Стратегия геномного эпидемиологического надзора. Проблемы и перспективы

Обложка


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Понятие эпидемиологического надзора является одним из базовых в теории и практике эпидемиологической науки. В России обобщение накопленного фактического материала и теоретические разработки позволили сформулировать ряд положений о сущности эпидемического процесса. Пандемия новой коронавирусной инфекции (COVID-19) внесла коррективы во все сферы жизни общества, в том числе в деятельность системы эпидемиологического надзора за инфекционными болезнями, требующие разработки и реализации инновационных решений. Опираясь на опыт оперативного реагирования на задачи, поставленные пандемией COVID-19, авторами поднята проблема разработки и внедрения системы молекулярно-генетического мониторинга за возбудителями новых и возвращающихся инфекций как приоритетного вектора развития эпидемиологического надзора.

Обосновано внедрение в систему эпидемиологического надзора современных молекулярно-биологических технологий идентификации патогенов с эпидемическим потенциалом с учётом их генетического разнообразия на опыте использования платформенных решений, созданных ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора. Разработана стратегия геномного эпидемиологического надзора как мощного инструмента для обеспечения готовности к осуществлению мер реагирования и управления эпидемическим процессом путём осуществления и корректировки профилактических и противоэпидемических мероприятий.

Внедрена в практику разработанная на базе ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора Российская платформа агрегации информации о геномах вирусов (VGARus) как технологическая, научная и организационная и инфраструктурная база геномного эпидемиологического надзора, выполняющая роль межведомственного консорциума. Показана эффективность VGARus для оценки мутационной изменчивости SARS-CoV-2, влияния эволюционного развития циркулирующих возбудителей на характеристики эпидемического процесса, осуществления оперативного и ретроспективного анализа заболеваемости и прогноза распространения генетических вариантов возбудителей.

Полный текст

Введение

Растущая угроза эпидемических и эпизоотических вспышек новых и вновь возникающих инфекций, большинство из которых характеризуются внезапностью возникновения, высокой смертностью, отсутствием специфических методов диагностики и лечения, требует разработки новых подходов к организации эпидемиологического надзора. В контексте общественного здравоохранения системный контроль и управление эпидемическим процессом инфекционных и паразитарных болезней тесно связаны с проблемой биологической безопасности, которая чрезвычайно актуальна для всех стран в связи с расширением спектра реальных и потенциальных угроз, вызванных воздействием опасных агентов биологической природы [1–3].

Система эпидемиологического надзора

Понятие эпидемиологического надзора является одним из базовых в теории и практике эпидемиологической науки. В России обобщение накопленного фактического материала и теоретические разработки позволили сформулировать ряд концепций и положений о сущности эпидемического процесса: теорию механизма передачи возбудителей инфекций Л.В. Громашевского [4] и теорию природной очаговости инфекционных болезней Е.Н. Павловского [5]. На основании этих теорий ведущими учёными страны были разработаны основные положения эпидемиологического надзора, имевшие, однако, некоторые различия в трактовке. В социально-экологической концепции эпидемического процесса, сформулированной академиком Б.Л. Черкасским, эпидемиологический надзор определялся как система динамического и комплексного слежения за эпидемическим процессом конкретной болезни на определённой территории в целях рационализации и повышения эффективности профилактических и противоэпидемических мероприятий [6]. Согласно определению академика В.И. Покровского, эпидемиологический надзор — это «информационное обеспечение системы профилактики инфекционных заболеваний, гарантирующее всестороннее слежение за эпидемическим процессом и его детерминантами (скрининг) и чётко реагирующее на все возможные изменения в его развитии (мониторинг)» [7].

В соответствии с теорией академика В.Д. Белякова основу развития эпидемического процесса составляют фазовые изменения гетерогенности биологических свойств взаимодействующих популяций возбудителя и человека, базирующиеся на обратных связях в процессе саморегуляции, при этом важное значение имеют социальные и природные факторы [8]. Согласно данной теории, эпидемиологический надзор рассматривается как управленческая система, предполагающая динамическую оценку тенденций развития эпидемического процесса в пространстве и времени, обеспечивающая своевременное вмешательство в его ход с целью снижения заболеваемости совокупного населения, ликвидации отдельных инфекций [9]. В этом определении цели эпидемиологического надзора совпадают с целями противоэпидемической системы в целом. Именно концепция о механизме саморегуляции паразитарных систем легла в фундаментальную основу разработанной в современный период практики проведения эпидемиологического надзора, который определяется как непрерывная оценка состояния и тенденций развития эпидемического процесса для своевременного принятия управленческих решений, обеспечивающих проведение адекватных ситуации мероприятий.

Значимые различия в понимании сущности эпидемиологического надзора между российскими и зарубежными специалистами отсутствуют, однако акценты расставлены иначе. Так, согласно определению Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ), эпидемиологический надзор — это систематический непрерывный сбор, сопоставление, анализ данных и своевременное распространение информации среди заинтересованных лиц для принятия определённых решений [10]. В отечественной системе здравоохранения общее признание получило положение о том, что объектом эпидемиологического надзора является эпидемический процесс, представляющий собой единство биологических, природных и социальных факторов, а сам надзор стали рассматривать как инструмент его познания.

Система эпидемиологического надзора включает три взаимосвязанные подсистемы: информационную, диагностическую и управленческую.

Информационная подсистема является базовым разделом эпидемиологического надзора, в рамках которой учитываются и регистрируются данные о состоянии и тенденциях развития эпидемического процесса, причинах (биологический фактор) и условиях (социальный и природный факторы), поддерживающих его на конкретной территории. В зависимости от эпидемиологических особенностей инфекционной болезни, уровня теоретических знаний и практических возможностей реализуются эпидемиологический и социально-экологический мониторинг.

Диагностическая подсистема предусматривает предэпидемическую диагностику, включающую своевременное обнаружение предпосылок и предвестников эпидемического неблагополучия, а также прогнозирование дальнейшего развития эпидемической ситуации на основе оценки всех потоков информации.

Управленческая подсистема ориентирована на включение в эпидемиологический надзор информационных, диагностических и аналитических данных с учётом современных достижений науки и практики. Управленческие решения предполагают составление проблемно-тематических и программно-целевых планов, контроль за их исполнением и внесение уточнений в тактику проводимых мероприятий с учётом изменяющихся факторов риска [11].

Российская платформа агрегации информации о геномах вирусов

Пандемия новой коронавирусной инфекции внесла коррективы во все сферы жизни общества, в том числе в деятельность системы здравоохранения. На XII Съезде Общероссийской общественной организации «Всероссийское научно-практическое общество эпидемиологов, микробиологов и паразитологов» были обозначены основные вехи дальнейшего развития санитарно-эпидемиологической службы страны с учётом трансформации общей парадигмы эпидемиологического надзора и контроля. Изменения социально-экономической и эпидемиологической ситуации в России, возрастающее давление на человека неблагоприятных факторов окружающей среды, процессы урбанизации, развитие новых технологий в медицине, пищевой промышленности и сельском хозяйстве находят отражение в состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения. Очевидно, что эти тенденции требуют принципиально новых подходов к организации и проведению эпидемиологического надзора за инфекционными болезнями, разработки нормативного и правового обеспечения, внедрения научных решений в практику [12].

Пандемия COVID-19 ярко продемонстрировала разрушительные последствия массовых инфекционных заболеваний, которые уносят миллионы человеческих жизней и подрывают мировую экономику. Катастрофическая экспансия заболеваемости новой коронавирусной инфекцией не только обнажила проблемы системы здравоохранения большинства стран, но и явилась импульсом научного прогресса во многих областях медицинских и биологических наук. Глобальное распространение новой инфекции, вызванной вирусом SARS-CoV-2, способствовало разработке инновационных инструментов и технологий в различных сферах деятельности и ускорило интеграцию геномных исследований в практику общественного здравоохранения. Возникла острая необходимость в разработке новых подходов к организации эпидемиологического анализа и прогнозирования развития эпидемического процесса COVID-19 с использованием инновационных платформенных решений и цифровых технологий.

Организационная миссия создания системы молекулярно-генетического мониторинга во время пандемии COVID-19 принадлежит руководителю Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека А.Ю. Поповой. В соответствии с поставленными задачами и благодаря огромному опыту противоэпидемической работы в России была внедрена стратегия опережающего реагирования на распространение новой коронавирусной инфекции, которая позволила не допустить чрезмерной нагрузки на систему здравоохранения, спасти миллионы жизней и предотвратить масштабные негативные последствия для всех сфер жизни [13, 14].

В соответствии с Постановлением Правительства РФ от 23.03.2021 № 448 «Об утверждении Временного порядка предоставления данных расшифровки генома возбудителя новой коронавирусной инфекции (COVID-19)» для обеспечения быстрой оценки динамики распространения известных и новых геновариантов SARS-CoV-2, циркулирующих на территории страны, была разработана и внедрена Российская платформа агрегации информации о геномах вирусов (Virus Genome Aggregator of Russia — VGARus), которая содержит информацию о нуклеотидных последовательностях вирусов SARS-CoV-2 и их мутациях, распространённых в регионах России, и может быть использована для хранения, систематизации и выборки данных для выявления мутаций и определения геновариантов вируса. Разработчиком VGARus и консолидирующей её основой стал ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора. Программное обеспечение, интегрированное в платформу VGARus, позволяет анализировать результаты секвенирования, определять вероятный штамм вируса, формировать стандартизированные отчёты, загружать образцы, предназначенные для дальнейшего секвенирования [15]. VGARus даёт возможность постоянно вести мониторинг мутационной изменчивости SARS-CoV-2, предоставляя важнейшие данные для обнаружения новых геновариантов и отслеживания их распространённости на территории России. Алгоритм работы с данными VGARus позволяет осуществлять оперативный и ретроспективный анализ распространения генетических вариантов SARS-CoV-2 с учётом новейших сведений о генетическом разнообразии возбудителя COVID-19.

Основной целью создания VGARus является централизация сбора и анализа динамики и структуры выявленных вариантов SARS-CoV-2 в России [16]. В настоящее время все научные учреждения России, занимающиеся секвенированием геномов коронавируса и зарегистрировавшиеся на портале в качестве пользователей, имеют возможность выложить изучаемые геномные последовательности в VGARus. Полученные регистрационные удостоверения позволяют её участникам использовать информацию национальной базы данных. Доступ к платформе осуществляется через портал genome.crie.ru.

Таким образом, фактически создан научный консорциум, в который вошли учреждения Роспотребнадзора, Министерства здравоохранения РФ и ряда других ведомств. В настоящее время в систему VGARus интегрированы более 150 организаций, значительная часть из них выполняет массовое секвенирование геномов SARS-CoV-2 и загружает последовательности. Предварительно проводится оценка качества этих образцов, которая обычно включает анализ с использованием полимеразной цепной реакции для определения вирусной нагрузки и оценки пригодности образца для полногеномного секвенирования нового поколения. Запущенные в базе данных алгоритмы в автоматическом режиме проводят анализ мутаций и идентификацию варианта SARS-CoV-2 в каждом образце. После загрузки нуклеотидной последовательности вируса система автоматически запускает процесс валидации сиквенса, анализ принадлежности к тому или иному геноварианту. Обработка загруженной геномной информации осуществляется с помощью программ Pangolin и V-TRACE (разработка специалистов ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора) в автоматизированном режиме с последующим биоинформационным анализом.

Каждый образец в системе содержит не только нуклеотидную последовательность и технические данные, но и информацию о месте и времени сбора биологического материала, а также данные об обследованном человеке: пол, регион, возраст, статус вакцинации, предполагаемое число контактов, сопутствующие заболевания, недавние зарубежные поездки и т.д. Эти данные, учитывая эпидемиологическую значимость, позволят использовать их для оперативного и ретроспективного анализа. При регистрации в базе данных образцы автоматически получают внутренний регистрационный номер, после чего в поле информации об образце может быть добавлена последовательность генома SARS-CoV-2. Техническая информация также включает данные об организациях, участвовавших в сборе, лабораторной пробоподготовке образцов, дату отправки и получения образца, дату внесения информации и формирования текущей записи в системе [17–20].

Молекулярно-генетический мониторинг во время пандемии COVID-19

Национальная база данных VGARus, содержащая большой набор последовательностей SARS-CoV-2, представляет собой неоценимый ресурс для отслеживания и расшифровки развития пандемии COVID-19 (рис. 1).

 

Рис. 1. Динамика геновариантов SARS-CoV-2 на территории России за 2020–2024 гг.

Fig. 1. Dynamics of SARS-CoV-2 genetic variants in Russia in 2020–2024.

 

В течение первого года присутствия SARS-CoV-2 в человеческой популяции не было обнаружено нуклеотидных замен в его геноме, которые могли бы значительно изменить свойства патогена. Однако, поскольку сохранение возбудителя в качестве биологического вида невозможно без эволюционного развития, началось увеличение гетерогенности популяции коронавируса за счёт циркуляции различных вариантов с последующим отбором и формированием эпидемического варианта возбудителя. Динамический мониторинг мутационной изменчивости циркулирующих коронавирусов стартовал в России с декабря 2020 г. В этот период был обнаружен геновариант, изначально известный как «британский», который позднее был переименован в Alpha (B.1.1.7) согласно решению ВОЗ отказаться от использования названий стран для обозначения штаммов. Среди обнаруженных мутаций в гене S-белка наиболее значимыми оказались N501Y, P681H и Δ69–70, которые влияют на трансмиссивность вируса и его способность инфицировать клетки, а также уклоняться от иммунного ответа. Обнаружение варианта Alpha в России совпало с ростом числа заболевших в конце 2020 г. и в начале 2021 г. Позднее были идентифицированы вариант Beta (B.1.351), впервые обнаруженный в Южно-Африканской Республике, и Gamma (P.1), выявленный в Бразилии, которые не получили широкого распространения в России, составляя лишь небольшой процент от общего числа новых случаев. Геновариант Alpha распространился по территории России зимой 2021 г., а летом 2021 г. появился новый вариант — Delta (B.1.617.2), который сопровождался значительным ростом числа заболевших и госпитализированных больных, тяжёлым течением коронавирусной инфекции, высокими показателями летальности. Геновариант Delta превалировал на территории России с мая по декабрь 2021 г., его доля среди выявленных вариантов приближалась к 100%. Доминирующим во все месяцы наблюдения с момента начала регистрации геноварианта Delta являлся вариант, которому с 26.11.2021 классификатор Pangolin присвоил название AY.122 (83,3%). Всего на территории России выделено более 400 сублиний геноварианта Delta.

Процесс изменения биологических свойств вируса SARS-CoV-2 с последующей сменой превалирующих геновариантов связан с эволюцией вируса и становлением его эпидемического варианта при закономерном изменении иммунологической структуры популяции человека в цепи циркуляции возбудителя. В результате изменения в популяции вируса SARS-CoV-2 при циркуляции геноварианта Delta (повышение вирулентности, увеличение численности) произошёл новый подъём заболеваемости среди населения. С точки зрения теории о саморегуляции паразитарных систем, процесс из фазы резервации перешел в фазу эпидемического преобразования, а затем и эпидемического распространения. Изменение генетических свойств вируса привело к изменению его патогенности и, как следствие, оказало влияние на тяжесть клинического течения заболевания и характеристику (показатели) проявлений эпидемического процесса.

В результате взаимодействия популяций возбудителя и человека с учётом их неоднородности (гетерогенности) в конце 2021 г. был выявлен новый вариант коронавируса SARS-CoV-2, впервые идентифицированный в Ботсване и Южно-Африканской Республике, которому ВОЗ присвоила название Omicron (B.1.1.529 по классификации PANGO). Вариант Omicron начал стремительно распространяться с декабря 2021 г. и в настоящее время полностью доминирует на территории России (100% исследованных образцов). Анализ данных VGARus позволил выявить диссоциацию генетической линии Omicron на территории России с наибольшей частотой циркуляции субвариантов BA.1 (54,5%), BA.1.1 (21,6%) и BA.2 (23,8%).

Весной 2022 г. был период эпидемиологического благополучия, характеризовавшийся низким уровнем заболеваемости COVID-19. Однако появление субвариантов Omicron BA.4 и особенно BA.5 привело к подъёму заболеваемости, который продолжался до конца октября 2022 г. В конце 2022 г. и начале 2023 г. появились высокотрансмиссивные варианты, такие как BQ.1* (субвариант BA.5), что указывает на динамичный и сложный характер эволюции SARS-CoV-2. В начале 2023 г. наблюдалось возрождение «новых форм старых штаммов», включая Omicron BA.2, который вернулся в виде рекомбинантных форм XBB*, доминирующих в течение большей части 2023 г. Внутри линии XBB появились собственные «лидеры», такие как XBB.1.5 (Kraken), XBB.1.16 (Arcturus), XBB.1.9.2.1 (EG.5, Eris). Появление последнего совпало с началом роста заболеваемости в стране в сентябре 2023 г.

В конце августа 2022 г. в Дании и Израиле был впервые обнаружен новый вариант SARS-CoV-2 — BA.2.86 (Pirola), который имел множество дополнительных мутаций по сравнению с предыдущими вариантами Omicron. Однако он не являлся причиной роста заболеваемости во многих странах, т.к. сам рост начался раньше, чем активное распространение этого геноварианта. Первые случаи заражения ВА.2.86 были впервые выявлены в России в начале ноября 2023 г., и дальнейшее распространение BA.2.86 могло несколько продлить стадию подъёма, в том числе в январе–феврале 2024 г., когда начал активно распространяться субвариант BA.2.86 JN.1, ставший доминирующим как в России, так и практически во всех других странах. Всего же на территории России зарегистрировано более 600 различных сублиний Omicron, хотя это число может варьироваться в зависимости от определения сублинии (рис. 2).

 

Рис. 2. Динамика геноварианта Omicron на территории России за 2022–2024 гг.

Fig. 2. Dynamics of Omicron genetic variant in Russia in 2022–2024.

 

SARS-CoV-2 эволюционировал, и геномные изменения привели к появлению таких характеристик, как более интенсивная передача вируса, изменение клинической симптоматики заболевания, уклонение от иммунного ответа, устойчивость к лекарственным препаратам. Фазовая самоперестройка популяции возбудителя во время появления геноварианта Omicron привела к уменьшению его вирулентности, что сопровождалось снижением тяжести заболеваний, числа госпитализированных и умерших больных, что может свидетельствовать о фазе резервационного преобразования в соответствии с теорией саморегуляции паразитарных систем. Сохранение возбудителя как биологического вида невозможно без эволюционного развития, чему способствует нестабильность генома и мутации, а также расширение диапазона гетерогенности популяции вируса SARS-CoV-2 за счёт циркуляции как мало-, так и высоковирулентных вариантов с последующим стабилизирующим отбором и становлением эпидемического варианта возбудителя. Поэтому фаза резервации всегда балансирует на грани с фазой эпидемического преобразования, когда появляются и получают преимущество в естественном отборе новые штаммы, способные обходить ранее сформированную человеческой популяцией защиту, ускользая от вакцин и постинфекционного иммунитета.

Значение геномного эпидемиологического надзора

Проведение молекулярно-генетического мониторинга позволяет на основе более детального изучения генетических характеристик возбудителей предвидеть изменения фенотипических свойств, влияющих на показатели проявлений эпидемического процесса и социально-экономические последствия таких изменений.

Важно отметить, что в конце 2023 г. в мире объём геномного секвенирования сократился, и это может привести к появлению новых вариантов без их обнаружения на протяжении длительного времени. Накоплен значительный объём данных об эволюционных изменениях генома SARS-CoV-2 с учётом новых эпидемиологических свойств. Мониторинг и геномное секвенирование вируса важны для выявления новых геновариантов и разработки стратегий общественного здравоохранения.

Геномное секвенирование всё шире используется для сбора данных о других патогенах, расследования вспышек тяжёлых инфекционных заболеваний (холеры, лихорадок Эбола и денге, бактериального менингита, полиомиелита и др.), которые могут привести к возникновению чрезвычайных ситуаций в сфере здравоохранения, а также для оказания неотложной медицинской помощи в случае возникновения критических ситуаций эпидемиологического характера. Например, Глобальная система эпидемиологического надзора за гриппом и принятия ответных мер (GISRS) на постоянной основе использует геномное секвенирование в качестве неотъемлемой части комплекса мер реагирования на вспышки зоонозного гриппа и обеспечения готовности к пандемии, а также для сезонного наблюдения за гриппом с целью разработки рекомендаций по созданию сезонной вакцины и мониторинга восприимчивости к противовирусным препаратам. GISRS была использована для включения вируса SARS-CoV-2 в системы дозорного эпидемиологического надзора за гриппоподобными заболеваниями, острыми респираторными инфекциями и тяжёлыми острыми респираторными инфекциями с целью сбора данных для разработки национальной политики стран в отношении пандемии COVID-19 и принятия соответствующих мер реагирования1.

На состоявшейся 30.05.2021 74-й Сессии Всемирной ассамблеи здравоохранения государства — члены ВОЗ призвали усилить роль геномного эпидемиологического надзора в системе мер по обеспечению готовности и реагирования в чрезвычайных ситуациях, однако существуют проблемы, связанные с отсутствием необходимого потенциала и соответствующей инфраструктуры для проведения лабораторных исследований. Только две трети стран, включая Россию, располагают возможностями для проведения геномного секвенирования и занимаются обеспечением регулярного использования этой мощной технологии, остальные страны только создают системы геномного эпидемиологического надзора за возбудителями с эпидемическим потенциалом [21].

Стратегия эпидемиологического надзора на 2022–2032 гг., разработанная ВОЗ с учётом предыдущего опыта и уроков пандемии COVID-19, делает ставку на особую роль геномики в системе общественного здравоохранения, которую она играет благодаря возможности использования результатов геномных исследований в различных областях медицины. Стратегия не ограничивается каким-либо одним возбудителем болезни или конкретной эпидемиологической угрозой. Её целью, скорее, является выработка единой концепции использования геномики в качестве мощного дополнительного инструмента для решения задач общественного здравоохранения по обеспечению готовности и осуществлению мер реагирования на пандемии и эпидемии самого широкого спектра.

Заключение

В рамках новой Глобальной стратегии геномного эпидемиологического надзора за возбудителями болезней, обладающих пандемическим и эпидемическим потенциалом, отмечено, что геномный эпидемиологический надзор существенным образом меняет работу системы здравоохранения, обеспечивая более глубокое понимание природы, эволюции и путей циркуляции возбудителей инфекционных заболеваний. Геномные данные о возбудителях болезней, обладающих пандемическим и эпидемическим потенциалом, в сочетании с клиническими, эпидемиологическими и другими данными используются для оценки риска, разработки вакцин, лекарств и диагностических тестов, а также для принятия решений по мерам эпидемиологического и социального контроля за распространением инфекции. Новые технологии в области секвенирования и биоинформатики, появившиеся за последние годы, позволили ряду стран добиться значительного прогресса в создании и укреплении своих возможностей в этом направлении.

Целью геномного эпидемиологического надзора является управление эпидемическим процессом на основе системных данных об изменении генетических свойств возбудителей инфекций, обладающих значительным эпидемическим (пандемическим) потенциалом.

Задачи геномного эпидемиологического надзора:

  1. Оперативный и ретроспективный анализ изменений генетических свойств циркулирующих и возникающих вариантов патогенов, позволяющий динамически отслеживать смену доминирующих геновариантов.
  2. Оценка влияния структуры циркулирующих возбудителей с учётом особенностей территориального распространения на характеристики эпидемического процесса.
  3. Выявление предикторов неблагоприятного развития эпидемиологической ситуации на основе молекулярно-генетического мониторинга.
  4. Прогнозирование развития эпидемического процесса инфекционных болезней на основе знаний об изменении генетических свойств возбудителя с использованием инновационных платформенных решений и применения цифровых технологий.
  5. Поиск и прогноз появления новых патогенов человека и животных.
  6. Разработка мер оперативного реагирования на вновь возникающие инфекции, обусловленные эпидемическим и пандемическим потенциалом.
  7. Управление эпидемическим процессом на основе разработки осуществления и корректировки системы профилактических и противоэпидемических мероприятий.
  8. Создание инновационных вакцинных и лекарственных препаратов.

Принимая во внимание вышесказанное, Россия сделала значительный шаг вперёд в развитии данного научного направления. Геномный эпидемиологический надзор — качественно новый уровень осуществления эпидемиологического надзора с учётом возможностей исследования генетических свойств возбудителей инфекционных болезней.

Таким образом, геномный эпидемиологический надзор, базирующийся на знаниях о молекулярно-генетических свойствах возбудителей инфекционных болезней, является важнейшей составляющей биобезопасности Российской Федерации и стратегическим направлением научно-технологического развития2.

 

1 WHO. Global Influenza Surveillance and Response System (GISRS). URL: https://who.int/initiatives/global-influenza-surveillance-and-response-system (дата обращения: 31.01.2024).

2 Указ Президента Российской Федерации от 28.02.2024 № 145 «О Стратегии научно-технологического развития Российской Федерации».

×

Об авторах

Василий Геннадьевич Акимкин

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: uglevas@bk.ru
ORCID iD: 0000-0003-4228-9044

д.м.н., профессор, академик РАН, директор

Россия, Москва

Татьяна Анатольевна Семененко

Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почётного академика Н.Ф. Гамалеи Минздрава России

Email: uglevas@bk.ru
ORCID iD: 0000-0002-6686-9011

д.м.н., профессор, рук. отдела эпидемиологии

Россия, Москва

Камиль Фаридович Хафизов

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: uglevas@bk.ru
ORCID iD: 0000-0001-5524-0296

зав. лаб. геномных исследований

Россия, Москва

Светлана Викторовна Углева

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора

Автор, ответственный за переписку.
Email: uglevas@bk.ru
ORCID iD: 0000-0002-1322-0155

д.м.н., доцент, руководитель научно-аналитического отдела

Россия, Москва

Дмитрий Васильевич Дубоделов

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: uglevas@bk.ru
ORCID iD: 0000-0003-3093-5731

к.м.н., с.н.с. лаб. вирусных гепатитов отдела молекулярной диагностики и эпидемиологии

Россия, Москва

Елена Николаевна Колосовская

Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова

Email: uglevas@bk.ru
ORCID iD: 0000-0001-6667-2377

д.м.н., профессор каф. эпидемиологии, паразитологии и дезинфектологии

Россия, Санкт-Петербург

Список литературы

  1. Акимкин В.Г., Попова А.Ю., Плоскирева А.А. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение I: проявления эпидемического процесса COVID-19. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022;99(3):269–86. Akimkin V.G., Popova A.Yu., Ploskireva A.A., et al. COVID-19: the evolution of the pandemic in Russia. Report I: Manifestations of the COVID-19 epidemic process. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology. 2022;99(3):269–86. doi: https://doi.org/10.36233/0372-9311-276 EDN: https://elibrary.ru/zxgtfd
  2. Акимкин В.Г., Кузин С.Н., Колосовская Е.Н. и др. Характеристика эпидемиологической ситуации по COVID-19 в Санкт-Петербурге. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2021;98(5):497–511. Akimkin V.G., Kuzin S.N., Kolosovskaya E.N., et al. Assessment of the COVID-19 epidemiological situation in St. Petersburg. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology. 2021;98(5):497–511. doi: https://doi.org/10.36233/0372-9311-154 EDN: https://elibrary.ru/dtmnhz
  3. Семененко Т.А. Роль банка сывороток крови в системе биологической безопасности страны. Вестник Росздравнадзора. 2010;(3):55–8. Semenenko T.A. The role of the blood serum bank in the biological safety system of the country. Bulletin of Roszdravnadzor. 2010;(3):55–8. EDN: https://elibrary.ru/muutej
  4. Громашевский Л.В. Общая эпидемиология. М.;1965. Gromashevskii L.V. General Epidemiology. Moscow;1965.
  5. Павловский Е.Н. Природная очаговость трансмиссивных болезней в связи с ландшафтной эпидемиологией зооантропонозов. М.;1964. Pavlovskii E.N. Natural foci of Vector-Borne Diseases in Connection with the Landscape Epidemiology of Zooanthroponoses. Moscow;1964. EDN: https://elibrary.ru/zgmuqp
  6. Черкасский Б.Л. Теоретическое обоснование структуры эпидемиологического надзора. В кн.: Покровский В.И., ред. Эпидемиологический надзор за инфекционными болезнями. М.;1987. Cherkasskii B.L. Theoretical substantiation of the structure of epidemiological surveillance. In: Pokrovskii V.I., ed. Epidemiological Surveillance of Infectious Diseases. Moscow;1987.
  7. Покровский В.И. Пути оптимизации эпидемиологического надзора за инфекционными болезнями в стране. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1986;63(11):3–7. Pokrovskii V.I. Ways to optimize epidemiological surveillance of infectious diseases in the country. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology. 1986;63(11):3–7. EDN: https://elibrary.ru/pioohv
  8. Беляков В.Д. Общие закономерности функционирования паразитарных систем (механизмы саморегуляции). Паразитология. 1986;20(4):249–55. Belyakov V.D. General patterns of functioning of parasitic systems (mechanisms of self-regulation). Parasitology. 1986;20(4):249–55.
  9. Беляков В.Д. Эпидемиологический надзор – основа современной организации противоэпидемической работы. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1985;62(5):53–8. Belyakov V.D. Epidemiological surveillance is the basis of modern organization of anti-epidemic work. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology. 1985;62(5):53–8. EDN: https://elibrary.ru/zfxutr
  10. WHO. Strengthening Population Health Surveillance: A Tool for Selecting Indicators to Signal and Monitor the Wider Effects of the COVID-19 Pandemic. Copenhagen; 2021.
  11. Фельдблюм И.В. Эпидемиологический надзор за вакцинопрофилактикой. Журнал МедиАль. 2014;(3):37–55. Fel'dblyum I.V. Epidemiologic surveillance over preventive vaccination. Medial Journal. 2014;(3):37–55. EDN: https://elibrary.ru/sxhknx
  12. Попова А.Ю., Акимкин В.Г., ред. Материалы XII Съезда Всероссийского научно-практического общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов. М.;2022. Popo- va A.Yu., Akimkin V.G., eds. Proceedings of the XII Congress of the All-Russian Scientific and Practical Society of Epidemiologists, Microbiologists and Parasitologists. Moscow;2022. doi: https://doi.org/10.36233/978-5-6048873-1-8 EDN: https://elibrary.ru/nrlneo
  13. Стародубов В.И., Береговых В.В., Акимкин В.Г. и др. COVID-19 в России: эволюция взглядов на пандемию (часть 1). Вестник Российской академии медицинских наук. 2022;77(3):199–207. Starodubov V.I., Beregovykh V.V., Akimkin V.G., et al. COVID-19 in Russia: evolution of views on the pandemic. Report I. Annals of the Russian Academy of Medical Sciences. 2022;77(3):199–207. DOI: https://doi.org/10.15690/vramn2118 EDN: https://elibrary.ru/sqglyh
  14. Акимкин В.Г., Попова А.Ю., Хафизов К.Ф. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение II: динамика циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022;99(4):381–96. Akimkin V.G., Popova A.Yu., Khafizov K.F., et al. COVID-19: the evolution of the pandemic in Russia. Report II: dynamics of the circulation of SARS-CoV-2 genetic variants. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology. 2022;99(4):381–96. doi: https://doi.org/10.36233/0372-9311-295 EDN: https://elibrary.ru/kvulas
  15. Латыпова М.Ф., Цибин А.Н., Комаров А.Г. и др. Организация геномного надзора за SARS-CoV-2 в структуре Департамента здравоохранения города Москвы. Проблемы социальной гигиены, здравоохранения и истории медицины. 2022;30(S):1061–6. Latypova M.F., Tsibin A.N., Komarov A.G., et al. Organization of genomic surveillance for SARS-CoV-2 within the Moscow City Health Department. Problems of Social Hygiene, Public Health and History of Medicine, Russian Journal. 2022;30(S):1061–6. DOI: https://doi.org/10.32687/0869-866X-2022-30-s1-1061-1066 EDN: https://elibrary.ru/mshhnn
  16. Акимкин В.Г., Семененко Т.А., Углева С.В. и др. COVID-19 в России: эпидемиология и молекулярно-генетический мониторинг. Вестник Российской академии медицинских наук. 2022;77(4):254–60. Akimkin V.G., Semenenko T.A., Ugleva S.V., et al. COVID-19 in Russia: epidemiology and molecular genetic monitoring. Annals of the Russian Academy of Medical Sciences. 2022;77(4):254–60. doi: https://doi.org/10.15690/vramn2121 EDN: https://elibrary.ru/dozijs
  17. Akimkin V.G., Semenenko T.A., Ugleva S.V., et al. COVID-19 epidemic process and evolution of SARS-CoV-2 genetic variants in the Russian Federation. Microbiol. Res. 2024;15(1):213–24. DOI: https://doi.org/10.3390/microbiolres15010015
  18. Стародубов В.И., Береговых В.В., Акимкин В.Г. и др. COVID-19 в России: эволюция взглядов на пандемию. Сообщение 2. Вестник Российской академии медицинских наук. 2022;77(4):291–306. Starodubov V.I., Beregovykh V.V., Akimkin V.G., et al. COVID-19 in Russia: evolution of views on the pandemic. Report II. Annals of the Russian Academy of Medical Sciences. 2022;77(4):291–306. DOI: https://doi.org/10.15690/vramn2122 EDN: https://elibrary.ru/ojjdra
  19. Акимкин В.Г. Эпидемиология и диагностика COVID-19. Мониторинг эволюционных изменений вируса SARS-CoV-2. Вестник Российской академии наук. 2022;92(7): 647–53. Akimkin V.G. COVID-19 epidemiology and diagnosis: monitoring evolutionary changes in the SARS-COV-2 virus. Herald of the Russian Academy of Sciences. 2022;92(7):647–53. DOI: https://doi.org/10.31857/S0869587322070027 EDN: https://elibrary.ru/nrfrlg
  20. Хафизов К.Ф., Петров В.В., Красовитов К.В. и др. Экспресс-диагностика новой коронавирусной инфекции с помощью реакции петлевой изотермической амплификации. Вопросы вирусологии. 2021;66(1):17–28. Khafizov K.F., Petrov V.V., Krasovitov K.V., et al. Rapid diagnostics of novel coronavirus infection by loop-mediated isothermal amplification. Problems of Virology. 2021;66(1):17–28. doi: https://doi.org/10.36233/0507-4088-42 EDN: https://elibrary.ru/uklaki
  21. Carter L.L., Yu M.A., Sacks J.A., et al. Global genomic surveillance strategy for pathogens with pandemic and epidemic potential, 2022–2032. Bull. World Health Organ. 2022;100(4):239-A. DOI: https://doi.org/10.2471/blt.22.288220

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Динамика геновариантов SARS-CoV-2 на территории России за 2020–2024 гг.

Скачать (397KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Динамика геноварианта Omicron на территории России за 2022–2024 гг.

Скачать (715KB)
Метаданные

© Акимкин В.Г., Семененко Т.А., Хафизов К.Ф., Углева С.В., Дубоделов Д.В., Колосовская Е.Н., 2024

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах