ИЗУЧЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ СТАБИЛЬНОСТИ СУБ-ШТАММА M. BOVIS BCG-1 (RUSSIA) В ПРОЦЕССЕ ПРОИЗВОДСТВА ВАКЦИНЫ БЦЖ

Обложка


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель. Изучение структуры генома и анализ стабильности генетических свойств субштамма M. bovis BCG-1 (Russia), применяемого для производства вакцин. Материалы и методы. Было проведено полногеномное секвенирование и последующий сравнительный анализ образцов суб-штамма M. bovis BCG-1 (Russia) от рабочего банка до конечного пассажа производственного культивирования, а также производственных серий. Молекулярно-биологическими методами был проведен анализ числа тандемных повторов (VNTR) по 24 локусам и сполиготипирование. Результаты. Последовательность субштамма M. bovis BCG-1 (Russia) рабочего посевного банка была полностью собрана, аннотирована и депонирована в базу GenBank. Анализ DU2- и RD-регионов подтвердил принадлежность суб-штамма М. bovis BCG-1 (Russia) к группе DU2-I, BCG Russia. Полногеномное выравнивание образцов суб-штамма производственных серий вакцины на геном M. bovis BCG-1 (Russia) рабочего банка не выявило структурных отличий. Сполиготипирование и VNTR-профиль также продемонстрировали идентичность структур. Заключение. Результатом проведенного исследования явилось как подтверждение подлинности производственного суб-штамма M. bovis BCG-1 (Russia), так и демонстрация его генетической стабильности в процессе производства вакцины БЦЖ и БЦЖ-М. Стабильность генома суб-штамма опосредованно подтверждает стабильность производственных условий культивирования и качество производственного процесса.

Об авторах

Е. В. Отрашевская

НПО «Микроген»

Автор, ответственный за переписку.
Email: noemail@neicon.ru
Россия

В. Н. Винокурова

НПО «Микроген»

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Е. А. Шитиков

Федеральный научно-клинический центр физикохимической медицины

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Е. А. Сотникова

Федеральный научно-клинический центр физикохимической медицины

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Т. А. Перевышина

НПО «Микроген»

Email: noemail@neicon.ru
Россия

С. А. Колченко

Федеральный научно-клинический центр физикохимической медицины

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Т. Б. Бутусова

Федеральный научно-клинический центр физикохимической медицины

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Е. С. Кострюкова

Федеральный научно-клинический центр физикохимической медицины

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Е. Н. Ильина

Федеральный научно-клинический центр физикохимической медицины

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Г. М. Игнатьев

НПО «Микроген»; Санкт-Петербургский НИИ вакцин и сывороток и предприятие по производству бактерийных препаратов

Email: noemail@neicon.ru
Россия

Список литературы

  1. Леви Д.Т., Обухов Ю.И., Александрова Н.В., Волкова Р.А., Эльберт Е.В., Альварес Фигероа М.В., Прокопенко А.В., Луданный Р.И.Оценка подлинности и стабильности вакцины БЦЖ методом мультиплексной ПЦР. Биопрепараты. Профилактика, диагностика, лечение. 2016, 16 (1): 49-53.
  2. Abdallah A.M., Hill-Cawthorne G.A., Otto T.D. et al. Genomic expression catalogue of a global collection of BCG vaccine strains show evidence for highly diverged metabolic and cellwall adaptations. Sci. Rep. 2015, 5: 15443 (online).
  3. Bedwell J., Kairo S.K., Behr M.A., Bygraves J.A. Identification of substrains of BCG vaccine using multiplex PCR. Vaccine. 2001, 19: 2146-2151.
  4. Bespyatykh J.A., Zimenkov D.V., Shitikov E.A. et al. Spoligotyping of Mycobacterium tuberculosis complex isolates using hydrogel oligonucleotide microarrays. Infection, Genetics, Evolution, 2014, doi:http://dx.doi.org/l0.1016/j.meegid.2014.04.024.
  5. Boetzer M., Henkel C.V., Jansen H.J. et al. Scaffolding pre-assembled contigs using SSPACE. Bioinformatics. 2001, 4: 578-579.
  6. Brosch R., Gordon S.V., Garnier T. et al. Genome plasticity of BCG and impact on vaccine efficacy. Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 2007, 13: 5596-5601.
  7. Coll F., Mallard K., Preston M.D. et al. SpolPred: rapid and accurate prediction of Mycobacterium tuberculosis spoligotypes from short genomic sequences. Bioinformatics. 2012, 22: 29912993.
  8. Delcher A.L., Phillippy A., Carlton J., Salzberg S.L. Fast algorithms for large-scale genome alignment and comparison. Nucleic Acids Res. 2002, 11: 2478-2483.
  9. Knezevic I., Corbel M.J. WHO discussion on the improvement of the quality control of BCG vaccines. Pasteur Institute, Paris, France, 7 June 2005. Vaccine, 2006, 24: 3874-3877.
  10. Koboldt D.C., Zhang Q., Larson D.E. VarScan 2: somatic mutation and copy number alteration discovery in cancer by exome sequencing. Genome Res. 2012, 3: 568-576.
  11. Langmead B., Salzberg S.L. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nat. Methods. 2012, 4: 357-359.
  12. Leung A.S., Tran V., Wu Z. et al. Novel genome polymorphisms in BCG vaccine strains and impact on efficacy. BMC Genomics. 2008, 9: 413.
  13. Li H., Handsaker B., Wysoker A. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools. Bioinformatics. 2009, 16: 2078-2079.
  14. Magdalena J., Supply P., Locht C. Specific differentiation between Mycobacterium bovis BCG and virulent strains of the Mycobacterium tuberculosis complex. J. Clin. Microbiol. 1998, 9: 2471-2476.
  15. Markey K., Ho M.M., Choudhury B. et al. Report of an international collaborative study to evaluate the suitability of multiplex PCR as an identity assay for different sub-strains of BCG vaccine. Vaccine. 2010, 28: 6964-6969.
  16. Mostowy S., Tsolaki A.G., Small P.M. et al. The in vitro evolution of BCG vaccines. Vaccine. 2003, 21: 4270-4274.
  17. Pan Y., Yang X., Duan J. et al. Whole-Genome sequences of four Mycobacterium bovis BCG vaccine strains. J. Bacteriol. 2011, 12: 3152-3153.
  18. Pym A.S., Brosch R. Tools for the population genomics of the tubercle bacilli. Genome Res. 2000,12: 1837-1839.
  19. Sotnikova E.A., Shitikov E.A., Malakhova M.V. et al. Complete genome sequence of Mycobacterium bovis strain BCG-1 (Russia). Genome Announcements. 2016, 4: 1-2.
  20. Stefanova T. Quality control and safety assessment of BCG vaccines in the post-genomic era. Biotechnology Biotechnological Equipment. 2014, 28: 387-391.
  21. Supply Р., Allix C., Lesjean S. et al. Proposal for standardization of optimized mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis. J. Clin. Microbiol. 2006, 12: 4498-4510.
  22. WHO. Informal Consultation on Standardization and Evaluation of BCG Vaccines, 22-23 September 2009, WHO, Geneva, Switzerland. p.1-25
  23. WHO. Information Sheet observed rate of vaccine reactions Bacille Calmette -Guerin (BCG) vaccine. Global Vaccine Safety, Immunization, Valines and Biologicals. Geneva. April 2012. p. 1-5.
  24. WHO. Report WHO Consultation on the characterisation of BCG vaccines. Geneva, Switzerland, 8-9 December, 2004. p. 1-8.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Отрашевская Е.В., Винокурова В.Н., Шитиков Е.А., Сотникова Е.А., Перевышина Т.А., Колченко С.А., Бутусова Т.Б., Кострюкова Е.С., Ильина Е.Н., Игнатьев Г.М., 2018

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах