Анализ генетических вариантов и лекарственной устойчивости ВИЧ-1 среди мужчин с рискованным сексуальным поведением, граждан Кубы, проживающих в Москве в 2022–2024 годах

Полный текст

Введение

Связи между Кубой и Россией в последние годы значительно укрепились. В основе сотрудничества между государствами лежат Декларация о принципах взаимоотношений между Российской Федерацией и Республикой Куба¹, Меморандум о принципах стратегического сотрудничества² и Совместное заявление президентов двух стран³, принятые в 1996, 2009 и 2018 гг. соответственно.

Тесные связи между Россией и Кубой приводят к усилению миграционных процессов между странами. Поскольку в России и на Кубе существует проблема распространения ВИЧ-инфекции, то всегда есть опасность заноса на территорию одной страны вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на территории другой страны. Затем распространение этих вариантов в пределах отдельных уязвимых групп может привести к увеличению случаев инфекции данными вариантами, что способно повлиять на генетический ландшафт ВИЧ-инфекции и профиль лекарственной устойчивости (ЛУ) в стране. Одной из таких уязвимых групп являются мужчины с рискованным сексуальным поведением, в частности мужчины, практикующие секс с мужчинами (МСМ), и работники коммерческого секса (КСР). Для представителей данной группы типичны половые контакты с гражданами других стран, что способно повлиять на генетическое разнообразие ВИЧ-1 и привести к генерации новых рекомбинантных форм вируса.

На Кубе в последние годы отмечен рост числа случаев ВИЧ-инфекции. По данным Объединённой программы Организации Объединённых Наций по ВИЧ/СПИДу (ЮНЭЙДС), общее число людей, живущих с ВИЧ-1 на Кубе, продолжало расти в последнее десятилетие, увеличившись с 3100 в 2000 г. до 14 000 в 2011 г. [1] и до 44 000 в 2023 г.⁴ Между тем в последние годы Куба демонстрирует успех в диагностике и лечении ВИЧ-инфекции. В общей сложности 33 000 (75%) человек в 2023 г. знали о своём ВИЧ-статусе. Из них 28 000 (84,84%) находились на антиретровирусной терапии (АРТ). Наконец, 24 000 (85,72%) пациентов, получавших АРТ, имели вирусологический успех. Таким образом, Куба уверенно приближается к выполнению стратегии Всемирной организации здравоохранения по противодействию ВИЧ-инфекции 90–90–90 и имеет перспективы достигнуть основных показателей стратегии 95–95–95 к 2030 г. [2].

Генетическое разнообразие ВИЧ-1 на Кубе сильно отличается от такового на территории стран Карибского бассейна. В то время как на территории большинства государств этого региона доминирует вирус субтипа B, связанный с более чем 90% случаев инфекции в начале 2000-х гг., на Кубе активно циркулирует большое количество других генетических вариантов ВИЧ-1, включая рекомбинантные формы, распространённые исключительно на острове [3]. Так, если ещё в середине 1990-х гг. доминирующим вирусным вариантом на Кубе был субтип B [4], то исследование 2002 г. показало, что лишь 48% пациентов были инфицированы этим генетическим вариантом [5]. В 2017 г. доля субтипа B в образцах от пациентов старше 18 лет, собранных за 1-е полугодие 2017 г., составила лишь 26,9%, а на инфекцию различными рекомбинантными формами приходилось 59,5% случаев ВИЧ-инфекции [6].

Касательно субтипа B, распространённого на Кубе, следует упомянуть, что этот вариант генетически близок к вирусу, доминирующему в США и большинстве стран Западной Европы, но отличается от вирусов, распространённых в других странах Карибского бассейна [1, 7, 8]. Одни исследователи связывают это с многократным несвязанным заносом субтипа B из США, Канады и европейского континента в конце 1970-х гг. [7]. Другие предполагают, что он попал на Кубу в начале 1990-х гг. из США, когда на фоне экономического кризиса, вызванного разрушением СССР, стал развиваться туристический бизнес на Кубе, а миграционные потоки переключились на США [1].

Помимо субтипа B, на Кубе циркулирует рекомбинантная форма CRF19_cpx, чей геном представлен фрагментами генома ВИЧ-1 субтипов D, A1 и G [3, 9]. Впервые CRF19_cpx был описан на Кубе в 1999 г. [10]. Детальный анализ позволил установить, что CRF19_cpx является рекомбинантом двух вирусных вариантов: AG-рекомбинанта из Камеруна, позже описанного как рекомбинант CRF37_cpx, и вируса субтипа D из Габона [9–11]. По-видимому, CRF19_cpx появился в кубинской общине на территории Демократической Республики Конго (ДРК) в 1966–1970 гг., откуда попал в провинцию Вилья-Клара (Куба) в конце 1970-х гг., т. е. до заноса ВИЧ-1 в страны Западной Европы (в конце 1970-х гг.). Далее произошло его распространение в Гавану и другие провинции Кубы [8, 10, 12]. К 2017 г. на этот генетический вариант приходилось 24,1% новых случаев ВИЧ-инфекции среди пациентов старше 18 лет [6].

Кроме CRF19_cpx, на Кубе широко распространён ещё один рекомбинант со сложной, мозаичной структурой генома — CRF18_cpx. По-видимому, он также имеет африканское происхождение и мог быть занесён с территории ДРК, Центральноафриканской Республики, Республики Камерун или Республики Ангола [1, 12, 13]. Структура генома CRF18_cpx более сложная, чем у CRF19_cpx, и представлена участками, идентичными вирусам субтипов A, F, G, H, K и U. При описании данного генетического варианта выявлены 40 генетически родственных образцов вирусов, включая вирусы CRF04_cpx и CRF13_cpx [13].

Период с середины 1980-х до середины 1990-х гг. отметился на Кубе появлениями в среде ВИЧ-инфицированных других рекомбинантных форм, включая BG-рекомбинанты [1]. Причём BG-рекомбинанты, циркулирующие на Кубе, имеют кубинское происхождение [3], став результатом рекомбинации вариантов ВИЧ-1 субтипов B и G, ранее уже циркулировавших на острове [1]. Вероятно, это событие произошло примерно в 1991 г. Все кубинские BG-рекомбинанты (CRF20, CRF23, CRF24) имеют общее происхождение от субтипа G из Центральной Африки, циркулирующего в среде гетеросексуалов, и субтипа B (близкого к распространённому в США), циркулирующего среди МСМ в Гаване в начале 2000-х гг. Закономерно, что изначально BG-рекомбинанты были выявлены именно в среде МСМ в Гаване, а к 2003 г. определяли более 30% случаев ВИЧ-инфекции в столице Кубы [1, 8, 12].

Этот факт ярко иллюстрирует роль рекомбинации как одного из движущих факторов генетической изменчивости ВИЧ-1 и делает Кубу одной из «горячих точек рекомбинации ВИЧ-1» наряду с Мьянмой, Южным Китаем, Восточной Африкой, Аргентиной и Бразилией [8]. Более того, сформированные на Кубе рекомбинанты впоследствии стали распространяться по миру. Так, кубинский CRF20_BG обнаруживается в Испании и Греции [1].

Помимо упомянутых выше рекомбинантных форм, на Кубе циркулируют и другие варианты ВИЧ-1: как минимум 2 линии субтипа C из Восточной и Южной Африки [1]. Ставший прародителем BG-рекомбинантов ВИЧ-1 субтипа G с высокой долей вероятности имеет центральноафриканское происхождение [1]. Кроме того, отмечена активная циркуляция ВИЧ-1 субтипа H в провинции Сантьяго-де-Куба [12, 14]. Наконец, выявлены единичные случаи ВИЧ-инфекции, вызванной CRF05_DF, который ранее был зарегистрирован в Бельгии, ДРК, Испании и Коста-Рике [14].

Роль уязвимой группы МСМ в эпидемии ВИЧ-инфекции на Кубе является решающей. Если в 2002 г. чуть более 81% ВИЧ-инфицированных мужчин относились к МСМ [5], то в 1-м полугодии 2017 г. этот показатель достиг 94,31% [6]. И в настоящее время данная уязвимая группа является на Кубе доминирующей. Именно проникновение в среду МСМ ВИЧ-1 субтипа B в конце ХХ в. привело к активному распространению и доминированию этого варианта на Кубе [7]. Этот же фактор стал основой для увеличения генетического разнообразия на Кубе: уже в начале 2000-х гг. среди МСМ стали распространяться кубинские BG-рекомбинантные формы ВИЧ-1 [1, 8, 12].

Полномасштабное применение АРТ началось на Кубе в 2001 г. за счёт применения в первую очередь дженериков нуклеозидных ингибиторов обратной транскриптазы (НИОТ) и ненуклеозидных ингибиторов обратной транскриптазы (ННИОТ) [6], что позволило достичь вирусологического успеха у 83% пациентов в 2017 г. и почти 86% — в 2023 г. [6]. Однако применение АРТ привело и к росту ЛУ в стране. В 2017 г. распространённость ЛУ у АРТ-наивных пациентов хотя бы к одному препарату составила 29,8%, что превышает данный показатель в 2007–2011 гг. (12,5%) и 2009–2012 гг. (20,2%) [6].

В 2017 г. первичная ЛУ к НИОТ составила 10,6%, а к ННИОТ — более 23%. Распространённость ЛУ высокого уровня к ННИОТ была связана с частой встречаемостью мутаций K103N, G190A, Y181C [6]. Причём достоверно чаще ЛУ выявлялась у людей 18–25 лет по сравнению с группами более старшего возраста.

Между генетическим разнообразием ВИЧ-1 на Кубе и в России есть значительные различия. В России с конца 1990-х гг. доминирует ВИЧ-1 суб-субтипа A6, распространившийся в России и странах бывшего СССР через потребителей инъекционных наркотиков [15, 16]. Вторым наиболее часто встречающимся вариантом ВИЧ-1 является рекомбинант CRF63_02A6, в последние годы активно распространяющийся в странах Центральной Азии и сибирском регионе России [15, 17].

В России выявлена циркуляция двух вариантов ВИЧ-1 субтипа B: Bwest, характерного для стран Западной Европы и Кубы, и Bfsu (IDU-B), чья циркуляция была отмечена на Дальнем Востоке России и который вместе с суб-субтипом A6 стал прародителем CRF03_AB [15, 16, 18, 19]. Также в России отмечена циркуляция субтипа C, CRF03_AB, суб-субтипа G ВИЧ-1 [15].

В последние годы в России часто выявляются уникальные и редкие AG-рекомбинантные формы, вероятно, заносимые из стран Центральной Азии [15].

Проблема ВИЧ-инфекции среди МСМ в России также имеет свои особенности, связанные, в первую очередь, с недостаточной изученностью этой уязвимой группы. Если до середины 1990-х гг. МСМ были основной уязвимой группой, то после проникновения ВИЧ-1 в среду потребителей инъекционных наркотиков именно данная группа стала основной уязвимой группой, а вклад МСМ в эпидемию ВИЧ-инфекции в России стал исчезающе низким [15, 16, 18, 20]. Во многом это может быть объяснено стигматизацией МСМ и отсутствием работ по мониторингу этой группы в России [18, 20]. Между тем существуют оценки вероятной распространённости ВИЧ-1 в среде МСМ в разных регионах страны — 5–25%, а ЮНЭЙДС в 2016 г. указывал на величину этого показателя в России в 6% [18].

В последние годы доля МСМ среди новых случаев ВИЧ-инфекции в России постепенно растёт. Так, на конец 2020 г. лишь 2,8% случаев ВИЧ-инфекции в стране были связаны с МСМ. К концу 2021 г. этот показатель увеличился до 3%, а к концу 2023 г. — до 4,1%⁵.

В среде российских МСМ исторически доминировал Bwest, однако в недавнем прошлом наметилась тенденция к увеличению в этой уязвимой группе доли ВИЧ-1 суб-субтипа A6 [15, 18], что говорит о размытии границ данной уязвимой группы. Кроме того, выявлена циркуляция в среде российских МСМ BG-рекомбинантов, генетически близких к вирусам, циркулирующим в Испании и Португалии, но не относящихся к CRF20/23/24, распространённым на Кубе [21].

Что касается проблемы ЛУ ВИЧ-1 в России, то наиболее часто выявлялись мутации устойчивости в тех же позициях, что и для кубинских образцов, — K103N/S, G190A/S. Между тем вместо Y181C в российских образцах чаще обнаруживают замену K101E, вызывающую устойчивость ко всем ННИОТ [22].

С учетом вышеописанных особенностей ВИЧ-инфекции на Кубе и в России, а также роли МСМ в эпидемии ВИЧ-инфекции в обеих странах, целью нашего исследования был анализ генетических вариантов ВИЧ-1 и лекарственной устойчивости вируса в образцах плазмы крови, полученных от мигрантов-МСМ с Кубы, проживающих в Москве — одном из наиболее экономически развитых центров России, где исторически существует обширное сообщество МСМ и мигрантов.

Материалы и методы

Исследована коллекция образцов плазмы крови, полученных от МСМ — граждан Кубы в период с марта 2022 г. по июнь 2024 г. Одновременно производили сбор и обработку клинико-эпидемиологических данных: возраст, даты последнего отрицательного теста и первого положительного теста на ВИЧ-инфекцию, информация о вероятном месте и времени инфицирования, количестве половых партнеров, опыте приёма АРТ, а также о стадии ВИЧ-инфекции. Набор пациентов для включения в исследование проводили в сотрудничестве с некоммерческими организациями: Фондом «Шаги»⁶ и Центром «LaSky»⁷.

Средний возраст пациентов составил 30 лет (95% доверительный интервал (ДИ) 27,29–33,68). Большинство пациентов (n = 18; 66,67%) стали посещать Россию и жить в Москве в 2021–2023 гг., самый ранний визит в Россию у 1 пациента состоялся в 2018 г. Для основной части пациентов (n = 19; 70,37%) длительность ВИЧ-инфекции от момента постановки диагноза до включения в исследование составляла не более 1 мес. Для 4 пациентов длительность инфекции от момента выявления ВИЧ-1 составляла от 3,5 до 10 мес. Еще у 4 пациентов длительность инфекции была более 1,5 года.

Два пациента не имели представления о возможной дате и месте инфицирования, для 25 (92,59%) пациентов средняя длительность инфекции с момента предполагаемого инфицирования была более 2 лет (780 дней; 95% ДИ 377,91–1181,69). Но эти данные не точные, т. к. пациенты могли указать только год (n = 12) или год и месяц (n = 13) предполагаемого инфицирования. В общей сложности 15 (55,56%) пациентов заявляли Москву как вероятное место инфицирования. Ещё 10 пациентов предполагали, что их инфицирование произошло на Кубе. Предполагаемое место инфицирования учитывалось в дальнейшем анализе генетических вариантов ВИЧ-1 в образцах.

Пять пациентов на момент забора образца были трансгендерными лицами. Десять пациентов (4 из которых были трансгендерными лицами) относились к группе КСР. Ещё 2 пациента указывали на большое количество половых партнёров за последние 6 мес и не могли назвать точное число; 4 пациента имели 30, 20, 10 и 5 половых партнёров соответственно; 2 пациента — по 4, ещё 2 пациента — по 3; 5 пациентов указали 1 партнёра и 2 не имели связей за последние 6 мес.

Опыт терапии в прошлом был у 5 (22,72%) пациентов, но все они прекратили приём препаратов минимум за 3 мес до включения в исследование. Пациент M222 периодически принимал эфавиренз + тенофовира дизопроксила фумарат + ламивудин, делая перерывы в несколько месяцев. У пациента M208, включённого в исследование в 2024 г., был опыт приёма трувады (эмтрицитабин + тенофовира дизопроксила фумарат) в 2022 г. Наконец, 3 пациента (M80, M177, M223) имели опыт эпизодического приёма неустановленных средств АРТ.

В образцах плазмы крови была определена концентрация РНК ВИЧ-1 (вирусная нагрузка, ВН), количество CD4-лимфоцитов.

Получены нуклеотидные последовательности региона pol (позиции 2253–3353 референсного штамма HXB-2, номер GenBank K03455), кодирующего протеазу, и фрагмент обратной транскриптазы ВИЧ-1 в исследованных образцах. Секвенирование проводили с помощью набора реагентов «АмплиСенс HIV-Resist-Seq» (ЦНИИ Эпидемиологии) и генетического анализатора «Applied Biosystems» («Life Technologies»).

Проведён последовательный анализ, включающий предварительное определение генетического варианта с помощью онлайн-приложения HIVBlast⁸, филогенетического анализа в программе «MEGA 6.0» [23] и кластерного анализа нуклеотидных последовательностей с помощью программы «ClusterPicker 1.2.3» (порог генетической дистанции 4,5% с bootstrap-поддержкой более 90%)⁹.

Для проведения филогенетического и кластерного анализов полученная выборка была дополнена нуклеотидными последовательностями кубинских пациентов (n = 430) из международной базы данных ВИЧ-1 Института Лос-Аламос (США)¹⁰, описанными в публикациях, посвящённых анализу образцов ВИЧ-1, выделенных на территории Кубы в 2007–2017 гг. [3, 6, 10]. Для филогенетического анализа геномов, генетически близких к циркулирующим в России вариантам ВИЧ-1, применяли подборку референтных последовательностей, использованную ранее при анализе вариантов ВИЧ-1, циркулировавших в странах Восточной Европы и Центральной Азии в 2010–2019 гг. [15].

Анализ ЛУ ВИЧ-1 проводили с помощью онлайн-приложения HIVdb базы данных Стэндфордского университета¹¹ с определением как самих мутаций устойчивости, так и уровня ЛУ на основании подсчёта баллов Stanford Penalty Score [22, 24].

Полученные в ходе работы нуклеотидные последовательности были депонированы в Российскую базу данных устойчивости ВИЧ к антиретровирусным препаратам — RuHIV (https://ruhiv.ru/) под номерами RHD10698, RHD10712, RHD10720, RHD10721, RHD10725, RHD10727, RHD10733-RHD10736, RHD10739, RHD16068, RHD16123, RHD16132, RHD17497, RHD17505, RHD17513, RHD17514, RHD20769, RHD20773, RHD20782, RHD20783, RHD20796-RHD20798, RHD20806, RHD20813.

Данное исследование было одобрено ЛЭК ЦНИИ Эпидемиологии (протокол № 142 от 25.04.2024).

Результаты

Средний уровень ВН составил 5,33 (95% ДИ 5,19–5,44) log копий/мл, среднее число CD4-лимфоцитов — 405 (95% ДИ 296,34–513,34) клеток/мкл. Для 23 (85,19%) пациентов была определена 2а стадия ВИЧ-инфекции. Еще 4 пациента были на 3-й стадии. Не выявлено достоверных различий между стадией ВИЧ-инфекции и величиной ВН или числом CD4-лимфоцитов.

Был проведён анализ генетических вариантов ВИЧ-1 в образцах на основе поиска максимально генетически близких референтных последовательностей из базы данных GenBank с помощью онлайн-приложения HIVBlast. Результаты анализа представлены в таблице. Генетически близким с референтными последовательностями ВИЧ-1 с Кубы оказался 21/27 (77,78%) образец. При этом 12 (57,14%) из 21 пациентов, инфицированных этими вариантами ВИЧ-1, предполагали, что их инфицирование произошло в Москве, а не на Кубе.

 

Результаты предварительного генотипирования нуклеотидных последовательностей ВИЧ-1 в онлайн-приложении HIVBlast

Образец	Предполагаемое место инфицирования	Референтная последовательность в HIVBlast
		номер GenBank	генетический вариант	страна	генетическая близость, %
M52	Москва	MZ004274	CRF19_cpx	Куба	98
M67	Москва	MZ004382	CRF19_cpx	Куба	95
M75	Москва	MK817409	CRF20_BG	Куба	98
M76	Москва	MK817388	CRF20_BG	Куба	96
M80	Москва	MH471360	Субтип B	Германия	96
M82	Москва	MH667011	Субтип B	Россия	98
M88	Москва	DQ113271	CRF19_cpx	Куба	95
M89	Москва	MZ004339	CRF19_cpx	Куба	96
M90	Не известно	DQ113301	Субтип B	Куба	96
M91	Москва	JQ585469	Субтип B	Куба	97
M94	Москва	DQ113060	CRF19_cpx	Куба	96
M96	Москва	OL792340	Суб-субтип A6	Россия	97
M151	Куба	KJ770458	Субтип B	Германия	96
M160	Москва	MZ004178	CRF19_cpx	Куба	97
M169	Москва	MK817435	CRF18_cpx	Куба	96
M177	Москва	AY900579	CRF24_BG	Куба	97
M185	Куба	KR860993	Субтип C	Ботсвана	95
M186	Куба	KR860993	Субтип C	Ботсвана	94
M195	Москва	JN000054	CRF20_BG	Куба	97
M199	Куба	JN000009	Субтип B	Куба	97
M208	Куба	MK817498	CRF18_cpx	Куба	96
M209	Куба	MK817361	Субтип B	Куба	97
M222	Куба	JN000021	CRF24_BG	Куба	96
M223	Куба	MK817465	CRF18_cpx	Куба	96
M224	Не известно	DQ020274	CRF20_BG	Куба	90
M232	Куба	MK817454	CRF18_cpx	Куба	98
M240	Куба	DQ113256	Субтип B	Куба	96

 

Два пациента были инфицированы ВИЧ-1 субтипа C, типичным для Ботсваны. Ещё 2 пациента имели ВИЧ-1 субтипа B, близкого к вирусам, выделенным в Германии: пациент M151, инфицированный ВИЧ-1 субтипа B, предполагал свое заражение на Кубе, а пациент M80 — в Москве.

Лишь от 2 пациентов были получены образцы ВИЧ-1, типичные для России: один пациент был инфицирован вирусом суб-субтипа A6, а ещё один — вирусом, генетически близким к референтам субтипа B из Чехии и России, причём российские референтные вирусы A6 и B были выделены от пациентов-мужчин c гомосексуальным и с гетеросексуальным путём передачи ВИЧ-1 в 2019 и 2015 гг. соответственно.

Полученные результаты предварительного генотипирования были в основной массе подтверждены филогенетическим анализом с референтными нуклеотидными последовательностями ВИЧ-1, выделенными от кубинских пациентов в 2007–2017 гг. (рис. 1). Эта же подборка референтных последовательностей и исследуемых геномов (n = 457) была подвергнута кластерному анализу.

 

Рис. 1. Результаты филогенетического и кластерного анализа нуклеотидных последовательностей фрагмента гена pol (позиции 2253–3353) исследуемой коллекции образцов ВИЧ-1 (n = 27) и группы сравнения (n = 430) кубинских образцов ВИЧ-1.

Филогенетический анализ проведён по методу максимального правдоподобия с использованием GTR+G+I-модели нуклеотидных замен в 500 независимых построениях. Кластерный анализ проводили с порогом генетической дистанции 4,5% и bootstrap-поддержкой более 90%. Последовательности исследуемой коллекции, сформировавшие кластеры, обозначены звездочками, не образовавшие — чёрными кружками.

 

Выявлены 3 кластера, образованных исследуемыми образцами:

1) кластер, образованный 2 образцами ВИЧ-1 субтипа С от эпидемиологически связанных пациентов M185 и M186;

2) кластер, образованный образцом от пациента M222 и референтом MK817363;

3) кластер, образованный образцом M160 и референтными последовательностями MZ004165 и MZ004178.

Пациент M222 — КСР, практикующий секс под химическими препаратами. ВИЧ-инфекция была выявлена у него в 2013 г., а предполагаемым местом заражения в том же 2013 г. была Куба. Поэтому не является неожиданностью формирование кластера между M222 и MK817363 — вирусом CRF20_BG, изолированным на Кубе в 2017 г. Интересно, что изначально этот образец в программе HIVBlast был идентифицирован как CRF24_BG (таблица), поскольку по исследуемому генетическому фрагменту CRF20 и CRF24 очень близки. Кластерный анализ позволил скорректировать эти данные, отнеся исследуемый образец к CRF20.

В то же время пациент M160, чей образец образовал общий кластер с образцами CRF19_cpx MZ004165 и MZ004178, выделенными в Гаване в 2013 г. от мужчины и женщины соответственно, также был КСР и трансгендерной персоной. ВИЧ-инфекция у пациента была выявлена в июне 2023 г., а предполагаемые место и дата инфицирования — Москва, январь 2022 г.

Образцы от пациентов M82 и M96, генетически близкие российским вирусам субтипа B и суб-субтипа A6 соответственно, были подвергнуты дополнительному филогенетическому анализу с референтными последовательностями циркулирующих в России генетических вариантов ВИЧ-1 (рис. 2). Образец M96 в 82% возможных построений образовывал общую ветвь с референтами суб-субтипа A6 AF413987 и AY500393. Образец M82, в свою очередь, с достоверностью в 78% образовывал общую ветвь с российским референтом Bwest AY819715 и основным мировым референтом этой же линии HXB-2 K03455.

 

Рис. 2. Результаты филогенетического анализа нуклеотидных последовательностей фрагмента гена pol (позиции 2253–3353) образцов ВИЧ-1 от пациентов M82 и M96, предположительно принадлежащих к генетическим вариантам, циркулирующим в России.

Филогенетический анализ проведён по методу максимального правдоподобия с использованием HKY+G-модели нуклеотидных замен и bootstrap-поддержкой 500. Последовательности M82 и M96 обозначены чёрными кружками. Подветви, образованные вирусами суб-субтипа A6, генетическими вариантами Bwest и Bfsu, выделены рамками.

 

Ни в одном образце ВИЧ-1 не было выявлено ЛУ к ингибиторам протеазы (рис. 3). ЛУ к хотя бы одному ингибитору обратной транскриптазы была выявлена в 9 (33,33%; 95% ДИ 15,55–51,11) образцах, причём 3 (11,11%; 95% ДИ 0–22,97) образца (один CRF19_cpx и два CRF20_BG) имели устойчивость и к НИОТ, и к ННИОТ. Типичные для России вирусы из упомянутых выше образцов от пациентов M82 и M96 не содержали ЛУ, как и вирусы субтипа C от пациентов M185 и M186 и ВИЧ-1 субтипа B от пациента M80. Наиболее часто (в 29,63% образцов; 95% ДИ 12,41–46,85) выявлялась ЛУ (преимущественно высокого уровня) к ННИОТ эфавирензу и невирапину, что было связано с мутациями K103N, Y181C и P225H (рис. 3).

 

Рис. 3. Результаты анализа частоты встречаемости ЛУ (a) и мутаций ЛУ к ингибиторам ВИЧ-1 классов НИОТ и ННИОТ (б).

ABC — абакавир; AZT — зидовудин; d4T — ставудин; ddl — диданозин; FTC — эмтрицитабин; 3TC — ламивудин; TDF — тенофовир дизопроксил; DOR — доравирин; EFV — эфавиренз; ETR — этравирин; NVP — невирапин; RPV — рилпивирин.

Анализ проведён с помощью онлайн-приложения HIVdb, степень устойчивости была определена на основании подсчёта баллов Stanford Penalty Score.

 

Устойчивость к рилпивирину также была связана с присутствием мутаций Y181C, K101E и E138A. Наконец, ЛУ высокого уровня к НИОТ эмтрицитабину и ламивудину у вируса в 2 (7,41%; 95% ДИ 0–17,29) образцах была связана с наличием мутации M184V.

У 6 из 9 пациентов, инфицированных ВИЧ-1 с ЛУ, не было опыта терапии, а у 3 — был опыт в прошлом. Пациент M222 с опытом приёма эфавиренз + тенофовир дизопроксил + ламивудин имел вирус с ЛУ высокого уровня к эфавирензу (и перекрестной ЛУ к невирапину) и ламивудину из-за сочетания мутаций M184V, K103N и P225H. У пациента M208 с опытом приёма трувады за 2 года до исследования был выявлен ВИЧ-1 только с мутацией K103N, вызывающей ЛУ высокого уровня к эфавирензу и невирапину. Эту же замену содержал вирус в образце пациента M223.

Обсуждение

Полученные нами результаты определения генетического варианта ВИЧ-1 говорят о том, что абсолютное большинство пациентов — 21 (77,78%), было инфицировано вариантом вируса, типичным для страны происхождения пациента — Кубы. В случае 12 из 15 пациентов, указавших в качестве вероятного места инфицирования Москву, либо имело место заражения от гражданина Кубы или общего с ним полового партнера, либо неверная оценка места вероятного заражения. Выявленные нами 2 случая инфекции типичным для Ботсваны вирусом субтипа C, скорее всего, произошли на территории Кубы, как и предполагали пациенты, т. к. на Кубе в 2013 г. были выявлены «африканские» варианты ВИЧ-1 [1]. То же касается пациента M151, у которого выявлена ВИЧ-инфекция вирусом субтипа B, генетически близким к вирусу, циркулирующему на территории Германии, что отражает связь эпидемии ВИЧ-инфекции на Кубе и в Западной Европе [1, 7].

Два образца — М222 (CRF20_BG) и М160 (CRF19_cpx) — образовали два «активных» (расширяющихся) кластера, в которые вошли также образцы, выделенные от кубинцев в другой временной период (разница в 4 года и 10 лет соответственно). Это говорит о продолжении циркуляции и дальнейшем распространении этих вирусных генетических линий в мире.

Таким образом, в общей сложности 24 (88,88%) исследованных нами МСМ — граждан Кубы, проживающих в Москве, вероятно, были инфицированы либо на родине, либо от своего согражданина. Лишь 3 пациента могли быть инфицированы на территории России:

• пациенты M82 и M96, инфицированные ВИЧ-1, типичными для территории России;
• пациент M80, инфицированный вирусом субтипа B, генетически близким к штамму, циркулирующему на территории Германии. Между тем циркуляция западноевропейских вариантов ВИЧ-1 типична для уязвимой группы МСМ в России [18, 20, 21].

Полученные нами данные о частоте встречаемости ЛУ имеют низкую статистическую достоверность из-за небольшого размера выборки (n = 27), что не позволяет достоверно сравнивать наши результаты с опубликованными данными о ЛУ ВИЧ-1 на Кубе. Мы выявили ЛУ в 9 образцах вируса, 3 из которых были получены от пациентов, имевших опыт терапии. Наиболее часто выявляемая ЛУ высокого уровня к эфавирензу и невирапину — тенденция последних лет в России и странах с низким и средним уровнем дохода населения [22, 24]. Наличие ВИЧ-1 с ЛУ у 6 (25%; 95% ДИ 8,67-41,33) из 24 пациентов, вероятно получивших ВИЧ-1 от граждан Кубы, является следствием проблемы распространения ЛУ на Кубе [6]. При этом применение эффективных схем терапии может стать залогом вирусологического успеха даже на фоне устойчивости ВИЧ-1 к эфавирензу и невирапину.

Заключение

Наши результаты говорят о вкладе миграции с Кубы в генетическое разнообразие ВИЧ-1 среди МСМ в Москве в последние годы и о её влиянии на распространение ЛУ ВИЧ-1 в этой уязвимой группе. Однако достоверные данные о степени такого влияния могут быть получены лишь при исследовании более широкой выборки пациентов группы МСМ. Таким образом, фактор миграции должен учитываться в программах профилактики и противодействия распространению ВИЧ-инфекции в России, а для эффективного лечения пациентов с ЛУ-вариантами ВИЧ-1 необходим подбор эффективной схемы терапии.

 

¹ Декларация о принципах взаимоотношений между Российской Федерацией и Республикой Куба. 1996. URL: https://docs.cntd.ru/document/1902532?section=text

² Меморандум о принципах стратегического сотрудничества между Российской Федерацией и Республикой Куба. 2009. URL: https://docs.cntd.ru/document/902161646?section=text

³ Совместное заявление Президента Российской Федерации В.В. Путина и Председателя Государственного Совета и Совета Министров Республики Куба М. Диас-Канеля Бермудеса об общих подходах в международных делах. 2018. URL: http://www.kremlin.ru/supplement/5354

⁴ Информационный бюллетень ЮНЭЙДС по странам. Куба, 2023. URL: https://www.unaids.org/en/regionscountries/countries/cuba

⁵ Федеральный научно-методический центр по профилактике и борьбе со СПИДом. URL: http://www.hivrussia.info

⁶ Фонд по профилактике социально значимых заболеваний «Шаги». URL: http://stepsfund.ru

⁷ Низкопороговый центр профилактики ВИЧ-инфекции и поддержки людей, живущих с ВИЧ в Москве и Московской области. URL: https://lasky.ru

⁸ Los Alamos National Laboratory. HIV BLAST. URL: https://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/BASIC_BLAST/basic_blast.html

⁹ Leigh Brown HIV Research Group. Picking and Describing HIV Clusters in Phylogenetic Trees. URL: https://hiv.bio.ed.ac.uk/software.html

¹⁰ Los Alamos National Laboratory. HIV databases. URL: https://www.hiv.lanl.gov

¹¹ Stanford HIV Drug Resistance Database. URL: https://hivdb.stanford.edu

Об авторах

Илья Андреевич Лаповок

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора

Автор, ответственный за переписку.
Email: i_lapovok@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-6328-1415

канд. биол. наук, с. н. с. лаб. диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции

Россия, Москва

Алина Алексеевна Кириченко

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: kirichenko@cmd.su
ORCID iD: 0000-0002-7116-0138

канд. мед. наук, с. н. с. лаб. диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции

Россия, Москва

Анастасия Вениаминовна Шлыкова

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: murzakova_a.v@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-1390-8021

н. с. лаб. диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции

Россия, Москва

Дмитрий Евгеньевич Киреев

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: dmitkireev@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-7896-2379

канд. биол. наук, зав. лаб. диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции

Россия, Москва

Анна Анатольевна Попова

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора; Российская медицинская академия непрерывного профессионального образования

Email: asya-med@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-9484-5917

канд. мед. наук, с. н. с. Специализированного научно-исследовательского отдела по профилактике и борьбе со СПИДом ЦНИИ Эпидемиологии, доцент каф. инфекционных болезней РМАНПО

Россия, Москва; Москва

Анастасия Вадимовна Покровская

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора; Российский университет дружбы народов имени Патриса Лумумбы

Email: pokrovskaya@cmd.su
ORCID iD: 0000-0002-2677-0404

д-р мед. наук, с. н. с. ЦНИИ Эпидемиологии, профессор каф. инфекционных болезней с курсами эпидемиологии и фтизиатрии Медицинского института РУДН им. Патриса Лумумбы

Россия, Москва; Москва

Список литературы

Дополнительные файлы