Отправить статью по E-mail НОВЫЙ ПОДХОД К ГЕНОТИПИРОВАНИЮ ГОСПИТАЛЬНЫХ ИЗОЛЯТОВ CLOSTRIDIUM DIFFICILE
- Авторы: Терлецкий В.П.1,2, Тыщенко В.И.1,2, Новикова О.Б.2, Новикова И.И.3, Джавадов Э.Д.2
-
Учреждения:
- Всероссийский НИИ генетики и разведения сельскохозяйственных животных
- Всероссийский научно-исследовательский ветеринарный институт птицеводства
- Всероссийский НИИ защиты растений
- Выпуск: Том 93, № 2 (2016)
- Страницы: 9-15
- Раздел: ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
- Дата подачи: 10.04.2019
- Дата публикации: 28.04.2016
- URL: https://microbiol.crie.ru/jour/article/view/24
- DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-2016-2-9-15
- ID: 24
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Цель. Разработка нового подхода в генотипировании Clostridium difficile и испытание его на примере 140 госпитальных изолятов. Материалы и методы. Подход основан на идее двойного расщепления и избирательного мечения (ДРИМ), использованного ранее при генотипировании других бактериальных патогенов. Был осуществлен подбор оптимальных ферментов рестрикции MluI и Mph1103I, оптимизированы условия проведения реакции ДРИМ. Результаты. Проведено генотипирование госпитальных изолятов C.difficile, рассчитан индекс дискриминации штаммов, сделаны выводы о возможностях метода в выяснении путей распространения и идентификации источников инфекции. Заключение. Разработанный метод генотипирования имеет ряд преимуществ над существующими методами и может применяться в решении вопросов эпидемиологии инфекций, вызванных C.difficile.
Ключевые слова
Об авторах
В. П. Терлецкий
Всероссийский НИИ генетики и разведения сельскохозяйственных животных; Всероссийский научно-исследовательский ветеринарный институт птицеводства
Автор, ответственный за переписку.
Email: noemail@neicon.ru
Россия
В. И. Тыщенко
Всероссийский НИИ генетики и разведения сельскохозяйственных животных; Всероссийский научно-исследовательский ветеринарный институт птицеводства
Email: noemail@neicon.ru
Россия
О. Б. Новикова
Всероссийский научно-исследовательский ветеринарный институт птицеводства
Email: noemail@neicon.ru
Россия
И. И. Новикова
Всероссийский НИИ защиты растений
Email: noemail@neicon.ru
Россия
Э. Д. Джавадов
Всероссийский научно-исследовательский ветеринарный институт птицеводства
Email: noemail@neicon.ru
Россия
Список литературы
- Лобзин Ю.В., Захаренко С.М., Иванов Г.А. Современные представления об инфекции Clostridium difficile. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2002, 4 (3): 200-232.
- Barlett J.C. Narrative review: the new epidemic of Clostridium difficile-associated enteric disease. Ann. Intern. Med. 2006, 145 (10): 758-764.
- Bikandi J., San Millan R., Rementeria A. et al. In silico analysis of complete bacterial genomes: PCR, AFLP-PCR, and endonuclease restriction. Bioinformatics. 2004, 20 (5): 798799.
- Fakhr M.K., Nolan L.K., Logue C.M. Multilocus sequence typing lacks the discriminatory ability of pulsed-field gel electrophoresis for typing Salmonella enterica serovar Typhimurium. J. Clin. Microbiol. 2005, 43 (5): 2215-2219.
- Hunter P.R., Gaston M.A. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of the Simpson’s index of diversity. J. Clin. Microbiol. 1988, 26: 2465-2466.
- Joost I., Speck K., Herrmann M. et al. Characterization of Clostridium difficile isolates by slpA and tcdC gene sequencing. Int. J. Antimicrob. Agents. 2009, 33: 13-18.
- Mitani N., Koizumi A., Sano R. et al. Molecular typing of methicillin-resistant Staphylococcus aureus by PCR-RFLP and its usefulness in an epidemiological study of an outbreak. Jpn. J. Infect. Dis. 2005, 58 (4): 250-252.
- Stubbs S.L., Brazier J.S., O’Neill G.L. et al. PCR targeted to the 16S-23S rRNA gene intergenic spacer region of Clostridium difficile and construction of a library consisting of 116 different PCR ribotypes. J. Clin. Microbiol. 1999, 37: 461-463.
- Terletski V., Schwarz S., Carnwath J., Niemann H. Typing of Salmonella enterica subsp. enterica serovars Choleraesuis, Typhimurium, Dublin and laboratory strains of Escherichia coli using subtracted restriction fingerprinting (SRF). Microbiol. Res. 2003, 158 (2): 135-142.
- Terletskiy V., Kuhn G., Francioli P. et al. Application and evaluation of double digest selective label (DDSL) typing technique for Pseudomonas aeruginosa hospital isolates. J. Microbiol. Methods. 2008, 72 (3): 283-287.
- Wiegand P.N., Nathwani D., Wilcox M.H. et al. Clinical and economic burden of Clostridium difficile infection in Europe: a systematic review of healthcare-facility-acquired infection. J. Hosp. Infect. 2012, 81: 1-14.
- Zaiss N.H., Rupnik M., Kuijper E.J. et al. Typing Clostridium difficile strains based on tandem repeat sequences. BMC Microbiol. 2009, 9: 6.
Дополнительные файлы
