ГЕНОТИПИРОВАНИЕ ИЗОЛЯТОВ ПАРВОВИРУСА В19, ЦИРКУЛИРУЮЩИХ В СЕВЕРО-ЗАПАДНОМ ФЕДЕРАЛЬНОМ ОКРУГЕ РОССИИ


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель. Генотипирование и филогенетический анализ изолятов парвовируса В19, выделенных на территориях Северо-Западного Федерального Округа (СЗФО) России. Материалы и методы. На наличие ДНК парвовируса В19 (PV B19) исследовано 61 сыворотка крови и 30 ротоглоточных смывов, полученных от больных с макуло-папулезной сыпью с ряда территорий СЗФО. Выделение ДНК и амплификацию проводили по стандартным методикам. Секвенировали участок ДНК, включающий фрагмент неструктурного гена NS1 и область структурного гена VP1 (NS1 - VP1u, 994 нуклеотида), для чего были подобраны оригинальные последовательности олигонуклеотидных праймеров. Филогенетический анализ выполнен в режиме он-лайн на сайте http://www.phylogeny.fr. Данные для построения деревьев получены из GenBank. Результаты. ДНК PV B19 выявили в 45% образцов. Участок генома PV B19 был секвенирован в 8 образцах. Все изоляты PV B19 находятся в одном кластере генотипа 1А. Изолят 57.12 из республики Коми сходен со штаммом ISR-G, выделенным в Израиле. Заключение. Филогенетический анализ показал высокую степень генетической близости между изолятами PV B19, циркулирующими на территориях СЗФО, их принадлежность к наиболее распространенному в мире генотипу. Идентифицированы местные и завозной случаи парвовирусной инфекции (ПВИ). Авторы делают заключение о необходимости включения ПРИ в систему надзора за корью и краснухой.

Об авторах

И. Н Лаврентьева

НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера, Санкт-Петербург

А. Ю Антипова

НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера, Санкт-Петербург

А. В Семенов

НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера, Санкт-Петербург

М. А Бичурина

НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера, Санкт-Петербург

Список литературы

  1. Антипова А.Ю., Лаврентьева И.Н., Бичурина М.А. и др. Распространение парвовирусной инфекции в Северо-Западном федеральном округе России. Журнал инфектологии. 2011, 3(4): 44-48.
  2. Васильев В.В., Мурина Е.А., Сидоренко С.В. и др. Парвовирусная ^19V инфекция у беременных и детей раннего возраста. Журнал инфектологии. 2011, 3(4):26-33.
  3. Взятие, транспортировка, хранение клинического материала для ПЦР-диагностикии. Методическое пособие. Справочно-информационное издание ИнтерЛабСервис. М., Роспотребнадзор, ЦНИИЭ, 2010.
  4. Лялина Л.В., Терентьева Ж.В., Бичурина М.А. и др. Влияние двукратной иммунизации на заболеваемость корью, эпидемическим паротитом и краснухой в Северо-Западном федеральном округе России. Инфекция и иммунитет. 2012, 2 (4): 753-756.
  5. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. М., Мир, 1984.
  6. Anisimova M., Gascuel O. Approximate likelihood ratio test for branchs: A fast, accurate and powerful alternative. Syst. Biol. 2006, 55 (4): 539-552.
  7. Castresana J. Selection of conserved blocks from multiple alignments for their use in phylogenetic analysis. Mol. Biol. Evol. 2000, 17 (4): 540-552.
  8. Chevenet F., Brun C., Banuls A.L. et al. TreeDyn: towards dynamic graphics and annotations for analyses of trees. BMC Bioinformatics. 2006, 10 (7): 439.
  9. Christensen J., Cotmore S.F., Tattersall P. A novel cellular site-specific DNA-binding protein cooperates with the viral NS1 polypeptide to initiate parvovirus DNA replication. J. Virol. 1997, 71: 1405-1416.
  10. Corcoran C., Hardie D., Yeats J. et al. Genetic variants of human parvovirus B19 in South Africa: Cocirculation of three genotypes and identification of a novel subtype of genotype 1. J. Clin. Microbiol. 2010, 48 (1):137-142.
  11. Dereeper A., Audic S., Claverie J.M. et al. BLAST-EXPLORER helps you building datasets for phylogenetic analysis. BMC Evol. Biol. 2010, 12 (10): 8.
  12. Dereeper A., Guignon V., Blanc G. et al. Phylogeny.fr: robust phylogenetic analysis for the nonspecialist. Nucleic Acids Res. 2008, 36 (Web Server issue): W 465-469.
  13. Edgar R.C. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. Nucleic Acids Res. 2004, 32 (5): 1792-1797.
  14. Guindon S., Gascuel O. A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood. Syst. Biol. 2003, 52 (5): 696-704.
  15. Hemauer A., von Poblotzki A., Gigler A. et al. Sequence variability among different parvovirus B19 isolates. J. General Virology. 1996, 77: 1782-1785.
  16. Htibschen J.M., Mihneva Z., Mentis A.F. et al. Phylogenetic analysis of human parvovirus B19 sequences from eleven different countries confirms the predominance of genotype 1 and suggests the spread of genotype 3b. J. Clin. Microbiol. 2009, 47 (11): 3735-3738.
  17. Marchler-Bauer A., Lu Sh., Anderson J.B. et al. CDD: a conserved domain database for the functional annotation of proteins. Nucleic Acids Res. 2011, 39 (D): 225-229.
  18. Schneider B., Hone A., Tolba R.H. et al. Simultaneous persistence of multiple genome variants of human p[arvovirus B19. J. Genetic Virology. 2008, 89: 164-176.
  19. Servant A., Laperche S., Lallemand F. et al. Genetic diversity within human erythroviruses: identification of three genotypes. J. Virology. 2002, 76 (18): 9124-9134.
  20. Toan N.L., Duechting A., Kremsner P.G. et al. Phylogenetic analysis of human parvovirus B19,indicating two subgroups of genotype 1 in Vietnamese patients. J. General Virology. 2006, 87: 2941-2949.
  21. Yermalovich M.A., Htibschen J.M., Semeiko G.V et al. Human parvovirus B19 surveillance in patients with rash and fever from Belarus. J. Med. Virol. 2012, 84 (6): 973-978.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Лаврентьева И.Н., Антипова А.Ю., Семенов А.В., Бичурина М.А., 2013

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах