ОПТИМИЗАЦИЯ МЕТОДА УСКОРЕННОЙ ГЕНОДИАГНОСТИКИ КОКЛЮША НА ОСНОВЕ ИЗОТЕРМИЧЕСКОЙ АМПЛИФИКАЦИИ (LAMP)

Обложка


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель. Оптимизация ускоренного способа генодиагностики коклюша на основе изотермической амплификации для выявления ДНК возбудителя.Материалы и методы. Исследование проводилось на 35 типовых коллекционных штаммах и 169 штаммах Bordetella pertussis, B.parapertussis, B. bronchiseptica, выделенных в бактериологических лабораториях субъектов РФ. В исследование включено 329 клинических образцов, полученных от больных с подозрением на коклюш и контактных с ними лиц, госпитализированных в ИКБ № 1 ДЗМ. Хромосомную ДНК выделяли стандартным методом кипячения из штаммов, из клинических образцов с помощью коммерческих наборов. Выявление и дифференциацию специфических фрагментов генома возбудителей коклюша, паракоклюша и бронхисептикоза в клиническом материале осуществляли с использованием набора «АмплиСенс® Bordetella multi-FL» (ЦНИИЭ, Москва). Результаты. Проведена оптимизация ранее предложенного способа и разработан ускоренный метод генодиагностики коклюшной инфекции на основе LAMP с детекцией с помощью электрофореза, а также с помощью интеркалирующего красителя. Разработанный способ генодиагностики позволяет выявлять ДНК B.pertussis в течение 4-5 часов от начала исследования в клиническом материале. Аналитическая чувствительность - 102 ГЭ/мл. Оценка валидности показала, что разработанный способ обладает 99,6% чувствительностью и 98,7% специфичностью; прогностическая ценность положительного и отрицательного результата составила 99,6% и 98,7% соответственно; индекс точности (диагностическая эффективность) - 99,4%; отношение правдоподобия положительного и отрицательного результата - 76,6 и 0,004 соответственно. Оценка аналитической надежности в 100% случаев показала сходимость и воспроизводимость методики. Заключение. Диагностический тест по выявлению ДНК B.pertussis методом LAMP позволит увеличить эффективность лабораторной диагностики коклюшной инфекции.

Об авторах

А. С. Пименова

Московский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н.Габричевского

Автор, ответственный за переписку.
Email: noemail@neicon.ru
Россия

О. Ю. Борисова

Московский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н.Габричевского, Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И.Пирогова

Email: noemail@neicon.ru
Россия

М. С. Петрова

Московский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н.Габричевского

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Е. В. Власов

Инфекционная клиническая больница № 1 Департамента здравоохранения города Москвы

Email: noemail@neicon.ru
Россия

И. С. Воронина

Московский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н.Габричевского

Email: noemail@neicon.ru
Россия

А. Б. Борисова

Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И.Пирогова

Email: noemail@neicon.ru
Россия

С. С. Афанасьев

Московский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н.Габричевского

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Е. Е. Донских

Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И.Пирогова

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Л. И. Кафарская

Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И.Пирогова

Email: noemail@neicon.ru
Россия

В. А. Алешкин

Московский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н.Габричевского

Email: noemail@neicon.ru
Россия

А. В. Алешкин

Московский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н.Габричевского

Email: noemail@neicon.ru
Россия

М. С. Афанасьев

Первый московский государственный медицинский университет им. И.М.Сеченова

Email: noemail@neicon.ru
Россия

А. В. Караулов

Первый московский государственный медицинский университет им. И.М.Сеченова

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Список литературы

  1. Бабаченко И.В., Харит С.М., Курова Н.Н. и др. Коклюш у детей: монография. М., Комментарий, 2014.
  2. Басов А.А., Цвиркун О.В., Герасимова А.Г. и др. Особенности распространения коклюша в организованном коллективе с высоким уровнем привитости против этой инфекции. Жизнь без опасностей. Здоровье. Профилактика. Долголетие. 2013, 8(4): 60-64.
  3. Борисова О.Ю., Петрова М.С., Гадуа Н.Т. и др. Прямой ускоренный метод выявления возбудителя коклюша. Клиническая лабораторная диагностика. 2010, (5): 53-55.
  4. ГОСТ Р 53022.3-2008. Требования к качеству клинических лабораторных исследований. Часть 3. Правила оценки клинической информативности лабораторных тестов. Введ. 2010-01-01. М.: Стандартинформ, 2009.
  5. Каратаев Г.И., Синяшина Л.Н., Медкова А.Ю. и др. Инсерционная инактивация оперона вирулентности в популяции персистирующих бактерий Bordetella pertussis. Генетика. 2016, 52(4): 422.
  6. Медкова А.Ю., Аляпкина Ю.С., Синяшина Л.Н. и др. Распространенность стертых форм коклюша и анализ фазовых состояний бактерий Bordetella pertussis. Детские инфекции. 2010, 9(4): 19-22.
  7. Онищенко Г.Г. Эпидемиологическое благополучие населения России. Журн. микробиол. 2013, (1): 42-51.
  8. Петри А., Сэбин К. Наглядная медицинская статистика: учебное пособие для вузов. М., ГЭОТАР-Медиа, 2010.
  9. Петрова М.С., Попова О.П., Борисова О.Ю. и др. Коклюш у детей раннего возраста. Эпидемиология и инфекционные болезни. 2012, (6): 12-24.
  10. Платонов А.Е. Статистический анализ в медицине и биологии: задачи, терминология, логика, компьютерные методы. М., РАМН, 2000.
  11. Прадед М.Н., Яцышина С.Б., Селезнева Т.С. и др. ПЦР-диагностика инфекций, вызванных B.pertussis, B.parapertussis и B.bronchiseptica. Клиническая лабораторная диагностика. 2013, (1): 53-56.
  12. Brotons P., de Paz H.D., Esteva C. et al. Validation of a loop-mediated isothermal amplification assay for rapid diagnosis of pertussis infection in nasopharyngeal samples. Expert Rev. Mol. Diagn. 2016, 16(1): 125-130. doi: 10.1586/14737159.2016.1112741.
  13. Douglas E., Coote J.G., Parton R. et al. Identification of Bordetella pertussis in nasopharyngeal swabs by PCR amplification of a region of the adenylate cyclase gene. J. Med. Microbiol. 1993, 38(2): 140-144. doi: 10.1099/00222615-38-2-140.
  14. Grimprel E.P., Begue P., Anjak I. et al. Comparison of polymerase chain reaction, culture and Western immunoblot serology for diagnosis of Bordetella pertussis infections. J. Clin. Microbiol. 1993, 31(10): 2745-2750.
  15. Kamachi K., Toyoizumi-Ajisaka H., Toda K. et al. Development and evaluation of a loop-mediated isothermal amplification method for rapid diagnosis of Bordetella pertussis infection. J. Clin. Microbiol. 2006, 44(5): 1899-1902. doi: 10.1128/JCM.44.5.1899-1902.2006.
  16. Kamachi K., Yoshino S., Katsukawa C. et al. Laboratory-based surveillance of pertussis using multitarget real-time PCR in Japan: evidence for Bordetella pertussis infection in preteens and teens. New Microbes New Infect. 2015, (8): 70-74. doi: 10.1016/j.nmni.2015.10.001.
  17. Lanotte Ph., Plouzeau C, Burucoa C. et al. Evaluation of four commercial Real-Time PCR assays for detection of Bordetella spp. in nasopharyngeal aspirates. J. Clin. Microbiol. 2011, 49(11): 3943-3946. doi: 10.1128/JCM.00335-11.
  18. Litt D.J., Jauneikaite E., Tchipeva D. et al. Direct molecular typing of Bordetella pertussis from clinical specimens submitted for diagnostic quantitative (real-time) PCR. J. Med. Microbiol. 2012, 61(12): 1662-1668. doi: 10.1099/jmm.0.049585-0.
  19. Loeffelholz M. Towards improved accuracy of Bordetella pertussis nucleic acid amplification tests. J. Clin. Microbiol. 2012, 50(7): 2186-2190. doi: 10.1128/JCM.00612-12.
  20. Notomi T., Okayama H., Masubuchi H. et al. Loop-mediated isothermal amplification of DNA. Nucleic Acids Res. 2000, 28(12): E63.
  21. Notomi T., Mori Y., Tomita N. et al. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP): principle, features, and future prospects. J. Microbiol. 2015, 53(1): 1-5. doi: 10.1007/s12275-015-4656-9.
  22. Qin X., Galanakis E., Martin E.T. et al. Multitarget PCR for diagnosis of pertussis and its clinical implications. J. Clin. Microbiol. 2007, 45(2): 506-511. doi: 10.1128/JCM.02042-06.
  23. Qin X. Resurgence of Pertussis апс1 its Moratory diagnоsis. Clin. Microbiol. Newsletter. 2015, 37(9): 69-76. doi: 10.1016/j.clinmicnews.2015.04.001.
  24. Stone B.L., Daly J., Srivastava R. Duration of Bordetelta pertussis polymerase duiin reactiоn positivity in confirmed pertussis illness. J. Pediatric Infect.Dis. Soc. 2014, 3(4): 347-349. doi: 10.1093/jpids/piu004.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Пименова А.С., Борисова О.Ю., Петрова М.С., Власов Е.В., Воронина И.С., Борисова А.Б., Афанасьев С.С., Донских Е.Е., Кафарская Л.И., Алешкин В.А., Алешкин А.В., Афанасьев М.С., Караулов А.В., 2018

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах