Отправить статью по E-mail МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ВАРИАНТОВ ВИЧ-1 СУБТИПОВ А ИВ, ВЫДЕЛЕННЫХ НА ТЕРРИТОРИИ НОВОСИБИРСКОЙ ОБЛАСТИ
- Авторы: Богачев ВВ1, Тотменин АВ1, Барышев ПБ1, Мещерякова ЮВ2, Черноусова НЯ2, Гашникова НМ1, Bogachev VV3, Totmenin AV3, Baryshev PB3, Mescheryakova Y.V3, Chernousova NY.3, Gashnikova NM3
-
Учреждения:
- Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии Вектор
- Новосибирский областной центрпо профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями, п. Кольцово, Новосибирскаяобласть
- Выпуск: Том 89, № 6 (2012)
- Страницы: 45-52
- Раздел: Статьи
- URL: https://microbiol.crie.ru/jour/article/view/13714
- ID: 13714
Цитировать
Полный текст
Аннотация
ВИЧ, в НСО, Самаре, Конго и Москве. Генотипирование вариантов ВИЧ-1 проводили путем анализа нуклеотидных последовательностей участка гена pol длиной 1,3 тыс. нуклеотидных остатков.
Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей выполняли с помощью программы
Mega версия 4.1 путем построения филогенетических деревьев методом ближайших соседей.
Нуклеотидные дистанции рассчитывали по методу Кимуры. Результаты. Исследованные варианты
ВИЧ-1 субтипа В формируют отдельные филогенетические группы с низкой степенью гомологии
нуклеотидных последовательностей ВИЧ-1, объединенные по территориальному принципу и/или
по времени инфицирования ВИЧ на одной территории, но не имеющие взаимосвязи с конкретными группами риска населения. ВИЧ-1 субтипа А представляют собой достаточно однородную монофилетическую группу. Не было выявлено филогенетических различий при исследовании ВИЧ-1,
выделенных от пациентов из групп риска потребителей инъекционных наркотиков и лиц, инфицированных при половых контактах. Варианты ВИЧ, выделенные от пациентов, инфицированных в
Москве и в Самаре, в основном группировались с вариантами ВИЧ, циркулирующими в европейской
части России. Заключение. На территории сибирского региона наблюдается независимая циркуляция генетически обособленных групп ВИЧ-1 субтипа В, являющаяся результатом множественных
независимых заносов отдаленных вариантов вируса. Подтвержденная ограниченность распространения данного генетического варианта ВИЧ-1 с вытекающей территориальной обособленностью
создают возможность для формирования генетически отличающихся вирусных популяций.
Проведенные исследования вирусов субтипа А подтверждают выявленную ранее для других территорий России высокую степень гомогенности ВИЧ-1, относящихся к данному генетическому варианту. Монофилетичность вариантов ВИЧ субтипа А объясняется наложением двух факторов - территориальной мобильностью населения внутри страны и отсутствием специфических путей
передачи ВИЧ-1 субтипа А.
Ключевые слова
Об авторах
В В Богачев
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии ВекторГосударственный научный центр вирусологии и биотехнологии Вектор
А В Тотменин
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии ВекторГосударственный научный центр вирусологии и биотехнологии Вектор
П Б Барышев
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии ВекторГосударственный научный центр вирусологии и биотехнологии Вектор
Ю В Мещерякова
Новосибирский областной центрпо профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями, п. Кольцово, НовосибирскаяобластьНовосибирский областной центрпо профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями, п. Кольцово, Новосибирскаяобласть
Н Я Черноусова
Новосибирский областной центрпо профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями, п. Кольцово, НовосибирскаяобластьНовосибирский областной центрпо профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями, п. Кольцово, Новосибирскаяобласть
Н М Гашникова
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии ВекторГосударственный научный центр вирусологии и биотехнологии Вектор
V V Bogachev
A V Totmenin
P B Baryshev
Yu V Mescheryakova
N Ya Chernousova
N M Gashnikova
Список литературы
- Гашникова Н.М. Бочаров Е.Ф., Гладкий П.А. и др. Молекулярно-эпидемиологический анализ распространения ВИЧ-инфекции в Новосибирской области. Журн. микробиол. 2004, 3: 30-34.
- Bobkov A.F., Kazennova E.V., Selimova L.M. et al. Temporal trends in the HIV-1 epidemic in Russia: predominance of subtype A. J. Med. Virol. 2004, 74: 191-196.
- Nabatov A.A., Kravchenko O.N., Lyulchik M.G. et. al. Simultaneous introduction of HIV type 1 subtype A and B viruses into injecting drug users in southern Ukraine at the beginning of the epidemic in the former Soviet Union. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2002, 18: 891-895.
- Papuashvili M.N., Novokhatsky A.S., Shcherbakova T.I. Characteristics of HIV-1 env V3 loop sequences for subtype A1 variant spread in Eastern Europe. Infect. Genet. Evol. 2005, 5: 45-53.
- Plantier J.C., Leoz M., Dickerson J.E. et al. A new human immunodeficiency virus derived from gorillas. Nat. Med. 2009, 15 (8): 871-872.
- Saad M.D., Shcherbinskaya A.M., Nadai Y. et al. Molecular epidemiology of HIV type 1 in Ukraine: birthplace of an epidemic. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2006, 22: 709-714.
- Tamura K., Dudley J., Nei M., Kumar S. MEGA 4: Molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0. Mol. Biol. Evol. 2007, 24: 1596-1599.
- Thomson M.M., de Parga E.V., Vinogradova A. et al. New insights into the origin of the HIV type 1 subtype A epidemic in former Soviet Union's countries derived from sequence analyses of preepidemically transmitted viruses. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2007, 23 (12): 1599-1604.
- Thomson M.M., Vinogradova A., Delgado E. et al. Molecular epidemiology of HIV-1 in St Petersburg, Russia: predominance of subtype A, former Soviet Union variant, and identification of intrasubtype subclusters. J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 2009, 51: 332-339.
Дополнительные файлы
