GIS: CAPABILITIES OF DATA ANALYSIS OF PHENO- AND GENOTYPING OF EL TOR 01 SEROGROUP CHOLERA VIBRIOS ISOLATED FROM AQUATIC OBJECTS OF THE ENVIRONMENT IN RUSSIA FEDERATION

Cover Page


Cite item

Full Text

Abstract

Aim. Application of the authors’ GIS «Cholera 1989-2014» for systematization of atoxigenic strains of serogroup 01 cholera vibrios (ctxAB-tcpA-, ctxAB-tcpA+), isolated from aquatic objects of the environment by pheno- and genotype. Materials and methods. A sample of 304 Vibrio cholerae 01 strains was studied. Isolation of 39 genes related to pathogenicity was carried out. Discrimination ability of a set of genes was determined by Simpson formula. Cluster analysis was carried out by UPGMA method. Results. Analysis of multi-year data on aquatic V. cholerae 01 strains in country’s subject was carried out using GIS. A possibility of systematization of phenotypes of the isolated strains by defined parameters was shown. An experimental program for detection of presence/lack of various genes and their combinations forgenotyping was developed. Conclusion. GIS was established to allow to carry out analysis of phenotypes by defined parameters, as well as implement approximate systematization of genotypes of atoxigenic strains of cholera vibrios 01 by optimally sufficient detection of 14 genes.

About the authors

D. A. Levchenko

Rostov-on-Don Institute for Plague Control

Author for correspondence.
Email: noemail@neicon.ru
Russian Federation

V. D. Kruglikov

Rostov-on-Don Institute for Plague Control

Email: noemail@neicon.ru
Russian Federation

A. S. Vodopianov

Rostov-on-Don Institute for Plague Control

Email: noemail@neicon.ru
Russian Federation

S. V. Titova

Rostov-on-Don Institute for Plague Control

Email: noemail@neicon.ru
Russian Federation

I. V. Arkhangelskaya

Rostov-on-Don Institute for Plague Control

Email: noemail@neicon.ru
Russian Federation

N. B. Nepomnyaschaya

Rostov-on-Don Institute for Plague Control

Email: noemail@neicon.ru
Russian Federation

M. I. Ezhova

Rostov-on-Don Institute for Plague Control

Email: noemail@neicon.ru
Russian Federation

References

  1. Зубкова Д.А., Кругликов В.Д., Архангельская И.В., Водопьянов А.С., Непомнящая Н.Б., Водопьянов С.О. Генетические особенности штаммов холерных вибрионов 01 серогруппы ctxA-tcpA+, выделенных из водных объектов Российской Федерации, охарактеризованные с помощью новой геоинформационной системы. Здоровье населения и среда обитания. 2014, 9: 32 -34.
  2. Зубкова Д.А., Кругликов В.Д., Водопьянов А.С., Непомнящая Н.Б., Шестиалтынова И.С., Архангельская И.В., Ежова М.И., Ускова Н.Н. Свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2014621055. Геоинформационная система. Холера 1989-2014,2014.
  3. Монахова Е.В. Факторы патогенности нехолерогенных штаммов холерных вибрионов. Автореф. дис. д-ра биол. наук. Ростов-на-Дону, 2012.
  4. Онищенко Г.Г., Попова А.Ю., Кутырев В.В, Смирнова Н.И., Щербакова С.А., Москвитина Э.А., Титова С.В. Актуальные проблемы эпидемиологического надзора, лабораторной диагностики и профилактики холеры в Российской Федерации. Журн. микробиол. 2016, 1: 89-101.
  5. Осина Н.А., Каляева Т.Б., Бугоркова Т.В., Касьян И.А., Оброткина Н.Ф. Результаты мониторинга холерных вибрионов в водных экосистемах на территории Республики Калмыкия. Здоровье населения и среда обитания. 2013, 2 (239): 28-30.
  6. Титова С.В., Москвитина Э.А., Кругликов В.Д., Самородова А.В., Тюленева Е.Г., Монахова Е.В., Писанов Р.В., Водопьянов А.С., Архангельская И.В., Иванова С.М., Ковалева Т.В., Водопьянов С.О. Холера: оценка эпидемиологической обстановки в мире и России в 2006-2015 гг. Прогноз на 2016 г. Пробл. особо опасных инф. 2016, 1: 20-27.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML

Copyright (c) 2016 Levchenko D.A., Kruglikov V.D., Vodopianov A.S., Titova S.V., Arkhangelskaya I.V., Nepomnyaschaya N.B., Ezhova M.I.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.

СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.


This website uses cookies

You consent to our cookies if you continue to use our website.

About Cookies