Journal of microbiology, epidemiology and immunobiologyJournal of microbiology, epidemiology and immunobiologyЖурнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии0372-93112686-7613Central Research Institute for Epidemiology41210.36233/0372-9311-2018-3-40-44ORIGINAL RESEARCHESОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯPECULIARITIES OF RECOMBINATIVE GENOMICS OF ACINETOBACTER — HUMAN PATHOGENОСОБЕННОСТИ РЕКОМБИНАЦИОННОЙ ГЕНОМИКИ БАКТЕРИЙ РОДА ACINETOBACTER — ПАТОГЕНОВ ЧЕЛОВЕКАSolomennyiA. P.СоломенныйА. П.
Russian Federation

Perm

к.б.н.,

614081, Пермь, ул. Голева, 13

(342)280-83-32

ZubarevaN. A.ЗубареваН. А.
Russian Federation

Perm

Пермь

Institute of Ecology and Genetics of MicroorganismsИнститут экологии и генетики микроорганизмов — филиал Пермского федерального исследовательского центра УРО РАНWagner State Medical UniversityПермский государственный медицинский университет им. акад. Е.А.Вагнера2507201895340442408201924082019Copyright ©; 2018, Solomennyi A.P., Zubareva N.A.Copyright ©; 2018, Соломенный А.П., Зубарева Н.А.2018Solomennyi A.P., Zubareva N.A.Соломенный А.П., Зубарева Н.А.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://microbiol.crie.ru/jour/article/view/412

Aim. The disclosure of the role of genetic markers variability among Acinetobacter genus in connection with multidrug-resistant phenotype realization. Materials and methods. A comparative analysis was reviewed on DNA fragments important for genetic recombination in A. baumannii — one of the most relevant pathogens of postoperative infection, as well as A. pittii and A. lwoffii. Results. Integrase/recombinase XerC gene-bearing region of the chromosome is notably different and could include the genes responsible for the development of resistance against polymyxins and (fluoro)quinolones, as well as other antibiotics. Conclusion. The results obtained are important in surveillance of epidemic (pandemic) strains of Acinetobacter spp.

Цель. Определение роли изменчивости генетических маркеров в формировании лекарственно-устойчивого фенотипа представителей рода Acinetobacter. Материалы и методы. Проведен сравнительный анализ изменчивости важного для генетической рекомбинации фрагмента ДНК у A.baumannii — одного из наиболее актуальных возбудителей послеоперационных инфекций, а также A. pittii и A. lwoffii. Результаты. Показано, что последовательность изученного участка хромосомы с геном интегразы/рекомбиназы XerC весьма изменчива, в частности, здесь могут быть представлены гены, ответственные за развитие резистентности к полимиксинам и (фтор)хинолонам, а также другим антибиотикам. Заключение. Полученные результаты важны для контроля за эпидемическими (пандемическими) штаммами ацинетобактера.

Acinetobacter baumanniiepidemic (pandemic) cloneantibiotic resistancemultidrug efflux transportersintegrase/recombinase XerCAcinetobacter baumanniiэпидемический (пандемический) клонантибиотикорезистентностьэффлюкс-транспортерыинтеграза/рекомбиназа XerCАвторы выражают благодарность Гончарову А.Е. (Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И.Мечникова, Санкт-Петербург) и коллегам, принимавшим участие в секвенировании и биоинформационном анализе. Работа выполнена в рамках Программы фундаментальных научных исследований государственных академий наук на 2013 — 2020 годы (№ госрегистрации 01201353247).1. Гончаров А.Е., Еремеева М.И., Зубарева Н.А., Соломенный А.П. Генотипический анализ карбапенем-устойчивого штамма Acinetobacter baumannii. Перм. мед. журнал. 2011, 28 (6): 95-99.2. Сухорукова М.В., Эйдельштейн М.В., Склеенова Е.Ю., Иванчик Н.В., Тимохова А.В., Шек Е.А., Дехнич А.В., Козлов Р.С. и исследовательская группа «Марафон». Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Acinetobacter spp. в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования МАРАФОН в 2011—2012 гг. Клин. микробиол. антимикроб. химиотер. 2014, 16 (4): 266-272.3. Сухорукова М.В., Эйдельштейн М.В., Склеенова Е.Ю., Иванчик Н.В., Шек Е.А., Дехнич А.В., Козлов Р.С. и исследовательская группа «Марафон» Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Acinetobacter spp. в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования «Марафон» 2013—2014. Клин. микробиол. антимикроб. химиотер. 2017, 19 (1): 42-48.4. Чеботарь И.В., Лазарева А.В., Масалов Я.К., Михайлович В.М., Маянский Н.А. Acinetobacter: микробиологические, патогенетические и резистентные свойства. Вестник РАМН. 2014, 9-10: 39-50.5. Antunes L.C., Visca P., Towner K.J. Acinetobacter baumannii: evolution of a global pathogen. Pathog. Dis. 2014, 71: 292-301.6. Castillo F., Benmohamed A., Szatmari G. Xer site specific recombination: double and single recombinase systems. Front. Microbiol. 2017, 8: Art. 453.7. Dettori M., Piana A., Deriu M.G. et al. Outbreak of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii in an intensive care unit. New Microbiol. 2014, 37: 185-191.8. Ellington M.J., Ekelund O., Aarestrup F.M. et al. The role of whole genome sequencing in antimicrobial susceptibility testing of bacteria: report from the EUCAST Subcommittee. Clin. Microbiol. Infect. 2017, 23: 2-22.9. Harding C.M., Hennon S.W., Feldman M.F. Uncovering the mechanisms of Acinetobacter baumannii virulence. Nat. Rev. Microbiol. 2018. 16: 91-102.10. Krzyciak P., Chmielarczyk A., Pobiega M. et al. Acinetobacter baumannii isolated from hospital-acquired infection: biofilm production and drug susceptibility. APMIS. 2017, 125: 1017-1026.11. Olaitan A.O., Morand S., Rolain J-M. Mechanisms of polymyxin resistance: acquired and intrinsic resistance in bacteria. Front. Microbiol. 2014, 5: Art. 643.12. Oikonomou O., Sarrou S., Papagiannitsis C.C. et al. Rapid dissemination of colistin and carbapenem resistant Acinetobacter baumannii in Central Greece: mechanisms of resistance, molecular identification and epidemiological data. BMC Infect. Dis. 2015, 15: Art. 559.13. Segagni Lusignani L., Starzengruber P., Dosch V. et al. Molecular epidemiology of multidrugresistant clinical isolates of Acinetobacter baumannii: A 10-year analysis in a large tertiary care university hospital in central Europe with international admissions. Wien Klin. Wochenschr. 2017, 129: 816-822.14. Shafaati M., Boroumand M., Nowroozi J. et al. Correlation between qacE and qacEΔ1 efflux pump genes, antibiotic and disinfectant resistant among clinical isolates of E. coli. Recent Pat. Antiinfect. Drug Discov. 2016, 11: 189-195.15. Wilharm G., Skiebe E., Higgins P.G. et al. Relatedness of wildlife and livestock avian isolates of the nosocomial pathogen Acinetobacter baumannii to lineages spread in hospitals worldwide. Environ. Microbiol. 2017, 19: 4349-4364.