Journal of microbiology, epidemiology and immunobiologyJournal of microbiology, epidemiology and immunobiologyЖурнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии0372-93112686-7613Central Research Institute for Epidemiology2410.36233/0372-9311-2016-2-9-15ORIGINAL RESEARCHESОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯA NOVEL APPROACH TO GENOTYPING OF HOSPITAL ISOLATES OF CLOSTRIDIUM DIFFICILEНОВЫЙ ПОДХОД К ГЕНОТИПИРОВАНИЮ ГОСПИТАЛЬНЫХ ИЗОЛЯТОВ CLOSTRIDIUM DIFFICILETerletskyV. P.ТерлецкийВ. П.
Russian Federation
TyschenkoV. I.ТыщенкоВ. И.
Russian Federation
NovikovaO. B.НовиковаО. Б.
Russian Federation
NovikovaI. I.НовиковаИ. И.
Russian Federation
DzhavadovE. D.ДжавадовЭ. Д.
Russian Federation
All-Russian Research Institute of Genetics and Breeding of Agricultural AnimalsВсероссийский НИИ генетики и разведения сельскохозяйственных животныхAll-Russian Research Veterinary Institute of PoultryВсероссийский научно-исследовательский ветеринарный институт птицеводстваAll-Russian Research Institute of Plants ProtectionВсероссийский НИИ защиты растений2804201693291510042019Copyright ©; 2016, Terletsky V.P., Tyschenko V.I., Novikova O.B., Novikova I.I., Dzhavadov E.D.Copyright ©; 2016, Терлецкий В.П., Тыщенко В.И., Новикова О.Б., Новикова И.И., Джавадов Э.Д.2016Terletsky V.P., Tyschenko V.I., Novikova O.B., Novikova I.I., Dzhavadov E.D.Терлецкий В.П., Тыщенко В.И., Новикова О.Б., Новикова И.И., Джавадов Э.Д.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://microbiol.crie.ru/jour/article/view/24

Aim. Development of a novel approach in genotyping of Clostridium difficile and its testing on the example of 140 hospital isolates. Materials and methods. The approach is based on an idea of double digest and selective label (DDSL), used previously during genotyping of other bacterial pathogens. Selection of optimal enzymes for restriction of MluI and Mph1103I was carried out, condition of DDSL reaction execution were optimized. Results. Genotyping of C. difficile hospital isolates was carried out, index of strain discrimination was calculated, conclusions regarding possibilities of the method in elucidation of spread pathways and identification of infection sources were made. Conclusion. The developed method of genotyping has a number of advantages over the existing method and can be used to address issues in epidemiology of infections caused by C. difficile.

Цель. Разработка нового подхода в генотипировании Clostridium difficile и испытание его на примере 140 госпитальных изолятов. Материалы и методы. Подход основан на идее двойного расщепления и избирательного мечения (ДРИМ), использованного ранее при генотипировании других бактериальных патогенов. Был осуществлен подбор оптимальных ферментов рестрикции MluI и Mph1103I, оптимизированы условия проведения реакции ДРИМ. Результаты. Проведено генотипирование госпитальных изолятов C.difficile, рассчитан индекс дискриминации штаммов, сделаны выводы о возможностях метода в выяснении путей распространения и идентификации источников инфекции. Заключение. Разработанный метод генотипирования имеет ряд преимуществ над существующими методами и может применяться в решении вопросов эпидемиологии инфекций, вызванных C.difficile.

Clostridium difficilegenome DNAbacteriaClostridium difficilegenotypingmolecular epidemiologyrestriction enzymesгеномная ДНКбактериигенотипированиемолекулярная эпидемиологияферменты рестрикцииЛобзин Ю.В., Захаренко С.М., Иванов Г.А. Современные представления об инфекции Clostridium difficile. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2002, 4 (3): 200-232.Barlett J.C. Narrative review: the new epidemic of Clostridium difficile-associated enteric disease. Ann. Intern. Med. 2006, 145 (10): 758-764.Bikandi J., San Millan R., Rementeria A. et al. In silico analysis of complete bacterial genomes: PCR, AFLP-PCR, and endonuclease restriction. Bioinformatics. 2004, 20 (5): 798799.Fakhr M.K., Nolan L.K., Logue C.M. Multilocus sequence typing lacks the discriminatory ability of pulsed-field gel electrophoresis for typing Salmonella enterica serovar Typhimurium. J. Clin. Microbiol. 2005, 43 (5): 2215-2219.Hunter P.R., Gaston M.A. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of the Simpson’s index of diversity. J. Clin. Microbiol. 1988, 26: 2465-2466.Joost I., Speck K., Herrmann M. et al. Characterization of Clostridium difficile isolates by slpA and tcdC gene sequencing. Int. J. Antimicrob. Agents. 2009, 33: 13-18.Mitani N., Koizumi A., Sano R. et al. Molecular typing of methicillin-resistant Staphylococcus aureus by PCR-RFLP and its usefulness in an epidemiological study of an outbreak. Jpn. J. Infect. Dis. 2005, 58 (4): 250-252.Stubbs S.L., Brazier J.S., O’Neill G.L. et al. PCR targeted to the 16S-23S rRNA gene intergenic spacer region of Clostridium difficile and construction of a library consisting of 116 different PCR ribotypes. J. Clin. Microbiol. 1999, 37: 461-463.Terletski V., Schwarz S., Carnwath J., Niemann H. Typing of Salmonella enterica subsp. enterica serovars Choleraesuis, Typhimurium, Dublin and laboratory strains of Escherichia coli using subtracted restriction fingerprinting (SRF). Microbiol. Res. 2003, 158 (2): 135-142.Terletskiy V., Kuhn G., Francioli P. et al. Application and evaluation of double digest selective label (DDSL) typing technique for Pseudomonas aeruginosa hospital isolates. J. Microbiol. Methods. 2008, 72 (3): 283-287.Wiegand P.N., Nathwani D., Wilcox M.H. et al. Clinical and economic burden of Clostridium difficile infection in Europe: a systematic review of healthcare-facility-acquired infection. J. Hosp. Infect. 2012, 81: 1-14.Zaiss N.H., Rupnik M., Kuijper E.J. et al. Typing Clostridium difficile strains based on tandem repeat sequences. BMC Microbiol. 2009, 9: 6.