ОПРЕДЕЛЕНИЕ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОГО РОДСТВА ШТАММОВ YERSINIA PESTIS ИЗ ПРИРОДНЫХ ОЧАГОВ ЧУМЫ КАВКАЗА МЕТОДОМ МУЛЬТИЛОКУСНОГО VNTR-АНАЛИЗА

Обложка


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель. Определение степени филогенетического родства штаммов Yersinia pestis, выделенных на территориях природных очагов чумы Кавказа, с помощью VNTR-типирования по 25 локусам (MLVA25). Материалы и методы. В работе использовали 26 штаммов Y. pestis из российских природных очагов Кавказа. Для выполнения мультилокусного VNTR-анализа использовали 25 локусов тандемных повторов в геноме Y. pestis по схеме Le Fleche. Расшифровку нуклеотидных последовательностей проводили на автоматическом секвенаторе ABI 3130 Genetic Analyser. Анализ приуроченности кластеров к определенным территориям, объектам и срокам изоляции штаммов осуществляли с использованием программы Arc GIS 10.1. Результаты. Сформированы группы МЕУА25-типов разного уровня дискриминации: кластеры, группы и подгруппы. Кластеры сформированы штаммами различной таксономической принадлежности: основным и полевочьим подвидами Y. pestis. Подгруппы отображают принадлежность штаммов к определенным очагам, а MLVA25-THnbi - степень генетического родства. Заключение. Полученные с помощью МЬУА25-типов генетические «портреты» культур возбудителя чумы, циркулирующих на разных природноочаговых территориях, позволяют решать задачи как теоретического, так и практического характера: от трактовки процессов микроэволюции до поиска источника инфекции и путей ее распространения при возможных эпидемических осложнениях.

Об авторах

Н. С. Сердюк

Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт

Автор, ответственный за переписку.
Email: noemail@neicon.ru
Россия

Ю. М. Евченко

Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт

Email: noemail@neicon.ru
Россия

И. В. Кузнецова

Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Е. Б. Жилченко

Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Н. В. Жаринова

Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт

Email: noemail@neicon.ru
Россия

О. А. Коняева

Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт

Email: noemail@neicon.ru
Россия

В. М. Мезенцев

Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт

Email: noemail@neicon.ru
Россия

А. С. Волынкина

Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Е. С. Котенев

Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт

Email: noemail@neicon.ru
Россия

М. Е. Платонов

Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии

Email: noemail@neicon.ru
Россия

А. П. Анисимов

Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии

Email: noemail@neicon.ru
Россия

А. Н. Куличенко

Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Список литературы

  1. Бондарева О.С., Савченко С.С., Ткаченко Г.А., Абуева А.И., Муратова Ю.О., Антонов В. А. Современные подходы к генотипированию возбудителей особо опасных инфекций. Эпидемиология и инфекционные болезни. 2014, 1: 34-43.
  2. Евсеева В.В., Платонов М.Е., Говорунов И.Г., Ефременко Д.В., Кузнецова И.В., Дентовская С.В., Куличенко А.Н., Анисимов А.П. Сравнительный анализ MLVA25- и МЕУА7-типирования по способности определять очаговую принадлежность штаммов Yersinia pestis на примере изолятов из Центрально-Кавказского высокогорного очага чумы. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2016, 1: 37-40.
  3. Евченко, Ю.М., Ефременко Д.В., Кузнецова И.В., Мезенцев В.М., Белявцева Л.И., Платонов М.Е. и др. Изучение генетического разнообразия штаммов Yersinia pestis из Центрально-Кавказского высокогорного природного очага чумы. Проблемы особо опасных инфекций. 2013, 4: 51-55.
  4. Онищенко Г.Г., Кутырев В. В. Природные очаги чумы Кавказа, Прикаспия, Средней Азии и Сибири. М., Медицина, 2004.
  5. Павлова А.И., Ерошенко Г.А., Куклева Л.М., Шавина Н.Ю., Краснов Я.М., Кутырев B. В. Анализ генетической изменчивости штаммов Yersinia pestis средневекового био-вара из природных очагов чумы России и Монголии. Проблемы особо опасных инфекций. 2012,4:49-53.
  6. Платонов М.Е. Молекулярно-генетическое изучение разнообразия и микроэволюции Yersinia pestis. Автореф. дис. канд. биол. наук. Оболенск, 2010.
  7. Платонов М.Е., Евсеева В.В., Светоч Т.Э., Ефременко Д.В., Кузнецова И.В., Дентовская C. В., Куличенко А.Н., Анисимов А.П. Филогеография полевочьих штаммов Yersinia pestis из природных очагов Кавказа и Закавказья. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2012, 3: 18-21.
  8. Платонов М.Е., Евсеева В.В., Дентовская С.В., Анисимов А.П. Молекулярное типи-рование Yersinia pestis. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2013, 2: 3-12.
  9. Попов Н.В., Безсмертный В.Е., Матросов А.Н., Немченко Л.С., Вержуцкий Д.Б., Малецкая О.В., Горшенко В.В., Попов В.П., Топорков В.П., Топорков А.В., Кутырев В.В. Эпизоотическая активность природных очагов чумы Российской Федерации в 2010 г. и прогноз на 2011 г. Проблемы особо опасных инфекций. 2011, 1: 7-31.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Сердюк Н.С., Евченко Ю.М., Кузнецова И.В., Жилченко Е.Б., Жаринова Н.В., Коняева О.А., Мезенцев В.М., Волынкина А.С., Котенев Е.С., Платонов М.Е., Анисимов А.П., Куличенко А.Н., 2017

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах