РАЗРАБОТКА СХЕМЫ МУЛЬТИЛОКУСНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ STAPHYLOCOCCUS HAEMOLYTICUS И ЕЕ ПРИМЕНЕНИЕ ДЛЯ МОЛЕКУЛЯРНО-ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКОГО АНАЛИЗА ШТАММОВ, ВЫДЕЛЕННЫХ В СТАЦИОНАРАХ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ В 2009-2010 ГГ


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель . Разработка метода типирования штаммов S.haemolyticus на основе мультилокусного секвенирования для решения задач молекулярной эпидемиологии. Материалы и методы. Изучали 102 штамма коагулазоотрицательных стафилококков (КОС), выделенных в стационарах различного профиля Н.Новгорода и Москвы. Видовую идентификацию штаммов проводили на основе секвенирования последовательностей фрагмента гена tuf, дифференциацию штаммов S.haemolyticus - по результатам MLST. Для кластерного анализа данных MLST использован подход eBURST; изучение структурных изменений в тагатозо-6-фосфат киназе проведено с помощью платформы InterProScan и программ сайта SWISS-MODEL; анализ изменчивости аллелей генов схемы MLST выполнен на основе пакета программ MEGA 4.0. Результаты. В выборке 102 штаммов КОС выявлено 28 штаммов вида S.haemolyticus. Разработанная впервые схема MLST для S. haemolyticus, включающая гены mvaK, rphE, tphK, gtr, arcC, tpiA, aroE, позволила дифференцировать выборку штаммов по 11 генотипам. Штаммы с ST 3, 8, 6, 1, 4, 5 и 11 отличались наибольшей эпидемиологической значимостью. Кластерный и филогенетический анализ полученных данных показал высокую адаптационную способность внутрибольничных штаммов S.haemolyticus. У проанализированных штаммов выявлена мультирезистентность к антибактериальным препаратам. Заключение. Разработанный метод MLST эффективен в дифференциации штаммов S.haemolyticus, циркулирующих в стационарах и представляющих опасность как для новорожденных, так и для госпитализированных взрослых пациентов.

Об авторах

О. Л Воронина

НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи, Москва

М. С Кунда

НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи, Москва

О. А Дмитренко

НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи, Москва

В. Г Лунин

НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи, Москва

А. Л Гинцбург

НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи, Москва

Список литературы

  1. Акатов А.К., Зуева В.С. Стафилококки. М., Медицина, 1983.
  2. Воронина О.Л., Кунда М.С., Дмитренко О.А. и др. Оценка видового разнообразия коагулазоотрицательных стафилококков, выделенных в стационарах Российской Федерации в 2009-2010 гг. Журн. микробиол. 2011, 1: 3-8.
  3. МУК 4.2.1890-04. Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам. М., 2004.
  4. Correa J.E., DePaulis A., Predari S. et al. First report of qacG, qacH and qacJ genes in Staphylococcus haemolyticus human clinical isolates. J. Antimicrob. Chemother. 2008, 62: 956-960.
  5. Diekema D.J., Pfaller M.A., Schmitz F.J. et al. Survey of infections due to Staphylococcus species: frequency of occurrence and antimicrobial susceptibility of isolates collected in the United States, Canada, Latin America, Europe, and the Western Pacific region for the SENTRY Antimicrobial Surveillance Program, 1997-1999. Clin. Infect. Dis. 2001, 32 (2): S114-S132.
  6. Falcone M., Giannella M., Raponi G. et al. Teicoplanin use and emergence of Staphylococcus haemolyticus: is there a link. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2005, 12: 96-98.
  7. Hanssen A.M., Ericson Sollid J.U. SCC mec in staphylococci: genes on the move. FEMS Immunol. Med. Microbiol. 2006, 46: 8-20.
  8. Hunter P.R, Gaston M.A. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson’s index of diversity. J. Clin. Microbiol. 1988, 26: 2465-2466.
  9. Kloos W.E., Bannerman T.L. Update on clinical significance of coagulase-negative staphylococci. Clin. Microbiol. Rev. 1994, 7: 117-140.
  10. Low D.E., Schmidt B.K., Kirpalani H.M. et al. An endemic strain of Staphylococcus haemolyticus colonizing and causing bacteremia in neonatal intensive care unit patients. Pediatrics. 1992, 89 (4 Pt2): 696-700.
  11. Maiden M.C.J., Bygraves J.A., Feil E. et al. Multilocus sequence typing: a portable approach to the identification of clones within populations of pathogenic microorganisms. Microbiology. 1998, 95: 3140-3145.
  12. Metha G., Kumari S. Multi-resistant Staphylococcus haemolyticus in neonatal unit in New Delhi. Ann. Trop. Pediatr. 1997, 17 (1): 15-20.
  13. Ruppe´ E., Barbier F., Mesli Y. et al. Diversity of staphylococcal cassette chromosome mec structures in methicillin-resistant Staphylococcus epidermidis and Staphylococcus haemolyticus strains among outpatients from four countries. Antimicrob. Agents Chemother. 2009, 53 (2): 442-449.
  14. Thomas J.C., Vargas M.R., Miragaia M. et al. Improved multilocus sequence typing scheme for Staphylococcus epidermidis. J. Clin. Microbiol. 2007, 45: 616-619.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Воронина О.Л., Кунда М.С., Дмитренко О.А., Лунин В.Г., Гинцбург А.Л., 2011

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах