МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ШТАММА SHIGELLA SONNEI-2013, ВЫДЕЛЕННОГО ПРИ ВСПЫШКЕ ДИЗЕНТЕРИИ В РЕСПУБЛИКЕ АБХАЗИЯ В 2013 ГОДУ

Цель. Изучить молекулярно-генетические свойства штамма Shigella sonnei-2013, выделенного во время вспышки дизентерии в Республике Абхазия в 2013 г. Материалы и методы. Генетическое типирование исследуемого штамма осуществляли методом мультилокусного сиквенс-типирования (MLST). Анализировали нуклеотидные последовательности фрагментов 7 консервативных генов «домашнего хозяйства» adk, fumC, icd, mdh, purA, recA, gyrB. Секвенированные фрагменты ДНК сравнивали с референсными последовательностями из базы данных Escherichia coli MLST. Филогенетический анализ проводили с помощью метода UPGMA и компьютерной программы START 2. Полногеномное секвенирование выполняли на генетическом анализаторе Ion Torrent Personal Genome Machine (PGM™) с использованием фрагментных библиотек (shot-gun). Картирование ридов проводили в программе GS Reference Mapper. Результаты. Определен сиквенс-тип исследуемого штамма - ST-152, являющийся одним из распространенных генотипов для S. sonnei. Показана высокая степень сходства полученных контигов с последовательностью хромосомы и плазмид А, В, С и Е штаммов S. sonnei 53G и S. sonnei Ss046. Выявлены контиги с высоким процентом сходства с последовательностью плазмиды вирулентности p026-Vir штамма Е. coli 026:Hli (Н30). В геноме штамма S. sonnei-2013 обнаружены, нуклеотидные последовательности 136 генов, расположенных на плазмиде p026-Vir штамма Е. coli 026:Н11 (Н30). Обнаружены гены, контролирующие биосинтез пилей IV типа, участвующих в адгезии к абиотическим поверхностям и формировании биопленки. Заключение. Выявлены структурные особенности штамма, обусловленные наличием фрагментов плазмиды вирулентности p026-Vir штамма Е. coli 026:Н 11 (НЗО).

дизентерия, полногеномное секвенирование