Journal of microbiology, epidemiology and immunobiologyJournal of microbiology, epidemiology and immunobiologyЖурнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии0372-93112686-7613Central Research Institute for Epidemiology23510.36233/0372-9311-2017-6-88-94ArticlesСтатьиEPIDEMIOLOGICAL STUDY OF MAIN CLONES DISTRIBUTION GENOTYPE BEIJING OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS WITHIN IRKUTSK REGIONЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКОЕ ОБОСНОВАНИЕ РАСПРОСТРАНЕНИЯ ОСНОВНЫХ КЛОНОВ ГЕНОТИПА BEIJING MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS В ИРКУТСКОЙ ОБЛАСТИZhdanovaS. N.ЖдановаС. Н.
Russian Federation
OgarkovO. B.ОгарковО. Б.
Russian Federation
SinkovV. V.СиньковВ. В.
Russian Federation
KhromovaP. A.ХромоваП. А.
Russian Federation
OrlovaE. A.ОрловаЕ. А.
Russian Federation
KoscheevM. E.КощеевМ. Е.
Russian Federation
SavilovE. D.СавиловЕ. Д.
Russian Federation
Scientific Center of Family Health Problems and Human ReproductionНаучный центр проблем здоровья семьи и репродукции человекаlrkutsk State Medical Academy of Postgraduate EducationИркутская государственная медицинская академия последипломного образованияIrkutsk State UniversityИркутский государственный университетIrkutsk Regional Clinical Tuberculosis HospitalИркутская областная клиническая туберкулезная больница28122017946889410042019Copyright ©; 2017, Zhdanova S.N., Ogarkov O.B., Sinkov V.V., Khromova P.A., Orlova E.A., Koscheev M.E., Savilov E.D.Copyright ©; 2017, Жданова С.Н., Огарков О.Б., Синьков В.В., Хромова П.А., Орлова Е.А., Кощеев М.Е., Савилов Е.Д.2017Zhdanova S.N., Ogarkov O.B., Sinkov V.V., Khromova P.A., Orlova E.A., Koscheev M.E., Savilov E.D.Жданова С.Н., Огарков О.Б., Синьков В.В., Хромова П.А., Орлова Е.А., Кощеев М.Е., Савилов Е.Д.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://microbiol.crie.ru/jour/article/view/235

Aim. To estimate the dynamics changes in the population structure of the tuberculosis (ТВ) pathogen in the Irkutsk region by comparison of genotypes of M. tuberculosis from patients of different age groups. Materials and methods. 588 epidemiologically unrelated strains of M. tuberculosis isolates from 567 ТВ patients were characterized using 24-locus MIRU-VNTR typing. 160 strains belonged to patients of different age groups. 59 strains were isolated from the «young» people with ТВ who were bom after 1990 and 101 isolates from people who were born before 1955. Results. Two-thirds of the samples (427/567) were genotype Beijing with the dominance of two subtypes belonging to the modem epidemic clonal complexes CC1 and CC2. The high level of clustering profiles of CC1 and CC2 genotype Beijing in «older» and «young» patients in the Irkutsk region indicates the presence and active transmission of epidemic CC1 and CC2 subtypes over the past fifty years.

Цель. Оценка динамики изменения структуры популяции возбудителя туберкулеза в Иркутской области на основе сравнительной характеристики генотипов микобактерий туберкулеза, полученных от больных из контрастных возрастных групп. Материалы и методы. С помощью 24-локусного MIRU-VNTR типирования были охарактеризованы 588 эпидемически не связанных штаммов микобактерий туберкулеза (МБТ), выделенных от 567 больных туберкулезом (ТБ), из которых 160 штаммов принадлежали пациентам из контрастных возрастных групп. Из них 59 штаммов были выделены от «молодых» больных ТБ, родившихся после 1990 года, и 101 изолят от родившихся до 1955 года включительно. Результаты. Две трети выборки образцов МБТ (427/567) принадлежало генотипу Beijing с доминированием двух его субтипов, принадлежащих современным эпидемически распространяющимся в мире клональным комплексам СС1 и СС2. Высокий уровень кластеризации профилей этих вариантов генотипа Beijing у «пожилых» и «молодых» пациентов в Иркутской области свидетельствует о наличии стойкого очага инфекции и активной трансмиссии на протяжении последних 50 лет.

Mycobacterium tuberculosisMycobacterium tuberculosisthe genotype Beijingepidemic subtypesгенотип Beijingэпидемические субтипыЖданова С.Н., Огарков О.Б., Степаненко J1.А. и др. Применение делеционного анализа по RD105 для выявления генотипа Пекин Mycobacterium tuberculosis. Бюллетень Восточно-Сибирского научного центра Сибирского отделения Российской академии медицинских наук. 2011, 2:194-197.Краснов В.А., Ревякина О.В., Филимонов П.Н. и др. Влияние отдельных демографических и географических факторов на оказание противотуберкулезной помощи в регионах Сибири и Дальнего Востока. Туберкулез и болезни легких. 2012, 8:10-15Синьков В.В., Савилов Е.Д., Огарков О.Б. Эпидемиология туберкулеза в России: молекулярные и исторические доказательства в пользу сценария распространения пекинского генотипа М. tuberculosis в XX в. Туберкулез и болезни легких. 2012, 3: 57-62.Туберкулез в Российской Федерации, 2012/2013/2014 гг. Аналитический обзор статистических показателей, используемых в Российской Федерации и в мире. М., 2015.Borrell S., Gagneux S. Strain diversity, epistasis and the evolution of drug resistance in Mycobacterium tuberculosis. Clin. Microbiol. Infect. 2011,17: 815-820.Casali N., Nikolayevskyy V., Balabanova Y. et al. Evolution and transmission of drug-resistant tuberculosis in a Russian population. Nat. Genet. 2014, 46: 279-286.Groenheit R., Ghebremichael S., Permhag A. et al. Mycobacterium tuberculosis strains potentially involved in the ТВ epidemic in Sweden a century ago. PLOS One. 2012, 77(10):e46848.Hanekom М., Gey van Pittius N.C., McEvoy C. et al. Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: a template for success. Tuberculosis (Edinb). 2011, 91 (6): 510-523.Lasunskaia E., Ribeiro S.C., Manicheva O. et al. Emerging multidrug resistant Mycobacterium tuberculosis strains of the Beijing genotype circulating in Russia express a pattern of biological properties associated with enhanced virulence. Microbes Infect. 2010, 12 (6): 467-475.Marais B.J., Gie R.P., Schaaf H.S. et al. The natural history of childhood intra-thoracic tuberculosis: a critical review of literature from the pre-chemotherapy era. Int. J. Tuberc. Lung. Dis. 2004, 8 (4): 392-402.Merker М., BlinC., Mona S. etal. Evolutionary history and global spread of the Mycobacterium tuberculosis Beijing lineage. Nat. Genet. 2015, 47 (3): 242-249.Mokrousov L, Narvskaya O., Vyazovaya A. et al. Russian «successful» clone B0/W148 of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: a multiplex PCR assay for rapid detection and global screening. J. Clinical Microbiology. 2012, 50 (11): 3757-3759.Mokrousov I. Insights into the origin, emergence, and current spread of a successful Russian clone of Mycobacterium tuberculosis. Clin. Microbiol. Rev. 2013, 26 (2): 342-360.Mokrousov I. Mycobacterium tuberculosis phylogeography in the context of human migration and pathogen's pathobiology: Insights from Beijing and Ural families. Tuberculosis (Edinb). 2015,95 (1): SI67-76.Ogarkov O., Mokrousov 1., Sinkov V. et al. «Lethal» combination of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype and human CD209 -336G allele in Russian male population. Infect. Genet. Evol. 2012, 12 (4): 732-736.Parwati I., van Crevel R., van Soolingen D. Possible underlying mechanisms for successful emergence of the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype strains. Lancet Infect. Dis. 2010, 10(2): 103-111.Reed M.B., Domenech P., Manca C. et al. Aglycolipid of hypervirulent tuberculosis strains that inhibits the innate immune response. Nature. 2004, Sep 2; 431 (7004): 84-87.Smit P.W., Haanpera М., Rantala P. et al. Genotypic characterization and historical perspective of Mycobacterium tuberculosis among older and younger Finns, 2008-2011. Clin. Microbiol. Infect. 2014, 20(11): 1134-1139.Supply P., Allix C., Lesjean S. et al. Proposal for standardization of optimized mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis. J. Clin. Microbiol. 2006, 44 (12): 4498-4510.