ПОДВИДОВАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ШТАММОВ YERSINIA PESTIS МЕТОДОМ ПЦР С ГИБРИДИЗАЦИОННО-ФЛУОРЕСЦЕНТНЫМ УЧЕТОМ РЕЗУЛЬТАТОВ

Обложка


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель. Разработка способа дифференциации штаммов Y.pestis разных подвидов на основе метода ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов в режиме реального времени. Материалы и методы. Поиск ДНК мишеней для дифференциации подвидов возбудителя чумы проводили с помощью программ Mauve 2.3.1, Mega 5.0 и апгоритма BLAST на основе сравнения полногеномных последовательностей секвенированных штаммов Y.pestis. На найденные ДНК мишени рассчитывали праймеры и зонды в формате TaqMan, оптимизировали условия проведения ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов. Результаты. Найдены ДНК мишени, несущие мутации, маркерные для штаммов кавказского, алтайского, гиссарского, улегейского подвидов, штаммов из Таласского высокогорного очага чумы. Эффективность найденных ДНК мишеней и разработанного способа подвидовой дифференциации подтверждена на 101 штамме Y.pestis разных подвидов, выделенных в природных очагах России, ближнего и дальнего зарубежья. Заключение. Разработанный способ на основе метода ПЦР с регистрацией результатов в режиме реального времени обеспечивает проведение быстрой и эффективной дифференциации штаммов Y.pestis разных подвидов.

Об авторах

К. А. Никифоров

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»

Автор, ответственный за переписку.
Email: noemail@neicon.ru
Россия

Е. Г. Оглодин

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Л. М. Куклева

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Г. А. Ерошенко

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»

Email: noemail@neicon.ru
Россия

В. Г. Германчук

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»

Email: noemail@neicon.ru
Россия

З. Л. Девдариани

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»

Email: noemail@neicon.ru
Россия

В. В. Кутырев

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб»

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Список литературы

  1. ЕгюшенкоГ.А., Одиноков Г.Н., Куклева Л.М., Павлова А.И., КрасновЯ.М., Шавина Н Ю., Гусева Н.П., Виноградова Н.А., Кутырев В.В. Стандартный алгоритм молекулярного типирования штаммов Yersinia pestis. Журн. микробиол. 2012, 3:25-35.
  2. Кчтырев В.В., Проценко О.А. Классификация и молекулярно-генетические исследования Yersinia pestis. Проблемы особо опасных инфекций. 1998, 1:11 -12.
  3. Лабораторная диагностика опасных инфекционных болезней. Практическое руководство. Под ред. Г.Г. Онищенко, В.В. Кутырева. М., Шико, 2013.
  4. Одиноков Г.Н., Никифоров К.А., Куклева Л.М., Краснов Я.М., Ерошенко Г.А., Кутырев В.В. Способ подвидовой дифференциации штаммов возбудителя чумы методом полимеразной цепной реакции. Патент РФ № 2552611. Бюл. № 16, 2015.
  5. Одиноков Г.Н., ПавловаА.И., АнисимоваЛ.В., Ерошенко ГА.,. Кутырев В.В. Способ дифференциации штаммов возбудителя чумы основного и неосновных подвидов и возбудителя псевдотуберкулеза методом полимеразной цепной реакции. Патент РФ № 2425891. Бюл. №16, 2011.
  6. Природные очаги чумы Кавказа, Прикаспия, Средней Азии и Сибири. Под ред. Г.Г.Онищенко, В.В.Кутырева. М., Медицина, 2004.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Никифоров К.А., Оглодин Е.Г., Куклева Л.М., Ерошенко Г.А., Германчук В.Г., Девдариани З.Л., Кутырев В.В., 2017

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах