MECHANISMS OF MICROORGANISM RESISTANCE TO β-LACTAM ANTIBIOTICS


Cite item

Full Text

Abstract

Literature data on molecular mechanisms of resistance to β-lactam antibiotics have been summarized. The following mechanisms are examined: appearance of penicillin-binding proteins (PBP) with lower affinity to β-lactam antibiotics; production by microorganisms of enzymes β-lactamases) that hydrolyze β-lactam ring; disruption of microbial cell outer membrane permeability and active secretion of antibiotics from the microbial cell (efflux-effect). Characterization of extended spectrum β-lactamases (ESBL) as well as data on structure of SCCmec element of MRSA and bacterial efflux system (RND) is presented.

Full Text

Антибиотики, в том числе Р-лактамные, остаются наиболее часто назначаемыми антибактериальными лекарственными препаратами в странах Европы, в том числе и в РФ [4]. В 2001 году ВОЗ приняла глобальную стратегию по сдерживанию устойчивости к противоми-кробным препаратам [48]. Для понимания формирования и распространения антибиотикоре-зистентности необходимы знания о механизмах устойчивости на молекулярном уровне. Устойчивость к Р-лактамным антибиотикам опосредуется следующими механизмами: 1. Появление пенициллинсвязывающих белков (ПСВ) со сниженной аффиностью к Р-лактамным антибиотикам (ПБС2а). 2. Продукция микроорганизмами ферментов (Р-лактамаз), гидролизующих Р-лактамное кольцо. 3. Нарушение проницаемости внешней мембраны микробной клетки. 4. Активное выведение антибиотиков из микробной клетки [19]. 1. Рассмотрим появление ПСБ со сниженной аффиностью к fi-лактамным антибиотикам на примере Staphylococcus aureus. Одной из причин резистентности к Р-лактамным антибиотикам является появление ПСБ2а, данные белки кодируются геном mecA. В результате даже в присутствии Р-лактамных антибиотиков синтез пептидогликана не нарушается и микроорганизм выживает. Транскрипция mecA гена находится под контролем регулятора-репрессора МecI. Он связывается с промоторной областью, предположительно, как димер и ингибирует транскрипцию гена. Когда поступает сигнал через трансмембранный индуктор (MecR1), его цитоплазматический домен расщепляется, что приводит к отсоединению репрессора mecI и запуску транскрипции гена [47]. Остается неясным весь механизм запуска, в настоящее время существует гипотеза, что Р-лактамные антибиотики связываются с тригерной частью рецептора MecR1, находящейся на внешней стороне мембраны, что запускает каскад реакций, приводящий к активации протеаз. Они же напрямую или с помощью вторичных мессенджеров (MecR2) инактивируют репрессор [42]. Ген mecA расположен на мобильном геномном элементе, называемом стафилококковая хромосомная кассета mec (Staphylococcal chromosomal cassette mec = SCCmec). В колониях S.aureus SCCmec элемент всегда интегрируется в определенную зону хромосомы бактерии - обозначающийся как attBscc (бактериальный хромосомный сайт прикрепления). Этот сайт распологается вблизи точки начала репликации orfX. Различные SCCmec элементы сходны по своему составу и представлены тремя основными комплексами, а именно (1) mec-комплекс, содержащий mecA ген; (2) ccr- комплекс, содержащий гены, кодирующие белки рекомбинации и (3) комплекс, содержащий три региона связывания (J) [22]. J-регионы обычно располагаются таким образом: j1-регион находится на правой стороне кассеты, j2-регион - между mec и ccr-комплексами и j3-регион - на левой стороне кассеты, примыкая к точке начала репликации orfX. Исключения составляют SCCmecVII и SCCmecIX элементы, где ссг комплекс расположен между j3- и j2-регионами, а mec комплекс - между j2- и j1-регионами [23]. Ccr комплекс содержит гены, кодирующие рекомбиназы. Данные рекомбиназы относятся к классу сериновых рекомбиназ и катализируют процессы специфической интеграции и вырезания SCCmec элемента в/из бактериальной хромосомы [25]. В настоящее время существует три филогенетически отдаленных ccr гена - это ccrA, ccrB и ccrC. Каждый из генов ccrA и ccrB представлен 4 аллотипами (ccrA1, ccrA2, ccrA3, ccrA4) и (ccrB1, ccrB2, ccrB3, ccrB4). Классификация генов в один аллотип проводится на основе нуклеотидной идентичности. Гены, имеющие сходство в нуклеотидной последовательности >85%, относятся к одному аллотипу, от 60 до 82% - к разным аллотипам. Все ранее изученные ccrC варианты генов показали аналогию более 87%, что позволило выделить только один аллотип - ccrC1. Cреди представителей рода Staphylococcus (за исключением S.aureus) встречаются другие аллотипы генов ccr: rerA5 у Staphylococcus pseudоintermedius, ccrB6 и ccrB7 у Staphylococcus saprophyticus. Основывaясь на аллельной вариации ccr генов было выделено 8 типов ccr-комплекса [22]. Mec-комплекс состоит из mecA-гена, регуляторных генов (mecR и mecI) и вставочных последовательностей (IS элементы). Mec-комплекс подразделяется на 6 классов (A, B, C1, C2, D, E). Класс А является прототипом и содержит mecA ген, регуляторные гены mecR и mecI, распологающиеся в противоположном направлении, гипервариабельный регион (hypervariable region - HVR) и вставочную последовательность IS431, располагающуюся в основном направлении (совпадающем с направлением mecA гена). Разница между классами (A-D) mec-комплекса объясняется влиянием вставочных последовательностей (IS431 и IS 1272). Встраиваясь в различные регионы комплекса, они вызывают делеции регуляторных генов, что приводит к изменению генетической организации и формированию нового класса mec-комплекса [22]. Недавно опубликованные данные геномной последовательности S.aureus изолята LGA251 позволили ообнаружить совершенно новый mec-комплекс. Данный комплекс именуется классом Е и несет ген blaZ, кодирующий Р-лактамазы. Этот ген входит в состав bla-оперона, широко распространенного среди грамположительных бактерий. Класс Е был обнаружен Garcia-Alvarez L. et al. [17] от изолята MRSA LGA251 (ST425). A.C.Shore et al. [45] опубликовали данные о выявлении класса Е у изолята MRSA (CC130). Впоследствии ген mecALGA251 был назван mecC, он имеет менее 70% гомологии с mecA геном. Генетическая организация mec-комплекса всех классов описана в [23]. J-регионы являются необязательной составляющей SCCmec касеты. Однако они могут быть мишенью для встраивания мобильных генетических элементов (плазмид и транспозонов), несущих дополнительные детерминанты (гены) резистентности к антибиотикам и тяжелым металлам. Приобретение и аккумуляция таких генов на SCCmec кассете ведет к возникновению мультирезистентных клонов [23]. Первый SCCmec элемент был идентифицирован у S.aureus (N315) в 1999 году в Японии [21]. Вскоре появились данные об обнаружении еще двух новых SCCmec элементов. В 2011 году были опубликованы данные о идентификации совершенно нового SCCmec элемента, уже одинадцатого по счету. В связи с увеличением количества SCCmec элементов их субтипов и разнообразия описания, используемого в литературе, было принято решение о введении международных правил нумерологии и классификации [23]. В основе классификации SCCmec элементов лежит комбинация типов ccr-комплексов и классов mec-комплекса. SCCmec I (1B) одержит 1 тип ccr-комплекса и В класс mec-комплекса. Классификация субтипов внутри одного типа SCCmec кассеты основывается на полиморфизме или комбинации в j-регионах. Каждому новому субтипу присваивается буква латинского алфавита, например IVa, IVb и т.д. [22]. Описание всех классов представлено у Turlej A. et al. [47]. Оптимальным для изучения локальной эпидемиологии MRSA является использование комбинаций методов анализа множественных тандемных повторов: MLVA - Multilocus variable number tandem repeat (VNTR) analysis и SCCmec-типирования либо применение пульс-электрофореза макрорестрикционных фрагментов геномной ДНК (PFGE - Pulsed field gel electrophoresis). Для изучения глобальной эпидемиологии и популяционной структуры могут быть рекомендованы такие методы как мультилокусное секвенирование-типирование (MLST - multilocus sequence typing) и spa-секвенирование-типирование, которые обеспечивают высокий уровень стандартизации исследования и возможность эффективного обмена данными между лабораториями во всем мире [2]. 2. Продукция в-лактамаз. Все известные к настоящему времени Р-лактамазы делятся на четыре класса, в пределах которых ферменты характеризуются общностью свойств и аминокислотной гомологией. Данная классификация была предложена Ambler в 1980 году. Классы А, C и D относятся к ферментам серинового типа (по аминокислоте, находящейся в активном центре). Ферменты класса В относятся к металло-энзимам, поскольку в качестве ко-фермента в них присутствует атом цинка [11]. Представители ферментов всех классов кратко рассмотрены в [19]. Номенклатура Р-лактамаз никогда не была особенно рациональной. Ферменты были названы в честь субстратa (CARB, FUR, IMP, ОХА), имени пациента (ТЕM, ROB), больницы (MIR, RHH), государства (штат OHIO), на основе биохимических свойств (SHV, NBC), по названию бактерии (AER, PSE) или по инициалам автора, который их открыл (HMS). Ввиду возрастающего количества публикаций о вновь открываемых Р-лактамазах была введена достаточно жесткая номенклатура. Для открытия нового фермента необходимо предоставить информацию о его уникальной аминокислотной структуре, а не только об измененной нуклеотидной последовательности в гене, который его кодирует, так как некоторые нуклеотидные замены могут быть «молчащими» и не влиять на структуру и функцию белка [24]. Несмотря на то, что структурная классификация, предложенная Ambler, очень проста и удобна в использовании, она не дает возможности оценить клиническую роль и отследить уровень резистентности к определенным классам антибиотиков, поэтому Bush K. и Jacoby G.A. [11] предложили функциональную классификацию Р-лактамаз. В ее основе лежит способность ферментов гидролизировать определенные классы Р-лактамных антибиотиков, а также по их отношению к Р-лактамным ингибиторам (клавулоновой кислоте, сульбактаму и тазобактаму). По данной классификации все ферменты принято подразделять на три группы, среди которых можно выделить несколько подгрупп. Группа 1 - цефалоспориназы, относящиеся к классу С. Ферменты данной группы кодируются генами, широкого распространенными в бактериальных хромосомах большинства представителей семейства Enterobacteriaceaе, примером служит ген AmpC. Плазмид-опосредованные гены резистентности (СMY, ACT, DHA, FOX, MIR) не имеют широкого распространения среди клинически значимых микроорганизмов. Группа 2 - сериновые Р-лактамазы, относящиеся к классу А и D, являются представителями самой большой группы среди всех Р-лактамаз. Большинство новых Р-лактамаз, открытых за последние 20 лет. относятся к этой группе, включая все известные к настоящему времени Р-лактамазы расширенного спектра (БЛРС). Группа 3 - металло-Р-лактамазы, относятся к классу В. Изначально они отличались от всех остальных Р-лактамаз своей способностью гидролизировать карбапенемы, но на данный момент известно несколько ферментов серинового класса, обладающих той же активностью [11]. Первый фермент Р-лактамаз, способный гидролизировать расширенный спектр Р-лактамных антибиотиков, включая цефалоспорины II - III поколения и частично IV, был SHV-2, обнаруженный у Klebsiella ozaenae [10]. Существует около 90 типов Р-лактамаз (TEM, SHV, CTX-M, PER, VEB, OXA, GES и серА и др.). Среди одного типа можно выделить десятки, а иногда и сотни белков-ферментов, но не все они по своему фенотипическому профилю относятся к БЛРС [8]. TEM-1 является наиболее распространенным ферментом грамотрицательных микроорганизмов и обеспечивает более 90% резистентности к ампициллину у Escherichia coli. Известно, что этот фермент ответственен за резистентность к ампициллину и пенициллину среди представителей Haemophilus influenzae и Neisseria gonorrhoeae. TEM-1 способен гидролизировать пенициллины и цефалоспорины первого поколения, такие как цефалофин и цефалоридин. TEM-2 является производным от TEM-1 и отличается от него одной аминокислотой, но при этом его фенотипический профиль остается тем же, что и у TEM-1. В 1989 году появились данные об обнаружении первого типа TEM Р-лактамаз с расширенным спектром действия -TEM-3. Его аминокислотная последовательность отличалась от TEM-1 наличием замены глутаминовой кислоты на лизин в позиции 104, глицина на серин в позиции 238 и глутамина на лизин в позиции 39. Определенное сочетание аминокислотных замен приводит к формированию новых вариантов ферментов, часть из них обладает свойствами, позволяющими отнести их к БЛРС [10, 37]. К настоящему моменту насчитывается более 200 вариантов TEM Р-лактамаз, среди них 96 являются БЛРС [8]. SHV-1 тип наиболее распространен среди Klebsiella pneumoniaе. Ген, кодирующий SHV-1, впервые был описан на бактериальной хромосоме и кодирует Р-лактазамы узкого спектра. Большинство вариантов БЛРС SHV типа характеризуются аминокислотной заменой серина на глицин в позиции 238 [10]. БЛРС SHV типа широко обнаруживают среди микроорганизмов семейства Enterobacteriaceae, но также они встречаются среди Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter spp. и Burkholderia cepacia [37]. На данный момент БЛРС SHV типа насчитывается около 41 разновидности [8]. В Японии в 1986 году ученые открыли БЛРС-штамм, не принадлежащий к типам TEM и SHV, ему дали название FEC-1 (Fecal E.coli). В Германии в 1989 году ученые сообщили об обнаружении клинического штамма E.coli, резистентного к цефотаксиму и не принадлежащего к TEM и SHV типам, его назвали CTX-M (Active on cefotaxime, first isolated at Munich). В 1992 году во Франции был выделен новый штамм E. coli с фенотипом БЛРС, ему присвоили название MEN. Впоследствии на основе секвенирования нуклеотидной последовательности и определения гомологии между этими штаммами они были отнесены к одному типу, который назвали СТХ-М. На основе филогенетических исследований CTX-M можно подразделить на пять групп (представители одной группы имеют идентичность >94%): CTX-M-1, CTX-M-2, CTX-M-8, CTX-M-9 и CTX-M-25 [9]. В природной популяции гены blacxx-м встречаются в составе бактериальной хромосомы Kluyvera cryocrescens (blaKLUC-1), Kluyvera ascorbata (blaKLUA) и Kluyvera georgiana (blaKLUG-1). У клинических штаммов микроорганизмов гены СТХ-М обычно расположены на плазмидах. Часто наблюдается носительство нескольких детерминант резистентности на одной плазмиде (blaCTX_M + blarEM-1, blaCTX_M + blarEM-2, blaCTX_M + blaSHV, blaCTX-M + blaoXA-1). Горизонтальный перенос генов резистентности осуществляется путем конъюгации, и его частота составляет от 10-7 до 10-2 в клетке донора. Это свойство объясняет быстрое распространение данных генов среди различных видов грамотрицательных бактерий. Возможный механизм приобретения генов blaCTX-M клиническими штаммами микроорганизмов - это мобилизация данных генов с бактериальной хромосомы природных носителей (Kluyvera ascorbata и Kluyvera georgiana) и перенос их на плазмиду. Доказательством является то, что генетические последовательности, лежащие справа и слева от гена blaCTX_M_8, схожи на 95 и 94% с окружением гена blaKLUG-1 на хромосоме K. georgiana [9]. OXA-тип назван так потому, что ферменты данного типа способны гидролизировать окса-циллин (oxacillin-hydrolyzing abilities). Р-лактамазы OXA типа принадлежат к классу D. Среди всех четырех классов Р-лактамаз этот класс является наиболее разнообразным по своим биохимическим свойствам и генетическому уровню организации. Первый OXA-12 ген был обнаружен в бактериальной хромосоме у Aeromonas jandaei. Резистентность к пинициллину и узкому спектру цефалоспоринов была выявлена у Ralstonia pickettii. Два вида ферментов было идентифицировано у данного представителя: OXA-22 и OXA-60. Среди многих видов микроорганизмов распространены хромосомные гены, кодирующие Р-лактамазы OXA типа: Campylobacter jejuni (OXA-61), Pandoarea pnomenusa (OXA-62), Burkholderia pseudomallei (OXA- 43, oXa-57, OXA-59), Legionella gormanii (OXA-29), Acinetobacter radioresistens (OXA-102, OXA-103, OXA-105) [37]. Большинство Р-лактазаз OXA-типа не гидролизируют цефолоспорины II - III поколения и относятся к ферментам с узким спектром действия. Примерами являются OXA-1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 10, 12, 20, 21, 29, 46 и др. [39]. Но среди представителей OXA-типа также можно выделить БЛРС. Часть БЛРС является производными от OXA-типа с узким спектром действия вследствии точечных мутаций, а другая резко отличается от всех остальных по своей аминокислотной последовательности. К первой группе можно отнести OXA-15, OXA-32, которые произошли от OXA-2, а также OXA-11, OXA-14, OXA-16 и OXA-17, являющиеся производными от OXA-10; ко второй группе - OXA-18, OXA-45 и OXA-53. Гены, кодирующие БЛРС OXA-типа, часто находятся на мобильных генетических элементах (вставочных последовательностях, транспозонах и интегронах) [36, 37, 39]. Для определения БЛРС можно использовать следующие методы. Олиготипирование - метод основан на использовании наборов олигонуклеотидных зондов, позволяющих выявлять точечные мутации в генах известных Р-лактамаз. На использовании олигонуклеотидных зондов основаны технологии ДНК-чипов. ПЦР метод является наиболее практичным методом диагностики, который используется для выявления генетических детерминант устойчивости к антибиотикам, включая гены Р-лактамаз. Для этой цели используют различные варианты ПЦР: метод одноцепочечного конформационного полиморфизма (PCR-SSCP), анализ полиморфизма длины рестрикционных фрагментов (PCR-RFLP), ПЦР в реальном времени (PCR-RT). Также возможно использование лигазной цепной реакции (ЛЦР). Метод секвенирования является «золотым стандартом» для идентификации неизвестных продуктов амплификации, что позволяет определять новые варианты ферментов [13]. 3. Нарушение проницаемости внешней мембраны микробной клетки. Грамотрицательные бактерии наряду с цитоплазматической имеют наружную мембрану (НМ). НМ состоит из фосфолипидов, а внешняя ее часть образована липополисахаридами (ЛПС). Именно этот факт служит объяснением аномально низкой проницаемости мембраны для липофильных веществ. Среди белков НМ бактерий доминируют интегральные P-структурированные белки, предназначенные для пассивной диффузии гидрофильных молекул с молекулярной массой не более 600 Да. Они образуют трансмембранные водонаполненные каналы (или поры), которые обеспечивают обмен низкомолекулярными веществами между клеткой и внешним окружением. Наиболее изученными на данный момент являются порины НМ E.coli - OmpF, OmpC и PhoE [1]. Проницаемость мембраны является важным свойством, определяющим чувствительность или резистентность микроорганизма к антибактериальным препаратам. Мелкие гидрофильные молекулы, такие как Р-лактамные антибиотики, используют поры для проникновения внутрь клетки. Гидрофобные вещества диффундируют через липидный бислой. Изменение проницаемости мембраны к Р-лактамным антибиотикам происходит двумя способами: потеря-обратимое уменьшение количества пор на поверхности мембраны либо замена одного вида пор на другой; изменение функции пор вследствии мутаций в генах [14]. Tran Q.T. et al. обнаружили, что для штаммов Providencia stuartii, резистентных к цефепиму, цефотаксиму и эрта-пенему, характерна пониженная экспрессия поринов OmpF и OmpC [46]. Среди 45 резистентных штаммов Enterobacter aerogenes у 44% наблюдалось уменьшение количества пор [12]. У клинических изолятов Serratia marcescens, устойчивых к меропенему, отсутствовали OmpF поры НМ [44]. В исследованиях Lou H. et al. выявлены три мутации OmpC20 и OmpC33, модулирующие способность транспортировки небольших молекул и антибиотиков через НМ. Особенно это четко прослеживалось для такого антибактериального препарата, как цефотак-сим [32]. Doumith M. et al. обнаружили, что у клинических изолятов K. pneumoniae и E. aerogenes с высоким уровнем эртапенем устойчивости отсутствовали поры OmpC и OmpF. В генах, кодирующих данные пориновые каналы, были обнаружены различные точечные мутации, а также наличие вставочных последовательностей [15]. Устойчивость к антибактериальным препаратам зачастую является результатом комбинации нескольких механизмов, например, выделение Р-лактамаз и снижение проницаемости мембраны и активное выведение антибиотиков (эффлюкс-система). Поэтому для точной верификации причины устойчивости необходимо комплексное исследование. 4. Активное выведение антибиотиков из микробной клетки (эффлюкс). Впервые о существовании системы активного выведения антибиотиков (эффлюкса) из микробной клетки начали говорить в конце 70-х. гг. на примере резистентности к тетрациклинам. Система активного выведения является примером класса транспортеров, задействованных в поглощении необходимых питательных веществ и ионов извне и выделении продуктов метаболизма, а также в процессе взаимодействия между клетками и окружающей средой. Бактериальная система эффлюкса подразделяется на пять семейств. Два из них наиболее обширные ABC (ATP-binding cassette) и MFS (major facilitator superfamily) - являются суперсемействами. Остальные три семейства меньше: MATE (multidrug and toxic compound extrusion), SMR (small multidrug resistance) и RND (resistance-nodulation cell division). C другой стороны, мы можем все семейства подразделить на две группы: однокомпонентные цитоплазматические транспортеры (ЦТ), осуществляющие эффлюкс через цитоплазматическую мембрану, и мультикомпонентные, состоящие не только из ЦТ, а также из протеинового канала внешней мембраны (ПКВМ) и мембранного белка слияния (МБС). Мультикомпонентные транспортные системы катализируют эффлюкс через цитоплазматическую и внешнюю мембраны [28, 29, 38]. Резистентность к Р-лактамным антибиотикам, в основном, обусловлена функционированием RND-эффлюкс системы, но среди представителей Lactococcus lactis встречается ABC система-эффлюкса [38]. Гграмотрицательные бактерии, использующие эффлюкс для выведения Р-лактамных антибиотиков, описаны Li X.Z. и Nikaido H. [29, 30]. К настоящему моменту наиболее изученной системой эффлюкса является AcrАВ-TolC у E.coli, где AcrB является ЦТ, AcrA - МБС и TolC - ПКВМ. Рассмотрим более подробно процессы регуляции на ее примере. Регуляция системы эффлюкса осуществляется на двух уровнях: локальном и общем. Экспрессия многих транспортеров контролируется локальными регуляторами, большинство из которых являются репрессорами. Например, у E.coli ген acrR кодирует соответствующий репрессор acrR, принадлежащий к семейству TetR репрессоров, acrR связывается с промоторами генов acrAB и acrR и тем самым подавляет транскрипцию ЦТ - acrB и МБС - acrA, а также свою собственную. За общий уровень регуляции ответственны, по крайне мере, три активатора транскрипции: MarA, SoxS, Rob [29]. SoxR является димером и содержит [2Fe±2S] кластер. При взаимодействии c супероксидом или оксидами азота происходит окисление кластера (Fe3+±Fe3+) и активация SoxR, а при отсоединении - восстановление кластера (Fe2+±Fe3+) и дезактивация [27]. SoxR активирует ген soxS путем промоторной деформации, данный способ регуляции имеет сходство с взаимодействием MerR и Hg2+[6]. Воздействие SoxS увеличивает транскрипцию acrAB оперона и таким образом опосредованно влияет на возрастание уровня резистентности. Mar-локус сотоит из двух дивергентных частей (marRAB и marC), экспрессирующихся от центрального промотора (marO). MarR и MarA являются репрессором и активатором соответственно, а функция MarB и MarC остается неизвестной. MarR имеет форму димера и осуществляет негативную регуляцию marRAB, связываясь с marO. Ингибирование MarR происходит при присоединении салицилатов. MarA контролирует экспрессию более 60 генов, в том числе, acrAB оперона, активация последнего приводит к увеличению эффлюкса антибиотиков [29]. В свою очередь, на данный момент существует, по крайней мере, 15 генов, которые влияют на MarA-опосредованную антибиотикорезистент-ность: это nikD, degP, recD, yibL, maoC, yniD, treC, crp, hns, cyaA, pcnB, acrA, acrB, tolC и damX. Такое разнообразие регуляторных генов может быть следствием многогранности действия антибиотиков, а также клеточного ответа на них. С другой стороны, такая система позволяет распознавать различные сигналы извне и, тем самым, лучше адаптироваться к окружающей среде [40]. Rob значительно отличается от вышеописанных регуляторов. Во-первых, вместо стресс-индуцированного синтеза de novo, характерного для MarA и SoxS, его уровень остается постоянным - около 5000 - 10 000 молекул на клетку. Во-вторых, в отличии от SoxS, MarA, состоящих из одного домена, Rob содержит второй домен CTD (C-terminal domain). В-третьих, он синтезируется в неактивной форме [26]. Как уже было сказано, концентрация Rob-белков остается постоянной втечение всего клеточного цикла, таким образом, его активность должна регулироваться на посттрансляционном уровне путем модификации или присоединения ко-фактора [7]. Griffith et al. предполагают, что внутриклеточная локализаци Rob обеспечивается механизмом «изолирования-рассеивания» (sequestration-dispersal). Благодаря CTD домену происходит формирование внутриклеточного фокуса, что изолирует Rob от транскрипционных факторов. При воздействии различных тригеров (жирные и желчные кислоты и дипиридил) Rob высвобождается из его «изолирования» и переходит в стадию «рассеивания», где он способен активировать трансляцию генов [26]. Известно, что Rob также способен влиять на acrAB оперон. Экспрессия гена TolC увеличивается при повышении продукции MarA, SoxS и Rob. Кроме того, MarA и SoxS уменьшают синтез белков пор OmpF путем индукции micF, который является антисмысловым РНК продуктом, взаимодействует с ompF мРНК и предотращает его трансляцию. Таким образом, повышенный синтез компонентов системы эффлюкса (AcrАВ-TolC) совместно с понижением экспрессии пор на поверхности цитоплазматической мембраны препятствует попаданию молекул антибиотиков внутрь клетки [29]. При сравнении патогенных и непатогенных микроорганизмов было выявлено, что количество мультирезистентных систем эффлюкса, кодируемых хромосомными генами, приблизительно одинаковое [43]. Гены системы эффлюкса присутствуют как у резистентных, так и у чувствительных штаммов. Таким образом, возникает вопрос: почему часть микроорганизмов является устойчивыми к антибактериальным препаратам, а другая нет? Было отмечено, что для большинства резистентных штаммов уровень экспресии генов, задействованных в системе эффлюкса, значительно выше, чем у представителей «дикого» типа [18]. Mazzariol А. et al. сообщают, что среди 10 клинически резистентных изолятов E.coli у 9 отмечается сверхэкспрессия гена acrA [34]. У 14 из 18 изолятов P.aeruginosa выявлена повышенная экспрессия MexAB-OprM системы эффлюкса [20]. Увеличение количества регуляторов marA и soxS приводит к усиленной экспрессии AcrAB-TolC комплекса у E.coli [5, 16]. Клинически значимая антибио-тикорезистентность, обусловленная сверхактивацией системы активного выведения антибиотиков, была также обнаружена у E. cloacae [31], P. mirabilis [41], K. pneumoniae [3], S. marcescens [33]. Механизмы, ответственные за сверхэкспрессию генов системы эффлюкса, можно подразделить на несколько групп: 1. мутации в гене локального регулятора; 2. мутации в генах общей регуляторной системы; 3. мутации в гене промоторного региона транспортеров; 4. включение IS в ген, кодирующий транспортер эффлюкс системы [14, 35]. Сверхэкспрессия генов может быть изучена двумя способами: измерением РНК с использованием ПЦР с обратной транскрипцией (reverve PCR) или методом вестерн-блоттинга (Western blotting) [14].
×

About the authors

V. S Dyachkova

Northern State Medical University, Arkhangelsk, Russia

T. A Bazhukova

Northern State Medical University, Arkhangelsk, Russia

References

  1. Новикова О.Д., Соловьева ТФ. Неспецифические порины наружнеой мембраны грамотрицательных бактерий: структура и свойства. Биологические мембраны. 2009, 26 (1): 6-20.
  2. Романов А.В., Дехнич А.В. Типирование MRSA: какие методы являются оптимальными для решения различных задач? Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2011, 13 (2): 168-176.
  3. Aathithan S., French G.L. Prevalence and role of efflux pump activity in ciprofloxacin resistance in clinical isolates of Klebsiella pneumoniae. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2011, 30 (6): 745-752.
  4. Annual epidemiological report 2011 - Reporting on 2009 surveillance data and 2010 epidemic intelligence data [Electronic resource]. URL: http://www.ecdc.europa.eu/en/publications/ (дата обращения 28.07.2012).
  5. Alekshun M. A., Levy S. B. Regulation of chromosomally mediated multiple antibiotic resistance: the mar regulon. Antimicrob. Agents Chemother.1997, 41 (10): 2067-2075.
  6. Ansari A.Z., Bradner J.E., O’Halloran TV. DNA-bend modulation in a repressor-to-activator switching mechanism. Nature. 1995, 374: 371-375.
  7. Ariza R.R., Li Z., Ringstad N., Demple B. Activation of multiple antibiotic resistance and binding of stress-inducible promoters by Escherichia coli rob protein. J. Bacter. 1995, 177 (7): 1655-1661.
  8. P-lactamase classification and amino acid sequences for TEM, SHV and OXA extended-spectrum and inhibitor resistant enzymes [Electronic resource].URL: http://www.lahey.org/Studies (дата обращения 28.07.2012).
  9. Bonnet R. Growing group of extended-spectrum P-lactamases: the CTX-M enzymes. Antimicrob. Agents Chemother. 2004, 48 (1): 1-14.
  10. Bradford P. Extended-spectrum P-lactamases in the 21st century: Characterization, epidemiology, and detection of this important resistance threat. Clin. Microb. Rev. 2001, 14 (4): 933-951.
  11. Bush K., Jacoby G.A. Updated functional classification of P-lactamases. Antimicrob. Agents Chemother. 2010, 54 (3): 969-976.
  12. Charrel R.N., Pages J.M., De Micco P. et al. Prevalence of outer membrane porin alteration in beta-lactam-antibiotic-resistant Enterobacter aerogenes. Antimicrob. Agents Chemother. 1996, 40 (12): 2854-2858.
  13. Chroma M., Kolar M. Genetic methods for detection of antibiotic resistance: focus on extended-spectrum P-lactamases. Biomed. Pap. Med. Fac. Univ. Palacky Olomouc Czech Repub. 2010, 154(4): 289-296.
  14. Delcour A.H. Outer membrane permeability and antibiotic resistance. Biochеm. Biophys. Acta. 2009, 1794 (5): 808-816.
  15. Doumith M., Ellington M.J., Livermore D.M. et al. Molecular mechanisms disrupting porin expression in ertapenem-resistant Klebsiella and Enterobacter spp. clinical isolates from the UK. J. Antimicrob. Chemother. 2009, 63 (4): 659-667.
  16. Fabrega A., Robert G. Martin et al. Constitutive SoxS expression in a fluoroquinolone-resistant strain with a truncated SoxR protein and identification of a new member of the marA-soxS-rob regulon, mdtG. Antimicrob. Agents Chemother. 2010, 54 (3): 1218-1225.
  17. Garcia-Alvarez L., Holden M.T, Lindsay H. et al. Meticillin-resistant Staphylococcus aureus with a novel mecA homologue in human and bovine populations in the UK and Denmark: a descriptive study. Lancet Infect. Dis. 2011, 11 (8): 595-603.
  18. Grkovic S., Brown M.H., Skurray R.A. Regulation ofbacterial drug export systems. Microbiol. Molecul. Biol. Reviews. 2002, 66 (4): 671-701.
  19. Hoek A., Mevius D., Guerra B. et al. Acquired antibiotic resistancegenes:an over view. Front Microbiol. 2011, 2: 1-27.
  20. Hocquet D., Bertand X., Kohler T. et al. Genetic and phenotypic variations of a resistant Pseudomonas aeruginosa epidemic clone. Antimicrob. Agents Chemother. 2003, 47 (6): 1887-1894.
  21. Ito T, Katayama Y, Hiramatsu K. Cloning and nucleotide sequence determination of the entire mec DNA of pre-methicillin- resistant Staphylococcus aureus No. 315. Antimicrob. Agents. Chemother. 1999, 43 (6): 1449-1458.
  22. IWG-SCC. Classification of staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec): guidelines for reporting novel SCCmec elements. Antimicrob. Agents. Chemother. 2009, 53 (12): 4961-4967.
  23. International working group on the staphylococcal cassette chromosome elements [Electronic resource]. URL: http://www.sccmec.org (дата обращения 28.07.2012).
  24. Jacoby A.J. P-lactamase nomenclature. Antimicrob. Agents. Chemother. 2006, 50 (4): 1123-1129.
  25. Katayama Y., Ito T., Hiramatsu K. A new class of genetic element, staphylococcus cassette chromosome mec, encodes methicillin resistance in Staphylococcus aureus. Antimicrob. Agents.Chemother. 2000, 44 (6): 1549-1555.
  26. Kevin L. G., Fitzpatrick M.M., Keen E.F et al. Two functions of the C-terminal domain of Escherichia coli Rob: mediating «sequestration-dispersal» as a novel off-on switch for regulating Rob’s activity as a transcription activator and preventing degradation of Rob by Lon protease. J. Mol. Biol. 2009, 388 (3): 415-430.
  27. Koo M.S., Lee J.H., Rah S.Y. et al. A reducing system of the superoxide sensor SoxR in Escherichia coli. EMBO J. 2003, 22(11): 2614 -2622.
  28. Piddock L. Clinically relevant chromosomally encoded multidrug resistance efflux pumps in bacteria. Clin. Microb. Rew. 2006, 19 (2): 382-402.
  29. Li X.Z., Nikaido H. Efflux-mediated drug resistance in bacteria. Drugs. 2004, 64 (2): 159-204.
  30. Li X.Z., Nikaido H. Efflux-mediated drug resistance in bacteria: an update. Drugs. 2009, 69 (12): 15551623.
  31. Linde H.J., Notka F., Irtenkauf C. et al. Increase in MICs of ciprofloxacin in vivo in two closely related clinical isolates of Enterobacter cloacae. J. Antimicrob. Chemother. 2002, 49 (4): 625-630.
  32. Lou H., Chen M., Black S. et al. Altered antibiotic transport in OmpC mutants isolated from a series of clinical strains of multi-drug resistant E. coli. PLoS One. 2011, 6 (10): 1-15.
  33. Maseda H., Hashida Y., Shirai A. et al. Mutation in the sdeS gene promotes expression of the sdeAB efflux pump genes and multidrug resistance in Serratia marcescens. Antimicrob. Agents Chemother. 2011, 55 (6): 2922-2926.
  34. Mazzariol A., Tokue Y., Kanegawa T.M. et al. High-level fluoroquinolone-resistant clinical isolates of Escherichia coli overproduce multidrug efflux protein AcrA. Antimicrob. Agents Chemother. 2000, 44 (12): 3441-3443.
  35. Oethinger M., Podglajen I., Kern W.V. et al. Overexpression of the marA or soxS regulatory gene in clinical topoisomerase mutants of Escherichia coli. Antimicrob. Agents Chemother. 1998, 42 (8): 20892094.
  36. OXY, OKP, LEN beta-lactamase protein variation home page [Electronic resource]. URL:http:// www.pasteur.fr/ip/easysite/pasteur/en/research/plates-formes-technologiques (дата обращения 28.07.2012).
  37. Paterson D.L., Bonomo R.A. Extended-spectrum β-lactamases: a clinical update. Clin. Microb. Rew 2005, 18 (4): 657-686.
  38. Poole K. Efflux-mediated antimicrobial resistance. J. Antimicrobial Chemotherapy. 2005, 56: 20-51.
  39. Poirel L., Naas T, Nordmann P. Diversity, epidemiology, and genetics of class D β-lactamases. Antimicrob. Agents. Chemother. 2010, 54 (1): 24-38.
  40. Ruiz C., Levy S.B. Many chromosomal genes modulate marA-mediated multidrug resistance in Escherichia coli. Antimicrob. Agents. Chemother. 2010, 54 (5): 2125-2134.
  41. Saito R., Sato K., Kumita W. et al. Role of type II topoisomerase mutations and AcrAB efflux pump in fluoroquinolone-resistant clinical isolates of Proteus mirabilis. J. Antimicrob. Chemother. 2006, 58 (3): 673-677.
  42. Safo M.K. Crystal structures of the BlaI repressor from Staphylococcus aureus and its complex with DNA: Insights into transcriptional regulation of the bla an mec operons. J. Bacteriology. 2005, 187 (5):1833-1844.
  43. Saier M.H. Jr., Paulsen I.T., Sliwinski M.K. et al. Evolutionary origins of multidrug and drug-specific efflux pumps in bacteria. FASEB J. 1998, 12 (3): 265-274.
  44. Suh B., Bae I.K., Kim J. et al. Outbreak of meropenem-resistant Serratia marcescens comediated by chromosomal AmpC beta-lactamase overproduction and outer membrane protein loss. Antimicrob. Agents Chemother. 2010, 54 (12): 5057-5061.
  45. Shore A.C., Deasy E.C., Slickers P. et al. Detection of staphylococcal cassette chromosome mec type XI carrying highly divergent mecA, mecI, mecR1, blaZ, and ccr genes in human clinical isolates of clonal complex 130 methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Antimicrob. Agents Chemother. 2011, 55(8): 3765-3773.
  46. Tran Q.T, Kozhinjampara R.M., Hajjar E. et al. Implication ofporins in P-lactam resistance ofProvidencia stuartii. J. Biol. Chem. 2010, 285 (42): 32273-32281.
  47. Turlej A., Hryniewicz W, Empel J. et al. Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) classification and typing methods: an overview. Polish J. Microbiology.2011, 60 (2): 95-103.
  48. World Health Organization. WHO global strategy for containment of antimicrobial resistance [Electronic resource]. URL: http://www.who.int/drugresistance/WHO_Global_Strategy.htm/ru/ (дата обращения 29.07.2012).

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML

Copyright (c) 2014 Dyachkova V.S., Bazhukova T.A.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.

СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.


This website uses cookies

You consent to our cookies if you continue to use our website.

About Cookies