Aim. Characteristic of West Nile fever (WNF) virus strains circulating in southern Russia. Materials and methods. WNF RNA was amplified directly from clinical samples, mosquitoes and bird tissues by PCR, nucleotides were sequenced directly and analyzed comparatively. Results. Related but different genovariants of WNF lineage 1a — «Volgograd» and «Astrakhan» — circulated during WNF outbreaks of 1999 and 2000-2003 in Volgograd and Astrakhan regions. In 2005 «Volgograd» WNF variant emerged in Astrakhan region and along with «Astrakhan» variant caused a new morbidity increase. In 2004 in sera of 2 WNF patients from Rostov region WNF lineage 2 RNA was detected, this was the first WNF clinical case caused by WNF lineage 2 outside of Africa. WNF outbreak in Volgograd region in 2007 was caused by this unique WNF lineage that may preliminary be called russian. Finally, during a major WNF outbreak in 2010 in Volgograd and Rostov regions in clinical samples only russian genovariant WNF lineage 2 RNA was detected again. Conclusion. After emergence of a certain WNF genovariant the virus is capable of persisting in natural foci in southern Russia. A near disappearance of one of the WNF clones by substitution or displacement with another may be possible. Determination of genetic characteristics of WNF strains circulating in Russia is an important element of WNF epidemiological surveillance and control of this disease.
Цель. Характеристика штаммов вируса лихорадки Западного Нила (ВЗН), циркулировавших на юге России в 1999—2010 гг. Материалы и методы. Амплификация РНК ВЗН непосредственно из клинического материала, комаров и тканей птиц с помощью ПЦР; прямое секвенирование нуклеотидных последовательностей и их сравнительный анализ. Результаты. Во время вспышек лихорадки Западного Нила (ЛЗН) в 1999 г. и в 2000—2003 гг. в Волгоградской и Астраханской областях циркулировали родственные, но различающиеся геноварианты ВЗН субгенотипа 1а — волгоградский и астраханский. В 2005 г. волгоградский геновариант ВЗН был занесен и на территорию Астраханской области, вызвав наряду с астраханским новый подъем заболеваемости. В 2004 г. в крови 2 больных ЛЗН из Ростовской области была найдена РНК ВЗН генотипа 2; это был первый клинический случай ЛЗН, вызванный ВЗН генотипа 2, за пределами Африки. Вспышка ЛЗН в 2007 г. в Волгоградской области была вызвана именно этим уникальным геновариантом ВЗН, который можно предварительно назвать российским. Наконец, во время крупной вспышки ЛЗН в 2010 г. в Волгоградской и Ростовской областях в клиническом материале вновь обнаруживали только РНК ВЗН генотипа 2 российского геноварианта. Заключение. После заноса ВЗН определенного геноварианта он способен в течение нескольких лет сохраняться в природных очагах на юге России. Возможно также исчезновение одного клона ВЗН с заменой или вытеснением его другим. Определение генетических характеристик циркулирующих в России штаммов ВЗН — важный элемент эпидемиологического надзора за ЛЗН и борьбы с этим заболеванием.