CТАНДАРТНЫЙ АЛГОРИТМ МОЛЕКУЛЯРНОГО ТИПИРОВАНИЯ ШТАММОВ YERSINIA PESTIS


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель. Разработка стандартного алгоритма молекулярного типирования штаммов Yersinia pestis, обеспечивающего установление подвидовой, биоварной и очаговой принадлежности исследуемого изолята. Определение характерных генотипов штаммов возбудителя чумы основного и неосновных подвидов из различных природных очагов чумы Российской Федерации и ближнего зарубежья. Материалы и методы. Генотипирование 192 природных штаммов Y. pestis основного и неосновных подвидов проводили с помощью методов ПЦР, мультилокусного секвенирования и мультилокусного анализа числа вариабельных тандемных повторов. Результаты. Разработан стандартный алгоритм молекулярного типирования возбудителя чумы, включающий несколько этапов дифференциации штаммов Yersinia pestis по их принадлежности: к основному или неосновным подвидам, различным биоварам основного подвида, конкретному подвиду; природным очагам и географическим территориям. Алгоритм основан на 3 методах типирования - ПЦР, мультилокусном сиквенс-типировании и мультилокусном анализе числа вариабельных тандемных повторов с применением стандартных ДНК-мишеней - генов жизнеобеспечения (terС, ilvN, inv, glpD, napA, rhaS и araC) и семи локусов вариабельных тандемных повторов (ms01, ms04, ms06, ms07, ms46, ms62, ms70). На большом количестве природных штаммов Y. pestis показана эффективность разработанного алгоритма. Установлены характерные сиквенс-типы штаммов Y. pestis различных подвидов и биоваров, а также MLVA7 генотипы штаммов из природных очагов чумы Российской Федерации и ближнего зарубежья.
Заключение. Применение разработанного алгоритма повысит эффективность эпидемиологического мониторинга возбудителя чумы и анализа эпидемий и вспышек чумы с установлением источника происхождения штамма и путей заноса инфекции.

Об авторах

Г А Ерошенко

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов

Г Н Одиноков

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов

Л М Куклева

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов

А И Павлова

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов

Я М Краснов

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов

Н Ю Шавина

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов

Н П Гусева

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов

Н А Виноградова

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов

В В Кутырев

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов

Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов

Список литературы

  1. Ерошенко Г.А., Видяева Н.А., Одиноков Г.Н. и др. Структурно-функциональный анализ гена araC у штаммов Yersinia pestis различного происхождения. Молекул. генет. микробиол. вирусол. 2009; 3: 21-25.
  2. Ерошенко Г.А., Куклева Л.М., Одиноков Г.Н. и др. Способ подвидовой дифференциации штаммов возбудителя чумы методом секвенирования. Патент № RU 2404256, опубликован 20.11.2010.
  3. Куклева Л.М., Ерошенко Г.А., Куклев В.Е. и др. Сравнение полной нуклеотидной последовательности гена rhaS у штаммов возбудителя чумы основного и неосновных подвидов. Пробл. особо опасн. инф. 2008; 3 (97): 38-42.
  4. Методические указания МУ 1.3.2569-09 «Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности».
  5. Одиноков Г.Н., Ерошенко Г.А., Видяева Н.А. и др. Структурно-функциональный анализ генов nap оперона у штаммов Yersinia pestis разных подвидов. Пробл. особо опасн. инф. 2008; 4 (98): 12-16.
  6. Одиноков Г.Н., Ерошенко Г.А., Павлова А.И. и др. Способ дифференциации штаммов возбудителя чумы основного и неосновных подвидов методом полимеразной цепной реакции. Патент RU №2425891, опубликован 10.08.2010.
  7. Онищенко Г.Г., Кутырев В.В., Попов Н.В. и др. Природные очаги чумы Кавказа, Прикаспия, Средней Азии и Сибири. Г.Г. Онищенко, В.В. Кутырев (ред.). М., Медицина, 2004.
  8. Попов Н.В., Безсмертный В.Е.. Матросов А.Н. и др. Эпизоотическая активность природных очагов чумы Российской Федерации в 2010 г. и прогноз на 2011 г. Пробл. особо опасн. инф. 2011; 1 (107): 31-37.
  9. Klevytska A.M., Price L.B., Schupp J.M. et al. Identification and characterization of variable-number tandem repeats in the Yersinia pestis genome. J. Clin. Microbiol. 2001; 39: 3179-3185.
  10. Le Fle`che P., Hauck Y., Onteniente L. et al. A tandem repeats database for bacterial genomes: application to the genotyping of of Yersinia pestis and Bacillus anthracis. BMC. 2001; 1: 2. 11.
  11. Molecular microbiology: Diagnostic principles and practice. D.H. Persing et al. (ed). Washington. ASM Press, 2011.
  12. Motin V.L., Georgescu A.M., Elliot J.M. et al. Genetic variability of Yersinia pestis isolates as predicted by IS100 genotyping and analysis of structural genes encoding glycerol-3-phosphate dehydrogenase (glpD). J.Bacteriol. 2002; 184: 1019-1027.
  13. Parkhill J.B., Wren W., Thomson N.R. et al. Genome sequence of Yersinia pestis, the causative agent of plague. Nature. 2001; 413: 523-527.
  14. Pourcel C., André-Mazeaud F., Neubauer H. et al. Tandem repeats analysis for the high-resolution phylogenetic analysis of Yersinia pestis. BMC Microbiol. 2004; 4: 22.
  15. Zhou D., Han Y., Song Y. et al. DNA microarray analysis of genome dynamics in Yersinia pestis: insights into bacterial genome microevolution and niche adaptation. J. Bacteriol. 2004; 186: 5138-5146.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Ерошенко Г.А., Одиноков Г.Н., Куклева Л.М., Павлова А.И., Краснов Я.М., Шавина Н.Ю., Гусева Н.П., Виноградова Н.А., Кутырев В.В., 2012

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах