ДЕТЕКЦИЯ ПОТЕНЦИАЛЬНО ПАТОГЕННЫХ БАКТЕРИЙ В СОЛОНОВАТЫХ РЕКАХ ПРИЭЛЬТОНЬЯ МЕТОДОМ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ

Обложка


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель. Выявить потенциально патогенных бактерий в планктоне солоноватых рек Приэльтонья методом высокопроизводительного секвенирования участка гена 16S рРНК. Материалы и методы. Образцы воды из солоноватых рек Ланцуг и Чернавка, впадающих в озеро Эльтон, отбирали в объеме 50 мл, фильтровали через мембранные фильтры с диаметром пор 0.22 мкм. Тотальную ДНК выделяли методом фенол-хлороформной экстракции с предварительной гомогенизацией и ферментативным лизисом. ДНК-библиотеки для секвенирования создавали по протоколу Illumina с праймерами к вариабельному участку V3-V4 гена 16S рРНК. Секвенирование проводили на платформе MiSeq («Illumina», США). Результаты. В планктонных образцах солоноватых рек Приэльтонья были обнаружены филотипы потенциально патогенных бактерий филума Proteobacteria из семейств Enterobacteriaceae, Pseudomonadaceae, Campylobacteraceae, Vibrionaceae, Aeromonadaceae, Moraxellaceae, Legionellaceae, Alcaligenaceae, Campylo-bacteraceae, а также филумов Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria. Вероятным источником бактериального загрязнения является крупный и мелкий рогатый скот. Заключение. Полученные данные демонстрируют, что солоноватые континентальные водоемы наряду с пресными и морскими выполняют резервуарную функцию для потенциально патогенных микроорганизмов. Высокопроизводительное секвенирование может быть использовано для скрининговой оценки присутствия патогенов в воде.

Об авторах

Е. А. Селиватва

Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза

Автор, ответственный за переписку.
Email: noemail@neicon.ru
Россия

Ю. А. Хлопко

Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Н. Е. Гоголева

Казанский институт биохимии и биофизики; Казанский (Приволжский) федеральный университет

Email: noemail@neicon.ru
Россия

А. О. Плотников

Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Список литературы

  1. Davies C.M., Long J.A.H., Donald M., Ashbolt N.J. Survival of Fecal Microorganisms in Marine and Freshwater Sediments. Appl. Env. Microbiology. 1995, 61 (5):1888-1896.
  2. Edgar R.C. Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST. Bioinformatics. 2010, 26 (19): 2460-2461. doi: 10.1093/bioinformatics/btq461.
  3. Figueras M. J., Latif-Eugenнn F., Ballester F. et al. Aeromonas intestinalis and Aeromonas enterica isolated from human faeces, Aeromonas crassostreae from oyster and Aeromonas aquatilis isolated from lake water represent novel species. New Microbe and New Infect. 2017, 15: 74-76.
  4. Gast R.J., Moran D.M., Dennett M.R. et al. Amoebae and Legionella pneumophila in saline environments. J. Water Health. 2011, 9(1): 37-52.
  5. Girones R., Ferrus M.A., Alonso J.L. et al. Molecular detection of pathogens in water. The pros and cons of molecular techniques. Water Research. 2010, 44: 4325-4339.
  6. Han X.Y, Ihegword A., Evans S.E. et al. Microbiological and Clinical Studies of Legionellosis in 33 Patients with Cancer. J. Clin. Microbiol. 2015, 53 (7): 2180-2187.
  7. Lastovica A.J., On S.L.W., Zhang L. The Family Campylobacteraceae. In: Rosenberg E. et al. (Ed.). The Prokaryotes. Springer, Berlin, Heidelberg, 2014.
  8. Levin-Edens E., Bonilla N., Meschke J. Scott et al. Survival of environmental and clinical strains of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) in marine and fresh waters. Water Research. 2011, 45: 5681-5686.
  9. Micana-Galbis D., Farfоn M., Gaspar Loren J. Proposal to assign Aeromonas diversa sp. nov. as a novel species designation for Aeromonas group 501. Systematic Applied Microbiology. 2010, 33: 15-19.
  10. Ng C., Goh S.G., Saeidi N. et al. Occurrence of Vibrio species, beta-lactam resistant Vibrio species, and indicator bacteria in ballast and port waters of a tropical harbor. Science of the Total Environment. 2018, 610-611: 651-656.
  11. Novakova D., Sedlacek I., Pantucek R. Staphylococcus equorum and Staphylococcus succinus isolated from human clinical specimens. J. Medical Microbiology. 2006, 55: 523-528.
  12. Rajilic -Stojanovic M.,deVosWM.The first 1000 cultured speciesofthe human gastrointestinal microbiota. FEMS Microbiol. Rev. 2014, 38 (5): 996-1047.
  13. RamKrez-Castillo F.Y, Loera-Muro A., Jacques M. et al. Waterborne Pathogens: Detection Methods and Challenges. Pathogens. 2015, 4: 307-334.
  14. Robins P.E., Skov M.W., Lewis Matt J. et al. Impact of climate change on UK estuaries: A review of past trends and potential projections. Estuarine Coastal Shelf Science. 2016, 169: 119-135.
  15. Rose J.B., Epstein P.R., Lipp E.K. et al. Climate Variability and Change in the United States: Potential Impacts on Waterand Foodborne Diseases Caused by Microbiologic Agents Environmental Health Perspectives. 2001, 109 (suppl. 2): 211-221.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Селиватва Е.А., Хлопко Ю.А., Гоголева Н.Е., Плотников А.О., 2018

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах