ГИС: ВОЗМОЖНОСТИ АНАЛИЗА ДАННЫХ ФЕНО- И ГЕНОТИПИРОВАНИЯ ХОЛЕРНЫХ ВИБРИОНОВ 01 СЕРОГРУППЫ ЭЛЬ ТОР, ИЗОЛИРОВАННЫХ ИЗ ВОДНЫХ ОБЪЕКТОВ ОКРУЖАЮЩЕЙ СРЕДЫ НА ТЕРРИТОРИИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

Обложка


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель. Применение авторской ГИС «Холера 1989-2014» для систематизации атоксигенных штаммов холерных вибрионов 01 серогруппы (ctxAB-tcpA-, ctxAB-tcpA+), выделенных из водных объектов окружающей среды, по фено- и генотипу. Материалы и методы. Изучена выборка из 304 штаммов Vibrio cholerae 01. Проведено выявление 39 генов, связанных с патогенностью. Дискриминационную способность набора генов определяли по формуле Симпсона. Кластерный анализ проводили по методу UPGMA. Результаты. С помощью ГИС был проведен анализ многолетних данных о циркуляции водных штаммов V. cholerae 01 на территории субъектов страны. Показана возможность систематизации фенотипов изолированных штаммов по заданным параметрам. Разработана экспериментальная программа для выявления наличия/отсутствия различных генов и их комбинаций для генотипирования. Заключение. Установлено, что ГИС позволяет проводить анализ фенотипов по заданным параметрам, а также осуществлять ориентировочную систематизацию генотипов атоксигенных штаммов холерных вибрионов 01 по оптимально достаточной детекции 14 генов.

Об авторах

Д. А. Левченко

Ростовский-на-Дону противочумный институт

Автор, ответственный за переписку.
Email: noemail@neicon.ru
Россия

В. Д. Кругликов

Ростовский-на-Дону противочумный институт

Email: noemail@neicon.ru
Россия

А. С. Водопьянов

Ростовский-на-Дону противочумный институт

Email: noemail@neicon.ru
Россия

С. В. Титова

Ростовский-на-Дону противочумный институт

Email: noemail@neicon.ru
Россия

И. В. Архангельская

Ростовский-на-Дону противочумный институт

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Н. Б. Непомнящая

Ростовский-на-Дону противочумный институт

Email: noemail@neicon.ru
Россия

М. И. Ежова

Ростовский-на-Дону противочумный институт

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Список литературы

  1. Зубкова Д.А., Кругликов В.Д., Архангельская И.В., Водопьянов А.С., Непомнящая Н.Б., Водопьянов С.О. Генетические особенности штаммов холерных вибрионов 01 серогруппы ctxA-tcpA+, выделенных из водных объектов Российской Федерации, охарактеризованные с помощью новой геоинформационной системы. Здоровье населения и среда обитания. 2014, 9: 32 -34.
  2. Зубкова Д.А., Кругликов В.Д., Водопьянов А.С., Непомнящая Н.Б., Шестиалтынова И.С., Архангельская И.В., Ежова М.И., Ускова Н.Н. Свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2014621055. Геоинформационная система. Холера 1989-2014,2014.
  3. Монахова Е.В. Факторы патогенности нехолерогенных штаммов холерных вибрионов. Автореф. дис. д-ра биол. наук. Ростов-на-Дону, 2012.
  4. Онищенко Г.Г., Попова А.Ю., Кутырев В.В, Смирнова Н.И., Щербакова С.А., Москвитина Э.А., Титова С.В. Актуальные проблемы эпидемиологического надзора, лабораторной диагностики и профилактики холеры в Российской Федерации. Журн. микробиол. 2016, 1: 89-101.
  5. Осина Н.А., Каляева Т.Б., Бугоркова Т.В., Касьян И.А., Оброткина Н.Ф. Результаты мониторинга холерных вибрионов в водных экосистемах на территории Республики Калмыкия. Здоровье населения и среда обитания. 2013, 2 (239): 28-30.
  6. Титова С.В., Москвитина Э.А., Кругликов В.Д., Самородова А.В., Тюленева Е.Г., Монахова Е.В., Писанов Р.В., Водопьянов А.С., Архангельская И.В., Иванова С.М., Ковалева Т.В., Водопьянов С.О. Холера: оценка эпидемиологической обстановки в мире и России в 2006-2015 гг. Прогноз на 2016 г. Пробл. особо опасных инф. 2016, 1: 20-27.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Левченко Д.А., Кругликов В.Д., Водопьянов А.С., Титова С.В., Архангельская И.В., Непомнящая Н.Б., Ежова М.И., 2016

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах