Whole genome sequencing of Acinetobacter baumannii strains isolated from hospital patients in the northern territories of the Tyumen region

Cover Page


Cite item

Full Text

Abstract

Introduction. is to The analysis of  the genetic relatedness of isolates aiming to find the source of infection is an important task of nosocomial infection control. The most common causative agent of healthcare-associated infections is Acinetobacter baumannii.

Objective. To evaluate the results of whole genome sequencing of A. baumannii bacteria isolated from clinical samples of patients undergoing inpatient treatment in the northern territories of the Tyumen region.

Materials and methods. Nine isolates of A. baumannii from the clinical material of patients were studied. Bacterial cultures were identified by mass spectrometry. Whole genome sequencing, multilocus sequence typing and search for markers of antibiotic resistance were performed.

Results. The studied strains belonged to sequence types ST2 and ST187, and to the international clonal complex CC2. All A. baumannii isolates were found to have beta-lactamase genes, as well as genes for resistance to aminoglycosides, to the MLS group of antibiotics, and to tetracyclines. The presence of a cluster of genes associated with virulence was detected: those responsible for the synthesis of acinetobactin and iron binding, surface antigen 1 and porin.

Conclusion. Based on data of a single nucleotide polymorphism (SNP) analysis, A. baumannii isolates from the clinical material of patients of healthcare institution #1 belong mainly to one bacterial strain. Isolates of A. baumannii from the clinical material of patients of healthcare institution #2 are closely related. The ability to distinguish clinical isolates of A. baumannii at the level of several SNPs per genome will improve the identification of the source of infection, and whole genome sequencing data can contribute to the rational prescription of antibiotic therapy and the correction of disinfection and antiseptic measures.

Full Text

Введение

Важной задачей клинической микробиологии являются идентификация бактериальных изолятов и выявление взаимосвязей между ними. Для этих целей используют широкий спектр фенотипических и генотипических тестов [1][2]. С помощью этих методов внутри клинически значимых видов бактерий выделяют клональные линии — группы близкородственных бактерий, имеющих общего предка и распространяющихся на региональном или глобальном уровнях [3][4]. Целью нозокомиального инфекционного контроля является установление генетического родства группы изолятов, повлекших возникновение внутрибольничной вспышки, поиск источника, а результаты определения характеристик изолятов можно использовать для предотвращения постоянных путей передачи [5–8].

Род Acinetobacter включает сложную и гетерогенную группу бактерий, многие из которых способны вызывать оппортунистические инфекции. Среди широкого спектра возбудителей инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи (ИСМП), наиболее распространённым видом являются Acinetobacter baumannii [9]. Бактерии A. baumannii являются возбудителями пневмонии, бактериемии, хирургических раневых инфекций, инфекций мочевых путей и др. [2][5][10–12]. Согласно списку Всемирной организации здравоохранения, A. baumannii входит в число шести самых опасных бактерий для населения развитых стран (ESKAPE-патогенов) [13][14].

Источником и резервуаром инфекции A. baumannii служат инфицированные и больные люди, контаминированные предметы окружающей среды [15]. Распространение бактерий осуществляется воздушно-капельным, контактно-бытовым, гематогенным путями. A. baumannii имеет разветвлённую клональную популяционную структуру, однако всемирное распространение имеют лишь несколько генетических линий, обычно ассоциированных с высокой резистентностью к антибиотикам [16][17]. Инфекции, вызванные бактериями A. baumannii, значительно увеличивают продолжительность пребывания пациентов в стационаре, а множественная лекарственная устойчивость часто является причиной неблагоприятных клинических исходов [18–23].

В течение многих лет типирование изолятов A. baumannii при определении источника ИСМП было основано на определении отдельных участков генома [15][24]. В настоящее время в рутинной практике для исследования структуры популяции при выявлении колонизированных пациентов используется полногеномное секвенирование (WGS) [17]. Однако в молекулярной эпидемиологии для A. baumannii нет стандартизированного определения «бактериальный клон» [25]. У этих бактерий даже в естественной среде в большинстве бактериальных геномов происходит накопление мутаций, однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) могут накапливаться со скоростью 2–10 в год. В исследовании, посвящённом определению источника ИСМП, вызванных A. baumannii, продемонстрирована минимальная генетическая диверсификация между изолятами — не более 5 SNP, причём некоторые не приобретали ни одного SNP в течение почти года. В другом исследовании был определён порог в 2,5 SNP, отличающих одного возбудителя инфекции от другого. Для установления факта нескольких случаев ИСМП необходимо доказать, что отдельные случаи инфекции вызваны одним штаммом, а не разными штаммами из одной клональной группы [8][25], что возможно только с помощью определения полной последовательности генома этиологического агента.

Цель исследования — оценить результаты WGS бактерий A. baumannii, изолированных из клинических образцов пациентов, находящихся на стационарном лечении в северных регионах Тюменской области.

Материалы и методы

Исследовано 9 изолятов A. baumannii, выделенных из клинического материала пациентов, получавших лечение в клинических стационарах севера Тюменской области (медицинские организации (МО)-1 и -2). Штаммы депонированы в Государственной коллекции патогенных микроорганизмов и клеточных культур «ГКПМ-Оболенск», их характеристика представлена в табл. 1.

 

Таблица 1. Характеристика изолятов A. baumannii

Table 1. Characteristics of A. baumannii isolates

№ No.

Название штамма Strain name

Источник выделения Isolation source

Отделение Unit

№ в коллекции

« ГКПM-Оболенск» No. in GKPM-Obolensk collection

Дата выделения Isolation date

MO Medical organization (MO)

1

A. baumannii

4489

Мокрота Sputum

Реанимация

Intensive Care Unit

B-8564

22.08.2017

MO-1

2

A. baumannii

4533

Мокрота Sputum

Реанимация

Intensive Care Unit

B-8565

24.08.2017

MO-1

3

A. baumannii

4534

Раневое отделяемое Wound discharge

Хирургия Surgery

B-8566

24.08.2017

MO-1

4

A. baumannii

4586

Мокрота Sputum

Реанимация

Intensive Care Unit

B-8567

25.08.2017

MO-1

5

A. baumannii

4407

Мокрота Sputum

Реанимация

Intensive Care Unit

B-8563

17.08.2017

MO-1

6

A. baumannii

4554

Мокрота Sputum

Реанимация

Intensive Care Unit

B-8560

24.08.2017

MO-1

7

A. baumannii

5720

Раневое отделяемое Wound discharge

Хирургия Surgery

B-8561

21.07.2017

MO-2

8

A. baumannii

5824

Раневое отделяемое Wound discharge

Хирургия Surgery

B-8568

26.07.2017

MO-2

9

A. baumannii

6306

Мокрота Sputum

Неврология Neurology

B-8569

10.08.2017

MO-2

 

Идентификацию бактериальных культур осуществляли с помощью масс-спектрометра «MALDI-TOF Biotyper» («Bruker Daltonik GmbH»). Для этого проводили экстракцию белков посредством последовательной обработки бактериальной взвеси этиловым спиртом, 70% муравьиной кислотой с последующим добавлением ацетонитрила. В качестве вещества, обеспечивающего процессы десорбции и ионизации посредством поглощения лазерного излучения, использовали MALDI-матрицу (насыщенный водный раствор α-циано-4-гидроксикоричной кислоты, содержащий 50% ацетонитрила и 2,5% трифторуксусной кислоты). Анализ проводили в автоматическом режиме. Показатель подобия варьировал от 2,44 до 2,536, что соответствует высокому уровню видовой идентификации. Проведенные исследования позволяют заключить, что исследуемые культуры были идентифицированы как A. baumannii с высокой степенью достоверности и не содержали примеси других бактериальных культур.

WGS осуществлено на платформе «Illumina MiSeq» с использованием наборов «Nextera DNA Library Preparation Kit» и «MiSeq Reagent Kits v3 (600-Cycle Kit)» согласно рекомендациям производителя. Короткие нуклеотидные прочтения (риды), полученные в результате секвенирования, размещены в базе данных NCBI SRA. Риды были собраны в контиги при помощи программы «Unicycler v0.4.7» и размещены в базе данных NCBI Genome. Номера доступов приведены в табл. 2.

 

Таблица 2. Данные WGS изолятов A. baumannii

Table 2. Data of Whole Genome Sequencing of A baumannii isolates

Название штамма Strain name

Номер доступа в GenBank GenBank accession no.

SRR

Размер генома, п.н. Genome size, bp

Количество контигов Number of contigs

Количество генов Number of genes

4489

VBXL00000000.1

SRR8881950

3 677 288

62

3587

4533

VBXM00000000.1

SRR8881951

3 678 290

60

3588

4534

VBXN00000000.1

SRR8881952

3 678 563

59

3585

4586

VBX000000000.1

SRR8881953

3 678 714

58

3585

4407

VBXK00000000.1

SRR8881949

3 678 109

61

3589

4554

VBXI00000000.1

SRR8881947

3 661 409

93

3577

5720

VBXJ00000000.1

SRR8881948

4 005 515

87

3939

5824

VBXP00000000.1

SRR8881944

4 006 170

78

3943

6306

VBXQ00000000.1

SRR8881945

3 940 559

128

3874

 

Мультилокусное сиквенс-типирование проводили по схеме, разработанной в Институте Пастера («Пастеровская схема» включает 7 генов «домашнего хозяйства» — cpn60, fusA, gltA, pyrG, recA, rplB, rpoB), с использованием сервера MLST 2.01.

Маркеры антибиотикорезистентности и гены, связанные с вирулентностью, определяли с помощью сервера ResFinder 3.02. Проверяли наличие основных генов, связанных с резистентностью к фторхинолонам, фосфомицинам, аминогликозидам, бета-лактамам, MLS-антибиотикам, фениколам, сульфонамидам, тетрациклинам, колистину, фузидовой кислоте, триметоприму, рифампицину. Результаты верифицировали в программе «Mauve»3 и BLAST Nucleotide collection (nr/nt)4.

Филогенетическое исследование осуществляли в программе «Wombac 2.0»5, которая позволяет находить коровые SNP в нуклеотидных последовательностях и производить выравнивание этих полиморфизмов. В работе использовали полногеномные последовательности 27 штаммов A. baumannii, представителей разных клональных линий, депонированных в базе данных NCBI Genome. Для построения филогенетического дерева использовали программу «SplitsTree4»6. Попарное сравнение геномов проводили, используя контиги и короткие нуклеотидные прочтения (риды), полученные в результате секвенирования каждого штамма в программе «Wombac 2.0».

Картирование сборок геномов проводили в программе «MAUVE»7, картирование коротких нуклеотидных прочтений (ридов), полученных в результате секвенирования, на сборки геномов — в программе «Lasergene»8.

Для оценки резистентности к антимикробным препаратам бактериальную суспензию готовили по стандартной методике с оптической плотностью 0,5 по Мак-Фарланду. Резистентность к антимикробным препаратам определяли диско-диффузионным методом на среде Мюллер–Хинтон («HiMedia»), результаты анализировали в соответствии с действующими нормативными документами9. В исследование взяты диски с левофлоксацином, амикацином, цефепимом, имипенемом, меропенемом и ко-тримаксозолом (ООО «НИЦФ», Россия).

Результаты

Результаты определения сиквенс-типов бактерий A. baumannii показали, что все изоляты, выделенные в МО-1, имели профиль cpn60-2, fusA-2, gltA-2, pyrG-2, recA-2, rplB-2, rpoB-2 и отнесены к сиквенс-типу ST2. Два изолята: A. baumannii 5720 и A. baumannii 6306, выделенные в МО-2, имели такой же профиль. Профиль A. baumannii 5824 отличался от вышеперечисленных одним аллелем — rpoB-43 — и отнесён к сиквенс-типу ST187. Аллель rpoB-2 отличается от аллеля rpoB-43 только на один нуклеотид. Исследованные штаммы сиквенс-типов ST2 и ST187 относятся к международному клональному комплексу CC2. Клональный комплекс CC2 отвечает за большинство случаев ИСМП, вызванных A. baumannii [26][27].

Результаты исследования маркеров резистентности к антимикробным препаратам представлены в табл. 3. У всех изолятов обнаружены гены бета-лактамаз blaOXA-23, blaOXA-66 и blaADC-73, которые имеют 100% нуклеотидную гомологию с соответствующими генами из базы данных NCBI Genbank (blaOXA-23 — AY795964, bla-oxa-66 — AY750909, adc73 — KP881233). У изолятов, выделенных в МО-2, детектирован ген blaTEM-1D (100% гомология с геном blaTEM-1D — AF188200). Определены также гены резистентности к аминогликозидам: у всех изолятов присутствуют ген armA (AY220558), отвечающий за рибосомальное метилирование, гены aph(3'')-Ib (AF024602) и aph(6)-Id (M28829), кодирующие ферменты, модифицирующие аминогликозидные антибиотики путем фосфорилирования их гидроксильных групп в присутствии АТФ в качестве ко-фактора. Дополнительно у бактерий A. baumannii, выделенных в МО-2, присутствовали гены aph(3')-Ia (X62115) и aph(3')-VIa (X07753), также кодирующие ферменты резистентности. Все изоляты содержали гены mph(E), msr(E) и tet(B), ассоциированные с резистентностью к эритромицину, стрептограмину В и тетрациклину соответственно.

Таблица 3. Сиквенс-типы и маркеры антибиотикорезистентности изолятов A. baumannii
Table 3. Sequence type and markers of antibiotic resistance of A. baumannii isolates

Полученные данные WGS о наличии генов резистентности к антимикробным препаратам амикацину, цефепиму, имепенему и меропенему подтверждаются результатами диско-диффузионного метода. У всех изолятов определена также резистентность к левофлоксацину и ко-тримаксозолу, в то время как генов резистентности к ним не обнаружено.

Наличие кластеров генов, связанных с вирулентностью, детектировано у всех изолятов A. baumannii: BauABCDE и BasCD, отвечающих за синтез ацинетобактина и связывания железа, а также гены surA1 (поверхностный антиген 1), omp33-36 (порин).

На основании анализа SNP в геномах 27 штаммов представителей разных клональных линий A. baumannii и 9 исследуемых изолятов было построено филогенетическое дерево (рисунок).

Филогенетическое древо геномов A. baumannii, построенное на основании SNP в коровых геномах

Phylogenetic tree of A. baumannii genomes constructed on the basis of SNPs in the core genomes.

 

Детекция SNP учитывалась в последовательностях генома, присутствующих во всех исследуемых изолятах. При построении дендрограммы использован статистический метод NJ. Анализ дендрограммы позволяет заключить, что изоляты, выделенные в МО-1 и МО-2, филогенетически близки штаммам эпидемического клонального комплекса СС2. Количество SNP в коровых геномах различных клональных линий было около 19,0–22,5 тыс., а внутри клонального комплекса СС2 варьировалось от 3289 до 0. Изоляты, выделенные в МО-1, образовали одну ветвь с близкородственным штаммом AC29, выделенным от человека в Малайзии в 2011 г.

Попарное сравнение штамма AC29 выявило разницу в 14 SNP между изолятами 4489, 4533, 4534, 4586, 4407 и в 15 SNP — с 4554. Сравнение изолятов 4489, 4533, 4534, 4586 и 4407 не выявило ни одного SNP, что свидетельствует о принадлежности их к одному штамму, изолят 4554 отличался от них на 1 SNP.

Изоляты бактерий A. baumannii, выделенные в МО-2, образовали отдельную ветвь. Попарное сравнение этих изолятов с изолятами, выделенными в МО-1, и штаммом AC29 детектировало от 980 до 990 SNP. Отличие изолята 5720 от изолятов 5824 и 6306 составило 51 SNP и 37 SNP соответственно, между изолятами 5824 и 6306 — 30 SNP. Штамм бактерий A. baumannii 5720, содержащий маркеры резистентности к антимикробным препаратам: аминогликозидам (aph(3'')-Ib; aph(6)-Id; aph(3')Ia; aph(3')-Via; armA), бета-лактамам (blaOXA-23, blaOXA-66, bla ADC-73, blaTEM-ID), MLS-антибиотикам (mrs, mph), сульфонамиду (sul2), тетрациклину (tet(B)), взят в основу изобретения10.

Известно, что бактерии A. baumannii относительно часто характеризуются горизонтальным переносом генов. Поэтому для определения генетической идентичности изолятов необходимо сравнивать не только коровый, но и дополнительный геном. Использование только количественной оценки SNP геномов может привести к неправильным выводам вследствие наличия различных участков дополнительного генома.

Для изолятов A. baumannii, выделенных в МО-1, выполнено отдельное попарное сравнение коротких нуклеотидных прочтений (ридов) со сборками контигов для исключения ошибок. Сравнение показало, что у данных изолятов отсутствуют отличия в последовательности ДНК размером в 1 нуклеотид. Для определения наличия индивидуальных нуклеотидных последовательностей, которые могут присутствовать в одном или нескольких штаммах, выполнялось картирование сборок геномов и картирование ридов на сборке геномов в программе «Lasergene». При выполнении этой работы дополнительных участков генома не выявлено.

Для изолятов, выделенных в МО-2, также выполнено отдельное попарное сравнение коротких нуклеотидных прочтений (ридов) со сборками контигов для исключения ошибок. Отличие изолята 5720 от изолятов 5824 и 6306 составило 63 и 43 SNP соответственно, между изолятами 5824 и 6306 детектировано 22 SNP. У изолятов бактерий 5720 и 5824 выявлены 2 участка генома, отсутствующие у 6306, размером 13 и 20 т.п.н.

Обсуждение

Молекулярно-генетический анализ геномов изолятов A. baumannii, выделенных из клинического материала пациентов, получавших лечение в клинических стационарах севера Тюменской области, показал их принадлежность к клональному комплексу CC2, отвечающему за большинство случаев ИСМП. Циркуляция штаммов этого клонального комплекса, являющегося самым крупным и наиболее широко распространённым, выявлена в 34 странах на 5 континентах, в том числе во многих европейских странах [17].

Мультилокусное сиквенс-типирование является распространённым молекулярно-биологическим методом, широко используемым для определения клональных линий штаммов А. baumannii при расследовании случаев инфекции, в том числе ИСМП. WGS даёт дополнительное понимание эволюционного процесса внутри группы изолятов, потенциальной вирулентности и антибиотикорезистентности. Анализ SNP генома обеспечивает определение корреляции между эпидемиологически связанными изолятами. По данным WGS можно провести дискриминацию близкородственных штаммов и верифицировать их как клоны одного штамма или установить их индивидуальность.

Исходя из полученных данных, изоляты A. baumannii, выделенные из клинического материала пациентов МО-1, можно отнести к одному штамму, т.к. попарное сравнение не выявило ни одного SNP, а при картировании геномов не обнаружено индивидуальных участков генома. Изоляты A. baumannii, выделенные из клинического материала пациентов МО-2, являются близкородственными и отличаются друг от друга более 20 SNP, изолят 5824 относится к другому сиквенс-типу. У изолята 6306 отсутствуют 2 участка генома, имеющиеся у изолятов 5720 и 5824.

Несмотря на то, что все исследованные изоляты относятся к одному клональному комплексу и одному сиквенс-типу (кроме 5824), штаммы A. baumannii образуют две отдельные филогенетические линии, отличающиеся на 980 до 990 SNP.

Проведение WGS для определения источника ИСМП бактериальной этиологии становится всё более доступным, но для правильной оценки количества SNP при определении дистанции между геномами необходимо учитывать несколько нюансов. Поскольку в процессе сборки de novo отфильтровывается большинство неспецифических и некачественных единичных прочтений, могут быть ошибки, такие как пропуск некоторых участков или погрешности в повторяющихся геномных областях, различающихся небольшим количеством SNP. Для предотвращения искажения результатов необходимо верифицировать результаты не только сравнения сборок генома, но и «сырых ридов». Учитывая характерные для штаммов A. baumannii горизонтальный перенос генов и подверженность генетической рекомбинации [28], необходимо разделять эти перестройки генома с вероятными «потерями» участков нуклеотидной последовательности в результате некорректной сборки или низкого покрытия генома, полученного в результате WGS.

WGS обладает достаточным потенциалом для подтверждения близкородственных бактериальных штаммов. Способность различать клинические изоляты A. baumannii на уровне нескольких SNP в геноме позволит улучшить выявление источника инфекции, путей и факторов его передачи, а также выявить ранее неопознанных колонизированных пациентов или персонал. Данные WGS могут способствовать рациональному назначению антибиотикотерапии, коррекции дезинфекционных и антисептических процедур.

1. URL: https://cge.cbs.dtu.dk/services/MLST

2. URL: https://cge.cbs.dtu.dk/services/resfinder

3. URL: http://gel.ahabs.wisc.edu/mauve

4. URL: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov

5. URL: http://www.bioinformatics.net.au/software.wombac.shtml

6. URL: http://www.splitstree.org

7. URL: http://darlinglab.org/mauve/mauve.html

8. URL: https://www.dnastar.com/software/genomics

9. Клинические рекомендации «Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам». Версия — 2018-03. URL: https://www.antibiotic.ru/files/321/clrecdsma2018. pdf; МУК 4.2.1890–04 МУК 4.2.1890-04 «Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам». URL: https://docs.cntd.ru/document/1200038583

10. Патент РФ на изобретение № 2711922 «Мультирезистентный штамм бактерий Acinetobacter baumannii для стандартизации оценки эффективности разрабатываемых антимикробных препаратов и дезинфицирующих средств», 23.01.2020.

×

About the authors

L. V. Kataeva

Tyumen Region Infection Pathology Research Institute

Author for correspondence.
Email: info@tniikip.rospotrebnadzor.ru
ORCID iD: 0000-0001-9966-8454

Lyubov V. Kataeva — D. Sci. (Med.), leading researcher, Head, Bacteriological laboratory.

Tyumen

Россия

O. N. Kolotova

Tyumen Region Infection Pathology Research Institute

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0002-0798-5549

Olga N. Kolotova — junior researcher, Bacteriological laboratory.

Tyumen

Россия

T. F. Stepanova

Tyumen Region Infection Pathology Research Institute

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0002-6289-6274

Tatyana F. Stepanova — D. Sci. (Med.), Professor, Director.

Tyumen

Россия

A. A. Kislichkina

State Research Center for Applied Microbiology and Biotechnology

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0001-8389-2494

Angelina A. Kislichkina — Cand. Sci. (Biol.), senior researcher, Department of collection cultures.

Obolensk

Россия

L. A. Shishkina

State Research Center for Applied Microbiology and Biotechnology

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0001-8615-1907

Lidia A. Shishkina — Cand. Sci. (Biol.), junior researcher, Department of collection cultures.

Obolensk

Россия

T. N. Mukhina

State Research Center for Applied Microbiology and Biotechnology

Email: fake@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0001-5829-0512

Tatyana N. Mukhina — Cand. Sci. (Biol.), senior researcher, Department of collection cultures.

Obolensk

Россия

References

  1. Янович Ю.А., Рачина С.А., Сухорукова М.В., Савочкина Ю.А., Вацик М.В., Петров А.А. Нозокомиальная пневмония у взрослых: структура возбудителей и новые возможности этиологической диагностики. Фарматека. 2019; 26(5): 39–46. https://doi.org/10.18565/pharmateca.2019.5.39-46
  2. Costa D.M., Johani K., Melo D.S., Lopes L.K.O., Lopes Lima L.K.O., Tipple A.F.V., et al. Biofilm contamination of hightouched surfaces in intensive care units: epidemiology and potential impacts. Lett. Appl. Microbiol. 2019; 68(4): 269–76. https://doi.org/10.1111/lam.13127
  3. Чеботарь И.В., Лазарева А.В., Масалов Я.К., Михайлович В.М., Маянский Н.А. Acinetobacter: микробиологические, патогенетические и резистентные свойства. Вестник Российской академии медицинских наук. 2014; 69(9-10): 39–50. https://doi.org/10.15690/vramn.v69i9-10.1130
  4. Oliveira R.A., Mancero J.M.P., Faria D.F., Poveda V.B. A retrospective cohort study of risk factors for surgical site infection following liver transplantation. Prog. Transplant. 2019; 29(2): 144–9. https://doi.org/10.1177/1526924819835831
  5. Тапальский Д.В., Бонда Н.А. Acinetobacter baumannii: распространенность, спектр и динамика антибиотикорезистентности, чувствительность к комбинациям антибиотиков. Журнал Гродненского государственного медицинского университета. 2018; 16(3): 286–91. https://doi.org/10.25298/2221-8985-201816-3-286-291
  6. Брусина Е.Б., Зуева Л.П., Ковалишена О.В., Стасенко В.Л., Фельдблюм И.В., Брико Н.И. и др. Инфекции, связанные с оказанием медицинской помощи: современная доктрина профилактики. Часть 2. Основные положения. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2018; 17(6): 4–10. https://doi.org/10.31631/2073-3046-2018-17-4-10
  7. Lemos E.V., de la Hoz F.P., Einarson T.R., McGhan W.F., Quevedo E., Castañeda C., et al. Carbapenem resistance and mortality in patients with Acinetobacter baumannii infection: systematic review and meta-analysis. Clin. Microbiol. Infect. 2014; 20(5): 416–23. https://doi.org/10.1111/1469-0691.12363
  8. Tomczyk S., Zanichelli V., Grayson M.L., Twyman A., Abbas M., Pires D., et al. Control of carbapenem-resistant Entero bacteriaceae, Acinetobacter baumannii, and Pseudomonas aeruginosa in healthcare facilities: a systematic review and reanalysis of quasi-experimental studies. Clin. Infect. Dis. 2019; 68(5): 873–84. https://doi.org/10.1093/cid/ciy752
  9. Cheng V.C.C., Wong S.C., Chen J.H.K., So S.Y.C., Wong S.C.Y., Ho P.L., et al. Control of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii in Hong Kong: role of environmental surveillance in communal areas after a hospital outbreak. Am. J. Infect. Control. 2018; 46(1): 60–6. https://doi.org/10.1016/j.ajic.2017.07.010
  10. Лавриненко А.В. Вирулентный Acinetobacter baumannii. Медицина и экология. 2019; (3): 24–9.
  11. Kim S.Y., Park J.S., Hong Y.J., Kim T.S., Hong K., Song K.H., et al. Microarray-based nucleic acid assay and MALDI-TOF MS analysis for the detection of gram-negative bacteria in direct blood cultures. Am. J. Clin. Pathol. 2019; 151(2): 143–53. https://doi.org/10.1093/ajcp/aqy118
  12. Козлова НАУЧНЫЙ СОТРУДНИК, Баранцевич Н.Е., Баранцевич Е.П. Антибиотикорезистентность возбудителей гнойно-септических инфекций в многопрофильном стационаре. Проблемы медицинской микологии. 2018; 20(1): 40–8. https://doi.org/10.15989/2220-9619-2018-1-99-84
  13. Boucher H.W., Talbot G.H., Bradley J.S., Edwards J.E., Gilbert D., Rice L.B., et al. Bad bugs, no drugs: no ESKAPE! An update from the Infectious Diseases Society of America. Clin. Infect. Dis. 2009; 48(1): 1–12. https://doi.org/10.1086/595011
  14. Leäo A.C., Menezes P.R., Oliveira M.S., Levin A.S. Acinetobacter spp. are associated with a higher mortality in intensive care patients with bacteremia: a survival analysis. BMC Infect. Dis. 2016; 16: 386. https://doi.org/10.1186/s12879-016-1695-8
  15. Elkhatib W.F., Khalil M.A.F., Ashour H.M. Integrons and antiseptic resistance genes mediate resistance of Acinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa isolates from intensive care unit patients with wound infections. Curr. Mol. Med. 2019; 19(4): 286–93. https://doi.org/10.2174/1566524019666190321113008
  16. Скурихина Ю.Е., Туркутюков В.Б. Микробиологические и молекулярно-генетические аспекты антибиотикорезистентности Pseudomonas aeruginosa и Acinetobacter baumannii. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2019; 18(6): 34–8. https://doi.org/10.31631/2073-3046-2019-18-6-34-38
  17. Сухорукова М.В., Эйдельштейн М.В., Склеенова Е.Ю., Иванчик Н.В., Тимохова А.В., Шек Е.А. и др. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Acinetobacter spp. в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования МАРАФОН в 2011– 2012 гг. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2014; 16(4): 266–72. https://doi.org/10.36488/ cmac.2019.2.147-159
  18. Melsen W.G., Rovers M.M., Koeman M., Bonten M.J. Estimating the attributable mortality of ventilator-associated pneumonia from randomized prevention studies. Crit. Care Med. 2011; 39(12): 2736–42. https://doi.org/10.1097/CCM.0b013e3182281f33
  19. Kalil A.C., Metersky M.L., Klompas M., Muscedere J., Sweeney D.A., Palmer L.B., et al. Management of adults with hospital-acquired and ventilator-associated pneumonia: 2016 clinical practice guidelines by the infectious diseases society of America and the American thoracic society. Clin. Inf. Dis. 2016; 63(5): e61–e111. https://doi.org/10.1093/cid/ciw353
  20. Barbier F., Andremont A., Wolff M., Bouadma L. Hospitalacquired pneumonia and ventilator-associated pneumonia: recent advances in epidemiology and management. Curr. Opin. Pulm. Med. 2013; 19(3): 216–28. https://doi.org/10.1097/mcp.0b013e32835f27be
  21. Дмитриева Н.В., Эйдельштейн М.В., Агинова В.В., Григорьевская З.В., Петухова И.Н., Терещенко И.В. и др. Инфекции, вызванные Acinetobacter baumannii, у онкологических больных. Сибирский онкологический журнал. 2019; 18(3): 26–33. https://doi.org/10.21294/1814-4861-2019-18-3-26-33
  22. Munier A.L., Biard L., Legrand M., Rousseau C., Lafaurie M., Donay J.L., et al. Incidence, risk factors and outcome of multidrug resistant Acinetobacter baumannii nosocomial infections during an outbreak in a burn unit. Int. J. Infect. Dis. 2019; 79: 179–84. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2018.11.371
  23. Zhou H., Yao Y., Zhu B., Ren D., Yang Q., Fu Y., et al. Risk factors for acquisition and mortality of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii bacteremia: A retrospective study from a Chinese hospital. Medicine (Baltimore). 2019; 98(13): e14937. https://doi.org/10.1097/MD.0000000000014937
  24. Amudhan M.S., Sekar U., Kamalanathan A., Balaraman S. BlaIMP and blaVIM mediated carbapenem resistance in Pseudomonas and Acinetobacter species in India. J. Infect. Dev. Ctries. 2012; 6(11): 959–62. https://doi.org/10.3855/jidc.2268
  25. Vijayakumar S., Veeraraghavan B., Pragasam A.K., Bakthavachalam Y.D. Genotyping of Acinetobacter baumannii in nosocomial outbreak and surveillance. Methods Mol. Biol. 2019; 1946: 17-22. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-9118-1_2
  26. Nemec A., Dijkshoorn L., Reijden T.J. Long-term predominance of two pan-European clones among multi-resistant Acinetobacter baumannii strains in the Czech Republic. J. Med. Microbiol. 2004; 53(Pt. 2): 147–53. https://doi.org/10.1099/jmm.0.05445-0
  27. Van Dessel Н., Dijkshoorn L., van der Reijden Т., Bakker N., Paauw A., van den Broek P., et al. Identification of a new geographically widespread multiresistant Acinetobacter baumannii clone from European hospitals. Res. Microbiol. 2004; 155(2): 105–12. https://doi.org/10.1016/j.resmic.2003.10.003
  28. Хрульнова С.А., Коробова А.Г., Федорова А.В., Фролова И.Н., Клясова Г.А. Изменение клонального состава карбапенем-нечувствительных изолятов Acinetobacter bauma nnii, выделенных из крови больных опухолями системы крови. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2020; 38(3): 120–7. https://doi.org/10.17116/molgen202038031120

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download
2. Phylogenetic tree of A. baumannii genomes constructed on the basis of SNPs in the core genomes.

Download (82KB)
Indexing metadata

Copyright (c) 2022 Kataeva L.V., Kolotova O.N., Stepanova T.F., Kislichkina A.A., Shishkina L.A., Mukhina T.N.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.


This website uses cookies

You consent to our cookies if you continue to use our website.

About Cookies