Journal of microbiology, epidemiology and immunobiologyJournal of microbiology, epidemiology and immunobiologyЖурнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии0372-93112686-7613Central Research Institute for Epidemiology1907310.36233/0372-9311-750LATNFKORIGINAL RESEARCHESОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯResearch ArticleAnalysis of the causes of a sharp increase in the incidence of chronic hepatitis C in the Omsk Region using Bayesian analysis of hepatitis C virus nucleotide sequencesАнализ причин резкого подъёма заболеваемости хроническим гепатитом С в Омской области с помощью байесовского анализа нуклеотидных последовательностей вируса гепатита Сhttps://orcid.org/0000-0001-8311-8204KlushkinaVitalina V.КлушкинаВиталина Владимировна
Russian Federation

Cand. Sci. (Med.), Head, Laboratory of viral hepatitis

канд. мед. наук, зав. лаб. вирусных гепатитов

vitalinaklu@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0002-6013-7768KarlsenAnastasia A.КарлсенАнастасия Андреевна
Russian Federation

researcher, Laboratory of molecular epidemiology of viral hepatitis, Central Research Institute of Epidemiology; research fellow, Laboratory of viral hepatitis, I. Mechnikov Research Institute of Vaccines and Sera

н. с. лаб. молекулярной эпидемиологии вирусных гепатитов ЦНИИ Эпидемиологии; н. с. лаб. вирусных гепатитов НИИВС им. И.И. Мечникова

karlsen12@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-7838-6965KichatovaVera S.КичатоваВера Сергеевна
Russian Federation

Cand. Sci. (Med.), senior researcher, Laboratory of molecular epidemiology of viral hepatitis, Central Research Institute of Epidemiology; senior researcher, Laboratory of viral hepatitis, I. Mechnikov Research Institute of Vaccines and Sera

канд. мед. наук, с. н. с. лаб. молекулярной эпидемиологии вирусных гепатитов ЦНИИ Эпидемиологии; с. н. с. лаб. вирусных гепатитов НИИВС им. И.И. Мечникова

kichatova@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-1838-8037Asadi MobarhanFedor A.Асади МобарханФедор Алиевич
Russian Federation

researcher, Laboratory of molecular epidemiology of viral hepatitis, Central Research Institute of Epidemiology; researcher, Laboratory of viral hepatitis, I. Mechnikov Research Institute of Vaccines and Sera

н. с. лаб. молекулярной эпидемиологии вирусных гепатитов ЦНИИ Эпидемиологии; н. с. лаб. вирусных гепатитов НИИВС им. И.И. Мечникова

1amfa@bk.ruhttps://orcid.org/0000-0002-2656-3667IsaevaOlga V.ИсаеваОльга Владиславовна
Russian Federation

Dr. Sci. (Biol.), leading researcher, Laboratory of molecular epidemiology of viral hepatitis, Central Research Institute of Epidemiology; leading researcher, Laboratory of viral hepatitis, I. Mechnikov Research Institute of Vaccines and Sera; Associate Professor, Department of virology, Russian Medical Academy of Continuous Professional Educatio

д-р биол. наук, в. н. с. лаб. молекулярной эпидемиологии вирусных гепатитов ЦНИИ Эпидемиологии; в. н. с. лаб. вирусных гепатитов НИИВС им. И.И. Мечникова; доцент каф. вирусологии Российской медицинской академии непрерывного профессионального образования

isaeva.o@cmd.suhttps://orcid.org/0000-0003-0401-279XRodionovaZinaida S.РодионоваЗинаида Сергеевна
Russian Federation

researcher, Laboratory of viral hepatitis

н. с. лаб. вирусных гепатитов

rodionova.z@cmd.suhttps://orcid.org/0000-0002-2575-8569KorabelnikovaMarina I.КорабельниковаМарина Игоревна
Russian Federation

researcher, Laboratory of viral hepatitis

н. с. лаб. вирусных гепатитов

korabelnikova@cmd.suhttps://orcid.org/0000-0002-7325-8577KudravtsevaElena N.КудрявцеваЕлена Николаевна
Russian Federation

Dr. Sci. (Biol.), leading researcher, Laboratory of viral hepatitis

д-р биол. наук, в. н. с. лаб. вирусных гепатитов

kudryavtseva@cmd.suhttps://orcid.org/0009-0003-5839-7055GavrilovaLyudmila S.ГавриловаЛюдмила Сергеевна
Russian Federation

researcher, Laboratory of viral hepatitis

н. с. лаб. вирусных гепатитов

gavrilova.l@cmd.suhttps://orcid.org/0009-0008-3035-2409PavlovaPolina А.ПавловаПолина Александровна
Russian Federation

laboratory assistant, Laboratory of viral hepatitis

лаборант лаб. вирусных гепатитов

arhiv0709@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0003-4675-7079NikitinAleksandr А.НикитинАлександр Александрович
Russian Federation

Cand. Sci. (Med.), Chief State Sanitary Doctor for Omsk Oblast, Head

канд. мед. наук, главный государственный санитарный врач по Омской области, руководитель

rpn@55.rospotrebnadzor.ruhttps://orcid.org/0009-0005-3272-3523NedashkovskayaAleksandra Ya.НедашковскаяАлександра Яновна
Russian Federation

Head, Epidemiological surveillance department

начальник отдела эпидемиологического надзора

epidotdel@55.rospotrebnadzor.ruhttps://orcid.org/0000-0002-5501-5707MalinnikovaElena Yu.МалинниковаЕлена Юрьевна
Russian Federation

Dr. Sci. (Med.), Associate Professor, Head, Department of virology, Russian Medical Academy of Continuous Professional Education; leading researcher, Laboratory of viral hepatitis, I. Mechnikov Research Institute of Vaccines and Sera

д-р мед. наук, доцент, в. н. с. лаб. вирусных гепатитов НИИВС им. И.И. Мечникова; зав. каф. вирусологии Российской медицинской академии непрерывного профессионального образования

malinacgb@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-3599-117XKyuregyanKaren K.КюрегянКарен Каренович
Russian Federation

Dr. Sci. (Biol.), Professor of the RAS, Head, Laboratory of molecular epidemiology of viral hepatitis, Central Research Institute of Epidemiology; leading researcher, Laboratory of viral hepatitis, I. Mechnikov Research Institute of Vaccines and Sera; Professor, Department of virology, Russian Medical Academy of Continuous Professional Education

д-р биол. наук, профессор РАН, зав. лаб. молекулярной эпидемиологии вирусных гепатитов; в. н. с. лаб. вирусных гепатитов НИИВС им. И.И. Мечникова; профессор каф. вирусологии Российской медицинской академии непрерывного профессионального образования

karen-kyuregyan@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0002-6636-6801MikhailovMikhail I.МихайловМихаил Иванович
Russian Federation

Dr. Sci. (Med.), Academician of the RAS, chief researcher, Laboratory of molecular epidemiology of viral hepatitis, Central Research Institute of Epidemiology; Head, Laboratory of viral hepatitis, I. Mechnikov Research Institute of Vaccines and Sera

д-р мед. наук, академик РАН, г. н. с. лаб. молекулярной эпидемиологии вирусных гепатитов ЦНИИ Эпидемиологии; зав. лаб. вирусных гепатитов НИИВС им. И.И. Мечникова

michmich2@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0003-4228-9044AkimkinVasily G.АкимкинВасилий Геннадьевич
Russian Federation

Dr. Sci. (Med.), Professor, Academician of the RAS, Director

д-р мед. наук, профессор, академик РАН, директор

crie@pcr.ruCentral Research Institute of EpidemiologyФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» РоспотребнадзораMechnikov Research Institute of Vaccines and SeraФГБНУ «Научно-исследовательский институт вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова»Russian Medical Academy of Continuing Professional EducationФГБОУ ДПО «Российская медицинская академия непрерывного профессионального образования» Минздрава РоссииRussian Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human Wellbeing office in Omsk RegionУправление Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Омской области1303202610317221203202612032026Copyright ©; 2026, Klushkina V.V., Karlsen A.A., Kichatova V.S., Asadi Mobarhan F.A., Isaeva O.V., Rodionova Z.S., Korabelnikova M.I., Kudravtseva E.N., Gavrilova L.S., Pavlova P.А., Nikitin A.А., Nedashkovskaya A.Y., Malinnikova E.Y., Kyuregyan K.K., Mikhailov M.I., Akimkin V.G.Copyright ©; 2026, Клушкина В.В., Карлсен А.А., Кичатова В.С., Асади Мобархан Ф.А., Исаева О.В., Родионова З.С., Корабельникова М.И., Кудрявцева Е.Н., Гаврилова Л.С., Павлова П.А., Никитин А.А., Недашковская А.Я., Малинникова Е.Ю., Кюрегян К.К., Михайлов М.И., Акимкин В.Г.2026Klushkina V.V., Karlsen A.A., Kichatova V.S., Asadi Mobarhan F.A., Isaeva O.V., Rodionova Z.S., Korabelnikova M.I., Kudravtseva E.N., Gavrilova L.S., Pavlova P.А., Nikitin A.А., Nedashkovskaya A.Y., Malinnikova E.Y., Kyuregyan K.K., Mikhailov M.I., Akimkin V.G.Клушкина В.В., Карлсен А.А., Кичатова В.С., Асади Мобархан Ф.А., Исаева О.В., Родионова З.С., Корабельникова М.И., Кудрявцева Е.Н., Гаврилова Л.С., Павлова П.А., Никитин А.А., Недашковская А.Я., Малинникова Е.Ю., Кюрегян К.К., Михайлов М.И., Акимкин В.Г.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://microbiol.crie.ru/jour/article/view/19073

Introduction. A sharp increase in the registered incidence of chronic hepatitis C, exceeding the average country level by more than 3 times, was noted in Omsk Region since 2023. The objective of the study was to answer the question of whether the observed increase in incidence is a consequence of the recent sharp increase in cases of hepatitis C virus (HCV) transmission, using molecular genetic analysis.

Materials and methods. Amplification of HCV core/E1 fragment and Bayesian phylogenetic analysis of corresponding nucleotide sequences were performed for serum samples from 344 patients with chronic hepatitis C diagnosed in 2022–2023, which accounted for 12.6% of all chronic hepatitis C cases diagnosed during this period in Omsk Region (n = 2730).

Results. Phylogenetic analysis demonstrated the presence of regional HCV clusters formed in 1990–2000s (95% HPD 1980–2014). The majority (86.0%, 295 out of 343) of HCV genotype 1a, 1b, 2a, 2c, 2k and 3a sequences isolated in 2023–2024 belong to different lineages circulating in the region for at least 10 years, which, together with the absence of large, homogeneous clusters with a recent tMRCA suggests the absence of a recent epidemiological link between these HCV cases. However, 12 (3.5%) sequences formed pairs with divergence in 2021–2023 (95% HPD 2018–2024), which indicates recent infection and suggests the presence of an epidemiological link between these cases of infection. Such pairs were identified for HCV genotypes 1a, 1b, 2a and 3a.

Conclusion. The observed upsurge in chronic hepatitis C incidence in Omsk Region apparently reflects the accumulated number of cases of HCV infection in the region resulted from transmissions occurred 10–20 or more years ago, and is a consequence of the increase in the HCV testing coverage. With an increase in the testing rates, especially in vulnerable groups where a significant number of undetected HCV infections are concentrated, an increase in the incidence of chronic hepatitis C can be expected in other regions of the country.

Введение. Резкий подъём регистрируемой заболеваемости хроническим гепатитом С (ХГС), превышающий более чем в 3 раза среднероссийский уровень, был отмечен в Омской области начиная с 2023 г.

Целью исследования являлся ответ с помощью молекулярно-генетического анализа на вопрос о том, является ли наблюдаемый подъём заболеваемости следствием недавнего резкого роста случаев заражения вирусом гепатита С (ВГС).

Материалы и методы. Амплификацию участка сore/E1 генома ВГС и байесовский филогенетический анализ полученных нуклеотидных последовательностей выполняли для образцов сыворотки крови от 344 пациентов с ХГС, впервые диагностированным в 2022–2023 гг., что составило 12,6% впервые выявленных в этот период в Омской области случаев ХГС (n = 2730).

Результаты. Филогенетический анализ продемонстрировал наличие региональных кластеров ВГС, сформировавшихся в 1990–2000 гг. (95% ДИ 1980–2014). Большинство — 295 (86,0%) из 343 геноизолятов ВГС генотипов 1а, 1b, 2a, 2c, 2k и 3a, выделенных в 2023–2024 гг., — принадлежат к разным линиям, циркулирующим в регионе не менее 10 лет, что в сочетании с отсутствием крупных однородных кластеров с недавним временем существования последнего общего предка позволило предполагать отсутствие недавней эпидемиологической связи между данными случаями инфекции. В то же время 12 (3,5%) последовательностей формируют пары с расхождением в 2021–2023 гг. (95% ДИ 2018–2024), что указывает на недавнее инфицирование и позволяет предполагать наличие эпидемиологической связи в данных случаях заражения. Такие пары выявлены для ВГС генотипов 1а, 1b, 2а и 3а.

Заключение. Наблюдающийся в Омской области подъём заболеваемости ХГС, по-видимому, отражает накопленное в регионе число случаев хронической ВГС-инфекции, возникших в результате заражения 10–20 и более лет назад, и является следствием увеличения охвата населения тестированием на маркеры гепатита С. При увеличении охвата тестированием и вовлечении в него групп, в которых сосредоточено значительное число невыявленных случаев инфекции, можно ожидать рост заболеваемости ХГС и в других регионах страны.

hepatitis Cincidencehepatitis C virusgenetic surveillanceBayesian analysisгепатит Сзаболеваемостьвирус гепатита Сгенетический мониторингбайесовский анализYounossi Z.M., Wong G., Anstee Q.M., Henry L. The global burden of liver disease. Clin. Gastroenterol. Hepatol. 2023;21(8):1978–91. DOI: https://doi.org/10.1016/j.cgh.2023.04.015Fleurence R.L., Alter H.J., Collins F.S., Ward J.W. Global elimination of hepatitis C virus. 2025;76(1):29–41. DOI: https://doi.org/10.1146/annurev-med-050223-111239Khudyakov Y. Molecular surveillance of hepatitis C. Antivir. Ther. 2012;17(7 Pt. B):1465–70.DOI: https://doi.org/10.3851/imp2476Rossi L.M., Escobar-Gutierrez A., Rahal P. Advanced molecular surveillance of hepatitis C virus. Viruses. 2015;7(3):1153–88. DOI: https://doi.org/10.3390/v7031153Carlisle L.A., Turk T., Metzner K.J., et al. HCV genetic diversity can be used to infer infection recency and time since infection. Viruses. 2020;12(11):1241. DOI: https://doi.org/10.3390/v12111241Visseaux B., Hué S., Le Hingrat Q., et al. Phylogenetic investigation of HCV-4d epidemic in Paris MSM HIV population reveals a still active outbreak and a strong link to the Netherlands. Clin. Microbiol. Infect. 2020;26(6):785.e1–4. DOI: https://doi.org/10.1016/j.cmi.2020.01.034Ebranati E., Mancon A., Airoldi M., et al. Time and mode of epidemic HCV-2 subtypes spreading in Europe: phylodynamics in Italy and Albania. Diagnostics (Basel). 2021;11(2):327. DOI: https://doi.org/10.3390/diagnostics11020327Kichatova V.S., Kyuregyan K.K., Soboleva N.V., et al. Frequency of interferon-resistance conferring substitutions in amino acid positions 70 and 91 of core protein of the Russian HCV 1b isolates analyzed in the T-cell epitopic context. J. Immunol. Res. 2018;2018:7685371. DOI: https://doi.org/10.1155/2018/7685371Chowell G., Skums P. Investigating and forecasting infectious disease dynamics using epidemiological and molecular surveillance data. Phys. Life Rev. 2024;51:294–327. DOI: https://doi.org/10.1016/j.plrev.2024.10.011Zhou X., Chan P.K., Tam J.S., Tang J.W. A possible geographic origin of endemic hepatitis C virus 6a in Hong Kong: evidences for the association with Vietnamese immigration. PLoS One. 2011;6(9):e24889. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0024889Henquell C., Guglielmini J., Verbeeck J., et al. Evolutionary history of hepatitis C virus genotype 5a in France, a multicenter ANRS study. Infect. Genet. Evol. 2011;11(2):496–503. DOI: https://doi.org/10.1016/j.meegid.2010.12.015Palladino C., Ezeonwumelu I.J., Marcelino R., et al. Epidemic history of hepatitis C virus genotypes and subtypes in Portugal. Sci. Rep. 2018;8(1):12266. DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-018-30528-0Yang X.C., Hong Z.P., Wang Y., et al. Growth history of hepatitis C virus among HIV/HCV co-infected patients in Guizhou Province. Front. Genet. 2023;14:1171892. DOI: https://doi.org/10.3389/fgene.2023.1171892Karlsen A.A., Kyuregyan K.K., Isaeva O.V., et al. Different evolutionary dynamics of hepatitis B virus genotypes A and D, and hepatitis D virus genotypes 1 and 2 in an endemic area of Yakutia, Russia. BMC Infect. Dis. 2022;22(1):452. DOI: https://doi.org/10.1186/s12879-022-07444-wIsaeva O.V., Kyuregyan K.K., Karlsen A.A., et al. Silent HDV epidemics culminates in high levels of liver cirrhosis in endemic region despite 20 years of HBV vaccination. J. Viral Hepat. 2023;30(3):182–94. DOI: https://doi.org/10.1111/jvh.13783Novitsky V., Moyo S., Lei Q., et al. Impact of sampling density on the extent of HIV clustering. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2014;30(12):1226–35. DOI: https://doi.org/10.1089/aid.2014.0173Vizmanos J.L., González-Navarro C.J., Novo F.J., et al. Degree and distribution of variability in the 5' untranslated, E1, E2/NS1 and NS5 regions of the hepatitis C virus (HCV). J. Viral Hepat. 1998;5(4):227–40. DOI: https://doi.org/10.1046/j.1365-2893.1998.00110.x