ХАРАКТЕРИСТИКА БИОЛОГИЧЕСКИХ И МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СВОЙСТВ ПРОБИОТИЧЕСКОГО ШТАММА LACTOBACILLUS FERMENTUM 90 TC-4

Цель. Подтверждение таксономического положения штамма Lactobacillus fermentum 90 TC-4 с использованием фенотипических (классический микробиологический, MALDI TOF масс-спектрометрия) и генетических (секвенирование фрагмента гена 16S рРНК и полногеномное секвенирование) методов. Материалы и методы. Объект исследования - штаммы L. fermentum 90 TC-4 из различных коллекций. Масс-спектрометрический анализ осуществляли с помощью MALDI TOF масс-спектрометра Autoflex (Bruker Daltonics, Германия), изучение биохимических свойств штамма проводили с использованием стрипов API 50 CH_L (Biomerueux, Франция), для выделения геномной ДНК использовали набор «ДНК-сорб В» (ЦНИИЭ, Москва). Секвенирование наработанных фрагментов гена 16S рРНК проводили на секвенаторе GenomeLab™ GeXP (Beckman Coulter, США), полногеномное секвенирование выполняли на платформе MiSeq (Illumina). Сборка генома и биоинформационный анализ осуществляли с использованием программы BLAST (www.blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi), «CLC Bio Assembly» и геномного сервера RAST (http:// rast.nmpdr.org). Результаты. Установлено, что штамм L. fermentum 90 TC-4 в ряде случаев загрязнен культурой L. plantarum. В результате идентификации чистой культуры штамма L. fermentum 90 TC-4 с использованием спектра высокотехнологичных методов доказано, что данный штамм относится к виду L. fermentum. Заключение. Подтвержден таксономический статус штамма L. fermentum 90 TC-4.

пробиотические штаммы лактобацилл, полногеномное секвенирование