ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА АДАПТИВНОГО ПОТЕНЦИАЛА БИФИДОБАКТЕРИЙ БИОТОПА ДИСТАЛЬНОГО ОТДЕЛА КИШЕЧНИКА ЧЕЛОВЕКА

Цель. Определение отличительных параметров геномов B. bifidum и B. longum, характеризующих их адаптивный потенциал применительно к биотопу дистального отдела толстого кишечника человека. Материалы и методы. В работе использованы 5 штаммов бифидобактерий: B. bifidum ICIS-310, B. bifidum ICIS-643, B. bifidum ICIS-791, B. longum ICIS-505 (клинические изоляты) и B. longum MC-42 (ГИСК им. Л.А. Тарасевича). Полногеномное секвенирование проведено при помощи секвенатора «MiSeq» и набора подготовки ДНК-библиотек «Nextera» v.3 (Illumina, США). Аннотация и первичный анализ набора генов известных гомологов в полученных геномах осуществлен с помощью онлайн-сервиса RAST (коллаборация NMPDR, США). Результаты. У штамма B. bifidum ICIS-310 не обнаруживаются гомологи гена пермеазы лактозы и галактозы, присутствующие в двух других секвенированных штаммах B. bifidum, но сохранены два гена экзо-альфа-сиалидаз, а также выявляется дополнительный ген семейства ДНК-метил-трансфераз. Клинические изоляты B. longum демонстрируют несколько больше различий между собой: штамм B. longum ICIS-505 содержит на 200 генов больше, чем эталонный штамм B. longum MC-42, из которых 29 - гомологи с установленной функцией. Данные гены распределены равномерно по функциональным классам. Заключение. Полученные данные анализа генома бифидобактерий отражают их специализацию в занимаемом биотопе и мутуалистическую надежность, определяя доминантную роль бифидофлоры в кишечном микросимбиоценозе человека. Размер генома, постоянство сигнального ценза и предсказуемость реакций бифидобактерий позволяют использовать их в качестве типовых моделей, пригодных для исследования симбиотических отношений человека и его микробиоты, а также построения экспериментальных систем межмикробных взаимодействий.

бифидобактерии, полногеномное секвенирование, сигнальный ценз, эволюция микросимбионтов, симбиоз