GENOTYPING OF WEST NILE FEVER VIRUS STRAINS CIRCULATING IN SOUTHERN RUSSIA AS AN EPIDEMIOLOGICAL INVESTIGATION METHOD: PRINCIPLES AND RESULTS


Cite item

Full Text

Abstract

Aim. Characteristic of West Nile fever (WNF) virus strains circulating in southern Russia. Materials and methods. WNF RNA was amplified directly from clinical samples, mosquitoes and bird tissues by PCR, nucleotides were sequenced directly and analyzed comparatively. Results. Related but different genovariants of WNF lineage 1a — «Volgograd» and «Astrakhan» — circulated during WNF outbreaks of 1999 and 2000-2003 in Volgograd and Astrakhan regions. In 2005 «Volgograd» WNF variant emerged in Astrakhan region and along with «Astrakhan» variant caused a new morbidity increase. In 2004 in sera of 2 WNF patients from Rostov region WNF lineage 2 RNA was detected, this was the first WNF clinical case caused by WNF lineage 2 outside of Africa. WNF outbreak in Volgograd region in 2007 was caused by this unique WNF lineage that may preliminary be called russian. Finally, during a major WNF outbreak in 2010 in Volgograd and Rostov regions in clinical samples only russian genovariant WNF lineage 2 RNA was detected again. Conclusion. After emergence of a certain WNF genovariant the virus is capable of persisting in natural foci in southern Russia. A near disappearance of one of the WNF clones by substitution or displacement with another may be possible. Determination of genetic characteristics of WNF strains circulating in Russia is an important element of WNF epidemiological surveillance and control of this disease.

Full Text

ГЕНОТИПИРОВАНИЕ ШТАММОВ ВИРУСА ЛИХОРАДКИ ЗАПАДНОГО НИЛА, ЦИРКУЛИРУЮЩИХ НА ЮГЕ РОССИИ, КАК МЕТОД ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКОГО РАССЛЕДОВАНИЯ: ПРИНЦИПЫ И РЕЗУЛЬТАТЫ
×

About the authors

A. E Platonov

Central Research Institute of Epidemiology, Moscow, Russia

L. S Karan

Central Research Institute of Epidemiology, Moscow, Russia

T. A Shopenskaya

Central Research Institute of Epidemiology, Moscow, Russia

M. V Fedorova

Central Research Institute of Epidemiology, Moscow, Russia

N. M Kolyasnikova

Central Research Institute of Epidemiology, Moscow; Chumakov Research Institute of Poliomyelitis and Viral Encephalites, Moscow region, Russia

N. M Rusakova

Center of Hygiene and Epidemiology in Volgograd region, Russia

L. V Shishkina

Center of Hygiene and Epidemiology in Volgograd region, Russia

T. E Arshba

Regional Clinical Infectious Diseases Hospital, Astrakhan, Russia

V. I Zhuravlev

Central Research Institute of Epidemiology, Moscow; Astrakhan Station for Plague Control, Russia

