Селективное подавление репликации вируса гриппа A/H5N1 in vitro с помощью нанокомплексов, состоящих из siRNA и наночастиц аминопропилсиланола

Обложка


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Актуальность. Вирусы гриппа, относящиеся к семейству Orthomyxoviridae, широко распространены в природе и часто являются причиной возникновения пандемий. Появление новых штаммов вируса, устойчивых к лекарственным препаратам, вызывает потребность в разработке новых эффективных лекарственных форм, селективно действующих на вирусы гриппа А.

Цель работы — создание нанокомплексов, состоящих из наночастиц аминопропилсиланола (АПС) и малых интерферирующих РНК (siRNA), и исследование их воздействия на нуклеиновые кислоты-мишени на примере ингибирования репликации вируса гриппа А в клеточной системе.

Материалы и методы. В работе использовали клетки MDCK, вирус гриппа A/chicken/Kurgan/05/2005 (A/H5N1), наночастицы АПС, нативные и модифицированные молекулы siRNA.

Результаты и обсуждение. Созданы уникальные нанокомплексы Si~NH2/siRNA, состоящие из наночастиц АПС и иммобилизованных на них молекул siRNA, обеспечивающих соответственно проникновение в клетки и селективное взаимодействие с нуклеиновыми кислотами-мишенями. Противовирусную активность предложенных нанокомплексов исследовали на клетках MDCK, заражённых вирусом гриппа A/H5N1. Показано, что двухцепочечные молекулы siRNA в составе нанокомплексов, действующие по механизму РНК-интерференции, более эффективно подавляют репликацию вируса гриппа по сравнению с соответствующими одноцепочечными фрагментами РНК. Наиболее эффективный нанокомплекс, содержащий siRNA, нацеленную на выбранный участок 5-го сегмента мРНК вирусного генома, снижал репликацию вируса гриппа А в культуре клеток в 630 раз. Показано, что неагломерированные, растворимые в водных растворах наночастицы АПС являются малотоксичными, способными доставлять siRNA в клетки и защищать siRNA в составе нанокомплексов Si~NH2/siRNA от гидролиза клеточными нуклеазами.

Заключение. Продемонстрирована высокая биологическая активность созданных нанокомплексов на примере селективного и высокоэффективного подавления репликации вируса гриппа A/chicken/Kurgan/05/2005 в клеточной системе.

Полный текст

Введение

Терапия с использованием нуклеиновых кислот (НК) предлагает уникальные возможности воздействия на генетический материал клетки. Однако её эффективность ограничена нестабильностью НК по отношению к клеточным нуклеазам и их низкой способностью проникать через цитоплазматическую мембрану, что делает необходимым использование различных систем доставки [1].

Малые интерферирующие рибонуклеиновые кислоты (small interfering RNA, siRNA) — многообещающий тип терапевтических средств на основе РНК, поскольку механизм их действия является каталитическим и каждая молекула siRNA может инактивировать несколько молекул РНК-мишеней. Молекулы siRNA интенсивно исследуются в качестве противовирусных агентов. L. Singh и соавт. представили широкий спектр применения наноразмерных материалов для лечения распространённых вирусных инфекций [2]. Для клинического успеха предлагаемых методов доставки фрагментов НК в клетки безопасность и эффективность остаются жизненно важными требованиями. Предложены различные подходы к решению проблемы доставки siRNA, например, с помощью вирусов, катионных липидов, полимеров, транспортных пептидов. Следует упомянуть успешное использование биоконъюгатов siRNA и N-ацетилгалактозаминов [3]. Однако все методы имеют ограничения для терапевтического использования. Огромное количество потенциальных препаратов на основе siRNA не прошли клинических испытаний, поскольку многие факторы (низкая эффективность доставки siRNA в клетки-мишени, токсичность, деградация siRNA нуклеазами, фильтрация почками, поглощение иммунными клетками, нецелевые эффекты, низкая эффективность проникновения через гидрофобную клеточную мембрану и высвобождение siRNA из эндосом) ограничивают использование siRNA в биомедицине.

Одним из наиболее перспективных подходов к решению проблемы доставки siRNA в клетки является использование невирусных векторов на основе наночастиц (НЧ) [2, 4, 5]. Для доставки siRNA применялись различные типы НЧ. НЧ, состоящие из катионных полимеров (поли-L-лизин, полиамидоамин, полиэтиленимин, хитозан) или липидов, являются наиболее изученными средствами доставки [6, 7]. Учитывая широкое разнообразие доступных материалов, каждый из которых имеет множество потенциальных модификаций, состав НЧ можно оптимизировать для доставки конкретного типа РНК [8–10]. Системы доставки должны удовлетворять ряду важных требований: они должны повышать способность проникновения РНК в клетки, обеспечивать эффективную защиту РНК от деградации клеточными нуклеазами, а также обладать низкой токсичностью.

Несмотря на определённые успехи в разработке методов доставки фрагментов НК в клетки, проблему доставки нельзя считать окончательно решенной. Поэтому целесообразным является поиск других способов доставки siRNA в клетки.

Ранее мы разработали системы доставки олигодезоксирибонуклеотидов и дезоксирибозимов, основанные на использовании НЧ диоксида титана и аминопропилсиланола (АПС), с целью их воздействия на НК-мишени. Показано, что фрагменты ДНК в составе созданных нанокомпозитов сайт-специфично и эффективно воздействуют на гены-мишени in vitro и in vivo [11–14].

Цель работы — определить возможность использования неагломерированных, растворимых в водных растворах НЧ АПС для доставки siRNA в клетки в виде нанокомплексов Si~NH2/siRNA, для эффективного и селективного подавления репликации вируса гриппа А/H5N1.

Материалы и методы

В работе использовали реактивы от коммерческих поставщиков: (3-аминопропил)триэтоксисилан, трипсин, пенициллин, стрептомицин («Sigma-Aldrich»); среду DMEM (Dulbecco's modified Eagle's medium; «Биолот»); эмбриональную телячью сыворотку («Gibco»), МТТ ((3-[4,5-диметилтиазол-2-ил]-2,5-дифенилтетразолийбромид), «NeoFroxx»), диметилсульфоксид («Компонент-Реактив»). Трипсин использовали в концентрации 2 мкг/мл, пенициллин и стрептомицин — в концентрации 100 ЕД/мл. Куриные эритроциты, клетки MDCK и штамм вируса гриппа A/chicken/Kurgan/05/2005 (H5N1) были получены из коллекций ГНЦ ВБ «Вектор».

Олигорибонуклеотиды и их производные синтезировали твёрдофазным методом на автоматическом ДНК/РНК-синтезаторе «ASM-800 synthesizer» («Биоссет»), используя оптимизированный протокол для масштаба синтеза 0,4 ммоль. В качестве мономеров использовали 2'-дезокси-, 2'-O-TBDMS- и 2'-O-метил-фосфорамидиты («Glen Research»). Сульфуризующий реагент II («Glen Research») применяли для введения тиофосфатной группы. Концентрацию олигонуклеотидов определяли спектрофотометрическим методом путём измерения их оптической плотности в растворе с использованием спектрофотометра «Shimadzu U-1800» («Shimadzu»).

Получение наночастиц аминопропилсиланола Si~NH2 и нанокомплексов Si~NH2/siRNA

НЧ АПС (Si~NH2) синтезировали путём гидролиза (3-аминопропил)триэтоксисилана, который добавляли по каплям в горячую воду, и смесь перемешивали при этой температуре в течение 15 ч с последующим охлаждением до комнатной температуры [15]. Значение рН полученного раствора (10,6) было доведено до 7,5 с помощью 1 М HCl. Концентрацию конечного раствора Si~NH2 (0,26 М) определяли титрованием аминогрупп с помощью 1 М HCl. Выход реакции составил 95–97%. НЧ Si~NH2 ранее изучены физико-химическими методами: динамическое светорассеяние, ультрафиолетовая, инфракрасная спектроскопия, просвечивающая и атомно-силовая микроскопия [15].

Молекулы РНК иммобилизовали на НЧ АПС [16] благодаря электростатическому взаимодействию между отрицательно заряженными межнуклеотидными фосфатными группами в олигорибонуклеотидах (p) и положительно заряженными аминогруппами (NH2) в НЧ. Нанокомплексы с одно- и двухцепочечной РНК (соответственно Si~NH2/RNA и Si~NH2/siRNA) получали при смешивании RNA или siRNA с 0,26 М Si~NH2 в воде при условии, что соотношение NH2/p составляло 50 (мы учитывали количество фосфатных групп только в одной цепи). Размер и дзета-потенциал полученных НЧ АПС и нанокомплексов с молекулами РНК измеряли методом динамического светорассеяния на приборе «Zetasizer Nano ZS Plus» («Malvern»).

Анализ токсичности наночастиц и нанокомплексов в культуре клеток MDCK

Образцы в среде DMEM (0,1 мл в концентрациях 5–50 мкМ для siRNA или 5–50 мМ для Si~NH2) вносили в лунки 96-луночных планшетов с клетками MDCK. В качестве контроля использовали клетки в 0,1 мл поддерживающей среды DMEM. После инкубации клеток в течение 2 дней при 37ºC и 5% CO2 культуральную среду удаляли и в каждую лунку вносили МТТ-краситель (3-[4,5-диметилтиазол-2-ил]-2,5-дифенилтетразолийбромид) в буфере FSB-D (фосфатная соль Дульбекко; 0,075 мл, 1 мг/мл). Клетки инкубировали в течение 90 мин при 37ºC, после чего удаляли раствор красителя и добавляли диметилсульфоксид (0,1 мл). После инкубации в течение 10 мин измеряли оптическую плотность в каждой лунке на спектрофотометре «Emax» («Molecular Devices») при длине волны 540 нм, что является показателем количества жизнеспособных клеток в монослое.

Зависимость оптической плотности от концентрации исследуемого образца была представлена в полулогарифмических координатах, а 50% цитотоксическая концентрация (CC50) каждого образца была рассчитана с помощью компьютерной программы «SoftMaxPro-4.0».

Противовирусная активность нанокомплексов

Вирус A/chicken/Kurgan/05/2005 (H5N1) выращивали в аллантоисной полости 10-дневных куриных эмбрионов при 37ºC. Аллантоисную жидкость собирали в течение 48 ч после инокуляции вируса и хранили при –80ºC. Клетки MDCK высевали из расчёта 105 клеток/мл в питательной среде DMEM, содержащей 10% эмбриональной телячьей сыворотки («Gibco»), в 96-луночные планшеты (100 мкл/лунку) и инкубировали при 37ºC, 5% CO2 и 100% влажности. После достижения ~80% монослоя среду удаляли и в лунки добавляли образцы Si~NH2, Si~NH2/RNA и Si~NH2/siRNA в концентрации 0,5 мМ (в отношении Si~NH2, что соответствует 0,5 мкМ в отношении РНК или siRNA) в 100 мкл среды DMEM. Контрольным образцом была та же среда без нанокомплексов. В качестве препарата сравнения использовали озельтамивир в концентрации 10 мкг/мл.

Для экспериментов по исследованию дозозависимости противовирусной активности нанокомплексов Si~NH2/siRNA их концентрация изменялась в диапазоне 0,01–1,00 мкМ (в отношении siRNA).

Клетки инкубировали в присутствии образцов при 37ºC, 5% CO2 и 100% влажности в течение 4 ч с последующей промывкой клеток той же средой. Затем клетки инфицировали вирусом A/H5N1 в содержащей трипсин (2 мкг/мл) среде DMEM (по 100 мкл в каждую лунку) при множественности заражения 0,01 50% тканевой цитопатической дозы (ТЦД50) на 1 мл. После адсорбции вируса в течение 1 ч при комнатной температуре среду, содержащую вирус, удаляли, клетки промывали средой DMEM без трипсина и добавляли ту же среду, содержащую трипсин, в каждую лунку по 100 мкл. После инкубации в течение 48 ч последовательные 10-кратные разведения (от 10–1 до 10–8) культуральной жидкости, содержащей вирус, из каждой лунки наносили на клетки MDCK с повторной инкубацией в течение 48 ч для последующей оценки титра вируса. Наличие цитопатического действия регистрировали под микроскопом и в реакции гемагглютинации с 1% суспензией куриных эритроцитов. Титр вируса выражали в единицах lg ТЦД50/мл. Для оценки зависимости ингибирования вируса от концентрации нанокомплексов рассчитывали процент подавления продукции вируса по формуле: (AB)/A, где А — титр вируса в контроле (без образца) в ТЦД50/мл; B — титр вируса в эксперименте (с образцом) в ТЦД50/мл.

Статистический анализ

Статистический анализ проводили с использованием программы «Statistica v. 12» («StatSoft Inc.»). Титр вируса в контроле и эксперименте (соответственно без или с экспериментальными образцами) рассчитывали с использованием метода Спирмена–Кербера и выражали в lg ТЦД50/мл. Различия между результатами с экспериментальными и контрольными образцами считали значимыми при р ≤ 0,05.

Результаты и обсуждение

НЧ диоксида кремния рассматриваются как перспективные носители для доставки НК в клетки [17]. Чаще всего для иммобилизации НК и их фрагментов используются амино-модифицированные Si-НЧ. Мы синтезировали неагломерированные НЧ АПС (гидродинамический диаметр — ~1 нм, дзета-потенциал — ~10 мВ) [15].

Малый размер частиц Si~NH2 обеспечивает получение водорастворимых препаратов. Характеристика НЧ АПС с помощью физико-химических методов описана в нашей предыдущей работе [15]. Показано, что полученные НЧ не склонны к агломерации и могут храниться в течение нескольких месяцев.

Нанокомплексы Si~NH2/RNA и Si~NH2/siRNA получены путём электростатического взаимодействия между отрицательно заряженными межнуклеотидными фосфатными группами в РНК и siRNA и положительно заряженными протонированными аминогруппами в НЧ Si~NH2. Добавление отрицательно заряженных молекул siRNA к НЧ приводит к изменению дзета-потенциала с ~(+10 мВ) до ~(–30 мВ) и размера частиц с ~1 нм до ~200 нм, что свидетельствует об образовании нанокомплексов.

В качестве мишени для РНК и siRNA мы выбрали сегмент 5 вируса гриппа А, кодирующий нуклеопротеин, который играет ключевую роль во встраивании вирусного генома в клеточное ядро инфицированного организма, способствуя таким образом дальнейшей репликации и сборке вирусных частиц [18]. Для воздействия siRNA была выбрана область вблизи 3'-конца этого сегмента, начинающаяся с нуклеотида 1496, которая является консервативной и уязвимой к действию siRNA [19–21].

Мы синтезировали 2 нативных (RNA1 и RNA2) и 8 модифицированных (RNA–RNA10) олигорибонуклеотидов, содержащих ТТ на 3'-конце (табл. 1). Цепи RNA3 и RNA4 содержат TT на 3’-конце; RNA5 и RNA6 содержат, кроме TT на 3'-конце, 2'-OMe группы в сайте U*A в центре цепей. Присутствие группы 2'-O-Me в этих сайтах повышает устойчивость к сывороточным нуклеазам, тем самым поддерживая интерференционную способность siRNA [22] и обеспечивая долгосрочное подавление экспрессии генов-мишеней [23]. Цепь RNA7 содержит 2’-O-Me группы во всех положениях и 2 межнуклеотидные тиофосфатные группы на обоих концах. Цепь RNA8 отличается от RNA7 наличием 3 последовательных 2’-F групп в положениях 9–11 от 5’-конца. Олигорибонуклеотиды RNA2, RNA4, RNA6 и RNA8 являются смысловыми цепями, а RNA1, RNA3, RNA5 и RNA7 — антисмысловыми цепями, т.е. направленными на (–)РНК и (+)РНК вирусного генома соответственно, RNA9 и RNA10 являются составными цепями для siRNA, направленной на мРНК зелёного флуоресцентного белка (green fluorescent protein, GFP) [20].

 

Таблица 1. Олигорибонуклеотиды, используемые в данной работе

Table 1. Oligoribonucleotides used in this study

Цепь РНК | RNA chain

Нуклеотидная последовательность, 5’–3’

Nucleotide sequence, 5'-3'

RNA1

Антисмысловая | Antisense

CUCCGAAGAAAUAAGAUCC

RNA2

Смысловая | Sense

GGAUCUUAUUUCUUCGGAG

RNA3

Антисмысловая | Antisense

CUCCGAAGAAAUAAGAUCCTT

RNA4

Смысловая | Sense

GGAUCUUAUUUCUUCGGAGTT

RNA5

Антисмысловая | Antisense

CUCCGAAGAAAU*AAGAUCCTT

RNA6

Смысловая | Sense

GGAUCUU*AUUUCUUCGGAGTT

RNA7

Антисмысловая | Antisense

C*PSU*PSC*C*G*A*A*G*A*A*A*U*A*A*G*A*U*C*C*PSTPST

RNA8

Смысловая | Sense

G*PSG*PSA*U*U*U#A*U#U#U#C*U*U*C*G*G*A*G*PSTPST

Примечание. *2’-O-метильная группа; #2’-фтор группа; PS — межнуклеотидная тиофосфатная группа; символ d для обозначения дезоксириботимидина опущен.

Note. *2'-O-methyl group; #2'-fluoro group; PS — internucleotide thiophosphate group; symbol d for deoxyribotimidine has been omitted.

 

Синтезированные РНК были использованы для получения нанокомплексов Si~NH2/RNA на основе неагломерированных НЧ АПС. Исследована их биологическая активность на примере подавления репликации вируса A/H5N1 в инфицированных клетках MDCK при множественности заражения 0,01 ТЦД50/кл. Полученные результаты свидетельствуют о том, что все одноцепочечные олигорибонуклеотиды (как смысловые, так и антисмысловые цепи) в составе нанокомплексов Si~NH2/RNA подавляли репликацию вируса гриппа А/H5N1 на 0,7–1,3 порядка — в 5–20 раз (рис. 1, столбцы 18).

 

Рис. 1. Титры вируса гриппа A/chicken/Kurgan/05/2005 (H5N1) после инкубирования клеток MDCK с нанокомплексами Si~NH2/RNA и Si~NH2/siRNA.

С — контроль вируса без образцов. 18 — нанокомплексы Si~NH2/RNA, содержащие RNA1–RNA8 (концентрация РНК в нанокомплексах 0,5 мкМ); 912 — нанокомплексы Si~NH2/siRNA, содержащие siRNA1/4, siRNA3/4, siRNA5/4 и siRNA7/4 (концентрация siRNA в нанокомплексах 0,5 мкМ в расчёте на одну цепь); 13 — озельтамивир (10 мкг/мл или 32 мкМ); 14 — Si~NH2 (концентрация частиц 0,5 мМ); 15 — Si~NH2/siRNA9/10 (нанокомплекс, содержащий неспецифическую (для вируса гриппа А) siRNA9/10). Множественность заражения — 0,01 ТЦД50/кл. Представленные средние значения, стандартные отклонения и отличия величин титров вируса рассчитаны по методу Спирмена–Кербера. *р ≤ 0,05 по сравнению с контролем.

Fig. 1. Titers of A/chicken/Kurgan/05/2005 (H5N1) virus in MDCK cells after their incubation of with Si~NH2/RNA and Si~NH2/siRNA nanocomplexes.

C, virus control without samples. Si~NH2/RNA nanocomplexes containing RNA1–RNA8 (1–8), concentration of RNA in nanocomplexes is 0.5 µM; Si~NH2/siRNA nanocomplexes containing siRNA1/4, siRNA3/4, siRNA5/4 and siRNA7/4 (9–12), concentration of siRNA in nanocomplexes is 0.5 µM per one strand; ozeltamivir (13), 10 µg/mL or 32 µM; Si~NH2 (14), 0.5 mM; Si~NH2/siRNA9/10, nanocomplex containing unspecific siRNA9/10 (15). MOI, 0.01 TCID50/cell. The presented average values, standard deviations and differences in the titer values of the virus are calculated using the Spearman–Kerber method. Asterisks designate the difference between the control and the titer values of the virus obtained under the action of the studied series of nanocomplexes, at p < 0.05.

 

Из 4 исследованных смысловых цепей мы выбрали RNA4, несущую дезоксидинуклеотид ТТ на 3’-конце для защиты от экзонуклеаз, как наиболее активную и сформировали 4 молекулы siRNA со всеми возможными антисмысловыми цепями (RNA1/4, RNA3/4, RNA5/4 и RNA7/4). Все siRNA являются дуплексами с одинаковой нуклеотидной последовательностью и разной модификацией нуклеозидных звеньев. Эффективность исследованных siRNA оказалась существенно выше по сравнению с одноцепочечными олигорибонуклеотидами (рис. 1). Нанокомплексы Si~NH2/siRNA, содержащие siRNA1/4, siRNA3/4, siRNA5/4 и siRNA7/4, подавляли репликацию вируса A/H5N1 на 2,3–2,8 порядка — в 200–630 раз. Нанокомплексы Si~NH2/siRNA9/10, содержащие неспецифическую для вируса гриппа А siRNA9/10, практически не подавляли репликацию вируса гриппа А (рис. 1), что свидетельствует о высокой специфичности воздействия созданных нанокомплексов Si~NH2/siRNA на вирус гриппа A/chicken/Kurgan/05/2005.

Главная причина отличия в эффективности siRNA и олигорибонуклеотидов заключается в разном механизме их действия. Известно, что олигодезоксинуклеотиды и siRNA подавляют функции целевых РНК за счёт комплементарных взаимодействий с РНК-мишенью с её последующей деградацией клеточными РНКазами (соответственно РНКазы-H1 и AGO2) [24–26], что в итоге приводит к утрате функций целевых РНК. Одноцепочечные РНК-фрагменты могут формировать комплементарные комплексы с РНК-мишенью, но не вызывают деградации целевой РНК. Молекула siRNA сначала связывается с комплексом (RISC), затем удаляется смысловая (пассажирская) цепь. Нуклеаза AGO2 и оставшаяся антисмысловая цепь в составе комплекса RISC находят целевую РНК-мишень, и AGO2 расщепляет её. AGO2 сохраняет антисмысловую цепь в течение некоторого времени в составе комплекса RISC для дальнейших реакций [27–29].

Известно, что siRNA быстро гидролизуются клеточными нуклеазами, для защиты от которых используют различные модификации. Следует отметить, что даже минимально модифицированные siRNA1/4 и siRNA3/4, доставленные в клетки в составе нанокомлексов с НЧ, весьма эффективно подавляли репликацию вируса (на 2,3 порядка, ~ в 200 раз). Это означает, что в составе нанокомплекса Si~NH2/siRNA НЧ АПС защищают siRNA от клеточных нуклеаз. Самый активный нанокомплекс Si~NH2/siRNA5/4 подавлял репликацию вируса почти на 3 порядка.

Противовирусная активность исследованных нанокомплексов Si~NH2/siRNA была сравнима с активностью озельтамивира (наиболее часто используемого препарата сравнения при исследовании воздействия на вирус гриппа А), но при гораздо меньшей концентрации активного компонента (0,5 мкМ для siRNA и 32 мкМ для озельтамивира). НЧ Si~NH2, как и следовало ожидать, не приводили к подавлению репликации вируса.

Наиболее активный нанокомплекс Si~NH2/siRNA5/4 охарактеризован более подробно. Мы оценили влияние siRNA, НЧ Si~NH2 в свободном состоянии и в составе нанокомплекса Si~NH2/siRNA5/4 на выживаемость незаражённых клеток MDCK (рис. 2). Не связанная с НЧ siRNA5/4, как и следовало ожидать, оказалась нетоксичной в исследуемом диапазоне концентраций. Цитотоксичность нанокомплекса Si~NH2/siRNA5/4 совпадает с токсичностью НЧ Si~NH2. Следовательно, можно сделать вывод о том, что цитотоксичность нанокомплексов определяется токсичностью входящих в них НЧ. Цитотоксическая концентрация препарата, при которой разрушается 50% клеток в неинфицированном монослое, определённая из данных рис. 2, составила 38 мМ в расчёте на Si~NH2 и 38 мкМ в расчёте на siRNA.

 

Рис. 2. Жизнеспособность клеток MDCK при обработке образцами siRNA и Si~NH2 в свободном состоянии и в составе нанокомплекса Si~NH2/siRNA.

1 — siRNA5/4; 2 — Si~NH2; 3 — Si~NH2/siRNA5/4. На оси абсцисс приведена концентрация siRNA в свободном состоянии или в составе нанокомплекса (мкМ) и наночастиц Si~NH2 в свободном состоянии или в составе нанокомплекса (мМ). На оси ординат приведена оптическая плотность раствора MTT.

Fig. 2. Viability of MDCK cells when treated with siRNA and Si~NH2 samples in the free state and as part of the Si~NH2/siRNA nanocomplex.

1, siRNA5/4; 2, Si~NH2; 3, Si~NH2/siRNA5/4. The x-axis shows the concentration of siRNA in the free state or as part of a nanocomplex (µM) and Si~NH2 nanoparticles in the free state or as part of a nanocomplex (mM). The y-axis shows optical density of the MTT solution.

 

В таблице 2 приведены результаты подавления продукции вируса гриппа в зависимости от концентрации нанокомплекса Si~NH2/siRNA5/4 в среде культивирования клеток с вирусом гриппа.

 

Таблица 2. Зависимость противовирусной активности нанокомплекса Si~NH2/siRNA5/4 от концентрации siRNA при множественности заражения 0,01 ТЦД50/кл

Table 2. Dependence of antiviral activity of Si~NH2/siRNA5/4 nanocomplex on siRNA concentration with MOI 0.01 TCID50/cell

Концентрация siRNA5/4 в нанокомплексе, мкМ

Concentration of siRNA5/4 in nanocomplex, µM

Инфекционный титр вируса гриппа lgТЦД50/мл

Infection titer of influenza A virus lgTCID50/mL

Подавление продукции вируса гриппа, %

Inhibition of influenza A virus replication, %

1,00

4,50

99,99

0,50

5,75

99,82

0,10

7,00

97

0,05

7,50

90

0,01

7,50

90

Контроль вируса | Virus control

8,50

 

Показано, что в диапазоне концентраций siRNA5/4 в нанокомплексе Si~NH2/siRNA5/4 от 0,01 до 1,00 мкМ подавление продукции вируса гриппа составляло 90,00–99,99%.

Заключение

Полученные результаты свидетельствуют о том, что НЧ АПС могут быть использованы для доставки siRNA в клетки в составе нанокомплексов Si~NH2/siRNA. Цитотоксичность нанокомплекса Si~NH2/siRNA5/4 определяется токсичностью НЧ Si~NH2. Цитотоксическая концентрация препарата, при которой разрушается 50% клеток в неинфицированном монослое, для нанокомплекса Si~NH2/siRNA5/4 составила 38 мМ в расчёте на Si~NH2 и 38 мкМ в расчёте на siRNA. Нанокомплекс Si~NH2/siRNA9/10, содержащий неспецифическую для вируса гриппа А siRNA9/10, был полностью неактивен. Это свидетельствует о селективности действия нанокомплексов Si~NH2/siRNA, несущих siRNA1/4, siRNA3/4, siRNA5/4 и siRNA7/4, специфических к mRNA вируса гриппа. Таким образом, показано успешное использование предложенных нанокомплексов, содержащих siRNA, нацеленных на выбранный участок 5-го сегмента мРНК вирусного генома, для подавления продукции вируса A/H5N1 в клеточной системе. Наиболее эффективный нанокомплекс Si~NH2/siRNA5/4 снижал репликацию вируса гриппа А в культуре клеток почти на 3 порядка.

×

Об авторах

Марина Николаевна Репкова

Институт химической биологии и фундаментальной медицины

Email: zarytova@niboch.ncs.ru
ORCID iD: 0000-0002-7108-9036

к. х. н., н. с. лаб. нуклеиновых кислот

Россия, Новосибирск

Ася Сауловна Левина

Институт химической биологии и фундаментальной медицины

Email: zarytova@niboch.ncs.ru
ORCID iD: 0000-0003-2423-3805

к. х. н., с. н. с. лаб. нуклеиновых кислот

Россия, Новосибирск

Олег Юрьевич Мазурков

Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»

Email: zarytova@niboch.ncs.ru
ORCID iD: 0000-0001-8164-4091

к. б. н., н. с. отдела профилактики и лечения особо опасных инфекций

Россия, Кольцово

Елена Викторовна Макаревич

Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»

Email: zarytova@niboch.ncs.ru
ORCID iD: 0000-0002-5146-8979

н. с. отдела профилактики и лечения особо опасных инфекций

Россия, Кольцово

Екатерина Игоревна Филиппова

Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»

Email: zarytova@niboch.ncs.ru
ORCID iD: 0000-0001-9554-4462

к. б. н., н. с. отдела профилактики и лечения особо опасных инфекций

Россия, Кольцово

Наталья Алексеевна Мазуркова

Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»

Email: zarytova@niboch.ncs.ru
ORCID iD: 0000-0002-1896-2684

д. б. н., в. н. с. отдела профилактики и лечения особо опасных инфекций

Россия, Кольцово

Валентина Филипповна Зарытова

Институт химической биологии и фундаментальной медицины

Автор, ответственный за переписку.
Email: zarytova@niboch.ncs.ru
ORCID iD: 0000-0002-9579-9972

д. х. н., г. н. с. лаб. нуклеиновых кислот

Россия, Новосибирск

Список литературы

  1. Belgrad J., Fakih H.H., Khvorova A. Nucleic acid therapeutics: successes, milestones, and upcoming innovation. Nucl. Acid Ther. 2024;34(2):52–72. DOI: https://doi.org/10.1089/nat.2023.0068
  2. Singh L., Kruger H.G., Maguire G.E.M., et al. The role of nanotechnology in the treatment of viral infections. Ther. Adv. Infect. Dis. 2017;4(4):105–31. DOI: https://doi.org/10.1177/2049936117713593
  3. Springer A.D., Dowdy S.F. GalNAc-siRNA conjugates: leading the way for delivery of RNAi therapeutics. Nucl. Acid Ther. 2018;28(3):109–19. DOI: https://doi.org/10.1089/nat.2018.0736
  4. Adesina S.K., Akala E.O. Nanotechnology approaches for the delivery of exogenous siRNA for HIV therapy. Mol. Pharm. 2015;12(12):4175–87. DOI: https://doi.org/10.1021/acs.molpharmaceut.5b00335
  5. Anwar S., Mir F., Yokota T. Enhancing the effectiveness of oligonucleotide therapeutics using cell-penetrating peptide conjugation, chemical modification, and carrier-based delivery strategies. Pharmaceutics 2023;15(4):1130. DOI: https://doi.org/10.3390/pharmaceutics15041130
  6. Kaczmarek J.C., Kowalski P.S., Anderson D.G. Advances in the delivery of RNA therapeutics: from concept to clinical reality. Genome Med. 2017;9(1):60. DOI: https://doi.org/10.1186/s13073-017-0450-0
  7. Uchida S., Perche F., Pichon C., Cabral H. Nanomedicine-based approaches for mRNA delivery. Mol. Pharm. 2020;17(10):3654–84. DOI: https://doi.org/10.1021/acs.molpharmaceut.0c00618
  8. Hajj K.A., Whitehead K.A. Tools for translation: non-viral materials for therapeutic mRNA delivery. Nat. Rev. Mater 2017;2(10): 1–17. DOI: https://doi.org/10.1038/natrevmats.2017.56
  9. Sato Y., Okabe N., Note Y., et al. Hydrophobic scaffolds of pH-sensitive cationic lipids contribute to miscibility with phospholipids and improve the efficiency of delivering short interfering RNA by small-sized lipid nanoparticles. Acta Biomater. 2020;102(15):341–50. DOI: https://doi.org/10.1016/j.actbio.2019.11.022
  10. Cox A., Lim S.A., Chung E.J. Strategies to deliver RNA by nanoparticles for therapeutic potential. Mol. Aspect. Med. 2022;83:100991. DOI: https://doi.org/10.1016/j.mam.2021.100991
  11. Levina A.S., Repkova M.N., Netesova N.A., et al. Substantial antiviral potential of deoxyribozymes fixed on anatase nanoparticles against influenza A viruses in vitro and in vivo. J. Pharm. Sci. 2024;113(5):1202–8. DOI: https://doi.org/10.1016/j.xphs.2023.10.028
  12. Repkova M.N., Levina A.S., Ismagilov Z.R., et al. Effective inhibition of newly emerged A/H7N9 virus with oligonucleotides targeted to conserved regions of the virus genome. Nucleic Acid Ther. 2021;31(6):436–42. DOI: https://doi.org/10.1089/nat.2021.0061
  13. Levina A., Repkova M., Shikina N., et al. Pronounced therapeutic potential of oligonucleotides fixed on inorganic nanoparticles against highly pathogenic H5N1 influenza A virus in vivo. Eur. J. Pharm. Biopharm. 2021;162:92–8. DOI: https://doi.org/10.1016/j.ejpb.2021.03.006
  14. Levina A., Repkova M., Kupryushkin M., et al. In vivo hypotensive effect of aminosilanol-based nanocomposites bearing antisense oligonucleotides. J. Drug Deliv. Sci. Technol. 2022;75:103612. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jddst.2022.103612
  15. Levina A.S., Repkova M.N., Shikina N.V., et al. Non-agglomerated silicon–organic nanoparticles and their nanocomplexes with oligonucleotides: synthesis and properties. Beilstein J. Nanotechnol. 2018;9:2516–25. DOI: https://doi.org/10.3762/bjnano.9.234
  16. Репкова М.Н., Мазурков О.Ю., Филиппова E.И. и др. Олигорибонуклеотид-содержащие нанокомплексы на основе наночастиц аминопропилсиланола как эффективные ингибиторы репликации вируса гриппа А. Вестник Московского университета. Серия 16: Биология. 2023;78(4): 267–72. Repkova M.N., Mazurkov O.YU., Filippova E.I., et al. Oligoribonucleotide-containing nanocomplexes based on aminopropylsilanol nanoparticles as effective inhibitors of influenza A virus replication. Herald of Moscow University. Series 16: Biology. 2023;78(4):267–72. DOI: https://doi.org/10.55959/MSU0137-0952-16-78-4-8 EDN: https://elibrary.ru/bqvsft
  17. Liu Y., Lou C., Yang H., et al. Silica nanoparticles as promising drug/ gene delivery carriers and fluorescent nano-probes: recent advances. Curr. Cancer Drug Targets. 2011;11(2):156–63. DOI: https://doi.org/10.2174/156800911794328411
  18. Portela A., Digard P. The influenza virus nucleoprotein: a multifunctional RNA-binding protein pivotal to virus replication. J. Gen. Virol. 2002;83(Pt. 4):723–34. DOI: https://doi.org/10.1099/0022-1317-83-4-723
  19. Ge Q., McManus M.T., Nguyen T., et al. RNA interference of influenza virus production by directly targeting mRNA for degradation and indirectly inhibiting all viral RNA transcription. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2003;100(5):2718–23. DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.0437841100
  20. Khantasup K., Kopermsub P., Chaichoun K., Dharakul T. Targeted small interfering RNA-immunoliposomes as a promising therapeutic agent against highly pathogenic Avian Influenza A (H5N1) virus infection. Antimicrob. Agents Chemother. 2014;58(5):2816–24. DOI: https://doi.org/10.1128/AAC.02768-13
  21. Stoppani E., Bassi I., Dotti S., et al. Expression of a single siRNA against a conserved region of NP gene strongly inhibits in vitro replication of different influenza A virus strains of avian and swine origin. Antiviral. Res. 2015;120:16–22. DOI: https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2015.04.017
  22. Volkov A.A., Kruglova N.S., Meschaninova M.I., et al. Selective protection of nuclease-sensitive sites in siRNA prolongs silencing effect. Oligonucleotides. 2009;19(2):191–202. DOI: https://doi.org/10.1089/oli.2008.0162
  23. Petrova Kruglova N.S., Meschaninova M.I., Venyaminova A.G., et al. 2′-O-methyl-modified anti-MDR1 fork-siRNA duplexes exhibiting high nuclease resistance and prolonged silencing activity. Oligonucleotides. 2010;20(6):297–308. DOI: https://doi.org/10.1089/oli.2010.0246
  24. Anwar S., Mir F., Yokota T. Enhancing the effectiveness of oligonucleotide therapeutics using cell-penetrating peptide conjugation, chemical modification, and carrier-based delivery strategies. Pharmaceutics. 2023;15(4):1130. DOI: https://doi.org/10.3390/pharmaceutics15041130
  25. Crooke S.T., Baker B.F., Crooke R.M., Liang X.H. Antisense technology: an overview and prospectus. Nat. Rev. Drug Discov. 2021;20(6):427–53. DOI: https://doi.org/10.1038/s41573-021-00162-z
  26. Fàbrega C., Aviñó A., Navarro N., et al. Lipid and peptide-oligonucleotide conjugates for therapeutic purposes: from simple hybrids to complex multifunctional assemblies. Pharmaceutics. 2023;15(2):320. DOI: https://doi.org/10.3390/pharmaceutics15020320
  27. Setten R.L., Rossi J.J., Han S.P. The current state and future directions of RNAi-based therapeutics. Nat. Rev. Drug Discov. 2019;18(6):421–46. DOI: https://doi.org/10.1038/s41573-019-0023-6.
  28. Chernikov I.V., Vlassov V.V., Chernolovskaya E.L. Current development of siRNA bioconjugates: from research to the clinic. Front. Pharmacol. 2019;11:444. DOI: https://doi.org/10.3389/fphar.2019.00444
  29. Anguela X.M., High K.A. Entering the modern era of gene therapy. Annu. Rev. Med. 2019;70:273–88. DOI: https://doi.org/10.1146/annurev-med-012017-043332

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
2. Рис. 1. Титры вируса гриппа A/chicken/Kurgan/05/2005 (H5N1) после инкубирования клеток MDCK с нанокомплексами Si~NH2/RNA и Si~NH2/siRNA. С — контроль вируса без образцов. 1–8 — нанокомплексы Si~NH2/RNA, содержащие RNA1–RNA8 (концентрация РНК в нанокомплексах 0,5 мкМ); 9–12 — нанокомплексы Si~NH2/siRNA, содержащие siRNA1/4, siRNA3/4, siRNA5/4 и siRNA7/4 (концентрация siRNA в нанокомплексах 0,5 мкМ в расчёте на одну цепь); 13 — озельтамивир (10 мкг/мл или 32 мкМ); 14 — Si~NH2 (концентрация частиц 0,5 мМ); 15 — Si~NH2/siRNA9/10 (нанокомплекс, содержащий неспецифическую (для вируса гриппа А) siRNA9/10). Множественность заражения — 0,01 ТЦД50/кл. Представленные средние значения, стандартные отклонения и отличия величин титров вируса рассчитаны по методу Спирмена–Кербера. *р ≤ 0,05 по сравнению с контролем.

Скачать (373KB)
3. Рис. 2. Жизнеспособность клеток MDCK при обработке образцами siRNA и Si~NH2 в свободном состоянии и в составе нанокомплекса Si~NH2/siRNA. 1 — siRNA5/4; 2 — Si~NH2; 3 — Si~NH2/siRNA5/4. На оси абсцисс приведена концентрация siRNA в свободном состоянии или в составе нанокомплекса (мкМ) и наночастиц Si~NH2 в свободном состоянии или в составе нанокомплекса (мМ). На оси ординат приведена оптическая плотность раствора MTT.

Скачать (292KB)

© Репкова М.Н., Левина А.С., Мазурков О.Ю., Макаревич Е.В., Филиппова Е.И., Мазуркова Н.А., Зарытова В.Ф., 2024

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах