Отправить статью по E-mail АЛГОРИТМ ИДЕНТИФИКАЦИИ ТОКСИГЕННЫХ ГЕНЕТИЧЕСКИ ИЗМЕНЕННЫХ ШТАММОВ VIBRIO CHOLERAE БИОВАРА ЭЛЬ ТОР
- Авторы: Смирнова Н.И1, Агафонов Д.А1, Заднова С.П1, Черкасов А.В1, Кутырев В.В1
-
Учреждения:
- Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов
- Выпуск: Том 91, № 2 (2014)
- Страницы: 36-46
- Раздел: Статьи
- Дата подачи: 09.06.2023
- Дата публикации: 15.04.2014
- URL: https://microbiol.crie.ru/jour/article/view/13931
- ID: 13931
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Цель. Разработка алгоритма идентификации генетически измененных штаммов Vibrio cholerae биовара Эль Тор, обеспечивающего установление серогруппы, серовара и биовара исследуемого изолята на основе фено- и генотипических свойств, выявление генетически измененных штаммов возбудителя холеры Эль Тор, их дифференциацию по эпидемическому потенциалу, а также оценку вариабельности ключевых генов патогенности. Материалы и методы. Комплексный анализ 28 природных штаммов V. cholerae проводили с помощью традиционных микробиологических методов, ПЦР и фрагментарного секвенирования. Результаты. Разработан алгоритм идентификации токсигенных генетически измененных штаммов V. cholerae биовара Эль Тор, включающий 4 этапа: определение серогруппы, серовара и биовара на основе фенотипических свойств, подтверждение серогруппы и биовара на основе молекулярно-генетических свойств, определение принадлежности штаммов к генетически измененным, дифференциация генетически измененных штаммов по их эпидемическому потенциалу и выявление полиморфизма ключевых генов патогенности ctxB и tcpA. Алгоритм основан на использовании традиционных микробиологических методов, ПЦР и секвенирования фрагментов генов. Заключение. Применение разработанного алгоритма повысит эффективность выявления генетически измененных вариантов возбудителя холеры Эль Тор, их дифференциацию по эпидемическому потенциалу и обеспечит установление полиморфизма генов, кодирующих ключевые факторы патогенности, для выяснения источника происхождения штаммов и возможных путей заноса инфекции.
Ключевые слова
Об авторах
Н. И Смирнова
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов
Д. А Агафонов
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов
С. П Заднова
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов
А. В Черкасов
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов
В. В Кутырев
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов
Список литературы
- Методические указания «Лабораторная диагностика холеры». МУК 4.2.2218-07. М., Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора, 2007.
- Смирнова Н.И., Горяев А.А., Шубина А.В. и др. Способ идентификации токсигенных штаммов V. cholerae O1, определения их биовара и дифференциации штаммов биовара эльтор на типичные и измененные методом мультиплексной полимеразной цепной реакции, и тест-система для его осуществления. Патент РФ №2458141, опубликован 05.03.2012.
- Шашкова А.В., Горяев А.А., Смирнова Н.И. Строение и функциональная роль CRISPR-системы бактерий. Проблемы особо опасных инфекций. 2011, 2 (108): 49-52.
- Chow K.H., Ng T.K., Yuen K.Y, Yam WC. Detection of RTX toxin gene in Vibrio cholerae by PCR. J. Clin. Microbiol. 2001, 39: 2594-2597.
- Goel A.K., Ponmariappan S., Kamboj D.V., Singh L. Single multiplex polymerase chain reaction for environmental surveillance of toxigenic-pathogenic O1 and non-O1 Vibrio cholerae. Folia Microbiol. (Praha). 2007, 52: 81-85.
- Grim C.J., Hasan N.A., Taviani E. et al. Genome Sequence of Hybrid Vibrio cholera O1 MJ-1236, B-33, and CIRS101 and comparative genomics with V. cholerae. J. Bacteriol. 2010, 192 (13): 3524-3533.
- Kumar P., Jain M., Goel A.K. et al. A large cholera outbreak due to a new cholera toxin variant of the Vibrio cholerae O1 El Tor biotype in Orissa, Eastern India. J. Med. Microbiol. 2009, 58: 234-238.
- Morita M., Ohnishi M., Arakawa E. et al. Development and validation of a mismatch amplification mutation PCR assay to monitor the dissemination of an emerging variant of Vibrio cholerae O1 biotype El Tor. Microbiol. Immunol. 2008, 52: 314-317.
- Nair G.B., Faruque S.M., Bhuiyan N.A. et al. New Variants of Vibrio cholerae O1 biotype El Tor with attributes of the classical biotype from hospitalized patients with acute diarrhea in Bangladesh. J. Clin. Microbiol. 2002, 40 (9): 3296-3299.
- Safa A., Nair G.B., Kong R.YC. Evolution of new variants of Vibrio cholerae O1. Trends Microbiol. 2010, 18: 46-54.
- Taviani E., Grim C.J., Choi J. et al. Discovery of novel Vibrio cholerae VSP-II genomic islands using comparative genomic analysis. FEMS Microbiol Lett. 2010, 308 (2): 130-137.
Дополнительные файлы
