МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА АСТРОВИРУСОВ, ЦИРКУЛИРУЮ-ЩИХ В НИЖНЕМ НОВГОРОДЕ


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель. Генотипирование астровирусов, выявленных у детей с острой кишечной инфекцией на
территории Нижнего Новгорода в 2006 - 2011 гг. Материалы и методы. Материалом для исследования служили образцы фекалий детей, госпитализированных в отделение кишечных инфекций
одного из инфекционных стационаров Нижнего Новгорода. Астровирусы выявляли методом обратной транскрипции полимеразной цепной реакции. Генотипы астровирусов определяли на
основе филогенетического анализа нуклеотидной последовательности фрагмента генома, кодирующего капсидный белок. Результаты. При обследовании 5759 детей с ОКИ в период с июля 2006
г. по июнь 2011 г. астровирусы обнаружены в 2,6% случаев, причем в 2010, 2011 гг. частота выявления
астровирусов (5,19%) была достоверно выше, чем в предыдущие эпидсезоны и в среднем за весь
период наблюдения. Генотипирование выявленных астровирусов показало, что на территории
Н.Новгорода циркулировали астровирусы 1, 2, 3, 4, 5 генотипов с преобладанием генотипа 1.
Астровирусы 1 генотипа представлены генетическими линиями 1a, 1b, 1d при доминировании
линии 1a. С начала 2010 г. все выявленные изоляты генетической линии 1a принадлежали к одной
новой сублинии - 1а-2010. Вторыми по количеству выявленных изолятов были астровирусы 5
генотипа, впервые идентифицированные в Нижнем Новгороде в июле 2010 г. Астровирусы 2, 3 и 4
генотипов выявлены в единичных случаях. Заключение. Активизация циркуляции астровирусов
среди населения Нижнего Новгорода, достоверное увеличение частоты их обнаружения у детей с
ОКИ в эпидсезон 2010 - 2011 гг., с наибольшей вероятностью, обусловлены появлением астровирусов 5 генотипа, ранее не выявлявшихся на данной территории и на других территориях
России.

Об авторах

Н В Епифанова

Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. И.Н.Блохиной

Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. И.Н.Блохиной

Н А Новикова

Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. И.Н.Блохиной

Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. И.Н.Блохиной

Е И Ефимов

Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. И.Н.Блохиной

Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. И.Н.Блохиной

О В Парфенова

Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. И.Н.Блохиной

Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. И.Н.Блохиной

Л Б Луковникова

Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. И.Н.Блохиной

Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. И.Н.Блохиной

С Г Фомина

Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. И.Н.Блохиной

Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. И.Н.Блохиной

N V Epifanova

N A Novikova

E I Efimov

O V Parfenova

L B Lukovnikova

S G Fomina

Список литературы

  1. Подколзин А. Т., Мухина А. А., Шипулин Г. Г. Изучение этиологии острых кишечных инфекций у детей, госпитализированных в инфекционные отделения стационаров Москвы. Инфекционные болезни. 2004, 4: 85-91.
  2. Тикунов А.Ю Молекулярно-генетическая характеристика астровирусов, циркулирующих в Новосибирске. Автореф. дисс.канд. биол. наук, 2010.
  3. Belliot G., Laveran H., Monroe S.S. Detection and genetic differentiation of human astroviruses: phylogenetic grouping varies by coding region. Arch. Virol. 1997, 142 (7): 1323-1334.
  4. Chan-it W., Thongprachum A., Okitsu S. et al. Epidemiology and molecular characterization of sapovirus and astrovirus in Japan, 2008-2009. Jpn. J. Infect. Dis. 2010, 63 (4): 302-303.
  5. Espul C., Martínez N., Noel J.S. et al. Prevalence and characterization of astroviruses in Argentinean children with acute gastroenteritis. J. Med. Virol. 2004, 72 (1): 75-82.
  6. Gabbay Y.B., Leite J.P., Oliveira D.S. et al. Molecular epidemiology of astrovirus type 1 in Belém, Brazil, as an agent of infantile gastroenteritis, over a period of 18 years (1982 - 2000): identification of two possible new lineages. Virus Res. 2007, 129 (2): 166-174.
  7. Guix S., Caballero S., Villena C. et al. Molecular epidemiology of Astrovirus infection in Barcelona, Spain. J. Clin. Microbiol. 2002, 40 (1): 133-139.
  8. De Grazia S., Platia M.A., Rotolo V. et al. Surveillance of human astrovirus circulation in Italy 2002-2005: emergence of lineage 2c strains. Clin. Microbiol. Infect. 2011, 17 (1): 97-101.
  9. Midthun K., Greenberg H.B., Kurtz J.B. et al. Characterization and seroepidemiology of a type 5 astrovirus associated with an outbreak of gastroenteritis in Marin County, California. J. Clin. Microbiol. 1993, 31 (4): 955-962.
  10. Malasao R., Maneekarn N., Khamrin P. et al. Genetic diversity of norovirus, sapovirus, and astrovirus isolated from children hospitalized with acute gastroenteritis in Chiang Mai, Thailand. J. Med. Virol. 2008, 80 (10): 1749-1755.
  11. Noel J.S., Lee T.W., Kurtz J.B. et al. Typing of human astroviruses from clinical isolates by enzyme immunoassay and nucleotide sequencing. J. Clin. Microbiol. 1995, 33 (4): 797-801.
  12. Pankovics P., Boros Á., Rovács M. et al. First detection of human astrovirus in gastroenteritis outbreak in Hungary. Orv. Hetil. 2011, 152 (2): 45-50.
  13. Resque H.R., Munford V., Castilho J.G. et al. Molecular characterization of astrovirus in stool samples from children in São Paulo, Brazil. Mem. Inst. Oswaldo Cruz. 2007, 102 (8): 969-974.
  14. Silva P.A., Stark K., Mockenhaupt F.P. et al. Molecular characterization of enteric viral agents from children in northern region of Ghana. J. Med. Virol. 2008, 80 (10): 1790- 1798.
  15. Silva P.A., Santos R.A., Costa P.S. et al. The circulation of human astrovirus genotypes in the Central West Region of Brazil. Mem. Inst. Oswaldo Cruz. 2009, 104 (4): 655-658.
  16. Tamura K., Peterson D., Peterson N. et al. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 2011, 10: 2731-2739.
  17. Wang F., Wang Y.H., Peng J.S. et al. Genetic characterization of Human astrovirus infection in Wuhan, People's Republic of China, 2007- 2008. Can. J. Microbiol. 2011, 57 (11): 964- 968.
  18. Walter J.E., Mitchell D.K., Guerrero M.L. et al. Molecular epidemiology of human astrovirus diarrhea among children from a periurban community of Mexico City. Infect. Dis. 2001, 183 (5): 681-686.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Епифанова Н.В., Новикова Н.А., Ефимов Е.И., Парфенова О.В., Луковникова Л.Б., Фомина С.Г., Epifanova N.V., Novikova N.A., Efimov E.I., Parfenova O.V., Lukovnikova L.B., Fomina S.G., 2012

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ: ПИ № ФС77-75442 от 01.04.2019 г.


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах