Отправить статью по E-mail ВЫЯВЛЕНИЕ INDEL-МАРКЕРОВ В ГЕНОМАХ ШТАММОВ BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI ДЛЯ ВНУТРИВИДОВОГО ГЕНОТИПИРОВАНИЯ
- Авторы: Леденева М.Л.1, Водопьянов А.С.2, Ткаченко Г.А.1, Водопьянов С.О.2, Савченко С.С.1, Шпак И.М.1
-
Учреждения:
- Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт
- Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт
- Выпуск: Том 94, № 4 (2017)
- Страницы: 35-41
- Раздел: ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
- Дата подачи: 10.04.2019
- Дата публикации: 28.08.2017
- URL: https://microbiol.crie.ru/jour/article/view/176
- DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-2017-4-35-41
- ID: 176
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Цель. Поиск потенциальных 1NDEL-маркеров в геномах штаммов Burkholderia pseudomallei, а также оценка возможности их использования для внутривидового генотипирования. Материалы и методы. Изучены полногеномные последовательности 25 штаммов В. pseudomallei с известными географическими регионами выделения из базы данных GenBank. Поиск INDEL-маркеров осуществляли с использованием авторского программного обеспечения GeneExpert. Кластерный анализ проводили с помощью генетической дистанции по R. Sokal и С. Michener и метода ближайшего связывания. Результаты. Выявлено 11 1NDEL- маркеров, которые позволили разделить исследуемые штаммы на 13 генотипов. Определен спектр INDEL-паттернов, характерный для австралийских штаммов. Показана возможность существования определенных филогеографических паттернов таиландских изолятов. Заключение. Выявлена возможность INDEL-маркеров дифференцировать изоляты В. pseudomallei на две географические популяции (астралийского и юго-восточноазиатского происхождения), которая позволит определять источник вспышки мелиоидоза и пути распространения возбудителя.
Ключевые слова
Об авторах
М. Л. Леденева
Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт
Автор, ответственный за переписку.
Email: noemail@neicon.ru
Россия
А. С. Водопьянов
Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт
Email: noemail@neicon.ru
Россия
Г. А. Ткаченко
Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт
Email: noemail@neicon.ru
Россия
С. О. Водопьянов
Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт
Email: noemail@neicon.ru
Россия
С. С. Савченко
Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт
Email: noemail@neicon.ru
Россия
И. М. Шпак
Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт
Email: noemail@neicon.ru
Россия
Список литературы
- Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Мишанькин Б.Н., Олейников И.П. Алгоритм компьютерного VNTR-типирования на основе неполных сиквенсов ДНК-штаммов Vibrio cholerae, выделенных на Гаити в 2010 г. ЗНиСО. 2013, 3: 28-30.
- Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Олейников И.П., Мишанькин Б.Н., Кругликов В.Д., Архангельская И.В., Зубкова Д.А., Ежова М.И. 1NDEL- и VNTR-типирование штаммов Vibrio cholerae, выделенных в 2013 году из объектов окружающей среды на территории Российской Федерации. ЗНиСО. 2015, 5: 41-44.
- Онищенко Г.Г., Сандахчиев Л.С., Нетесов С.В., Мартынюк Р.А. Биотерроризм: национальная и глобальная угроза. Вестник РАМН. 2003, 3: 195-204.
- Badran S., Pedersen T.I., Roed С. et al. Imported melioidosis in Danish travellers: a diagnostic challenge. Scand. J. Infect. Dis. 2010, 42: 445-449.
- Currie B.J., Haslem A., Pearson T. et al. Identification of melioidosis outbreak by multilocus variable number tandem repeat analysis. Emerg. Infect. Dis. 2009, 15: 169-174.
- Hesstvedt L., Wilhelmsen M., Mengshoel A.G. et al. Two Norwegian patients with melioidosis presenting with bacteraemia and splenic and prostatic abscesses. J. Travel. Med. 2011, 18: 418-421.
- Larsson P., Svensson K., Karlsson L. et al. Canonical insertion-deletion markers for rapid DN A typing of Francisella tularensis. Emerg. Infect.Dis. 2007, 13: 1725-1732.
- Liguori A.P.,Warrington S.D.,Ginther J.L.etal. Diversity of 16S-23SrDNA Internal Transcribed Spacer (ITS) reveals phylogenetic relationships in Burkholderia pseudomallei and its nearneighbors. PLoS One. 2011, 6: e29323.
- Limmathurotsakul D., Golding N., Dance D.A. et al. Predicted global distribution of and burden of melioidosis. Nat. Microbial. 2016, 1: 15008.
- Oka K., Asari M., Omura T. et al. Genotyping of 38 insertion/deletion polymorphisms for human identification using universal fluorescent PCR. Mol. Cell. Probes. 2014, 28: 13-18.
- Saitou N., Nei M. The neighbor-joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol. Biol. Evol. 1987, 4: 406-425.
- Santos E.P., Vinuesa P, Martinez-Aguilar L. et al. Phylogenetic analysis of Burkholderia species by multilocus sequence analysis. Curr. Microbiol. 2013, 67: 51-60.
- Sawana A., Adeolu M., Gupta R.S. Molecular signatures and phylogenomic analysis of the genus Burkholderia: proposal for division of this genus into the emended genus Burkholderia containing pathogenic organisms and a new genus Paraburkholderia gen. nov. harboring environmental species. Front. Genet. 2014, 5: 1-22.
- Sokal R.R., Michener C.D. A statistical method for evaluating systematic relationships. University of Kansas Science Bulletin. 1958, 38: 1409-1438.
Дополнительные файлы
