Молекулярная характеристика фторхинолон-устойчивых штаммов Mycobacterium tuberculosis от впервые выявленных больных туберкулёзом на северо-западе России

Обложка


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Введение. Фторхинолоны остаются ключевыми противотуберкулёзными препаратами 2-го ряда.

Цель исследования — молекулярная характеристика фторхинолон-устойчивых штаммов Mycobacterium tuberculosis от впервые выявленных больных туберкулёзом на северо-западе России.

Материалы и методы. Ретроспективная коллекция исследования включала изоляты M. tuberculosis, выделенные в 2015–2019 гг. от ранее не леченных больных туберкулёзом, проживающих в различных областях северо-запада России. Чувствительность к противотуберкулёзным препаратам (в том числе к фторхинолону офлоксацину) определяли с применением BACTEC MGIT960 или метода абсолютных концентраций. Мутации в гене gyrA как маркере устойчивости к фторхинолонам выявляли методом ПЦР в реальном времени. Принадлежность к генотипу Beijing и его субтипам устанавливали методами ПЦР и ПЦР в реальном времени. Штаммы других генотипов (не-Beijing) сполиготипировали.

Результаты и обсуждение. Фенотипическая устойчивость к офлоксацину установлена у 6,7% (40/599) штаммов и у 17,4% (40/230) штаммов с множественной лекарственной устойчивостью. К генотипу Beijing принадлежали 34 (85%) из 40 устойчивых к офлоксацину штаммов, 18 (45%) штаммов были отнесены к российскому эпидемическому субтипу Beijing B0/W148-кластер и 12 (30%) — к Beijing Central Asian/Russian. Остальные 6 офлоксацин-устойчивых штаммов принадлежали к евро-американской филогенетической линии. Мутации в gyrA обнаружены у 97,5% (39/40) штаммов, наиболее часто — в кодоне 94 (69,2%; 27/39). Замена Asp94Gly была выявлена в 57,5% (23/40) офлоксацин-устойчивых штаммов и доминировала среди штаммов как Beijing (19/34), так и не-Beijing (4/6). Второй по частоте была замена Ala90Val (25%; 10/40). Более половины офлоксацин-устойчивых штаммов Beijing B0/W148 (10/18) и Central Asian/Russian (7/12) несли мутацию Asp94Gly.

Заключение. На северо-западе России в 2016–2019 гг. первичная резистентность M. tuberculosis к фторхинолонам составляла 6,7% в общей популяции возбудителя туберкулёза и 17,4% у штаммов с множественной лекарственной устойчивостью и была обусловлена преимущественно мутациями gyrA Asp94Gly и Ala90Val. Наибольшая доля фторхинолон-резистентных штаммов M. tuberculosis была у генотипа Beijing B0/W148.

Полный текст

Введение

Снижение заболеваемости туберкулёзом (ТБ) в России (с 57,7 на 100 тыс. населения в 2015 г. до 31,1 в 2022 г.) сопровождается сохранением распространения лекарственно устойчивых, прежде всего мультирезистентных штаммов Mycobacterium tuberculosis. Доля множественной лекарственной устойчивости (МЛУ) среди впервые выявленных больных (первичная МЛУ) выросла с 27,5% в 2016 г. до 34% в 2022 г.1

Согласно классическому многолетнему определению Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ), МЛУ обладают штаммы, одновременно устойчивые к двум ключевым антибиотикам 1-го ряда: изониазиду и рифампицину. Лечение МЛУ-ТБ требует применения препаратов 2-го ряда, к которым микобактерии также приобретают устойчивость. В дополнение к МЛУ-ТБ в 2006 г. ВОЗ ввела определение широкой (дополнительная устойчивость к фторхинолонам и инъекционным антибиотикам; ШЛУ) и предширокой (дополнительная устойчивость к или фторхинолонам или инъекционным антибиотикам; пре-ШЛУ) лекарственной устойчивости [1]. Снижение роли инъекционных антибиотиков и более широкое применение новых препаратов привело к модификации определения ШЛУ и пре-ШЛУ ТБ, которое рекомендовано ВОЗ к использованию в клинических целях и для эпидемиологического надзора с января 2021 г. Согласно новой классификации, ТБ, вызываемый МЛУ-штаммами M. tuberculosis, устойчивыми к любому из фторхинолонов, обозначили как пре-ШЛУ-ТБ2. Штаммы с пре-ШЛУ, имеющие дополнительную устойчивость к бедаквилину или линезолиду, определены как ШЛУ.

Таким образом, фторхинолоны (ранее — офлоксацин, в настоящее время — левофлоксацин и фторхинолон нового поколения моксифлоксацин) сохранили своё значение при лечении МЛУ-ТБ. Развитие устойчивости к ним имеет значение для исхода лечения: исследование в Архангельске в 2005–2008 гг. показало, что неблагоприятные исходы были более вероятны среди пациентов с приобретённой устойчивостью к капреомицину (100% против 25,9%), офлоксацину (83,6% против 22,7%) или ШЛУ (100% против 24,4%) [2].

Мишенью фторхинолонов служит фермент ДНК-гираза, который необходим для осуществления репликации и транскрипции в клетке M. tuberculo- sis [3]. Устойчивость к фторхинолонам в 90% случаев связана с мутациями в генах gyrA и и gyrB, кодирующих ДНК-гиразу. Мутации в горячем участке гена gyrA (область, определяющая устойчивость к хинолонам, кодоны 88–94) представляют основной механизм устойчивости, в то время как мутации в гене gyrB встречаются гораздо реже и роль некоторых из них в устойчивости к фторхинолонам не всегда очевидна [4, 5]. Наиболее распространёнными мутациями в gyrA являются Ala90Val, Asp94 (Gly, Ala, His, Asn или Tyr) и Ser91Pro, реже встречается мутация Gly88Cys [6–12].

Офлоксацин в настоящее время не применяется для противотуберкулёзной терапии, и существенная доля штаммов, фенотипически устойчивых к офлоксацину, чувствительны к моксифлоксацину. Вместе с тем стремительное развитие лекарственной устойчивости к офлоксацину и, как следствие, значительное снижение терапевтической эффективности привело к директивному отказу от использования данного препарата в лечении ТБ. В последние годы в рекомендации ВОЗ, а также в российские методические рекомендации [13] были внесены существенные изменения в части тестирования лекарственной чувствительности M. tuberculosis бактериологическими методами — из перечня препаратов, тестирование к которым рекомендовано, были исключены офлоксацин, циклосерин, пара- аминосалициловая кислота.

В то же время молекулярный механизм устойчивости ко всем фторхинолонам опосредован мутациями в генах ДНК-гиразы, и в новом каталоге ВОЗ мутаций устойчивости к противотуберкулёзным препаратам приведён перечень доказанных мутаций устойчивости в gyrA применительно именно к фторхинолону нового поколения — моксифлоксацину [14]. При этом ряд мутаций определён как приводящие к высокому уровню устойчивости к моксифлоксацину: gyrA Gly88Cys, Asp94Asn, Asp94Gly, Asp94His, Asp94Tyr.

На северо-западе России первое исследование штаммов M. tuberculosis, устойчивых к офлоксацину, направленное на изучение вариабельности генов gyrA и gyrB, было проведено в 2008 г. и преимущественно на штаммах, выделенных от ранее леченных больных ТБ (85,4%) [15]. Анализ такой выборки не позволяет дать надёжный ответ на вопрос о том, какие штаммы активно циркулируют в настоящее время, — такой анализ требует когорты впервые выявленных больных.

M. tuberculosis характеризуется клональной структурой популяции, состоящей из крупных филогенетических линий, меньших генотипов и генетически компактных кластеров близкородственных штаммов. Часть генотипов или их субтипов отличают ассоциация с лекарственной устойчивостью, повышенная трансмиссивность или гипервирулентность что определяет их клиническую значимость и необходимость более тщательного мониторинга распространения. Для России характерно доминирование генотипа Beijing в популяции в целом, особенно сильное среди устойчивых штаммов. Ранее исследование штаммов, устойчивых к офлоксацину, на северо-западе России показало, что 73% штаммов от ранее леченных пациентов и 71% штаммов от впервые выявленных больных принадлежали генотипу Beijing [16]. Мутация в гене gyrA была обнаружена у 89% штаммов Beijing и 69% штаммов других генотипов. Такое доминирование штаммов Beijing среди устойчивых к офлоксацину существенно выше доли генотипа Beijing на северо-западе России: 52–56% [16, 17] в общей популяции; 34% среди чувствительных штаммов в Санкт-Петербурге [17]. Авторы исследования 2008 г. сделали вывод о том, что, аналогично распространению МЛУ-ТБ, распространение ТБ с устойчивостью к фторхинолонам в России может быть обусловлено преобладанием генотипа Beijing в популяции M. tuberculosis [15].

В другом исследовании на северо-западе России [18] генотип Beijing был выявлен у 70,8% изолятов с низким уровнем резистентности к офлоксацину, 84,6% изолятов с высоким уровнем резистентности и 50% чувствительных штаммов; при этом доля Beijing была значимо выше среди штаммов, высокорезистентных к офлоксацину, в сравнении с чувствительными (р = 0,03). Однако возможно, что в данном случае речь идёт не столько об ассоциации Beijing с высоким уровнем устойчивости к офлоксацину, сколько о доминировании Beijing среди МЛУ-штаммов.

В 2006 г. в различных регионах северо-запада России доля резистентных к офлоксацину штаммов M. tuberculosis находилась в диапазоне 1,1–1,6% среди впервые выявленных больных ТБ и 4,1–10,3% — среди ранее леченных больных [15]. Анализ структуры лекарственной чувствительности M. tuberculosis среди впервые выявленных больных ТБ на северо-западе России за 2010–2021 гг. показал быстрый (в 2,5 раза) рост лекарственной устойчивости к рифампицину в сочетании с фторхинолонами (с 2,4%; 95% доверительный интервал (ДИ) 2,2–2,6 до 6,1%; 95% ДИ 5,6–6,6) [19].

В связи с распространением МЛУ-ТБ и применением препаратов 2-го ряда важным для клинической практики является тестирование чувствительности возбудителя к фторхинолонам, помимо изониазида и рифампицина.

Учитывая рост доли МЛУ-штаммов M. tuberculosis, выделенных от впервые выявленных пациентов в России, было актуальным изучить особенности распространения мутаций в генах, обусловливающих резистентность к группе фторхинолонов, в современный период.

Целью настоящего исследования была молекулярная характеристика ретроспективной коллекции офлоксацин-устойчивых штаммов M. tuberculosis от впервые выявленных больных ТБ на северо-западе России.

Материалы и методы

Коллекция исследования включала 599 изолятов M. tuberculosis из рабочей коллекции бактериологической лаборатории Санкт-Петербургского НИИ фтизиопульмонологии, выделенных в 2015–2019 гг. от ранее не леченных больных ТБ, проживающих в различных регионах северо-запада России.

Культивирование и определение лекарственной чувствительности M. tuberculosis к основным противотуберкулёзным препаратам проводили стандартным непрямым методом абсолютных концентраций на плотных питательных средах и с помощью модифицированного метода пропорций на жидкой среде в системе с автоматизированной детекцией роста к противотуберкулёзным препаратам «BACTEC MGIT960» («Becton Dickinson»). Используемые критические концентрации препаратов составляли 1,0 мкг/мл для стрептомицина, 0,1 мкг/мл для изониазида, 5,0 мкг/мл для этамбутола, 1,0 мкг/мл для рифампицина, 100 мкг/мл для пиразинамида, 1,0 мкг/мл для амикацина, 2,5 мкг/мл для капреомицина, 2,0 мкг/мл для офлоксацина, 5 мкг/мл для этионамида3.

ДНК выделяли из чистых культур M. tuberculosis, как описано ранее [15]. Для определения генотипической устойчивости к фторхинолонам применяли метод мультиплексной ПЦР (наборы «Амплитуб-МЛУ-РВ» и «Амплитуб-FQ-РВ» («Синтол»).

Принадлежность к генотипу Beijing и его субтипам B0/W148, Central Asian/Russian, CAO, Beijing 1071-32-кластер, 14717-15-кластер определяли методами ПЦР и ПЦР в реальном времени для выявления специфических маркеров [20]. Штаммы других генетических групп (не-Beijing) сполиготипировали [21]. Полученные сполигопрофили сравнивали с международной базой SITVIT24 и определяли номер SIT (англ. Spoligotype International Type).

Статистический анализ проводили с использованием ресурса MedCalc5. Разницу данных между группами определяли по критерию χ2, статистически значимыми считали различия при p < 0,05.

Результаты и обсуждение

Оценка лекарственной чувствительности 599 штаммов M. tuberculosis, выделенных от впервые выявленных больных ТБ, показала что 292 (48,7%) штамма были чувствительны ко всем противотуберкулёзным препаратам 1-го ряда (стрептомицину, изониазиду, рифампицину, этамбутолу), 230 (38,4%) изолятов обладали МЛУ. Фенотипическая устойчивость к офлоксацину установлена у 6,7% (40/599) штаммов в общей популяции и у 17,4% (40/230) МЛУ-штаммов M. tuberculosis. Согласно новому определению ВОЗ, все 40 устойчивых к офлоксацину штаммов были пре-ШЛУ (табл. 1).

 

Таблица 1. Сполигопрофили 40 офлоксацин-устойчивых штаммов M. tuberculosis

Table 1. Spoligoprofiles of 40 ofloxacin-resistant M. tuberculosis strains

Примечание. *Штамм SIT4 относится к генотипу LAM на основании 24-MIRU-VNTR-типирования и кластеризации с референс-профилями базы данных MIRU-VNTRplus.org.

Note. *Strain SIT4 belongs to the LAM genotype based on 24-MIRU-VNTR typing and clustering with reference profiles from the MIRU-VNTRplus.org database.

 

Генотипирование показало, что в общей коллекции штаммов M. tuberculosis доля генотипа Beijing составила 57,8% (346/599). Остальные 253 штамма принадлежали к различным генетическим семействам евро-американской филогенетической линии M. tuberculosis (другое название — линия 4), преимущественно к Т (31,6%; 80/253), LAM (Latin American Mediterranean) (25,3%; 64), Ural (22,9%; 58) и Haarlem (9,9%; 25). Кластеры Central Asian/Russian (включая субтип САО) и B0/W148 генотипа Beijing включали 34,2% (205/599) и 17,4% (104) штаммов соответственно.

Офлоксацин-устойчивые штаммы были представлены преимущественно (85%; 34/40) генотипом Beijing. При этом 18 (45%) штаммов были отнесены к наиболее известному российскому эпидемическому субтипу Beijing B0/W148-кластер, 12 (30%) — к Beijing Central Asian/Russian. Из последних 2 штамма представляли субтип САО, более характерный для Средней Азии и достаточно редкий в России [20, 22]. Все штаммы Beijing имели сполиготип SIT1, 1 штамм относился к древней сублинии (кластер 1071-32), остальные — к современной сублинии генотипа Beijing. Выявлены также 4 штамма генотипа LAM и 2 штамма со сполиготипами SIT53 и SIT251, которые, согласно базе данных SITVIT2, относятся к группе T. Принимая во внимание гетерогенность и полифилетичность как группы Т в целом, так и сполиготипа SIT53 [23, 24], более корректно определять эти штаммы как L4-unclassified.

Мутации в гене gyrA обнаружены у 97,5% (39/40) штаммов M. tuberculosis (табл. 2). Наиболее часто мутации обнаруживали в кодоне 94 (69,2%; 27/39), они были представлены 3 вариантами однонуклеотидных полиморфизмов, среди которых замена Asp94Gly выявлена в 57,5% (23/40) штаммов, устойчивых к офлоксацину, и доминировала среди штаммов как Beijing (19/34), так и не-Beijing (4/6). Второй по частоте была замена Ala90Val (25%, 10/40) которая была установлена у 23,5% (8/34) штаммов Beijing и 33,3% (2/6) штаммов не-Beijing. Суммарно штаммы M. tuberculosis с мутациями Asp94Gly и Ala90Val в гене gyrA составили 82,5% (33/40). Одновременного наличия 2 мутаций в 1 штамме не выявлено.

 

Таблица 2. Мутации в гене gyrA офлоксацин-устойчивых штаммов M. tuberculosis

Table 2. Mutations in the gyrA gene in ofloxacin-resistant M. tuberculosis strains

Мутации в гене gyrA

gyrA mutation

Все штаммы

All strains

Beijing, все

Beijing, all

Beijing B0/W148

Beijing Central Asian/Russian*

Beijing, другие** Beijing, other**

non-Beijing

n

40

34

18

12

4

6

Ala90Val

10 (25%)

8

5

2

1

2

Ser91Pro

2 (5%)

2

1

1

  

Asp94Gly

23 (57,5%)

19

10

7

2

4

Asp94Ala

3 (7,5%)

3

1

1

1

 

Asp94Tyr

1 (2,5%)

  

1

  

Не выявлено | Not detected

1 (2,5%)

1

1

   

Примечание. *2 штамма Beijing Central Asian/Russian относились к субтипу CAO и имели мутации Ala90Val и Ser91Pro. **1 штамм относился к 1071-32-кластеру древней сублинии генотипа Beijing и имел мутацию Ala90Val.

Note. *2 Beijing Central Asian/Russian strains belonged to the CAO subtype and had Ala90Val and Ser91Pro mutations. **1 strain belonged to the 1071-32 cluster of the ancient sublineage of the Beijing genotype and had the Ala90Val mutation.

 

При анализе полиморфизма гена gyrA следует учитывать, что не все мутации, даже в кодонах, соседних с горячими участками, имеют отношение к устойчивости. Наиболее известной филогенетической заменой является мутация в gyrA95, предложенная в качестве эволюционного маркера еще в 1997 г. для самой первой схемы разделения вида M. tuberculosis на главные генетические группы [25]. В настоящее время в качестве современного источника информации о значимости мутаций устойчивости (или её отсутствии) можно обратиться к Каталогу мутаций ВОЗ, второе издание которого вышло в 2023 г. [14]. Перечисление этого кодона gyrA95 в одном ряду с мутациями в горячем участке гена gyrA [7, 26] создаёт ошибочное впечатление о его корреляции с устойчивостью к фторхинолонам.

Анализ офлоксацин-устойчивых штаммов различных генотипов выявил все варианты обнаруженных мутаций в гене gyrA у штаммов субтипа Beijing Central Asian/Russian. Более половины офлоксацин-устойчивых штаммов Beijing B0/W148 (10/18) и Central Asian/Russian (7/12) имели мутацию Asp94Gly. Значимых различий в спектре мутаций в зависимости от генотипа M. tuberculosis не выявлено.

В исследованной выборке 40 больных, от которых были выделены офлоксацин-устойчивые штаммы M. tuberculosis, преобладали клинические формы инфильтративного и диссеминированного ТБ лёгких (16 и 14 больных соответственно; табл. 3). Сравнение клинических форм заболевания и генотипа штаммов не выявило статистически значимых различий. При этом доля диссеминированного ТБ лёгких была больше у больных при инфицировании штаммами Central Asian/Russian (41,7%; 5/12), чем B0/W148 (27,8%; 5/18; p = 0,4). Доля больных с инфильтративным ТБ лёгких была больше в группе B0/W148 (55,6%; 10/18), чем Central Asian/Russian (33,3%; 4/12; р = 0,2). Возможно, статистически незначимые различия между группами обусловлены малым размером выборки или разной реактивностью макроорганизма пациентов.

 

Таблица 3. Клинические формы заболевания больных туберкулезом и генотипы штаммов

Table 3. Clinical forms of the disease in tuberculosis patients and strain genotypes

Клинические формы ТБ

Clinical forms of tuberculosis

Всего

Total

B0/W148-cluster

Central Asian/Russian

Beijing другие

Beijing, other

non-Beijing

n

40

18

12

4

6

Диссеминированный | Disseminated

14

5

5

 

4

Инфильтративный | Infiltrative

16

10

4

1

1

Фиброзно-кавернозный | Fibrous-cavernous

6

2

2

1

1

Кавернозный | Cavernous

2

1

 

1

 

Очаговый | Focal

2

 

1

1

 

 

Мы сравнили полученные результаты с предыдущими российскими работами [7, 8, 15, 26, 27]. Как и в нашем исследовании, наиболее частыми, независимо от региона России, были мутации gyrA 94Gly, 90Val, 94Ala. Во втором издании Каталога ВОЗ [15], опубликованном в 2023 г. применительно к новому фторхинолону моксифлоксацину наиболее частая из этих мутаций gyrA — Asp94Gly — определена как приводящая с высокой достоверностью к высокому уровню устойчивости к моксифлоксацину, наряду с gyrA Gly88Cys, Asp94Asn, Asp94His и Asp94Tyr. Другие мутации в gyrA и gyrB определены как приводящие к низкому уровню устойчивости к моксифлоксацину.

Мутации gyrB, которые не включены в использованную нами тест-систему, как правило, редкие [8, 15] или вообще не были выявлены в некоторых локальных коллекциях [26], хотя, например, обнаружены в 10% офлоксацин-устойчивых штаммов в Ленинградской области [18]. Некоторое количество офлоксацин-устойчивых штаммов не несёт мутаций в gyrA или gyrB [15, 18]. Их устойчивость к офлоксацину может быть гипотетически объяснена мутацией другого гена-мишени или активным эффлюксом [28, 29].

Обратная ситуация, а именно множественные мутации в одном и том же штамме, в изученной выборке не наблюдалась, но была описана ранее в других российских работах. Например, в исследовании коллекции из различных регионов России 4 изолята несли одновременно мутации gyrA Asp94Gly и gyrB Asn538Asp, 1 штамм Beijing B0/W148 имел одновременно мутации gyrA (Ala90Val-Ser91Pro, Asp94Asn) и мутацию gyrB (Ala543Val) [7]. При этом отсутствует корреляция между уровнем фенотипической устойчивости и типом мутации или наличием более чем 1 мутации. В Ленинградской области в 2011 г. 54,3% изолятов с низким уровнем (2 мкг/мл) и 76,9% изолятов с высоким уровнем (10 мкг/мл) устойчивости к офлоксацину имели мутации в gyrA [18]. Два изолята с низким уровнем устойчивости к офлоксацину имели мутации в генах gyrA и gyrB одновременно, а основные мутации в кодонах gyrA 94 и 90 были обнаружены среди штаммов как с высоким, так и с низким уровнем устойчивос- ти [18]. Это противоречит утверждению в Каталоге ВОЗ [14] о том, что «множественные генетически связанные мутации с низким уровнем устойчивости к моксифлоксацину имеют аддитивный эффект и должны рассматриваться как придающие высокий уровень устойчивости». Гипотетически множественные мутации могли возникнуть из-за мутаторных (гипермутабельных) аллелей генов репарации ДНК в таких штаммах, аналогично ситуации с устойчивостью к рифампицину и множественными мутантными аллелями rpoB [30].

Интересным результатом предыдущего исследования на северо-западе России стало обнаружение высокой доли гетерорезистентных изолятов, т.е. имеющих как мутантные аллели, так и аллели дикого типа gyrA [15]. Однако в нашем новом исследовании такие случаи не были выявлены, т.е. в настоящее время происходит активное распространение штаммов с уже стойко приобретённой устойчивостью к офлоксацину.

Заключение

Широкое использование в прошлом фенотипического тестирования лекарственной устойчивости на основе данных метода абсолютных концентраций, возможно, привело к получению ложных результатов, что дополнительно повышает важность и необходимость генетического типирования. В новую версию методических рекомендаций [13] были включены дополнительные положения, устанавливающие приоритет метода пропорций перед методом абсолютных концентраций в фенотипическом тестировании чувствительности клинических изолятов M. tuberculosis к противотуберкулёзным препаратам. Согласно рекомендациям ВОЗ были изменены критические концентрации при тестировании с использованием технологии BACTEC MGIT для рифампицина (0,5 мг/л вместо 1 мг/л), левофлоксацина (1,0 мг/л вместо 1,5 мг/л), моксифлоксацина (0,25 и 1 мг/л вместо 0,5 и 2,0 мг/л). Это затрудняет ретроспективное сравнение данных фенотипической лекарственной чувствительности и дополнительно усиливает роль молекулярно-генетических исследований, направленных на установление генетических маркеров устойчивости.

В изученной выборке штаммов M. tuberculosis из различных регионов северо-запада России в 2015–2019 гг. первичная резистентность к фторхинолонам составляла 6,7% в общей популяции и 17,4% у МЛУ-штаммов и была обусловлена преимущественно мутациями Asp94Gly и Ala90Val в гене gyrA. Наибольшая доля резистентных к фторхинолонам штаммов M. tuberculosis представлена генотипом Beijing B0/W148.

В популяции M. tuberculosis на северо-западе России в настоящий момент формируется устойчивость к фторхинолонам на фоне уже существующей МЛУ, и штаммы с мутациями Asp94Gly и Ala90Val в гене gyrA играют основную роль в распространении пре-ШЛУ-ТБ. Целесообразно проводить детекцию мутаций в генах, ассоциированных с устойчивостью M. tuberculosis к противотуберкулёзным препаратам, и слежение за циркуляцией данных генотипов для оценки их эпидемиологической значимости.

1 Национальный медицинский исследовательский центр фтизиопульмонологии и инфекционных заболеваний. URL: https://nmrc.ru/for_specialists/main-directions/tuberculosis

2 World Health Organization. Meeting report of the WHO expert consultation on the definition of extensively drug-resistant tuberculosis. Geneva; 2021.

URL: https://www.who.int/publications/i/item/9789240018662

3 Приказ Минздрава России от 29.12.2014 № 951 «Об утверждении методических рекомендаций по совершенствованию диагностики и лечения туберкулеза органов дыхания».

4 SITVIT2.

URL: http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT2

5 MedCalc. URL: http://www.medcalc.org/calc/odds_ratio.php

×

Об авторах

Анна Александровна Вязовая

Научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера

Автор, ответственный за переписку.
Email: elmtree2001@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-9140-8957

д.б.н., с.н.с. лаб. молекулярной эпидемиологии и эволюционной генетики 

Россия, Санкт-Петербург

Наталья Сергеевна Соловьева

Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт фтизиопульмонологии

Email: elmtree2001@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-1509-0734

к.м.н., зав. бактериологической лаб. 

Россия, Санкт-Петербург

Алена Андреевна Герасимова

Научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера

Email: elmtree2001@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-5246-8658

м.н.с. лаб. молекулярной эпидемиологии и эволюционной генетики

Россия, Санкт-Петербург

Вячеслав Юрьевич Журавлев

Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт фтизиопульмонологии

Email: elmtree2001@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-6906-6225

к.м.н., в.н.с., координатор направления «Лабораторная диагностика» 

Россия, Санкт-Петербург

Игорь Владиславович Мокроусов

Научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера

Email: elmtree2001@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-5924-0576

д.б.н., зав. лаб. молекулярной эпидемиологии и эволюционной генетики

Россия, Санкт-Петербург

Список литературы

  1. Raviglione M.C., Smith I.M. XDR tuberculosis – implications for global public health. N. Engl. J. Med. 2007;356(7):656–9. DOI: https://doi.org/10.1056/nejmp068273
  2. Smith S.E., Ershova J., Vlasova N., et al. Risk factors for acquisition of drug resistance during multidrug-resistant tuberculosis treatment, Arkhangelsk Oblast, Russia, 2005–2010. Emerg. Infect. Dis. 2015;21(6):1002–11. DOI: https://doi.org/10.3201/eid2106.141907
  3. Takiff H.E., Salazar L., Guerrero C., et al. Cloning and nucleotide sequence of Mycobacterium tuberculosis gyrA and gyrB genes and detection of quinolone resistance mutations. Antimicrob. Agents Chemother. 1994;38(4):773–80. DOI: https://doi.org/10.1128/AAC.38.4.773
  4. Aubry A., Veziris N., Cambau E., et al. Novel gyrase mutations in quinolone-resistant and -hypersusceptible clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis: functional analysis of mutant enzymes. Antimicrob. Agents Chemother. 2006;50(1):104–12. DOI: https://doi.org/10.1128/aac.50.1.104-112.2006
  5. Mdluli K., Ma Z. Mycobacterium tuberculosis DNA gyrase as a target for drug discovery. Infect. Disord. Drug Targets. 2007;7(2):159–68. DOI: https://doi.org/10.2174/187152607781001763
  6. Feuerriegel S., Cox H. S., Zarkua N., et al. Sequence analyses of just four genes to detect extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains in multidrug-resistant tuberculosis patients undergoing treatment. Antimicrob. Agents Chemother. 2009;53(8):3353–6. DOI: https://doi.org/10.1128/aac.00050-09
  7. Panova A.E., Vinokurov A.S., Shemetova A.A., et al. Molecular characteristics of Mycobacterium tuberculosis drug-resistant isolates from HIV- and HIV+ tuberculosis patients in Russia. BMC Microbiol. 2022;22(1):138. DOI: https://doi.org/10.1186/s12866-022-02553-7
  8. Nosova E.Y., Bukatina A.A., Isaeva Y.D., et al. Analysis of mutations in the gyrA and gyrB genes and their association with the resistance of Mycobacterium tuberculosis to levofloxacin, moxifloxacin and gatifloxacin. J. Med. Microbiol. 2013;62 (Pt. 1):108–13. DOI: https://doi.org/10.1099/jmm.0.046821-0
  9. Maruri F., Sterling T.R., Kaiga A.W., et al. A systematic review of gyrase mutations associated with fluoroquinolone-resistant Mycobacterium tuberculosis and a proposed gyrase numbering system. J. Antimicrob. Chemother. 2012;67(4):819–31. DOI: https://doi.org/10.1093/jac/dkr566
  10. Vyazovaya A., Levina K., Zhuravlev V., et al. Emerging resistant clones of Mycobacterium tuberculosis in a spatiotemporal context. J. Antimicrob. Chemother. 2018;73(2):325–31. DOI: https://doi.org/10.1093/jac/dkx372
  11. Mujuni D., Kasemire D.L., Ibanda I., et al. Molecular characterisation of second-line drug resistance among drug resistant tuberculosis patients tested in Uganda: a two and a half-year's review. BMC Infect. Dis. 2022;22(1):363. DOI: https://doi.org/10.1186/s12879-022-07339-w
  12. Li S, Tan Y, Deng Y, et al. The emerging threat of fluroquinolone-, bedaquiline-, and linezolid-resistant Mycobacterium tuberculosis in China: Observations on surveillance data. J. Infect. Public Health. 2024;17(1):137–42. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jiph.2023.11.018
  13. Методические рекомендации «Тестирование лекарственной чувствительности клинических изолятов Mycobacterium tuberculosis методом пропорций» Российское общество фтизиатров. М.;2022. Methodological recommendations “Drug sensitivity testing of clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis using the proportion method” Russian Society of Phthisiatricians. Moscow;2022.
  14. WHO. Catalogue of mutations in Mycobacterium tuberculosis complex and their association with drug resistance. Geneva;2023.
  15. Mokrousov I., Otten T., Manicheva O., et al. Molecular characterization of ofloxacin-resistant Mycobacterium tuberculosis strains from Russia. Antimicrob. Agents Chemother. 2008;52(8): 2937–9. DOI: https://doi.org/10.1128/aac.00036-08
  16. Mokrousov I., Narvskaya O., Otten T., et al. High prevalence of KatG Ser315Thr substitution among isoniazid-resistant Mycobacterium tuberculosis clinical isolates from northwestern Russia, 1996 to 2001. Antimicrob. Agents Chemother. 2002;46(5):1417–24. DOI: https://doi.org/10.1128/AAC.46.5.1417-1424.2002
  17. Narvskaya O., Mokrousov I., Otten T., Vishnevsky B. Molecular markers: application for studies of Mycobacterium tuberculosis population in Russia. In: Read M.M., ed. Trends in DNA Fingerprinting Research. N.Y.;2005:111–25.
  18. Chernyaeva E., Fedorova E., Zhemkova G., et al. Characterization of multiple and extensively drug resistant Mycobacterium tuberculosis isolates with different ofloxacin-resistance levels. Tuberculosis (Edinb.). 2013;93(3):291–5. DOI: https://doi.org/10.1016/j.tube.2013.02.005
  19. Галкин В.Б., Стерликов С.А., Бельтюков М.В. Структура и динамика развития лекарственной устойчивости микобактерий туберкулёза в Северо-западном федеральном округе в 2010–2021 гг. Современные проблемы здравоохранения и медицинской статистики. 2023;(1):1–20. Galkin V.B., Sterlikov S.A., Beltyukov M.V. Structure and dynamics of drug resistance of Mycobacteria tuberculosis in the North-Western federal district of Russia in 2010–2021. Current Problems of Health Care and Medical Statistics. 2023;(1):1–20. DOI: https://doi.org/10.24412/2312-2935-2023-1-1-20 EDN: https://elibrary.ru/brnfky
  20. Vyazovaya A., Gerasimova A., Mudarisova R., et al. Genetic diversity and primary drug resistance of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype strains in Northwestern Russia. Microorganisms. 2023;11(2):255. DOI: https://doi.org/10.3390/microorganisms11020255
  21. Kamerbeek J., Schouls L., Kolk A., et al. Simultaneous detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology. J. Clin. Microbiol. 1997;35(4):907–14. DOI: https://doi.org/10.1128/jcm.35.4.907-914.1997
  22. Shitikov E., Vyazovaya A., Malakhova M., et al. Simple assay for detection of the Central Asia outbreak clade of the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype. J. Clin. Microbiol. 2019;57(7):e00215-19. DOI: https://doi.org/10.1128/JCM.00215-19.
  23. Mokrousov I. Ubiquitous and multifaceted: SIT53 spoligotype does not correlate with any particular family of Mycobacterium tuberculosis. Tuberculosis (Edinb.). 2021;126:102024. DOI: https://doi.org/10.1016/j.tube.2020.102024
  24. Coll F., McNerney R., Guerra-Assunção J.A., et al. A robust SNP barcode for typing Mycobacterium tuberculosis complex strains. Nat. Commun. 2014;5:4812. DOI: https://doi.org/10.1038/ncomms5812.
  25. Sreevatsan S., Pan X., Stockbauer K.E., et al. Restricted structural gene polymorphism in the Mycobacterium tuberculosis complex indicates evolutionarily recent global dissemination. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1997;94(18):9869–74. DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.94.18.9869
  26. Dymova M.A., Cherednichenko A.G., Alkhovik O.I., et al. Characterization of extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates circulating in Siberia. BMC Infect. Dis. 2014;14:478. DOI: https://doi.org/10.1186/1471-2334-14-478
  27. Андреевская С.Н., Ларионова Е.Е., Киселева Е.А. и др. Сравнительная молекулярно-генетическая характеристика культур Mycobacterium tuberculosis, выделенных в Европейской части Российской Федерации в 1998–2003 гг. и 2016–2021 гг. Туберкулёз и болезни легких. 2023;101(3):27–36. Andreevskaya S.N., Larionova E.E., Kiseleva E.A., et al. Comparative molecular genetic characteristics of Mycobacterium tuberculosis cultures isolated in the European Part of the Russian Federation in 1998–2003 and 2016–2021. Tuberculosis and Lung Diseases. 2023;101(3):27–36. DOI: https://doi.org/10.58838/2075-1230-2023-101-3-27-36 EDN: https://elibrary.ru/tbicpz
  28. Huang T.S., Kunin C.M., Shin-Jung Lee S., et al. Trends in fluoroquinolone resistance of Mycobacterium tuberculosis complex in a Taiwanese medical centre: 1995–2003. J. Antimicrob. Chemother. 2005;56(6):1058–62. DOI: https://doi.org/10.1093/jac/dki353
  29. Escribano I., Rodriguez J.C., Llorca B., et al. Importance of the efflux pump systems in the resistance of Mycobacterium tuberculosis to fluoroquinolones and linezolid. Chemotherapy. 2007;53(6):397–401. DOI: https://doi.org/10.1159/000109769
  30. Mokrousov I. Multiple rpoB mutants of Mycobacterium tuberculosis and second-order selection. Emerg. Infect. Dis. 2004; 10(7):1337–8. DOI: https://doi.org/10.3201/eid1007.030598

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Таблица 1. Сполигопрофили 40 офлоксацин-устойчивых штаммов M. tuberculosis

Скачать (143KB)
Метаданные

© Вязовая А.А., Соловьева Н.С., Герасимова А.А., Журавлев В.Ю., Мокроусов И.В., 2024

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах