Journal of microbiology, epidemiology and immunobiologyJournal of microbiology, epidemiology and immunobiologyЖурнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии0372-93112686-7613Central Research Institute for Epidemiology710.36233/0372-9311-2016-1-35-39ORIGINAL RESEARCHESОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯTYPING OF LEPTOSPIRA SPP. STRAINS BASED ON 16S rRNAТИПИРОВАНИЕ ШТАММОВ LEPTOSPIRA SPP. НА ОСНОВЕ 16S рРНКOstankovaYu. V.ОстанковаЮ. В.
Russian Federation
SemenovA. V.СеменовА. В.
Russian Federation
StoyanovaN. A.СтояноваН. А.
Russian Federation
TokarevichN. K.ТокаревичН. К.
Russian Federation
LyubimovaN. E.ЛюбимоваН. Е.
Russian Federation
PetrovaO. A.ПетроваО. А.
Russian Federation
AnaninaYu. V.АнаньинаЮ. В.
Russian Federation
PetrovE. M.ПетровЕ. М.
Russian Federation
Pasteur Research Institute of Epidemiology and MicrobiologyНИИ эпидемиологии и микробиологии им. ПастераGamaleya Federal Research Centre of Epidemiology and MicrobiologyФедеральный научно-исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи28022016931353910042019Copyright ©; 2016, Ostankova Y.V., Semenov A.V., Stoyanova N.A., Tokarevich N.K., Lyubimova N.E., Petrova O.A., Ananina Y.V., Petrov E.M.Copyright ©; 2016, Останкова Ю.В., Семенов А.В., Стоянова Н.А., Токаревич Н.К., Любимова Н.Е., Петрова О.А., Ананьина Ю.В., Петров Е.М.2016Ostankova Y.V., Semenov A.V., Stoyanova N.A., Tokarevich N.K., Lyubimova N.E., Petrova O.A., Ananina Y.V., Petrov E.M.Останкова Ю.В., Семенов А.В., Стоянова Н.А., Токаревич Н.К., Любимова Н.Е., Петрова О.А., Ананьина Ю.В., Петров Е.М.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://microbiol.crie.ru/jour/article/view/7

Aim. Comparative typing of Leptospira spp. strain collection based on analysis of 16S RNA fragment. Materials and methods. 2 pairs of primers were used for PCR, that jointly flank 1423 b.p. sized fragment. Sequences of Leptospira spp. strain 16S rRNA, presented in the international database, were used for phylogenetic analysis. Results. A high similarity, including interspecies, of the 16S fragment in Leptospira spp. strains was shown independently of the source, serovar and serogroup. Heterogeneity ofthe primary matrix, spontaneous mutations of hotspots and erroneous nucleotide couplings, characteristic for 16S sequence of pathogenic Leptospira spp. strains, are discussed. Molecular-genetic characteristic of certain reference Leptospira spp. strains by 16S sequence is obtained. Conclusion. Results of the studies give evidence on expedience of introduction into clinical practice of identification of Leptospira spp. by 16S sequence directly from the clinical material, that would allow to significantly reduce identification time, dismiss complex type-specific sera and other labor-intensive methods.

Цель. Сравнительное типирование коллекции штаммов Leptospira spр. на основе анализа 16S фрагмента РНК. Материалы и методы. Для ПЦР использовали две пары праймеров, совместно фланкирующих фрагмент размером 1423 п.о. Для филогенетического анализа были использованы последовательности штаммов 16S рРНК Leptospira sрp., представленные в международной базе данных. Результаты. Показано высокое сходство, в том числе межвидовое, 16S фрагмента у штаммов Leptospira spp., независимо от источника получения, серовара и серогруппы. Обсуждаются гетерогенность первичной матрицы, спонтанные мутации горячих точек и ошибочные спаривания нуклеотидов, характерные для 16S последовательности патогенных штаммов Leptospira spp. Получена молекулярногенетическая характеристика некоторых референсных штаммов Leptospira sрp. по 16S последовательности. Заключение. Результаты исследований свидетельствуют о целесообразности введения в клиническую практику идентификацию штаммов Leptospira sрp. по 16S последовательности непосредственно из клинического материала, что позволит значительно сократить время идентификации, отказаться от сложных типоспецифических сывороток и иных трудоемких методов.

16S РНК секвенированиеeptospirosiszoo anthroponoses16S RNA sequencingлептоспироззооантропонозыАнаньина Ю.В. Лептоспирозы в Российской Федерации: современные особенности эпидемического проявления природных и техногенных очагов. Ветеринарная патология. 2004, 4: 54-57.Стоянова Н.А., Токаревич Н.К., Ваганова А.Н. Лептоспирозы: пособие для врачей. Санкт-Петербург, 2010.Chappel R.J., Goris M., Palmer M.F. Impact of proficiency testing on results of the microscopic agglutination test for diagnosis of leptospirosis. J. Clin. Microbiol. 2004, 42: 54845488.Cerqueira G.M., McBride A.J.A., Queiroz A. et al. Monitoring leptospira strain collections: The need for quality control. Am. J. Trop. Med. Hyg. 2010, 82 (1): 83-87.Faine S., Adler B., Bolin C. Leptospira and Leptospirosis. Melbourn, Australia, 1999.Morey R.E., Galloway R.L., Bragg S.L. Species-specific identification of Leptospiraceae by 16S rRNA gene sequencing. J. Clin. Microbiol. 2006, 44: 3510-3516.Postic D., Riquelme-Sertour N., Merien F. Interest of partial 16S rDNA gene sequences to resolve heterogeneities between Leptospira collections: application to L. meyeri. Res. Microbiol. 2000, 151 (5): 333-341.Sagunan A. Risk factor associated with leptospirosis during an outbreak in Middle Andaman, India. Indian J. Med. Res. 2009, 130 (1): 114-116.