Том 97, № 3 (2020)

Обложка

Весь выпуск

КРАТКИЕ СООБЩЕНИЯ

Эпидемиологическое значение определения РНК SARS-CoV-2 среди различных групп населения Москвы и Московской области в период эпидемии COVID-19

Акимкин В.Г., Кузин С.Н., Шипулина О.Ю., Яцышина С.Б., Тиванова Е.В., Каленская А.В., Соловьева И.В., Вершинина М.А., Квасова О.А., Плоскирева А.А., Мамошина М.В., Елькина М.А., Андреева Е.Е., Иваненко А.В., Микаилова О.М.

Аннотация

ФБУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора представляет приоритетные данные широкомасштабного популяционного ПЦР-исследования динамики уровня циркуляции SARS-CoV-2 среди условно здорового населения Москвы и Московской области.

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2020;97(3):197-201
pages 197-201 views

ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Предварительный клинико-эпидемиологический анализ первых 1000 случаев COVID-19 у детей в Московской области

Мескина Е.Р.

Аннотация

Актуальность. Новая коронавирусная инфекция, вызванная SARS-CoV-2 (COVID-19), продолжает распространяться по миру, однако эпидемиологическая ситуация отличается в разных странах. Представляет интерес оценить педиатрическую заболеваемость в отдельном субъекте России — Московской области (МО), тесно взаимосвязанной с Москвой (где зарегистрировано максимальное количество случаев COVID-19 в России). Оценка эпидемиологических данных интересна в связи с поздним началом эпидемического подъема, внедрением на ранних этапах превентивного локдауна, широким тестированием всех выявленных контактных лиц.

Цель работы — оценить педиатрическую заболеваемость COVID-19 с определением ее ведущих клинико-эпидемиологических характеристик на материалах официального мониторинга за текущей ситуацией в МО.

Материалы и методы. Проведен ретроспективный анализ всех педиатрических случаев лабораторно подтвержденной COVID-19 в МО (1047 детей всех возрастов) с момента начала регистрации в порядке ежедневного мониторинга за эпидемиологической ситуацией (суммарно в течение 53 дней). Информация извлечена из базы данных Территориального управления Роспотребнадзора МО и собрана в рамках свода по форме «Ежедневный мониторинг детей с коронавирусной инфекцией», приложение ГАС «Управление» МО.

Результаты. Доля педиатрических случаев COVID-19 среди всех зарегистрированных на 06.05.2020 (16 590) составила 6,3% (95% ДИ1 5,9–6,7), общая инфицированность педиатрической популяции субъекта — 0,07% (0,06–0,09). Средний индекс репродукции колебался в пределах от 4,8 (на этапе двухнедельного экспоненциального роста) до 2,7 (в последующем периоде более медленного прироста заболеваемости) и составил в среднем 3,8 (3,0–4,57). Коэффициент очаговости COVID-19 среди детей был высоким — 82,8% (79,7–85,6) с небольшим средним числом выявленных случаев в очаге — 1,21 (1,16–1,26). Значительно преобладали бессимптомные формы COVID-19 — 62,2% (59,2–65,1), в том числе у новорожденных — 73,1%, с низкой частотой тяжелых форм — 0,38% (0,35–0,41) и низким индексом госпитализации — 12,0 (10,1–14,2). Летальность отсутствовала. Средний возраст заболевших и инфицированных — 8 [4; 13] лет. Мальчики преобладали незначительно (53,2%).

Выводы. Прослеживается отчетливая этапность развития эпидемической ситуации среди детей в МО. Передача COVID-19 в детской популяции осуществлялась главным образом в семейных очагах с вторичным распространением. Благодаря ранним превентивным мерам и широкому тестированию период экспоненциального роста был коротким, удалось избежать крупных очагов инфекции, дополнительно выявлено 17,2% очагов COVID-19, в которых первым заболевшим был ребенок. Необходимо в дальнейшем соблюдать дистанцирование и обеспечивать эффективную изоляцию заболевших детей и взрослых, поскольку вероятность высокой педиатрической заболеваемости может запаздывать по сравнению со взрослыми.

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2020;97(3):202-213
pages 202-213 views

Тетрануклеотидный профиль герпесвирусных ДНК

Филатов Ф.П., Шаргунов А.В.

Аннотация

Введение. Герпесвирусные ДНК (около 90% всех полногеномных последовательностей семейства Herpesvirales, представленных в GenBank) содержат в минимальной концентрации один из двух тетрануклеотидов — CTAG или TCGA. «Недопредставленность» CTAG ранее наблюдалась только в ДНК некоторых бактерий и фагов. Ранее выявленная «недопредставленность» метилируемого димера CpG находит свое выражение в низкой концентрации TCAG в ДНК герпесвирусов.

Цель работы — продолжение анализа формальных характеристик герпесвирусных ДНК, а также сопоставление их с плотностью ДНК-микрогомологий вирус/хозяин и с геномной макроструктурой герпесвирусов.

Материалы и методы. Проанализированы по 20 штаммов и изолятов каждого из пяти типов вирусов герпеса человека (HHV1, HHV2, HHV3, HHV4, HHV5), 10 штаммов HHV8, 5 штаммов HHV6A, 4 штамма HHV6B и 3 штамма HHV7. Для определения частоты тетрануклеотидов использовали инструменты GenBank, а для сравнения — фрагменты ДНК человека размером с ДНК герпесвирусов.

Результаты. Минимальная концентрация CTAG в ДНК герпесвирусов в основном характерна для двух- и односегментных геномов с прямыми или инвертированными концевыми повторами (классов A, D и E), тогда как минимальная плотность TCGA — главным образом для значительно менее структурированной ДНК (классов B, C и F). По нарастанию плотности CTAG геномы герпесвирусов человека образуют последовательность, близкую к последовательности 20 нт-гомологий ДНК герпесвирус/человек, организованной по нарастанию плотности, что также коррелирует с макроструктурой ДНК. Параллель этой минимизации со структурой ДНК вирусов герпеса или с их принадлежностью к тому или иному подсемейству в литературе не отмечена. Хотя герпесвирусные ДНК довольно велики (125–295 Кб), некоторые из них (например, ДНК HHV4, HHV5 и HHV7) демонстрируют заметные отклонения от второго правила четности ДНК и, таким образом, могут служить компонентом вирусных молекулярных сигнатур.

В Обсуждении предлагаются возможные гипотезы происхождения некоторых из отмеченных явлений.

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2020;97(3):216-226
pages 216-226 views

Состояние гуморального иммунитета к парвовирусу В19 у населения отдельных географических регионов

Лаврентьева И.Н., Хамитова И.В., Camara J., Антипова А.Ю., Бичурина М.А., Magassouba F.N., Никишов О.Н., Кузин А.А., Семенов А.В.

Аннотация

Введение. В ряде стран, в том числе в России, отсутствуют регистрация и учет заболеваемости парвовирусной инфекцией; о распространении этой инфекции можно судить по показателям гуморального иммунитета.

Цель исследования: оценка серопревалентности к парвовирусу В19 (PVB19) в разных возрастных группах населения России, Средней Азии, Западной Африки.

Материалы и методы. На IgG-антитела к PVB19 исследованы 1732 сыворотки крови жителей Санкт-Петербурга, Нур-Султана, трудовых мигрантов из Узбекистана и Таджикистана, граждан Гвинейской Республики.

Результаты. Наибольшие показатели серопревалентности выявлены в городах Санкт-Петербурге и Нур-Султане (62–65%); наименьшие — среди трудовых мигрантов из Узбекистана и Таджикистана (47%). Показатель серопревалентности к PVB19, полученный в Гвинейской Республике, составил 53%. Установлена общая тенденция повышения доли серопозитивных лиц в старших возрастных группах: до 55% — у мигрантов из Средней Азии и граждан Гвинейской Республики; до 80–85% — у жителей Санкт-Петербурга и Нур-Султана.

Обсуждение. Полученные результаты подтверждают факт распространения парвовирусной инфекции в разных странах мира. Наличие восприимчивых к заражению лиц может привести к распространению инфекции в группах риска — среди беременных женщин, лиц с иммунодефицитами, реципиентов препаратов крови, онкологических больных.

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2020;97(3):233-241
pages 233-241 views

Индикация и идентификация вирусов денге и Чикунгунья в комарах рода Aedes spp., отловленных в Центральной Америке

Игнатьев Г.М., Каа К.В., Оксанич А.С., Антонова Л.П., Самарцева Т.Г., Мефед К.М., Яковлева Д.А., Жиренкина Е.Н.

Аннотация

Целью работы было выделение арбовирусов из комаров различных видов в культуре клеток и их идентификация молекулярными и иммунохимическими методами.

Материалы и методы. Выделение вирусов проводилось на клетках C6/36. Возбудителей идентифицировали с использованием наборов для иммуноферментного анализа (ИФА) для выявления антигенов вирусов денге, Чикунгунья, ВЗН и Синдбис и полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) со специфическими праймерами с последующим секвенированием по Сенгеру.

Результаты. Всего было исследовано 102 комара, относящихся к трем родам: Culex spp., Culiseta spp., Aedes spp. Комары каждого вида или рода были разделены на пулы по 4–5 особей. При исследовании суспензий только 2 пулов комаров, полученных от Aedes aegypti и Aedes albopictus, начиная с 3-го пассажа отмечены изменения монослоя клеток C6/36. В материалах суспензии, полученной из пула Aedes albopictus, начиная с 4-го пассажа методом ИФА выявлялся антиген вируса Чикунгунья. В материалах, полученных из пула Aedes aegypti, на 5-м пассаже определялся вирус денге. Таким образом, только в 2 из 23 исследованных пулов комаров разных родов определялись антигены вирусов Чикунгунья или денге. Материалы 5-го пассажа были исследованы в ОТ-ПЦР со специфическими праймерами к вирусам денге и Чикунгунья. Подтверждено, что изолят, полученный от комаров Aedes albopictus, содержал РНК вируса Чикунгунья и соответствовал Восточному/Центральному/Южно-Африканскому генотипу, а изолят, полученный от комаров Aedes aegypti, содержал РНК вируса денге 2-го типа.

Заключение. Полученные нуклеотидные последовательности вируса Чикунгунья были депонированы в международной базе данных GenBank под номерами MN271691 и MN271692.

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2020;97(3):227-232
pages 227-232 views

Характеристика назофарингеального носительства бактериальных патогенов у детей и взрослых с рецидивирующими респираторными заболеваниями в Хабаровске (2015–2018 гг.)

Шмыленко В.А., Бондаренко А.П., Троценко О.Е., Туркутюков В.Б., Базыкина Е.А.

Аннотация

Цель работы — по материалам четырёхлетних наблюдений представить характеристику назофарингеального носительства бактериальных патогенов у детей и взрослых с рецидивирующими респираторными заболеваниями в г. Хабаровск.

Материалы и методы. Мазки из ротоглотки и носоглотки от 7043 детей и взрослых исследованы классическим бактериологическим методом. Для диагностики микроорганизмов использованы: колумбийский агар с добавлением 5% дефибринированной крови барана с инкубацией посевов в атмосфере 5% СО2 , бактериологический анализатор «Vitek 2 Compact», метод ПЦР в реальном времени для подтверждения культур S. pyogenes.

Результаты. Выявлен высокий уровень носительства назофарингеальных патогенов (76,4%) со следующим ранговым положением основных возбудителей: S. pneumoniae (47%), M. catarrhalis (30,4%), H. influenzaе (17,5%), S. pyogenes (5,2%). Возрастные группы риска — дети 0–6 лет для S. pneumoniae и дети 7–12 лет для S. pyogenes. Намечающийся рост уровней носительства S. pneumoniae в 2018 г. сопровождался повышением регистрируемой заболеваемости пневмококковой пневмонией.

Заключение. Назофарингеальное носительство S. pneumoniae обусловливает высокий риск развития внебольничных пневмоний и других пневмококк-ассоциированных заболеваний преимущественно у детей.

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2020;97(3):242-250
pages 242-250 views

Регуляция микроэкологического состояния нижних отделов женского репродуктивного тракта витаминами

Строкова О.А., Кремлёва Е.А., Константинова О.Д., Сгибнев А.В.

Аннотация

Цель исследования — изучение изменений микроэкологии влагалища под влиянием препаратов аскорбиновой кислоты, α-токоферола и ретинола ацетата.

Материалы и методы. Определяли количество вагинальных лактобацилл, условно-патогенных микроорганизмов, концентрацию IL1β, raIL1, INFγ, TGFβ1, лактоферрина и sIgA в вагинальной жидкости женщин с дефицитом аскорбиновой кислоты (n = 35), ретинола ацетата (n = 35) и α-токоферола (n = 35) до и после интравагинального применения указанных витаминов. Полученные данные сравнивали с показателями здоровых женщин без дефицита витаминов (n = 15).

Результаты. Выявлена связь дефицита α-токоферола, ретинола ацетата и аскорбиновой кислоты с дефицитом лактофлоры, высокой частотой бактериального вагиноза и кандидоза, изменениями параметров мукозального иммунитета провоспалительной направленности. Доказано нормализующее влияние всех исследуемых витаминов на состояние лактофлоры влагалища, выраженность которого уменьшалась в ряду α-токоферол → ретинола ацетат → аскорбиновая кислота. Витамин А вызывал повышение, а витамины С и Е — снижение численности условно-патогенных микроорганизмов, при этом эффект витамина С был выраженным, но кратковременным, а витамина Е — менее выраженным, но длительным. Применение витаминов разнонаправленно влияло на состояние мукозального иммунитета: аскорбиновая кислота способствовала усилению изменений провоспалительной направленности, α-токоферол и ретинола ацетат — напротив, вызывали изменения противовоспалительной направленности.

Заключение. Данные о влиянии на микроэкологическое состояние вагинального биотопа препаратов аскорбиновой кислоты, α-токоферола, ретинола ацетата позволяют рассматривать эти витамины в качестве регуляторных факторов как для клеток хозяина, так и для микросимбионтов.

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2020;97(3):251-257
pages 251-257 views

Трансмиссивная антибиотикоустойчивость, обусловленная SXT-элементом, у холерных вибрионов, выделенных на территории России

Селянская Н.А., Водопьянов С.О., Рыкова В.А., Соколова Е.П.

Аннотация

Цель. Детекция SXT-элементов в холерных вибрионах О1 и nonО1/nonО139 серогрупп и исследование эффективности их конъюгативной передачи в клетки Escherichia coli.

Материалы и методы. В опытах конъюгации в качестве доноров использовали штаммы Vibrio cholerae О1 El Tor (n = 3) и V. cholerae nonO1/nonO139 (n = 3). Штаммы (доноры, реципиенты и трансконъюганты) тестировали в полимеразной цепной реакции в формате реального времени на чувствительность к антибиотикам и на наличие генов лекарственной устойчивости и гена интегразы (int). Проводили электрофорез в 0,7% геле агарозы с окраской бромистым этидием.

Результаты. Устойчивость к левомицетину, триметоприму/сульфаметоксазолу, стрептомицину передавалась в опытах конъюгации с частотой от 2,1 × 10–9 до 7,1 × 10–9. У большинства штаммов V. cholerae обнаружены гены int и dfrA1 (устойчивость к триметоприму/сульфаметоксазолу), которые стабильно передавались клеткам E. coli QD Rifr и в обратных кроссах V. cholerae О1 El Tor 5879 Nalr .

Заключение. Обнаружение SXT-элемента в штаммах V. cholerae и его успешный горизонтальный перенос подчеркивают необходимость детекции таких мобильных генетических элементов для контроля над распространением антибиотикорезистентности у V. cholerae.

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2020;97(3):258-264
pages 258-264 views

Выявление штаммов Vibrio cholerae «гаитянской» группы с помощью полимеразной цепной реакции на основе INDEL-типирования

Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Олейников И.П., Писанов Р.В.

Аннотация

Цель работы состояла в целенаправленном поиске генетического INDEL-маркера «гаитянской» группы штаммов холерных вибрионов, позволяющего проводить их идентификацию методом полимеразной цепной реакции (ПЦР).

Материалы и методы. Для поиска INDEL-маркеров использованы полученные из системы GenBank данные полногеномного секвенирования штаммов Vibrio cholerae El Tor, изолированных на разных континентах в различные годы. Для анализа применяли авторское программное обеспечение, написанное на языке программирования Java. Для картографирования использована система NextGIS.

Результаты и обсуждение. Установлено, что делеция 8 нуклеотидов в гене VCA1095, расположенном на малой хромосоме и кодирующем chemotaxis protein СheA, является характерным генетическим признаком «гаитянской» группы штаммов. Разработаны праймеры для выявления данной делеции в ПЦР.

Заключение. Разработана методика выявления штаммов холерных вибрионов «гаитянской» группы на основе анализа INDEL-маркеров и показано распределение таких штаммов в мире до и после 2010 г.

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2020;97(3):265-270
pages 265-270 views

ОБЗОРЫ

Молекулярные механизмы персистенции бактерий

Андрюков Б.Г., Ляпун И.Н.

Аннотация

Высокий уровень смертности от инфекционных болезней в значительной степени опосредован повсеместным и бесконтрольным использованием антибиотиков, что привело к появлению лекарственно-резистентных штаммов бактерий. Быстрая эволюция резистентности бактерий к антимикробным препаратам является серьезным вызовом для современного здравоохранения, обусловливает необходимость создания новых антибиотических средств, а также активизации изучения молекулярных механизмов, лежащих в основе формирования устойчивости микроорганизмов. Одним из таких механизмов является бактериальная персистенция, которая проявляется образованием в микробной культуре клеток-персисторов, являющихся фенотипическим вариантом изогенной популяции. Персистенция бактерий может возникать самопроизвольно, независимо от воздействия антимикробных средств или причин, связанных с окружающей средой (недостаток питательных веществ, окислительный стресс или гипоксия). Эта небольшая по численности генерация клеток способна сохранять жизнеспособность даже в присутствии антимикробных средств в концентрациях, многократно превышающих терапевтические. Наличие в организме персисторных клеток патогенных бактерий снижает эффективность антибиотического лечения не в связи с генотипической лекарственной устойчивостью микроорганизма, а вследствие наличия фенотипической резистентности клеток-персисторов. Различие принципиальное, поскольку персисторы нечувствительны ко всем антибиотикам и для их эрадикации необходима разработка принципиально новых антимикробных стратегий. Клетки-персисторы представляют собой фенотипические варианты материнской культуры бактерий, которые присутствуют во всех популяциях микроорганизмов, а после наступления благоприятных условий способны рекультивироваться и сформировать новую генерацию вегетативных бактерий. В обзоре рассмотрены современные концепции молекулярно-генетических механизмов персистенции бактерий с акцентом на их клиническом значении для возникновения персистирующих инфекций, а также обсуждаются инновационные технологии эрадикации устойчивых клеточных форм микроорганизмов.

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2020;97(3):271-279
pages 271-279 views

РЕЦЕНЗИИ

Рецензия на книгу академика РАН Ф.И. Ершова «История вирусологии от Д.И. Ивановского до наших дней»

Жирнов О.П.

Аннотация

Рецензия на книгу академика РАН Ф.И. Ершова «История вирусологии от Д.И. Ивановского до наших дней» (Москва: ГОЭТАР-Медиа, 2020. DOI: 10.33029/9704-5354-4-ISV-2020-1-288).

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2020;97(3):280
pages 280 views

ЮБИЛЕИ

К 95-летию профессора Костюковой Натальи Николаевны: 73 года служения науке

Редакционная с.

Аннотация

6 июля 2020 года исполняется 95 лет со дня рождения доктора медицинских наук, профессора, Заслуженного деятеля науки Российской Федерации, одного из ведущих специалистов в области медицинской микробиологии и эпидемиологии Костюковой Натальи Николаевны.

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2020;97(3):281
pages 281 views

НЕКРОЛОГИ

Памяти Валентины Борисовны Гервазиевой

Редакционная с.

Аннотация

Памяти Валентины Борисовны Гервазиевой.

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2020;97(3):282
pages 282 views


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах