УТОЧНЕНИЕ ТАКСОНОМИЧЕСКОГО ПОЛОЖЕНИЯ ПРОБИОТИЧЕСКИХ ШТАММОВ РОДА LACTOBACILLUS C ПОМОЩЬЮ СЕКВЕНИРОВАНИЯ ГЕНОВ 16S rDNA и rpoA


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель. Ревизия видовой идентификации коллекционных штаммов лактобацилл на основе секвенирования генов 16S rDNA и rpoA. Материалы и методы. Исследованы 52 культуры лактобацилл, преимущественно представляющих коллекцию НИИЭМ им. Н.Ф.Гамалеи (GIMC). С помощью праймеров Lb16a, Lb16b, 16S-midford, 16S-midrev амплифицированы фрагменты гена 16S rDNA. Для анализа гена rpoA применены два различных обратных праймера в зависимости от вида лактобацилл. Секвенирование фрагментов ДНК проведено на приборе 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems/Hitachi) с праймерами, использованными для амплификации. Результаты. Показана эффективность секвенирования двух мишеней в дифференциации видов внутри филогенетических групп лактобацилл. Продемонстрировано видовое разнообразие штаммов коллекции лактобацилл НИИЭМ им. Н.Ф.Гамалеи, включающее представителей 9 видов. Установлено, что все штаммы, маркированные ранее как L. acidophilus, относятся к L. helveticus. Обнаружены штаммы, относящиеся к недавно открытому виду L. farraginis, перспективному для использования в сельскохозяйственной практике. Заключение. Получены генетические паспорта оригинальных штаммов 9 видов лактобацилл, перспективных для дальнейшего исследования.

Об авторах

О Л Воронина

НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи, МоскваВНИИ сельскохозяйственной биотехнологии, Москва

НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи, МоскваВНИИ сельскохозяйственной биотехнологии, Москва

М С Кунда

НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи, МоскваВНИИ сельскохозяйственной биотехнологии, Москва

НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи, МоскваВНИИ сельскохозяйственной биотехнологии, Москва

В М Бондаренко

НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи, Москва

НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи, Москва

Н А Шабанова

НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи, Москва

НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи, Москва

В Г Лунин

НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи, МоскваВНИИ сельскохозяйственной биотехнологии, Москва

НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи, МоскваВНИИ сельскохозяйственной биотехнологии, Москва

Список литературы

  1. Бондаренко В.М. Молекулярно-генетические и молекулярно-биологические исследования представителей родов Lactobacillus и Bifidobacterium. Вестн. РАМН. 2006, 1: 18-23.
  2. Byun R., Nadkarni M.A., Chhour K.L. et al. Quantitative analysis of diverse lactobacillus species present in advanced dental caries. J. Clin. Microbiol. 2004, 42 (7): 3128-3136.
  3. Callanan M., Kaleta P., O'Callaghan J. et al. Genome sequence of Lactobacillus helveticus, an organism distinguished by selective gene loss and insertion sequence element expansion. J. Bacteriol. 2008, 190 (2): 727-735.
  4. Diancourp L., Paset V., Chervaux Ch. et al. Multilocus sequence typing of Lactobacillus casei (L. paracasei) reveals a clonal population structure with low levels of homologous recombination. Appl. Environ. Microbiol. 2007, 73 (20): 6601-6611.
  5. Endo A., Okada S. Lactobacillus farraginis sp. nov. and Lactobacillus parafarraginis sp. nov., heterofermentative lactobacilli isolated from a compost of distilled shochu residue. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2007, 57: 708-712.
  6. Fellis G.E., Dellaglio F. Taxonomy of lactobacilli and bifidobacteria. Curr. Issues Intest. Microbiol. 2007, 8 (2): 44-61.
  7. Guan L.L., Hagen K.E., Tannock G.W. et al. Detection and identification of Lactobacillus species in crops of broilers of different ages by using PCR-denaturing gradient gel electrophoresis and amplified ribosomal DNA restriction analysis. Appl. Environ. Microbiol. 2003, 69: 6750-6757.
  8. Leeber S., Vanderleyden J., De Keersmaecher S.J. Genes and molecules of Lactobacilli supporting probiotic action. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2008, 72 (4): 728-764.
  9. Leichmann G. Über die im Brennereiprozess bei der Kunsthefe auftretende spontane Milchsäuregarung. Zentalbl. Bacteriol. Parasitenk. 1896, 2: 281-285.
  10. Naser S.M, Hagen K.E., Vancanneyt M. et al. Lactobacillus suntoryeus Cachat and Priest 2005 is a later synonym of Lactobacillus helveticus (Orla-Jensen1919) Bergey et al. 1925 (Approved Lists 1980). Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006, 56: 355-360.
  11. Naser S.M., Dawyndt P., Hoste B. et al. Identification of lactobacilli by phe S and rpo A gene sequence analyses. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2007, 57: 2777-2789.
  12. Naser S.M., Thompson F.L., Hoste B. et al. Application of multilocus sequence analysis (MLSA) for rapid identification of Enterococcus species based on rpoA and pheS genes. Microbiology. 2005, 151: 2141- 2150.
  13. Reuter G. The Lactobacillus and Bifidobacterium microflora of the human intestine: composition and succession. Curr. Issues Intest. Microbiol. 2001, 2 (2): 43-53.
  14. Stackebrandt E., Ebers J. Taxonomic parameters revisited: tarnished gold standards. Microbiol. Today. 2006, 33: 152-155.
  15. Tannock G.W. A fresh look at the intestinal microflora. In: Probiotics - A critical review. Wymondham, Horizon Scientific Press, 1999.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Воронина О.Л., Кунда М.С., Бондаренко В.М., Шабанова Н.А., Лунин В.Г., 2012

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах