МЕТОДИКА ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ СЕРОГРУПП А, B, С И W NEISSERIA MENINGITIDIS МЕТОДОМ ПЦР В РЕЖИМЕ РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель. Разработка и испытание методики ПЦР в режиме реального времени для выявления ДНК Neisseria meningitidis серогрупп А, B, C и W. Материалы и методы. В исследовании были использованы референсные штаммы и 187 образцов спинномозговой жидкости (СМЖ) от больных менингококковым менингитом. Мультиплексная ПЦР проводилась на приборе с пятью каналами флуоресцентной детекции. Результаты. Проведен анализ специфических серогрупповых локусов генома и дизайн олигонуклеотидов для детекции ДНК всех капсульных менингококков и 4 серогрупп по отдельности. Оптимизированы условия ПЦР; на референсных штаммах показана специфичность и оценена аналитическая чувствительность методики. При исследовании клинических образцов СМЖ обнаружена ДНК следующих серогрупп: А - в 103 образцах (55%), В - в 45 (24%), С - в 30 (16%), W - в 5 (3%). В 4 образцах найдена только ДНК менингококково-го капсульного гена ctrA; предположительно они содержали ДНК других серогрупп. Проведено мультилокусное секвенирование-типирование и выявление антигенных детерминант генов PorA и FetA для 27 образцов ДНК менингококков группы А, а также для ДНК 5 менингококков группы W и 4 негруппируемых. Заключение. Предлагаемая методика позволит проводить серогруппирование не менее 95% штаммов или образцов ДНК, выделенных из СМЖ больных менингококковой инфекцией. В сочетании с другими рекомендованными некультуральными методами генотипирования она должна быть полезной для комплексной характеристики патогенных менингококков.

Об авторах

К. О Миронов

Центральный НИИ эпидемиологии, Москва

А. Е Платонов

Центральный НИИ эпидемиологии, Москва

О. П Дрибноходова

Центральный НИИ эпидемиологии, Москва

В. И Кусева

Центральный НИИ эпидемиологии, Москва

Г. А Шипулин

Центральный НИИ эпидемиологии, Москва

Список литературы

  1. Королева И.С., Белошицкий Г.В., Королева М.А. и др. Менингококковая инфекция и гнойные бактериальные менингиты в Российской Федерации - десятилетнее эпидемиологическое наблюдение. Эпидемиол. инфекц. бол. Актуальные вопросы. 2013, 2: 15-20.
  2. Королева И.С., Демина А.А., Платонов А.Е. и др. Эпидемиологический надзор за гнойными бактериальными менингитами: материалы 20-летних наблюдений. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2003, 5 (12): 10-13.
  3. Миронов К.О., Платонов А.Е., Королева И.С. и др. Генетическая характеристика московских штаммов Neisseria meningitidis. Клин. микробиол. антимикроб. химиотер. 2011, 13 (2): 135-148.
  4. Миронов К.О., Шипулин Г.А., Королева И.С., Платонов А.Е. Генотипирование Neisseria meningitidis. Эпидемиол. инфекц. бол. 2009, 4: 18-21.
  5. Платонов А.Е., Шипулин Г.А., Королева И.С., Шипулина О.Ю. Перспективы диагностики бактериальных менингитов. Журн. микробиол. 1999, 2: 71-76.
  6. Платонов А.Е., Харит С.М., Платонова О.В. Вакцинопрофилактика менингококковой инфекции в мире и в России. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2009, 5 (48): 32-46.
  7. Покровский В.И., Фаворова Л.А., Костюкова Н.Н. Менингококковая инфекция. М., Медицина, 1976.
  8. Родионова Е.Н., Платонов А.Е., Венгеров Ю.Я. и др. Определение концентрации ДНК Neisseria meningitidis методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени для оценки тяжести и прогноза течения менингококкового менингита. Эпидемиол. инфекц. бол. 2007, 5: 60-61.
  9. Тютюнник Е.Н. Использование полимеразной цепной реакции для диагностики и прогнозирования течения менингитов: Автореф. дис. канд. мед. наук. М., 2001.
  10. Achtman M, van der Ende A., Zhu P. et al. Molecular epidemiology of serogroup A meningitis in Moscow, 1969 to 1997. Emerg. Infect. Dis. 2001, 7 (3): 420-427.
  11. Borrow R., Claus H., Guiver M. et al. Non-culture diagnosis and serogroup determination of meningococcal B and C infection by a sialyltransferase (siaD) PCR ELISA. Epidemiol. Infect. 1997, 118 (2): 111-117.
  12. Brouwer M.C., Tunkel A.R., van de Beek D. Epidemiology, diagnosis, and antimicrobial treatment of acute bacterial meningitis. Clin. Microbiol. Rev. 2010, 23 (3): 467-492.
  13. Fox A.J., Taha M.K., \bgel U. Standardized nonculture techniques recommended for European reference laboratories. FEMS Microbiol. Rev. 2007, 31 (1): 84-88.
  14. Fraisier C., Stor R., Tenebray B. et al. Use of a new single multiplex PCR-based assay for direct simultaneous characterization of six Neisseria meningitidis serogroups. J. Clin. Microbiol. 2009, 47 (8): 2662-2666.
  15. Gray S.J., Trotter C.L., Ramsay M.E. et al. Epidemiology of meningococcal disease in England and Wales 1993/94 to 2003/04: contribution and experiences of the Meningococcal Reference Unit. J. Med. Microbiol. 2006, 55 (7): 887-896.
  16. Harrison O.B., Brueggemann A.B., Caugant D.A. et al. Molecular typing methods for outbreak detection and surveillance of invasive disease caused by Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae and Streptococcus pneumoniae, a review. Microbiology. 2011, 157 (Pt 8): 21812195.
  17. Harrison O.B., Claus H., Jiang Y et al. Description and nomenclature ofNeisseria meningitidis capsule locus. Emerg. Infect. Dis. 2013, 19 (4): 566-573.
  18. Jolley K.A., Hill D.M., Bratcher H.B. et al. Resolution of a meningococcal disease outbreak from whole-genome sequence data with rapid Web-based analysis methods. J. Clin. Microbiol. 2012, 50 (9): 3046-3053.
  19. Molling P., Jacobsson S., Backman A., Olcen P. Direct and rapid identification and genogroup-ing of meningococci and porA amplification by LightCycler PCR. J. Clin. Microbiol. 2002, 40 (12): 4531-4535.
  20. Mothershed E.A., Sacchi C.T., Whitney A.M. Use of real-time PCR to resolve slide agglutination discrepancies in serogroup identification of Neisseria meningitidis. J. Clin. Microbiol. 2004, 42 (1): 320-328.
  21. Munoz-Almagro C., Rodriguez-Plata M.T., Marin S. et al. Polymerase chain reaction for diagnosis and serogrouping of meningococcal disease in children. Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 2009, 63 (2): 148-154.
  22. Papavasileiou K., Papavasileiou E., Tzanakaki G. et al. Acute bacterial meningitis cases diagnosed by culture and PCR in a children’s hospital throughout a 9-Yfear period (2000-2008) in Athens, Greece. Mol. Diagn. Ther. 2011, 15 (2): 109-113.
  23. Taha M.K., Alonso J.M., Cafferkey M. et al. Interlaboratory comparison of PCR-based identification and genogrouping of Neisseria meningitidis. J. Clin. Microbiol. 2005, 43 (1): 144149.
  24. Wang X., Theodore M.J., Mair R. et al. Clinical validation of multiplex real-time PCR assays for detection of bacterial meningitis pathogens. J. Clin. Microbiol. 2012, 50 (3): 702-708.
  25. Zhu H., Wang Q., Wen L. et al. Development of a multiplex PCR assay for detection and genogrouping of Neisseria meningitides. J. Clin. Microbiol. 2012, 50 (1): 46-51.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Миронов К.О., Платонов А.Е., Дрибноходова О.П., Кусева В.И., Шипулин Г.А., 2014

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах