kpsМII). Для оценки статистической значимости различий средних величин применяли точный критерий Фишера. Статистически значимыми считали различия при 95% доверительном интервале (р < 0,05).

Результаты. Большинство изолятов UPEC, выделенных при ББУ, принадлежали к филогруппе В2 (51,4%) и характеризовались детекцией всех ассоциированных с UPEC факторов вирулентности, включённых в настоящее исследование; достоверно чаще были обнаружены гены, ассоциированные с адгезией (sfa, focG), синтезом токсинов (hlyA, cnf1, vat, usp) и капсул (kps), сидерофоры (fyuA, iroN, hlyA). Две и более детерминанты вирулентности выявлены у 93% изолятов.

Заключение. Определение ключевых детерминант вирулентности и/или комбинации генов вирулентности может быть прогностическим маркером для прогнозирования течения ИМП, особенно у беременных, и позволит расширить возможности диагностики с учётом вирулентных свойств уропатогена.

Цели исследования — генетический анализ Streptococcus pneumoniae серогрупп 15 и 11, циркулирующих в России, по параметрам: серотиповая принадлежность; клональный комплекс (СС); наличие детерминант резистентности и вирулентности; взаимосвязь с циркулирующими в мире генетическими линиями; наличие уникальных генов, значимых для проявления вирулентности; обоснование актуальных серотипов серогрупп 15 и 11 для включения в состав будущей конъюгированной вакцины.

Материалы и методы. В исследование включены полногеномные данные S. pneumoniae серогрупп 11 и 15.

Результаты. Российские геномы серогруппы 15 представлены в основном серотипами 15В и 15С, большинство относится к CC-1025, CC-1262. Для CC-1025 характерна более частая ассоциация с инвазивными заболеваниями. Представители СС-1025 и CC-1262 содержат уникальные для данных генетических линий, в пределах изучаемой популяции серогруппы 15, детерминанты вирулентности: транспортеры олигопептидов, фруктозоспецифичную фосфотрансферазную транспортную систему, уникальные варианты гидролаз, дополнительные транспортеры ионов железа, ген цинковой металлопротеазы ZmpC (активирующей матриксную металлопротеиназу 9 человека). Геномы серогруппы 11 представлены в основном серотипом 11А, большинство относится к СС-62 и СС-1012. К уникальным для СС-62 детерминантам вирулентности (в пределах изучаемой серогруппы 11) относятся бактериоцины, компоненты транспорта олигопептидов, флавинредуктазаподобный белок (адгезин, также защищает бактерии от окислительного стресса), оперон процессинга фукозы, PsaA (адгезин, также является компонентом АТФ-связывающего кассетного транспортера, импортирующего ионы марганца).

Выводы. В России среди невакцинных серогрупп распространены серогруппы 15 и 11. В геномах представителей этих серогрупп детерминант антимикробной резистентности не выявлено. Для каждой из распространённых в России генетических линий, ассоциированных с серогруппами 15 и 11, идентифицированы уникальные в пределах изучаемой серогруппы детерминанты вирулентности, которые могут способствовать успешности данных линий. В перспективные для России вакцины целесообразно включение серотипов 15B и 11A.

Введение. Фиксация на открытых поверхностях съёмных пластиночных протезов и мягких тканей ротовой полости бактерий в виде биоплёнки обеспечивает повышение вирулентности и резистентности микробного сообщества. Микроорганизмы, входящие в состав биоплёнки, зачастую находятся в симбиотических отношениях, что позволяет им увеличивать свой патогенный потенциал и вызывать развитие протезных стоматитов.

Цель исследования — оценка вклада симбиотических отношений бактерий ротовой полости в развитие воспалительных изменений слизистой оболочки рта при полном отсутствии зубов.

Материалы и методы. Сформированы две группы пациентов в возрасте 60–74 лет (82 мужчины и 49 женщин) с полным отсутствием зубов (К08.1), различающиеся по наличию клинических проявлений воспаления. Биологический материал, отобранный из ротовой полости пациентов, изучали с использованием культурального метода и полимеразной цепной реакции для выявления микроорганизмов полости рта. Для количественного выражения взаимодействия между членами микробиоценоза использовали коэффициент сходства Жаккара.

Результаты. У пациентов с полным отсутствием зубов в микробиоте протезного ложа доминировали коагулазоотрицательные и коагулазоположительные Staphylococcus spp., Neisseria spp., Candida spp., Fusobacterium spp. и представители порядка Enterobacterales. Установлены выраженные симбиотические связи между микроорганизмами порядка Enterobacterales, родов Lactobacillus, Neisseria и Corynebacterium, а также Streptococcus salivarius, C. albicans, F. nucleatum. При этом характер этих отношений зависел от наличия воспалительных изменений слизистой оболочки рта и, в свою очередь, влиял на развитие последних. Так, в отсутствие воспаления устойчивый синергизм проявляют Corynebacterium spp., Lactobacillus spp. и S. salivarius. В случае присоединения воспаления в ассоциации этих бактерий наблюдается внедрение F. nucleatum и вытеснение S. salivarius.

Заключение. Условно-патогенные микроорганизмы, формируя микробные ассоциации с разнонаправленными симбиотическими отношениями, могут увеличивать свою вирулентность, что, вероятно, позволяет им занимать свободные ниши в ротовой полости, а в последующем обеспечивать развитие патологического процесса воспалительного характера тканей протезного ложа.

Введение. Ключевым этапом агентного моделирования эпидемий, позволяющим исследователям учитывать индивидуальные особенности людей, является создание искусственной популяции. Основная сложность этой процедуры — поиск баланса между подробностью описания популяции и вычислительной эффективностью расчётов.

Цели и задачи обзора: критически проанализировать и обобщить актуальные данные о способах создания искусственных популяций; оценить ограничения и преимущества имеющихся подходов при решении различных задач в эпидемиологии.

Материалы и методы. Проведён анализ источников литературы, посвящённых агентному моделированию. Анализ сфокусирован на алгоритмах создания искусственной популяции с заданным уровнем детализации для моделирования респираторных инфекций человека.

Результаты. Обобщены подходы к созданию искусственных популяций. Выявлены основные принципы реализации взаимодействия между агентами: с помощью сетей контактов между агентами и на основе учёта перемещения агентов между локациями. Первый подход является наиболее эффективным для вычислений и простым; второй подход позволяет лучше учитывать изменение поведения агентов в ходе развития эпидемического процесса.

Заключение. Агентное моделирование — оптимальный инструмент при выборе наилучшего сценария проведения противоэпидемических мероприятий и исследовании роли индивидуальных особенностей людей в развитии эпидемий. При создании искусственной популяции важно включать в модель факторы, на которые может быть направлен контроль. Существенным ограничением является отсутствие фактологических данных о структуре популяции, однако его можно преодолеть за счёт привлечения косвенных данных.

Инфекция, вызванная Staphylococcus aureus, является самой распространённой, приводящей к развитию серьёзных осложнений у человека. S. aureus относится к высоколетальным патогенам при бактериемии со смертностью примерно 18% в благополучных странах и до 27% — в развивающихся.

Одним из самых поразительных и сложных аспектов клинических проявлений, вызванных S. aureus, считается способность бактерии вырабатывать устойчивость к антибиотикам. Своевременной необходимостью является разработка альтернативных способов лечения стафилококковой инфекции. Перспективным направлением следует рассматривать применение иммунотерапии и иммунопрофилактики для активации противоинфекционного иммунного ответа у пациентов.

Цель обзора — анализ основных тенденций в разработке вакцин, направленных на профилактику инфекций, вызываемых S. aureus, и факторов вирулентности S. aureus.

В обзоре рассмотрены проводимые в последние годы разработки лекарственных препаратов, направленные на профилактику и лечение инфекций, вызываемых S. aureus. Особое внимание уделяется факторам патогенности (капсула, поверхностные белки и ферменты), которые могут быть полезны для создания новых вакцин-кандидатов или иммунных терапевтических средств. За последние годы проведение многочисленных клинических исследований кандидатов-вакцин, созданных на основе различных антигенов, с учётом особо значимых факторов патогенности стафилококка, оказывающих влияние на заболеваемость, не увенчались успехом из-за их низкой эффективности или недостаточно обоснованной безопасности (развитие нежелательных явлений). Одним из важнейших факторов, сдерживающих разработку вакцины, является отсутствие успешной трансляции протективности вакцины, которая наблюдается в доклинических исследованиях на экспериментальных моделях, но не подтверждается в клинических исследованиях.

Таким образом, по мнению многочисленных исследователей, необходимо рассматривать использование в составе вакцин несколько антигенов, сосредоточив внимание на различных механизмах патогенности S. aureus, включая использование адъювантов.