SUBSPECIES DIFFERENTIATION OF YERSINIA PESTIS STRAINS BY PCR WITH HYBRIDIZATION-FLUORESCENT DETECTION

Cover Page


Cite item

Full Text

Abstract

Aim. Develop a method of differentiation of Y.pestis strains of different subspecies based on PCR with hybridization-fluorescent detection in real-time. Materials and methods. DNA target search for differentiation of subspecies of plague causative agent was carried out by Mauve 2.3.1, Mega 5.0 and BLAST algorithm based on comparison offull-genome sequences of Y.pestis strains. Primers and TaqMan probes were calculated for the DNA targets found, conditions of PCR with hybridization-fluorescent detection - optimized. Results. DNA targets carrying marker mutations for the caucasus, altai, gissar, ulegei subspecies, strains from Talass alpine plague reservoir were detected. The effectiveness of the DNA targets found and the developed approach of subspecies differentiation is confirmed on 101 Y.pestis strains of different subspecies, isolated from natural foci of Russia, near and far abroad. Conclusion. The developed approach based on PCR with real-time detection allows for a rapid and effective differentiation of Y.pestis strains of various subspecies.

About the authors

K. A. Nikiforov

Russian Research Institute for Plague Control «Microb»

Author for correspondence.
Russian Federation

E. G. Oglodin

Russian Research Institute for Plague Control «Microb»

Russian Federation

L. M. Kukleva

Russian Research Institute for Plague Control «Microb»

Russian Federation

G. A. Eroshenko

Russian Research Institute for Plague Control «Microb»

Russian Federation

V. G. Germanchuk

Russian Research Institute for Plague Control «Microb»

Russian Federation

Z. L. Devdanani

Russian Research Institute for Plague Control «Microb»

Russian Federation

V. V. Kutyrev

Russian Research Institute for Plague Control «Microb»

Russian Federation

References

  1. ЕгюшенкоГ.А., Одиноков Г.Н., Куклева Л.М., Павлова А.И., КрасновЯ.М., Шавина Н Ю., Гусева Н.П., Виноградова Н.А., Кутырев В.В. Стандартный алгоритм молекулярного типирования штаммов Yersinia pestis. Журн. микробиол. 2012, 3:25-35.
  2. Кчтырев В.В., Проценко О.А. Классификация и молекулярно-генетические исследования Yersinia pestis. Проблемы особо опасных инфекций. 1998, 1:11 -12.
  3. Лабораторная диагностика опасных инфекционных болезней. Практическое руководство. Под ред. Г.Г. Онищенко, В.В. Кутырева. М., Шико, 2013.
  4. Одиноков Г.Н., Никифоров К.А., Куклева Л.М., Краснов Я.М., Ерошенко Г.А., Кутырев В.В. Способ подвидовой дифференциации штаммов возбудителя чумы методом полимеразной цепной реакции. Патент РФ № 2552611. Бюл. № 16, 2015.
  5. Одиноков Г.Н., ПавловаА.И., АнисимоваЛ.В., Ерошенко ГА.,. Кутырев В.В. Способ дифференциации штаммов возбудителя чумы основного и неосновных подвидов и возбудителя псевдотуберкулеза методом полимеразной цепной реакции. Патент РФ № 2425891. Бюл. №16, 2011.
  6. Природные очаги чумы Кавказа, Прикаспия, Средней Азии и Сибири. Под ред. Г.Г.Онищенко, В.В.Кутырева. М., Медицина, 2004.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2017 Nikiforov K.A., Oglodin E.G., Kukleva L.M., Eroshenko G.A., Germanchuk V.G., Devdanani Z.L., Kutyrev V.V.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.