DETERMINATION OF PHYLOGENETIC RELATIONSHIP OF YERSINIA PESTIS STRAINS FROM NATURAL PLAGUE FOCI OF THE CAUCASUS BY MULTI-LOCUS VNTR-ANALYSIS

Cover Page


Cite item

Full Text

Abstract

Aim. Determination of the degree of phylogenetic relationship of Yersinia pestis strains isolated from the territories of natural foci of plague from the Caucasus using VNTR-typing by 25 loci (MLVA25). Materials and methods. 26 strains of Y. pestis from Russian natural foci of the Caucasus were used in the study. 25 loci of tandem repeats in Y. pestis genome by Le Fleche scheme were used for execution of multi-locus VNTR-analysis. Deciphering of nucleotide sequences was carried out in automatic sequencer ABI 3130 Genetic Analyser. Analysis of confinement of clusters to certain territories, objects and time of isolation of strains was carried out using Arc GIS 10.1 program. Results. Groups of MLVA25-types of various levels of discrimination were formed: clusters, groups and subgroups. Clusters were formed by strains of various taxonomic membership: main and subspecies of Y. pestis. Subgroups reflect membership of strains in certain foci, and MLVA25-types - the degree of genetic relationship. Conclusion. Genetic «portraits» of plague causative agents obtained using MLVA25-types circulating in various natural-focal territories allow to solve problems ofboth theoretical and practical character: from interpretation of microevolution processes to the search of the source of infection and ways of its spread during possible epidemic complications.

About the authors

N. S. Serdyuk

Stavropol Research Institute for Plague Control

Author for correspondence.
Russian Federation

Yu. M. Evchenko

Stavropol Research Institute for Plague Control

Russian Federation

I. V. Kuznetsova

Stavropol Research Institute for Plague Control

Russian Federation

E. B. Zhilchenko

Stavropol Research Institute for Plague Control

Russian Federation

N. V. Zharinova

Stavropol Research Institute for Plague Control

Russian Federation

O. A. Konyaeva

Stavropol Research Institute for Plague Control

Russian Federation

V. M. Mezentsev

Stavropol Research Institute for Plague Control

Russian Federation

A. S. Volynkina

Stavropol Research Institute for Plague Control

Russian Federation

E. S. Kotenev

Stavropol Research Institute for Plague Control

Russian Federation

M. E. Platonov

State Scientific Centre of Applied Microbiology and Biotechnology

Russian Federation

A. P. Anisimov

State Scientific Centre of Applied Microbiology and Biotechnology

Russian Federation

A. N. Kulichenko

Stavropol Research Institute for Plague Control

Russian Federation

References

  1. Бондарева О.С., Савченко С.С., Ткаченко Г.А., Абуева А.И., Муратова Ю.О., Антонов В. А. Современные подходы к генотипированию возбудителей особо опасных инфекций. Эпидемиология и инфекционные болезни. 2014, 1: 34-43.
  2. Евсеева В.В., Платонов М.Е., Говорунов И.Г., Ефременко Д.В., Кузнецова И.В., Дентовская С.В., Куличенко А.Н., Анисимов А.П. Сравнительный анализ MLVA25- и МЕУА7-типирования по способности определять очаговую принадлежность штаммов Yersinia pestis на примере изолятов из Центрально-Кавказского высокогорного очага чумы. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2016, 1: 37-40.
  3. Евченко, Ю.М., Ефременко Д.В., Кузнецова И.В., Мезенцев В.М., Белявцева Л.И., Платонов М.Е. и др. Изучение генетического разнообразия штаммов Yersinia pestis из Центрально-Кавказского высокогорного природного очага чумы. Проблемы особо опасных инфекций. 2013, 4: 51-55.
  4. Онищенко Г.Г., Кутырев В. В. Природные очаги чумы Кавказа, Прикаспия, Средней Азии и Сибири. М., Медицина, 2004.
  5. Павлова А.И., Ерошенко Г.А., Куклева Л.М., Шавина Н.Ю., Краснов Я.М., Кутырев B. В. Анализ генетической изменчивости штаммов Yersinia pestis средневекового био-вара из природных очагов чумы России и Монголии. Проблемы особо опасных инфекций. 2012,4:49-53.
  6. Платонов М.Е. Молекулярно-генетическое изучение разнообразия и микроэволюции Yersinia pestis. Автореф. дис. канд. биол. наук. Оболенск, 2010.
  7. Платонов М.Е., Евсеева В.В., Светоч Т.Э., Ефременко Д.В., Кузнецова И.В., Дентовская C. В., Куличенко А.Н., Анисимов А.П. Филогеография полевочьих штаммов Yersinia pestis из природных очагов Кавказа и Закавказья. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2012, 3: 18-21.
  8. Платонов М.Е., Евсеева В.В., Дентовская С.В., Анисимов А.П. Молекулярное типи-рование Yersinia pestis. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2013, 2: 3-12.
  9. Попов Н.В., Безсмертный В.Е., Матросов А.Н., Немченко Л.С., Вержуцкий Д.Б., Малецкая О.В., Горшенко В.В., Попов В.П., Топорков В.П., Топорков А.В., Кутырев В.В. Эпизоотическая активность природных очагов чумы Российской Федерации в 2010 г. и прогноз на 2011 г. Проблемы особо опасных инфекций. 2011, 1: 7-31.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2017 Serdyuk N.S., Evchenko Y.M., Kuznetsova I.V., Zhilchenko E.B., Zharinova N.V., Konyaeva O.A., Mezentsev V.M., Volynkina A.S., Kotenev E.S., Platonov M.E., Anisimov A.P., Kulichenko A.N.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.