M. V Govorukhina

Center of Hygiene and Epidemiology in Rostov region, Russia

A. A Valentseva

City Hosptial No. 1, Rostov-on-Don, Russia

G. A Shipulin

Central Research Institute of Epidemiology, Moscow

References

  1. Венгеров Ю.Я., Платонов А.Е. Лихорадка Западного Нила. В: Ющук Н.Д., Венгеров Ю.Я. (ред). Лекции по инфекционным болезням. М., Медицина, 2007.
  2. Венгеров Ю.Я., Фролочкина Т.И., Жуков А.Н. и др. Инфекция, вызываемая вирусом лихорадки Западного Нила, как клиническая и эпидемиологическая проблема. Эпидемиол. инфекц. бол. 2000; 4: 27-31.
  3. Карань Л.С., Булгакова Т.А., Федорова М.В. и др. Детекция и генотипирование вируса Западного Нила на материале Волгоградской (1999—2005 гг.) и Астраханской (2004—2005 гг.) областей. В: Арбовирусы и арбовирусные инфекции. М., Гриф и К, 2007, с. 73-78.
  4. Львов Д.К., Щелканов М.Ю., Джаркенов А.Ф. и др. Популяционные взаимодействия вируса Западного Нила (Flaviviridae, Flavivirus) и Волги (2001-2006 гг.). Вопр. вирусол. 2009, 54 (2): 36-43.
  5. Платонов А.Е., Карань Л.С., Венгеров Ю.Я., Галимзянов Х.М. Перспективы лечения «комариных» флавивирусных энцефалитов. Тер. архив. 2009, 11: 68-73.
  6. Терновой В.А., Протопопова Е.В., Кононова Ю.В. и др. Случаи лихорадки Западного Нила в Новосибирской области в 2004 г. и генотипирование вируса, вызвавшего заболевание. Вестн. рос. акад. мед. наук. 2007, 1: 21-26.
  7. Федорова М.В., Лопатина Ю.В., Безжонова О.В., Платонов А.Е. Комплекс кровососущих комаров (Diptera, Culicidae) в очаге лихорадки Западного Нила в Волгоградской области. Видовой состав, сезонный ход численности, распределение по биотопам. Мед. паразитол. 2007, 1: 41-46.
  8. Шопенская Т.А., Федорова М.В., Карань Л.С. и др. Новый вариант вируса Западного Нила и его потенциальное эпизоотическое и эпидемиологическое значение. Эпидемиол. инфекц. бол. 2008, 5: 38-44.
  9. Bakonyi T., Hubalek Z., Rudolf I., Nowotny N. Novel flavivirus or new lineage of West Nile virus, central Europe. Emerg. Infect. Dis. 2005, 11(2): 225-231.
  10. Bondre V.P., Jadi R.S., Mishra A.C. et al. West Nile virus isolates from India: evidence for a distinct genetic lineage. J. Gen. Virol. 2007, 88(3): 875-884.
  11. Botha E.M., Markotter W., Wolfaardt M. et al. Genetic determinants of virulence in patho- genic lineage 2 West Nile virus strains. Emerg. Infect. Dis. 2008, 14 (2): 222-230.
  12. Calistri P., Giovannini A., Hubalek Z. et al. Epidemiology of West Nile in Europe and in the mediterranean basin. Open Virol. J. 2010, 4: 29-37.
  13. Gubler D.J. The continuing spread of West Nile virus in the western hemisphere. Clin. Infect. Dis. 2007, 45(8): 1039-1046.
  14. Hayes E.B., Sejvar J.J., Zaki S.R. et al. Virology, pathology, and clinical manifestations of West Nile virus disease. Emerg. Infect. Dis. 2005, 11(8): 1174-1179.
  15. Lindsey N.P., Kuhn S., Campbell G.L., Hayes E.B. West Nile virus neuroinvasive disease incidence in the United States, 2002—2006. Vector Borne Zoonotic Dis. 2008, 8 (1): 35-40.
  16. Misra M., Schein C.H. Flavitrack: an annotated database of flavivirus sequences. Bioinformatics. 2007, 23: 2645-2647.
  17. Niedrig M., Linke S., Zeller H., Drosten C. First international proficiency study on West Nile virus molecular detection. Clin. Chem. 2006, 52(10): 1851-1854.
  18. Platonov A.E. West Nile encephalitis in Russia 1999-2001: were we ready? Are we ready? Ann. NY Acad. Sci. 2001, 951: 102-116.
  19. Platonov A.E., Shipulin G.A., Shipulina O.Y. et al. Outbreak of West Nile virus infection, Volgograd Region, Russia, 1999. Emerg. Infect. Dis. 2001, 7 (1): 128-132.
  20. Platonov A.E., Fedorova M.V., Karan L.S. et al. Epidemiology of West Nile infection in Volgograd, Russia, in relation to climate change and mosquito (Diptera: Culicidae) bionomics. Parasitol. Res. 2008, 103 (1): 45-53.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2011 Platonov A.E., Karan L.S., Shopenskaya T.A., Fedorova M.V., Kolyasnikova N.M., Rusakova N.M., Shishkina L.V., Arshba T.E., Zhuravlev V.I., Govorukhina M.V., Valentseva A.A., Shipulin G.A.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.