Journal of microbiology, epidemiology and immunobiologyJournal of microbiology, epidemiology and immunobiologyЖурнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии0372-93112686-7613Central Research Institute for Epidemiology1925610.36233/0372-9311-854YLKGAIORIGINAL RESEARCHESОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯResearch ArticleThe current level of genetic diversity of the hepatitis A virus in the Russian Federation — results of genetic monitoring in 2022–2025Генетическое разнообразие вируса гепатита А в Российской Федерации на современном этапе — результаты молекулярно-генетического мониторинга в 2022–2025 годахhttps://orcid.org/0000-0003-4228-9044AkimkinVasily G.АкимкинВасилий Геннадьевич
Russian Federation

Dr. Sci. (Med.), Professor, Academician of the Russian Academy of Sciences, Director

д-р мед. наук, профессор, академик РАН, директор

vgakimkin@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0002-3599-117XKyuregyanKaren K.КюрегянКарен Каренович
Russian Federation

Dr. Sci. (Biol.), Professor of the Russian Academy of Sciences, Head, Laboratory of molecular epidemiology of viral hepatitis, leading researcher, Laboratory of viral hepatitis

д-р биол. наук, профессор РАН, зав. лаб. молекулярной эпидемиологии вирусных гепатитов, в. н. с. лаб. вирусных гепатитов

karen-kyuregyan@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0002-6013-7768KarlsenAnastasiya A.КарлсенАнастасия Андреевна
Russian Federation

researcher, Laboratory of molecular epidemiology of viral hepatitis, researcher, Laboratory of viral hepatitis

н. с. лаб. молекулярной эпидемиологии вирусных гепатитов, н. с. лаб. вирусных гепатитов

karlsen12@gmail.comhttps://orcid.org/0009-0001-0082-1859KrapkovskayaKatherine R.КрапковскаяКатрин Руслановна
Russian Federation

junior researcher, Laboratory of viral hepatitis

м. н. с. лаб. вирусных гепатитов

kkrapkovski@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0002-1838-8037Asadi MobarkhanFedor A.Асади МобарханФедор Алиевич
Russian Federation

researcher, Laboratory of molecular epidemiology of viral hepatitis, researcher, Laboratory of viral hepatitis

н. с. лаб. молекулярной эпидемиологии вирусных гепатитов, н. с. лаб. вирусных гепатитов

1amfa@bk.ruhttps://orcid.org/0000-0001-6853-4154LopatukhinaMaria A.ЛопатухинаМария Александровна
Russian Federation

researcher, Laboratory of molecular epidemiology of viral hepatitis, researcher, Laboratory of viral hepatitis

н. с. лаб. молекулярной эпидемиологии вирусных гепатитов, н. с. лаб. вирусных гепатитов

m.lopatukhina@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-7838-6965KichatovaVera S.КичатоваВера Сергеевна
Russian Federation

Cand. Sci. (Med.), senior researcher, Laboratory of molecular epidemiology of viral hepatitis, senior researcher, Laboratory of viral hepatitis

канд. мед. наук, с. н. с. лаб. молекулярной эпидемиологии вирусных гепатитов, с. н. с. лаб. вирусных гепатитов

vera_kichatova@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0001-7559-4219PotemkinIlya A.ПотемкинИлья Александрович
Russian Federation

Cand. Sci. (Med.), senior researcher, Laboratory of molecular epidemiology of viral hepatitis, senior researcher, Laboratory of viral hepatitis

канд. мед. наук, с. н. с. лаб. молекулярной эпидемиологии вирусных гепатитов, с. н. с. лаб. вирусных гепатитов

axi0ma@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-2656-3667IsaevaOlga V.ИсаеваОльга Владиславовна
Russian Federation

Dr. Sci. (Biol.), leading researcher, Laboratory of molecular epidemiology of viral hepatitis, leading researcher, Laboratory of viral hepatitis

д-р биол. наук, в. н. с. лаб. молекулярной эпидемиологии вирусных гепатитов, в. н. с. лаб. вирусных гепатитов

isaeva.o@cmd.suhttps://orcid.org/0000-0001-8311-8204KlushkinaVitalina V.КлушкинаВиталина Владимировна
Russian Federation

Cand. Sci. (Med.), Head, Laboratory of viral hepatitis

канд. мед. наук, зав. лаб. вирусных гепатитов

vitalinaklu@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0003-0401-279XRodionovaZinaida S.РодионоваЗинаида Сергеевна
Russian Federation

researcher, Laboratory of viral hepatitis

н. с. лаб. вирусных гепатитов

rodionova.z@cmd.suhttps://orcid.org/0009-0003-5839-7055GavrilovaLyudmila S.ГавриловаЛюдмила Сергеевна
Russian Federation

researcher, Laboratory of viral hepatitis

н. с. лаб. вирусных гепатитов

gavrilova.l@cmd.suhttps://orcid.org/0000-0002-2575-8569KorabelnikovaMarina I.КорабельниковаМарина Игоревна
Russian Federation

researcher, Laboratory of viral hepatitis

н. с. лаб. вирусных гепатитов

korabelnikova@cmd.suhttps://orcid.org/0000-0002-7325-8577KudravtsevaElena N.КудрявцеваЕлена Николаевна
Russian Federation

Dr. Sci. (Biol.), leading researcher, Laboratory of viral hepatitis

д-р биол. наук, в. н. с. лаб. вирусных гепатитов

kudryavtseva@cmd.suhttps://orcid.org/0000-0002-6636-6801MikhailovMikhail I.МихайловМихаил Иванович
Russian Federation

Dr. Sci. (Med.), Professor, Academician of the Russian Academy of Sciences, chief researcher, Laboratory of molecular epidemiology of viral hepatitis, Head, Laboratory of viral hepatitis

д-р мед. наук, профессор, академик РАН, г. н. с. лаб. молекулярной эпидемиологии вирусных гепатитов, зав. лаб. вирусных гепатитов

michmich2@yandex.ruCentral Research Institute of EpidemiologyФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» РоспотребнадзораMechnikov Research Institute of Vaccines and SeraФГБНУ «Научно-исследовательский институт вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова»0210202610344414540110202601102026Copyright ©; 2026, Akimkin V.G., Kyuregyan K.K., Karlsen A.A., Krapkovskaya K.R., Asadi Mobarkhan F.A., Lopatukhina M.A., Kichatova V.S., Potemkin I.A., Isaeva O.V., Klushkina V.V., Rodionova Z.S., Gavrilova L.S., Korabelnikova M.I., Kudravtseva E.N., Mikhailov M.I.Copyright ©; 2026, Акимкин В.Г., Кюрегян К.К., Карлсен А.А., Крапковская К.Р., Асади Мобархан Ф.А., Лопатухина М.А., Кичатова В.С., Потемкин И.А., Исаева О.В., Клушкина В.В., Родионова З.С., Гаврилова Л.С., Корабельникова М.И., Кудрявцева Е.Н., Михайлов М.И.2026Akimkin V.G., Kyuregyan K.K., Karlsen A.A., Krapkovskaya K.R., Asadi Mobarkhan F.A., Lopatukhina M.A., Kichatova V.S., Potemkin I.A., Isaeva O.V., Klushkina V.V., Rodionova Z.S., Gavrilova L.S., Korabelnikova M.I., Kudravtseva E.N., Mikhailov M.I.Акимкин В.Г., Кюрегян К.К., Карлсен А.А., Крапковская К.Р., Асади Мобархан Ф.А., Лопатухина М.А., Кичатова В.С., Потемкин И.А., Исаева О.В., Клушкина В.В., Родионова З.С., Гаврилова Л.С., Корабельникова М.И., Кудрявцева Е.Н., Михайлов М.И.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://microbiol.crie.ru/jour/article/view/19256

Introduction. Genetic monitoring of hepatitis A virus (HAV) is an important tool for surveillance of this infection and the identification of hepatitis A outbreaks.

The aim of the study was to analyze the genetic diversity of HAV variants involved in sporadic and cluster cases of hepatitis A in 2022–2025.

Materials and methods. A total of 402 HAV VP1/2A partial sequences isolated from sporadic and cluster cases in 2022–2025 in various regions of the Russian Federation were analyzed. Phylogenetic trees were constructed using a Bayesian approach implemented in the Beast2 software package using HAV sequences isolated in regions of the Russian Federation and neighboring countries since 1998. To assess changes in genetic diversity, p-distance values were analyzed in four HAV sequence samples, divided based on virus genotype and the year the sequences were isolated — before or after 2020.

Results. The persistent circulation of two HAV genotypes, IA and IIIA, was demonstrated. The share of genotype IA was 78.4%, genotype IIIA — 12.7%, and imported genotype IB — 8.9%. Both genotypes, IA and IIIA, contribute to both sporadic and outbreak cases. 98% of HAV genotype IA isolates belonged to a single lineage originating from the strain that caused the 2010 outbreak in Moscow. Analysis of p-distance values confirmed a decrease in HAV genetic diversity — for genotype IA before 2020, this indicator ranged from 0.000 to 0.316, and from 0.000 to 0.087 in 2020–2024. For genotype IIIA, a decrease in the p-distance indicator was also noted, from 0.000–0.080 before 2020 to 0.000–0.029 in 2020–2024.

Conclusion. The obtained results indicate a decrease in the genetic diversity of HAV against the background of a decrease in hepatitis A incidence rates, and suggest that analysis of longer regions of the viral genome might be required for molecular surveillance and outbreak investigation in the future, if the trend of decreasing genetic diversity of the virus remain.

Введение. Молекулярно-генетический мониторинг за вирусом гепатита А (ВГА) является важным инструментом надзора за этой инфекцией и расшифровки вспышек гепатита А.

Целью исследования являлся анализ генетического разнообразия геноизолятов ВГА, вовлечённых в спорадическую и групповую заболеваемость гепатитом А в 2022–2025 гг.

Материалы и методы. Проанализированы 402 последовательности участка VP1/2A генома ВГА, выделенных в 2022–2025 гг. в различных регионах Российской Федерации от случаев спорадической и групповой заболеваемости. Филогенетические деревья строили с использованием байесовского подхода, реализованного в пакете программ Beast2 с использованием последовательностей ВГА, выделенных на территории регионов Российской Федерации и сопредельных стран с 1998 г. Для оценки изменений уровня генетического разнообразия анализировали значения p-distance в 4 выборках последовательностей ВГА, разделённых на основании генотипа вируса и года выделения последовательностей — до или после 2020 г.

Результаты. Продемонстрировано сохранение циркуляции двух генотипов ВГА: IA и IIIA. Доля генотипа IA составила 78,4%, IIIA — 12,7%, завозного генотипа IB — 8,9%. Оба генотипа — IA и IIIA — делают вклад как в спорадическую, так и во вспышечную заболеваемость. 98% геноизолятов ВГА генотипа IA относились к одной линии, происходящей от штамма, вызвавшего вспышку в 2010 г. в Москве. Анализ значений p-distance подтвердил снижение генетического разнообразия ВГА: для генотипа IA до 2020 г. этот показатель составлял от 0,000 до 0,316, а в 2020–2024 гг. — от 0,000 до 0,087. Для генотипа IIIA также отмечено снижение показателя p-distance с 0,000–0,080 до 2020 г. до 0,000–0,029 в 2020–2024 гг.

Заключение. Полученные результаты свидетельствуют об уменьшении генетического разнообразия ВГА на фоне снижения регистрируемой заболеваемости гепатитом А и указывают на целесообразность разработки методик для анализа более протяжённых участков генома для надзора и расшифровки вспышек в будущем при сохранении тенденции к снижению генетического разнообразия вируса.

hepatitis A virusgenetic surveillanceoutbreaksgenetic diversityBayesian analysisвирус гепатита Амолекулярно-генетический мониторингвспышкигенетическое разнообразиебайесовский анализZell R., Delwart E., Gorbalenya A.E., et al. ICTV virus taxonomy profile: picornaviridae. J. Gen. Virol. 2017;98(10):2421–2. DOI: https://doi.org/10.1099/jgv.0.000911Bruni R., Taffon S., Equestre M., et al. Key role of sequencing to trace hepatitis A viruses circulating in italy during a large multi-country European foodborne outbreak in 2013. PLoS One. 2016;11(2):e0149642. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0149642Lemon S.M., Ott J.J., Van Damme P., Shouval D. Type A viral hepatitis: A summary and update on the molecular virology, epidemiology, pathogenesis and prevention. J. Hepatol. 2017;S0168-8278(17)32278-X. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jhep.2017.08.034 EDN: https://elibrary.ru/yfygslAbutaleb A., Kottilil S. Hepatitis A: epidemiology, natural history, unusual clinical manifestations, and prevention. Gastroenterol. Clin. North Am. 2020;49(2):191–9. DOI: https://doi.org/10.1016/j.gtc.2020.01.002 EDN: https://elibrary.ru/szhbchWHO. WHO Immunological Basis for Immunization Series, Module 18: Hepatitis A;2019. Available at: https://who.int/publications/i/item/97892516327Migueres M., Lhomme S., Izopet J. Hepatitis A: epidemiology, high-risk groups, prevention and research on antiviral treatment. Viruses. 2021;13(10):1900. DOI: https://doi.org/10.3390/v13101900 EDN: https://elibrary.ru/ybpmysVan Herck K., Van Damme P. Prevention of hepatitis A by Havrix: a review. Expert Rev. Vaccines. 2005;4(4):459–71. DOI: https://doi.org/10.1586/14760584.4.4.459Jacobsen K.H. Globalization and the changing epidemiology of hepatitis A Virus. Cold Spring Harb. Perspect. Med. 2018;8(10):a031716. DOI: https://doi.org/10.1101/cshperspect.a031716Kyuregyan K.K., Lopatukhina M.A., Asadi Mobarkhan F.A., et al. Dynamic changes in hepatitis A immunity in regions with different vaccination strategies and different vaccination coverage. Vaccines (Basel). 2022;10(9):1423. DOI: https://doi.org/10.3390/vaccines10091423 EDN: https://elibrary.ru/mvzcfjAndani A., van Damme P., Bunge E.M., et al. One or two doses of hepatitis A vaccine in universal vaccination programs in children in 2020: A systematic review. Vaccine. 2022;40(2):196–205. DOI: https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2021.01.038 EDN: https://elibrary.ru/nacoolVictor J.C., Monto A.S., Surdina T.Y., et al. Hepatitis A vaccine versus immune globulin for postexposure prophylaxis. N. Engl. J. Med. 2007;357(17):1685–94. DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMoa070546 EDN: https://elibrary.ru/xlqumrКлушкина В.В., Корабельникова М.И., Кудрявцева Е.Н. и др. Современная характеристика эпидемического процесса гепатита А в Российской Федерации. Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2026;16(1):19–27. Klushkina V.V., Korabelnikova M.I., Kudryavtseva E.N., et al. Characteristics of the epidemic process of hepatitis a in the Russian Federation. Epidemiology and Infectious Diseases. Current Items. 2026;16(1):19–27. DOI: https://doi.org/10.18565/epidem.2026.16.1.19-27 EDN: https://elibrary.ru/drgnifHu X., Collier M.G., Xu F. Hepatitis A outbreaks in developed countries: detection, control, and prevention. Foodborne Pathog. Dis. 2020;17(3):166–71. DOI: https://doi.org/10.1089/fpd.2019.2648 EDN: https://elibrary.ru/ocizznNainan O.V., Xia G., Vaughan G., Margolis H.S. Diagnosis of hepatitis A virus infection: a molecular approach. Clin. Microbiol. Rev. 2006;19(1):63–79. DOI: https://doi.org/10.1128/CMR.19.1.63-79.2006 EDN: https://elibrary.ru/xssqhnAndani A., Bunge E., Kassianos G., et al. Hepatitis A occurrence and outbreaks in Europe over the past two decades: A systematic review. J. Viral. Hepat. 2023;30(6):497–511. DOI: https://doi.org/10.1111/jvh.13821 EDN: https://elibrary.ru/sontbaFoster M.A., Hofmeister M.G., Yin S., et al. Widespread hepatitis A outbreaks associated with person-to-person transmission – United States, 2016–2020. MMWR Morb. Mortal. Wkly Rep. 2022;71(39):1229–34. DOI: https://doi.org/10.15585/mmwr.mm7139a1 EDN: https://elibrary.ru/tllckcWerber D., Michaelis K., Hausner M., et al. Ongoing outbreaks of hepatitis A among men who have sex with men (MSM), Berlin, November 2016 to January 2017 – linked to other German cities and European countries. Euro Surveill. 2017;22(5):30457. DOI: https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2017.22.5.30457 EDN: https://elibrary.ru/yzzesdHofmeister M.G., Xing J., Foster M.A., et al. Hepatitis A person-to-person outbreaks: epidemiology, morbidity burden, and factors associated with hospitalization-multiple states, 2016–2019. J. Infect. Dis. 2021;223(3):426–34. DOI: https://doi.org/10.1093/infdis/jiaa636 EDN: https://elibrary.ru/pfnehgMukomolov S., Kontio M., Zheleznova N., et al. Increased circulation of hepatitis A virus genotype IIIA over the last decade in St Petersburg, Russia. J. Med. Virol. 2012;84(10):1528–34. DOI: https://doi.org/10.1002/jmv.23378 EDN: https://elibrary.ru/rfzxjfKroneman A., de Sousa R., Verhoef L., et al. Usability of the international HAVNet hepatitis A virus database for geographical annotation, backtracing and outbreak detection. Euro Surveill. 2018;23(37):1700802. DOI: https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2018.23.37.1700802Costa-Mattioli M., Monpoeho S., Schvoerer C., et al. Genetic analysis of hepatitis A virus outbreak in France confirms the co-circulation of subgenotypes Ia, Ib and reveals a new genetic lineage. J. Med. Virol. 2001;65(2):233–40. DOI: https://doi.org/10.1002/jmv.2025Wang H., Chen W., Zhou W., et al. Exploration of a new hepatitis a surveillance system in Beijing, China: based on molecular epidemiology. BMC Infect. Dis. 2022;22(1):22. DOI: https://doi.org/10.1186/s12879-021-06872-4 EDN: https://elibrary.ru/fjxxcdCleary N.G., Bryant P.W., Lamson D.M., et al. A custom hepatitis A virus assay for whole-genome sequencing. J. Virol. Methods. 2023;312:114649. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jviromet.2022.114649 EDN: https://elibrary.ru/nfiboyZufan S.E., Mercoulia K., Kwong J.C., et al. High-performance enrichment-based genome sequencing to support the investigation of hepatitis A virus outbreaks. Microbiol. Spectr. 2024;12(1):e0283423. DOI: https://doi.org/10.1128/spectrum.02834-23 EDN: https://elibrary.ru/xchqsySicilia P., Fantilli A.C., Cuba F., et al. Novel strategy for whole-genome sequencing of hepatitis A virus using NGS illumina technology and phylogenetic comparison with partial VP1/2A genomic region. Sci. Rep. 2025;15(1):6375. DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-025-91116-7 EDN: https://elibrary.ru/neyban