Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии Вектор
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии Вектор
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии Вектор
Новосибирский областной центрпо профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями, п. Кольцово, Новосибирскаяобласть
Новосибирский областной центрпо профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями, п. Кольцово, Новосибирскаяобласть
Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии Вектор
State Scientific Centre of Virology and Biotechnology Vector
State Scientific Centre of Virology and Biotechnology Vector
State Scientific Centre of Virology and Biotechnology Vector
Novosibirsk Regional Centre of Prophylaxis andControl of AIDS and Infectious Diseases, Koltsovo, Novosibirsk region, Russia
Novosibirsk Regional Centre of Prophylaxis andControl of AIDS and Infectious Diseases, Koltsovo, Novosibirsk region, Russia
State Scientific Centre of Virology and Biotechnology Vector
Aim. Study phylogenetic interconnections of HIV-1 subtype A and B variants circulating in Novosibirsk region (NSR). Materials and methods. 268 HIV-1 variants isolated in 2007 - 2010 from blood samples of HIV infected patients in NSR, Samara, Congo and Moscow. HIV-1 variant genotyping was performed by analysis of 1.3 kb long pol gene nucleotide sequences. Phylogenetic analysis of nucleotide sequences was carried out by program Mega version 4.1 by constructing phylogenetic trees by nearest neighbor method. Nucleotide distances were calculated by Kimura method. Results. The studied HIV-1 subtype B variants form separate phylogenetic groups with a low HIV-1 nucleotide sequence homology level combined based on territorial principle and/or time of HIV infection in a territory but not possessing interconnection with a specific population risk group. Subtype A HIV-1 is a fairly homogenous monophyletic group. Phylogenetic differences during studies of HIV-1 isolated from risk group patients - injection drugs users and individuals infected through sexual contacts were not detected. HIV variants isolated from patients infected in Moscow and Samara generally grouped with HIV variants circulating in the European part of Russia. Conclusion. An independent circulation of genetically separate HIV-1 subtype B groups is observed on the territory of siberian region which is a result of multiple independent introductions of distant variants of the virus. The confirmed limited spread of this HIV-1 genetic variant with a subsequent territorial separateness creates a possibility of formation of genetically different virus populations. The studies of subtype A viruses performed confirm the high level of homogeneity detected earlier in other Russia territories of HIV-1 belonging to this genetic variant. Monophyly of subtype A HIV variants is explained by imposition of 2 factors - territorial mobility of the population inside the country and lack of specific transmission routes for HIV-1 subtype A.
Цель. Изучение филогенетических взаимосвязей вариантов ВИЧ-1 субтипов А и В, циркулирующих на территории Новосибирской области (НСО). Материалы и методы. Исследованы 268 вариантов ВИЧ-1, выделенных в 2007 - 2010 годах из образцов крови пациентов, инфицированных ВИЧ, в НСО, Самаре, Конго и Москве. Генотипирование вариантов ВИЧ-1 проводили путем анализа нуклеотидных последовательностей участка гена pol длиной 1,3 тыс. нуклеотидных остатков. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей выполняли с помощью программы Mega версия 4.1 путем построения филогенетических деревьев методом ближайших соседей. Нуклеотидные дистанции рассчитывали по методу Кимуры. Результаты. Исследованные варианты ВИЧ-1 субтипа В формируют отдельные филогенетические группы с низкой степенью гомологии нуклеотидных последовательностей ВИЧ-1, объединенные по территориальному принципу и/или по времени инфицирования ВИЧ на одной территории, но не имеющие взаимосвязи с конкретными группами риска населения. ВИЧ-1 субтипа А представляют собой достаточно однородную монофилетическую группу. Не было выявлено филогенетических различий при исследовании ВИЧ-1, выделенных от пациентов из групп риска потребителей инъекционных наркотиков и лиц, инфицированных при половых контактах. Варианты ВИЧ, выделенные от пациентов, инфицированных в Москве и в Самаре, в основном группировались с вариантами ВИЧ, циркулирующими в европейской части России. Заключение. На территории сибирского региона наблюдается независимая циркуляция генетически обособленных групп ВИЧ-1 субтипа В, являющаяся результатом множественных независимых заносов отдаленных вариантов вируса. Подтвержденная ограниченность распространения данного генетического варианта ВИЧ-1 с вытекающей территориальной обособленностью создают возможность для формирования генетически отличающихся вирусных популяций. Проведенные исследования вирусов субтипа А подтверждают выявленную ранее для других территорий России высокую степень гомогенности ВИЧ-1, относящихся к данному генетическому варианту. Монофилетичность вариантов ВИЧ субтипа А объясняется наложением двух факторов - территориальной мобильностью населения внутри страны и отсутствием специфических путей передачи ВИЧ-1 субтипа А.