ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ГЕНОМОВ ШТАММОВ VIBRIO CHOLERAE, ВЫДЕЛЕННЫХ НА ТЕРРИТОРИИ РОСТОВСКОЙ ОБЛАСТИ


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель. Определение происхождения двух штаммов Vibrio cholerae, выделенных на территории Ростовской области, с использованием данных полногеномного секвенирования. Материалы и методы. Исследовали токсигенный штамм 2011EL-301 - V. cholerae O1 Эль-Тор Inaba №301 (ctxAB+, tcpA+) и нетоксигенный штамм V. cholerae О1 Ogawa P-18785 (ctxAB -, tcpA+). Секвенирование проводили на платформе MiSeq. Филогенетический анализ полученных геномов проведен на основе сравнения консервативной части исследуемых и ранее секвенированных 54 геномов. Результаты. Геном штамма 2011EL-301 был представлен 164 контигами со средним покрытием 100, показатель N50 составил 132 тыс. п.о., для штамма P-18785-159 контигами с покрытием 69, N50 - 83 тыс. п.о. Полученные контиги для штамма 2011EL-301 депонированы в базах данных DDBJ/EMBL/GenBank с номером доступа AJFN02000000, для штамма P-18785 - ANHS00000000. Было выявлено 716 белок-кодирующих ортологичных генов. По результатам филогенетического анализа штамм P-18785 относится к субгруппе PG-1 (группа штаммов-предшественников 7 пандемии). Штамм 2011EL-301 относится к группе штаммов 7 пандемии и включается в кластер с поздними изолятами, которые ассоциированы со случаями холеры в ЮАР и случаями заноса холеры в США из Пакистана. Заключение. Полученные данные позволили установить филогенетические связи с ранее выделенными штаммами V. cholerae.

Об авторах

К. В Кулешов

Центральный НИИ эпидемиологии, Москва

М. Л Маркелов

НИИ медицины труда, Москва

В. Г Дедков

Ростовский научно-исследовательский противочумный институт, Ростов-на-Дону

С. О Водопьянов

Ростовский научно-исследовательский противочумный институт, Ростов-на-Дону

А. С Водопьянов

Ростовский научно-исследовательский противочумный институт, Ростов-на-Дону

А. В Керманов

Ростовский научно-исследовательский противочумный институт, Ростов-на-Дону

Р. В Писанов

Ростовский научно-исследовательский противочумный институт, Ростов-на-Дону

В. Д Кругликов

Ростовский научно-исследовательский противочумный институт, Ростов-на-Дону

А. Б Мазрухо

Ростовский научно-исследовательский противочумный институт, Ростов-на-Дону

В. В Малеев

Центральный НИИ эпидемиологии, Москва

Г. А Шипулин

Центральный НИИ эпидемиологии, Москва

Список литературы

  1. Ломов Ю. М., Москвитина Э. А., Арешина О. А. Оценка эпидемиологической обстановки по холере в мире в современный период. Прогноз. Проблемы особо опасных инфекций. 2011, 107: 16-19.
  2. Онищенко Г. Г., Ломов Ю. M., Москвитина Э. А. и др. Холера, обусловленная Vibrio cholerae O1 ctxAB- tcpA+. Журн. микробиол. 2007, 1: 23-29.
  3. Смирнова Н. И., Заднова С. П., Шашкова А. В. и др. Вариабельность генома измененных вариантов Vibrio cholerae биовара Эль-Тор, изолированных на территории России в современный период. Мол. генет. микробиол. вирусол. 2011, 3: 11-18.
  4. Altschul S. F, Gish W, Miller W et al. Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol. 1990, 215: 403-410.
  5. Binnewies T. T., Motro Y., Hallin P. F. et al. Ten years of bacterial genome sequencing: comparative-genomics-based discoveries. Funct. Integr. Genomics. 2006, 6: 165-185.
  6. Chin C. S., Sorenson J., Harris J. B. et al. The origin of the Haitian cholera outbreak strain. N. Engl. J. Med. 2011, 364: 33-42.
  7. Chun J., Grim C. J., Hasan N. A. et al. Comparative genomics reveals mechanism for short-term and long-term clonal transitions in pandemic Vibrio cholerae. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2009, 106: 15442-15447.
  8. Dasgupta A., Banerjee R., Das S. et al. Evolutionary perspective on the origin of Haitian cholera outbreak strain. J. Biomol. Struct. Dyn. 2012, 30: 338-346.
  9. Delcher A. L., Harmon D., Kasif S. et al. Improved microbial gene identification with GLIMMER. Nucleic Acids Res. 1999, 27: 4636-4641.
  10. Edgar R. C. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. Nucleic Acids Res. 2004, 32: 1792-1797.
  11. Hasan N. A., Choi S. Y, Eppinger M. et al. Genomic diversity of 2010 Haitian cholera outbreak strains. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2012, 109: E2010- E2017.
  12. Li L., Stoeckert C. J., Jr., Roos D. S. OrthoMCL: identification of ortholog groups for eukaryotic genomes. Genome Res. 2003, 13: 2178-2189.
  13. Reimer A. R., Van Domselaar G., Stroika S. et al. Comparative genomics of Vibrio cholerae from Haiti, Asia, and Africa. Emerg. Infect. Dis. 2011, 17: 2113-2121.
  14. Tamura K., Peterson D., Peterson N. et al. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 2011, 28: 2731-2739.
  15. Yamasaki S., Shimizu T., Hoshino K. et al. The genes responsible for O-antigen synthesis of Vibrio cholerae O139 are closely related to those of Vibrio cholerae O22. Gene. 1999, 237: 321-332.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Кулешов К.В., Маркелов М.Л., Дедков В.Г., Водопьянов С.О., Водопьянов А.С., Керманов А.В., Писанов Р.В., Кругликов В.Д., Мазрухо А.Б., Малеев В.В., Шипулин Г.А., 2013

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах