Aim. Study of molecular-genetic properties of Shigella sonnei-2013 strain isolated during the outbreak in dysentery in the republic Abkhazia in 2013. Materials and methods. Genetic typing of the tested strains using multilocus sequence typing (MLST). Analyzed of nucleotide sequence fragments 7 of conservative «housekeeping» genes adk, fumC, icd, mdh, purA, recA, gyrB. Sequenced of DNA fragments compared with reference sequences from database of Escherichia coli MLST. Phylogenetic analysis was performed using UPGMA method and computer program START 2. Whole-genome sequencing performed on a genetic analyzer Ion Torrent Personal Genome Machine (PGM™) using fragment libraries (shot-gun). Aligning reads have been carried out with the program GS Reference Mapper. Results. Defined sequence - type of the studied strain - ST-152, one of the most common genotypes for S. sonnei. Demonstrated the high degree of similarity obtained contig to the sequences of the chromosome and plasmids А, В, С и E strains S. sonnei 53G and S. sonnei Ss046. Identified contigs with a high percentage similarity to the sequence of virulence plasmid p026-Vir of E. coli 026:H11 (H30). In the genomic S. sonnei-2013 revealed nucleotide sequence of 136 genes were found located on the p026-Vir strain of E. coli 026:Н11 (НЗО). Discovered genes controlling biosynthesis of type IV pili involved in adhesion to abiotic surfaces and biofilm formation. Conclusion. Identified structural peculiarities of strain induced by fragments of virulence plasmid p026-Vir strain E. coli 026:H 11 (H30).
Цель. Изучить молекулярно-генетические свойства штамма Shigella sonnei-2013, выделенного во время вспышки дизентерии в Республике Абхазия в 2013 г. Материалы и методы. Генетическое типирование исследуемого штамма осуществляли методом мультилокусного сиквенс-типирования (MLST). Анализировали нуклеотидные последовательности фрагментов 7 консервативных генов «домашнего хозяйства» adk, fumC, icd, mdh, purA, recA, gyrB. Секвенированные фрагменты ДНК сравнивали с референсными последовательностями из базы данных Escherichia coli MLST. Филогенетический анализ проводили с помощью метода UPGMA и компьютерной программы START 2. Полногеномное секвенирование выполняли на генетическом анализаторе Ion Torrent Personal Genome Machine (PGM™) с использованием фрагментных библиотек (shot-gun). Картирование ридов проводили в программе GS Reference Mapper. Результаты. Определен сиквенс-тип исследуемого штамма - ST-152, являющийся одним из распространенных генотипов для S. sonnei. Показана высокая степень сходства полученных контигов с последовательностью хромосомы и плазмид А, В, С и Е штаммов S. sonnei 53G и S. sonnei Ss046. Выявлены контиги с высоким процентом сходства с последовательностью плазмиды вирулентности p026-Vir штамма Е. coli 026:Hli (Н30). В геноме штамма S. sonnei-2013 обнаружены, нуклеотидные последовательности 136 генов, расположенных на плазмиде p026-Vir штамма Е. coli 026:Н11 (Н30). Обнаружены гены, контролирующие биосинтез пилей IV типа, участвующих в адгезии к абиотическим поверхностям и формировании биопленки. Заключение. Выявлены структурные особенности штамма, обусловленные наличием фрагментов плазмиды вирулентности p026-Vir штамма Е. coli 026:Н 11 (НЗО).